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O presente estudo foi realizado com o objetivo de identificar genomas de vírus em fezes de lobos marinhos sul-americanos (Arctocephalus australis) e lobos marinhos subantárticos (Arctocephalus tropicalis), duas espécies de pinípedes encontradas no litoral do Rio Grande do Sul. Embora já existam estudos sobre esse tema em outras espécies de pinípedes, nas espécies aqui trabalhadas o tema permanece inexplorado. Amostras de fezes foram obtidas de vinte e um lobos marinhos sul-americanos e dois lobos marinhos subantárticos encontrados no litoral rio-grandense com indícios de morte recente, durante os meses de Junho e Julho de 2012. Através de técnicas de PCR e sequenciamento buscou-se identificar genomas de circovírus, adenovírus, morbilivírus, calicivírus e coronavírus. A amplificação de um fragmento do gene rep permitiu a identificação de prováveis circovírus em amostras de seis lobos marinhos sul-americanos. Análises filogenéticas revelaram que três dos seis segmentos são sugestivos de prováveis membros do gênero Cyclovirus. Os genes amplificados de outras duas amostras provavelmente correspondem a membros do gênero Circovirus. Uma das amostras deu origem a um segmento gênico que não apresenta similaridade com nenhum gênero já proposto da família Circoviridae. Além disso, foi possível detectar também fragmentos de genomas de adenovírus em duas amostras; estes apresentam alto grau de similaridade de nucleotídeos com amostras de adenovírus humano tipo C. Nenhum fragmento genômico indicativo da presença de morbilivírus, calicivírus ou coronavírus foi encontrado. Os resultados aqui obtidos sugerem a presença de circovírus, ciclovírus e adenovírus em populações de lobos marinhos encontrados na costa do Rio Grande do Sul. Estes achados reforçam a necessidade da ampliação do conhecimento a respeito da ocorrência de infecções virais nestas espécies. This study was conducted with the objective of identifying genomes of viruses in feces of south american fur seals (Arctocephalus australis) and subantarctic fur seals (Arctocephalus tropicalis), two species of pinnipeds found on the coast of Rio Grande do Sul. Although there are studies about this topic in other species of pinnipeds, it remains unexplored in these two species. Stool samples were obtained from twenty-one south american fur seals and two subantarctic fur seals found in Rio Grande do Sul coastline with evidences of recent death, during the months of June and July 2012. PCR and sequencing techniques were utilized to identify circovirus, adenovirus, morbillivirus, calicivirus and coronavirus genomes. The amplification of a rep gene fragment allowed the identification of supposed circoviruses in samples of six south american fur seals. Phylogenetic analysis revealed that three of the six segments are suggestive of probable members of the genus Cyclovirus. The amplified genes from two other samples probably correspond to members of the genus Circovirus. One of the samples gave rise to a gene segment that has no similarity with any genera already proposed of the Circoviridae family. Furthermore, it was also possible to detect fragments of adenovirus genomes in two samples: these have a high degree of nucleotide similarity with a human adenovirus type C genomic fragment. No indication of the presence of morbillivirus, calicivirus and coronavirus genomes was found. The work reported here provide evidence for the occurrence of circoviruses, cicloviruses and adenoviruses in fur seal populations found in Rio Grande do Sul. These findings reinforce the need to expand the knowledge about the occurrence of viral infections in these species.

Orientador: Maria Silvia Viccari Gatti Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia Resumo: O tratamento de esgoto sanitário em lagoa de decantação anaeróbia e disposição controlada de água residuária no solo é uma alternativa de baixo custo para o reuso de águas residuárias na agricultura. Nele, o esgoto sanitário é depositado em uma lagoa de decantação anaeróbia com retenção hidráulica de sete dias, após o que a água residuária é conduzida para rampa de solo franco argilo-arenoso, com cobertura vegetal de gramínia Cynodon sp, para disposição por escoamento superficial, seguindo-se sua infiltração e percolação. O objetivo desse trabalho foi verificar a eficiência desse sistema na eliminação e/ou inativação de adenovírus humanos (HAdV) e rotavírus (RV). Amostras de 1L de água residuária foram obtidas em quatro coletas, em intervalos de sete dias, na entrada do esgoto bruto (EB), no ponto de aplicação na rampa (0m) e nos pontos da sua superfície após 10, 20, 30, 35m e 40m. Sob a rampa, a 1m de profundidade e distantes 30m (30-1) e 35m (35 -1), dois pontos foram amostrados. Antes do ponto 0m, pontos de testemunha a 1m de profundidade e distantes 2m (T1) e 0,5m (T2) da rampa, e um ponto do lençol freático (LF) a 3m de profundidade, também foram coletados.As água residuárias foram concentradas de 1.000 a 5.000 vezes por filtração e eluição em membrana eletropositiva e ultracentrifugação. Nos eluatos obtidos, após extração de DNA, a presença de HAdV foi pesquisada por PCR e nested-PCR. Para a detecção de RV usou-se RT-PCR e duplo-semi- nested-PCR. Eluatos HAdV positivos foram inoculados em células HEp-2 e após até cinco passagens a presença de HAdV foi confirmada por PCR.. HAdV foram detectados em 29 das 35 amostras analisadas, sendo positivos todos os pontos de EB e da superfície da rampa. Em profundidade, sob a rampa, quatro amostras foram positivas, além de outras duas em T2 e uma em LF, o que demonstra a percolação desses vírus no solo com contaminação do LF. Quando testadas em células HEp-2, nas amostras do EB e dos pontos 0, 30, 35 e 40m a presença de vírions foi determinada, enquanto nos pontos 30-1m e LF os HAdV não foram infectivos. Esses resultados permitem concluir que o sistema não foi eficiente para remover e/ou inativar HAdV. Por outro lado, pode-se afirmar que os HAdV são indicadores virais adequados para esse sistema, desde que mantida a metodologia aqui empregada. Uma amostra de EB foi positiva para RV (genotipos G1 e G2), resultado esse que não permite qualquer conclusão. Para o reuso da água residuária advinda desse sistema impõe-se a associação de processos de desinfecção para a eliminação de HAdV Abstract: Urban sewage treatment by an anaerobic process with overland flow system is a cheap alternative to reuse domestic effluents in agriculture. In this procedure, wastewater remains in an anaerobic pond for seven days, and then it is spilled from the top of a 40-meter extension slope covered with Tifton 85 (Cynodon sp) grass in order to surface flow and percolate until it reaches groundwater. The objective of this work is to determine if this procedure could be effective in removing and/or inactivating human adenoviruses (HAdV) and rotaviruses (RV) in a test unit in Limeira - SP, Brazil. Samples were collected every seven days from different spots in four sampling events totalizing one liter of wastewater. Sampling points were chosen at the raw sewage (EB), on the surface of the slope at 0, 10, 20, 30, 35 and 40 meters, and down one meter from the surface of the slope at the 30- and 35-meter points (30-1 and 35-1). Other points upslope were used at a distance of 2 meters (T1) and 0.5 meters (T2), beyond a 3-meter depth and 1-meter distant spot (LF). All samples were concentrated from a 1000 to 5000 times by filtration through electropositive microporous membrane followed by ultracentrifugation. HAdV detection was performed by both PCR and nested PCR. RV detection was accomplished by both RT-PCR and duplex semi-nested PCR. The positive samples for HAdV were inoculated in HEp-2 cells, and confirmation of the virions was performed by PCR. HAdV were detected in 29 of the 35 samples tested including in all samples both from the EB and from the surface of the slope. HAdV tested positive in the two T2, in one LF, and in the four samples underneath the slope. In HEp-2 cells HAdV virions were detected at the EB and at 0, 30, 35, and 40 meters on the surface of the slope. Spots 30-1 and LF were tested in HEp-2 cells, resulting negative to the presence of infective viral particles, although they tested HAdV positive. These results attest to the inefficiency of the proposed system of sewage treatment in removing and/or inactivating HAdV; however, maintaining the methodology used in this research, HAdV proves to be the appropriate viral indicator in this system. In relation to RV, no conclusions can be extracted since just one sample from the EB was RV-positive (G1 and G2 mixture). Finally, before reuse in agriculture, the effluents from the anaerobic pond should be disinfected to eliminate these viruses Mestrado Microbiologia Mestre em Genética e Biologia Molecular