Der Diatomeenaufwuchs auf historischen Herbarbelegen submerser Wasserpflanzen kann als Indikator der früheren Nährstoffsituation herangezogen werden. Da in Fließgewässern keine geschichteten Sedimente für die stratigraphische Diatomeenanalyse vorhanden sind, stellt diese neue Methode oftmals die einzige Informationsquelle für den ehemaligen Qualitätszustand von Fließgewässern dar. Historische Diatomeenproben können zur Formulierung von Referenzzuständen von Fließgewässern beitragen, die für die Umsetzung der EU-Wasserrahmenrichtlinie benötigt werden.Bei der Recherche nach Herbarmaterial wurden 1742 historische Belege aus Fließgewässern in Bayern in 30 Sammlungen gefunden. Davon wurden 136 historische Proben aus neun Fließgewässern in Bayern ausgewertet, darunter die Flüsse Amper und Maisach. 457 rezente Proben aus 23 Fließgewässern in Bayern wurden untersucht, um die Diatomeengesellschaften verschiedener Substrate bezüglich floristischer Parameter zu vergleichen. Der Vorgang des Herbarisierens hatte keinen Einfluss auf die Struktur und Zusammensetzung der epiphytischen Diatomeengesellschaften. Zur Rekonstruktion der Wasserqualität wurden fünf Diatomeenindizes berechnet, die eine Abschätzung des Trophie- bzw. Saprobiezustands vornehmen, sowie das Verfahren der Hassediagrammtechnik und Kanonische Korrespondenzanalysen eingesetzt. Eine historische Regionalanalyse des Amper-Einzugsgebiets lieferte Informationen zur Siedlungs- und Wirtschaftsentwicklung. Für die Flüsse Amper und Maisach konnte eine geringere Belastung mit anorganischen Nährstoffen zu Beginn des 20. Jahrhunderts ermittelt werden. Epiphytic diatom communities on herbarium macrophytes were analyzed to reconstruct former nutrient conditions of running waters. As stratified sediments do not exist in lotic ecosystems, stratigraphic diatom analyses yield poor results. Therefore, this study provides a new method to reconstruct the former water quality of running waters and to estimate their reference state as required by the EU Water Framework Directive.A widespread search for historic herbarium specimens was performed on 30 collections resulting in a database with 1742 herbarium specimens of submerged macrophytes with provenance data from running waters in Bavaria, Germany. From this, 136 specimens were chosen to analyze the attached historic diatom communities. Recent diatom samples from different substrata were studied with respect to floristic similarity. Altogether 457 recent diatom samples from 23 rivers and streams in Bavaria, Germany, were analyzed, comprising epilithic, epiphytic and epibryic communities (i. e. epiphyton of Bryophyta). The comparative analysis of recent epiphyton samples and corresponding samples from herbarium macrophytes showed that the process of drying and pressing the macrophytes did not affect diatom community structure.In order to reconstruct historic water quality four different approaches were taken. First, diatom indices that assess trophic and saprobic state of running waters were applied to the historic diatom communities. Secondly, the Hasse diagram technique was used to rank historic samples according to descending water quality. Third, canonical correspondence analyses were carried out to directly compare taxonomic composition and abundance of recent and historic epiphyton to infer past environmental conditions. In the Amper River, the first canonical axis corresponded with the inorganic nutrient load, in particular total phosphorus. Historic samples from the beginning of the 20th century showed a considerably lower nutrient load. In the Maisach River, the first canonical axis corresponded with the nitrate content representing the most important environmental variable in this analysis. Historic samples were found at the lower end of the nitrate gradient. Fourthly, historical changes in settlement and industry in the Amper River catchment area were documented. The obtained information about the relative amounts of domestic and industrial sewage supported the results of the diatom analyses.