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I molluschi bivalvi sono animali filtratori che possono accumulare nei loro tessuti anche microrganismi patogeni presenti nell'ambiente circostante (batteri, virus e parassiti), quest’ultimi possono causare uno stato di malattia che nei casi più servi può portare alla morte, evento percepita dal molluschicoltore come “mortalità anomala”. Negli ultimi anni è stato dimostrato come siano soprattutto fattori ambientali, quali variazioni di temperatura e salinità dell’acqua, a concorrere nel favorire l’indebolimento del mollusco a favore del patogeno. La mortalità anomala, dipende dall’cambiamento dei parametri sopra elencati, dalla concentrazione del patogeno e dallo stress dell’organismo, il quale diventa più sensibile ai diversi patogeni come i batteri o/e virus ed anche può causare una crescita batterica più rapida può così essere con-causa di alti tassi di mortalità. Lo stress può anche favorire lo sviluppo di agenti patogeni opportunisti che si trovano nella comunità batterica del mollusco o nell’acqua. L’oggetto principale di questa tesi di dottorato è l’indagine delle cause che hanno portato a diversi episodi di mortalità in molluschi bivalvi. Una parte di questi microrganismi è di difficile coltivazione in laboratorio a causa delle loro particolari esigenze, altri non sono coltivabili affatto. Da qui deriva la necessità di sviluppare nuovi metodi di analisi come la metagenomica in alternativa e complementari all’utilizzo di metodiche tradizionali come quelle istologiche e microbiologiche. Anche un approccio MALDI-TOF.