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Für die Brau- und Backwarenindustrie sind die Hefearten S. cerevisiae und S. pastorianus (ssp. S. carlsbergensis) essentielle Mikroorganismen für die Herstellung von Bier- und Backwaren. Zur Erstellung spezifischer Protein-Fingerprints werden häufig die ribosomalen Hefeproteine untersucht. Sie werden konstitutiv exprimiert und eignen sich daher gut für die Analytik [131]. Im Rahmen der vorliegenden Arbeit ist deshalb eine chemische Probenaufarbeitungsmethode entwickelt worden, mit der innerhalb von 25 Minuten Hefeproteine extrahiert werden und an der MALDI-TOF-MS gemessen werden können. Iterativ sind verschiedene Targets, Matrices sowie unterschiedliche Lösungsmittel- und Analyten-Verhältnisse getestet worden. In Kombination mit der entwickelten Probenaufarbeitung und der verwendeten Matrix a-Cyano-4-hydroxyzimtsäure wird das Probenmaterial im reverse thin layer Verfahren auf ein hochpoliertes Stahltarget aufgetragen. In einer notwendigen Adaption und Weiterentwicklung bereits etablierter diagnostischer Methoden wurden die Parameter an dem MALDI-TOF-MS angepasst. Die Messungen am MALDI-TOF-MS sind im positiven linearen Modus mit einem Nd/YAG Laser im Massenbereich von 2000,36-12999,34 Da durchgeführt worden. Durch die Kombination der mathematischen Verfahren PCA und SIMCA konnten die Protein-Fingerprints, der 11 Kulturhefestämme der Arten S. cerevisiae, S. pastorianus sowie der Fremdhefen S. diastaticus und Pichia membranifaciens, für eine Differenzierung der verschiedenen Wachstumsstadien eines Hefestammes genutzt werden. In Abhängigkeit von dem eingesetzten Nährmedium ist eine Differenzierung der Hefearten S. cerevisiae, S. pastorianus, S. diastaticus und Pichia membranifaciens auf Stammebene möglich gewesen. Auf Artebene war eine vollständige Differenzierung sowohl im SD-Medium und den Vollmedien möglich. Anhand spezifischer Protein-Fingerprints der Art S. cerevisiae konnten in weiteren Versuchen die beiden Prozessstufen der Stell- und Versandhefefermentation differenziert werden. Ebenfalls war eine Differenzierung der unterschiedlichen Erntehefen verschiedener Fermentationszyklen der Art S. pastorianus (ssp. carlsbergensis) möglich. Zur Überprüfung der Forschungsergebnisse wurde die etablierte molekularbiologische PCR-Methode mit spezifischen δ12/δ21-Primern angewendet., For the brewing and bakery industry, the yeast species S. cerevisiae and S. pastorianus (ssp. S. carlsbergensis) are essential microorganisms in the production process. For creating specific protein fingerprints, the ribosomal yeast proteins are often investigated. They are constitutively expressed and are therefore well suited for analysis [131]. In the present work, a chemical sample processing method for extracting yeast proteins within 25 minutes has been developed allowing measurement by MALDI-TOF-MS. Iteratively, various targets, matrices and different solvent and analyte ratios have been tested. In combination with the developed sample preparation and the used matrix a-cyano-4-hydroxycinnamic acid the sample material is applied on a highly polished steel target in the reverse thin layer process. In a necessary adaptation and further development of already established diagnostic methods, the parameters of the MALDI-TOF-MS were adapted. The measurements on the MALDI-TOF-MS were carried out in the positive linear mode with a Nd/YAG laser in the mass range of 2000.36-12999.34 Da. By combining the mathematical methods PCA and SIMCA, the protein fingerprints of the 11 strains of S. cerevisiae, S. pastorianus and the foreign yeasts S. diastaticus and Pichia membranifaciens could be used to differentiate the different growth stages of a yeast strain. Depending on the nutrient medium used, successful differentiation of the yeast species S. cerevisiae, S. pastorianus, S. diastaticus and Pichia membranifaciens has been possible at the strain level. At the species level, complete differentiation was possible in both synthetic defined media and full media. On the basis of specific protein fingerprints of the species S. cerevisiae, the two process stages of Stellhefefermentation and Versandhefefermentation could be differentiated in further experiments. It was also possible to differentiate the different harvest yeast samples of the various fermentation cycles of the species S. pastorianus (ssp. carlsbergensis). To verify the research results, the established molecular biology PCR method with specific δ12/δ21 primers was applied.

Die rechtzeitige Detektion von Tumorerkrankungen könnte in Zukunft die Möglichkeit erhöhen, Patienten effektiver und schneller zu heilen und so ihre Überlebenschancen zu erhöhen. Bisher gibt es für viele Tumorarten nicht die geeignete Diagnosemethode, um eine frühzeitige und spezifische Diagnose zu gewährleisten. Daher ist der Bedarf groß neue, schnelle sowie spezifische Methoden zu etablieren, mit denen es möglich ist, bereits aus Seren von Tumorpatienten potentielle Biomarker zu entdecken. Es ist auch von entscheidender Bedeutung, Biomarker für die Bestimmung der Art und des Stadiums der Tumorerkrankung zu identifizieren. Die Veränderung der Glykosylierung auf Zelloberflächen während der Entwicklung, Differenzierung und Erkrankung wird zunehmend als potentielle spezifische Biomarkerkandidaten für viele Krebsarten und Entzündungskrankheiten betrachtet. Borderline- Ovarialkarzinom Im Rahmen dieser Arbeit wurde das N-Glykosylierungsmuster von Borderline-Ovarialkarzinom-Patientinnen analysiert um herauszufinden, ob es mögliche Unter-schiede zwischen Ovarial (Ovca)- und Borderline-Ovarialkarzinom (BOT) Patientin-nen gibt. Zuerst wurde das IgG-Glykom unter Verwendung von Trypsin analysiert. Es konnten insgesamt sechs signifikante Glykopeptidstrukturen ermittelt werden, die in Kombination mit dem gängigen Biomarker CA-125 die beste Spezifität sowie Sensi-tivität aufweisen, um OvCa sowie BOT-Serenproben von gesunden Serenproben zu unterscheiden. Mit dieser Kombination war es möglich, alle BOT-Proben als krank zu klassifizieren. Es war aber nicht möglich, zwischen OvCa und BOT zu unterscheiden. Im nächsten Schritt wurde das N-Glykom des gesamten Serums von OvCa- und BOT Patientinnen mit ihren entsprechenden altersangepassten gesunden Kontrollen analysiert und verglichen. N-Glykane wurden selektiv mit dem Enzym PNGase F aus menschlichen Blutseren freigesetzt, isoliert und anschließend mittels MALDI-TOF-MS gemessen. Um alle N-Glykanstrukturen einschließlich diejenigen mit negativ geladenen Sialinsäuren, zu detektieren, wurden sie zuvor mit Methyliodid derivatisiert. Diese Derivatisierungsreaktion ermöglicht eine Messung im positiven Ionisations-modus. Ihre Strukturen wurden mit MALDI-TOF/TOF-MS Fragmentierungs-Analysen bestätigt. Die Arbeitsgruppe hat bereits einen Serum Biomarker namens GLYCOV spezifisch für OvCa entwickelt. Für BOT-Proben wurden auch die GLYCOV-Werte bestimmt. Allerdings war eine Differenzierung zwischen OvCa- und BOT nicht möglich. Ein neuer Wert, GLYCOV_B, wurde aus den statistisch signifikanten Strukturen in BOT etabliert, um diese Kohorte besser zu bestimmen und einzugrenzen. Mit dem neu berechneten Wert wurde keine einzige Probe als gesund eingestuft. Die Haupt-komponentenanalyse bestätigt nochmals, dass beide maligne Kohorten sich voneinander unterscheiden. Eine solche Klassifizierung wurde bisher noch nicht in der Literatur beschrieben. Kolonkarzinom Desweiteren wurde in dieser Arbeit das N-Glykosylierungsprofil aus Seren von Kolonkarzinom (CRC)-Patienten untersucht, um potentielle glykanbasierende Biomarker zu identifizieren. Diese Art von Tumorerkrankung gehört weltweit zu den führenden Todesursachen. Die Überlebenschancen steigen mit der frühzeitigen Erkennung um mehr als 90%. Daher sind robuste Biomarker mit hoher Empfindlichkeit sowie Spezifität sehr hilfreich. Nach der enzymatischen Freisetzung wurden die N-Glykane gereinigt, permethyliert und mittels MALDI-TOF-MS analysiert. Die signifikanten Strukturen wurden mit MALDI-TOF/TOF-MS bestätigt. In CRC Seren sind zwei monofucosylierte biantennäre Strukturen herunterreguliert, wohingegen zwei difucosylierte, mono- und diantennäre Strukturen und drei sialylierte monofucosylierte Strukturen hochreguliert sind. Aus den sieben bedeutenden Strukturen wurde ein sogenannter GlycoColon-Wert berechnet, der mit CEA, dem aktuellen Biomarker für Darmkrebs, verglichen wurde. Sowohl die Spezifität, als auch die Sensitivität der GlycoColon-Werte waren besser als die vom CEA Biomarker. Darüber hinaus konnte gezeigt werden, dass die Kombination von beiden Biomarkern eine Sensitivität von 92% und eine Spezifität von 96% liefert. In- Gel-Analytik Um eine schnelle und effiziente Methode zur Freistzung und Analyse von geringen Mengen an N-Glykanen zu etablieren, wurde die Detektion von In-Gel verdauten N-Glykanen durch die Zugabe von OGP, einem nichtionischen Detergens und der Nutzung von Anchorchip-Target mit D-Arabinosazon als Matrix verbessert. Es wurden drei verschiedene Modellproteine (RNase B, AGP und Fetuin) in SDS-PAGE-Gelen in Anwesenheit von OGP mit PNGase F verdaut. Mit dieser Optimierung konnte eine Nachweisgrenze von mindestens 10 pmol des Modellproteins bestätigt werden. Die MALDI-TOF-MS-Spektren mit höheren Signlintensitäten bestätigen, eine verbesserte Freisetzung und Extraktion von N-Glykanen aus im Gel verdauten Proteinen durch die Zugabe von OGP. Glykan- Mikroarrays für die serumbasierte N-Glykananalytik Die Mikroarraytechnologie, die eine schnellere und effizientere Analyse ermöglicht, wird zunehmend für neuartige diagnostische Anwendungen eingesetzt. Sie ist auch ein weitverbreitetes Glykomik-Werkzeug geworden, um biologische Fragen zu entschlüsseln. In dieser Studie wurden N-Glykane aus Seren isoliert, gereinigt und anschließend markiert. Die für die Mikroarray-Analyse benötigten optimalen Bedin-gungen wie Labelreagenz, Oberfläche und Bindungsprotokoll, wurden mithilfe von Glucoseoligomeren bestimmt. Es konnte gezeigt werden, dass anstelle des üblichen Labelreagenz 2AB, DAP-Glucoseoligomere viel effizienter an epoxyaktivierten Glasträgern binden. Danach wurden Seren von OvCa- Patientinnen und ihren entsprechenden alters-angepassten gesunden Kontrollen mithilfe von Glykan-Mikroarrays untersucht. Mannosestrukturen und komplexe N-Glykanstrukturen (Hex6HexNAc5Neu5Ac3-2AB (m/z 3764.6) und Hex5HexNAc4Neu5Gc2-2AB (m/z 3014.6)) wurden zuvor durch HPLC-Fraktionierung isoliert und auf epoxyaktivierte Glasträger gedruckt. Nachdem die Glykan- Mikroarrays mit Serum beschichtet wurden, wurde ein zweiter fluores-zierender Antikörper, der gegen Immunglobuline gerichtet war, angewendet. Die resultierenden Fluoreszenzsignale wurden unter Verwendung eines Fluoreszenz- scanners gemessen. Die Signalintensitäten von Highmannosen und Hex5HexNAc4-Neu5Gc2-2AB waren auf OvCa-Arrays signifikant stärker als auf den gesunden Arrays. Zusammenfassend kann gesagt werden, dass Anti-Highmannose- und Anti-NeuGc-Autoantikörper potentielle Serum-Biomarker für OvCa sind., Most cancerous tumors are detected at a late-stage because of the lack of suitable diagnostic methods to ensure an early and specific diagnosis. Therefore, there is a crucial need to establish new and rapid method that allows the early detection of neoplasia in the sera of tumor patients, which could offer the possibility to heal them faster and to increase their chances of survival. It is also of high interest to discover potential biomarkers that determine the type and stage of the tumor disease prior to invasive operations. Glycome changes during development, differentiation and disease are increasingly recognized as biomarkers that are specific for many types of diseases such as cancer and inflammatory diseases. Borderline ovarian cancer In this study, the serum N-glycosylation pattern of BOT patients was analyzed to find out, whether it was possible to differentiate between ovarian- and BOT patients at the serum level. At first, the IgG glycome was measured using tryptic glycopeptides, purified from serum using protein A. Six statistically significant glycopeptide structures were detected by MALDI-TOF-MS using SPSS analyses. The best specificity and sensitivity could be achieved with the combination of the common used biomarker CA-125 and the six different structures. With this combination, it was possible to classifiy all BOT samples as ill but it was not possible to distinguish between OvCa and BOT samples. In the next step, the N-glycome of total serum from OvCa, BOT and age-matched healthy controls were analyzed. N-glycans were selectively released with the enzyme PNGase F from human blood sera, isolated and subsequently measured by MALDI-TOF-MS. In order to detect all N-glycan structures including those with negatively charged sialic acid units, N-glycans were previously derivatized with methyl iodide. This derivatization reaction enables a measurement in positive ionization mode of all N-glycan structures. Their structures were confirmed by MALDI-TOF/TOF-MS fragmentation analysis. The working group has already developed a serum biomarker named GLYCOV for OvCa. GLYCOV values were determined for BOT samples but they failed to discriminate BOT from healthy controls. A new value, GLYCOV_B, was calculated from the statistical differences observed between BOT and healthy control samples. With the new calculated value, all BOTsamples were classified as borderline and none of them were classified as healthy. The principal component analysis makes clear that both disease cohorts differ from each other. Such a classification has not been previously described in the literature. Colon cancer Further, the N-glycosylation profile from sera of colon cancer patients was examined to identify potential glycan-based biomarkers. This type of neoplasia is among the world's third leading cause of death. Survival chances increase with early detection by more than 90%. Therefore, robust serum biomarkers with high sensitivity and specificity would be very helpful. After enzymatic release, N-glycans were purified, derivatized via permethylation and measured by MALDI-TOF-MS. Seven statistically significant structures were identified by SPSS analyses and their structures were confirmed by MALDI-TOF/TOF-MS. Two monofucosylated biantennary structures were down-regulated whereas two difucosylated mono- and diantennary structures and three sialylated monofucosylated structures were upregulated. A so-called GlycoColon value was generated from the seven significant structures, which was compared with CEA, the current biomarker for colorectal cancer. Both, specificity and sensitivity of GlycoColon values, were better than of CEA. In addition, when both biomarkers were combined together, the sensitivity reached 92% and the specificity 96%. In-gel N-glycan analysis To establish a rapid and efficient method to release and analyze minute amounts of N-glycans, the detection of in-gel digested N-glycans by MALDI-TOF was improved for model proteins by the addition of OGP, a non-ionic detergent, and by measurements on an Anchorchip target using D-arabinosazone as the matrix. Three different model proteins (RNase B, AGP and Fetuin) were digested in SDS-PAGE gels in the presence or absence of OGP. With this optimization, a limit of detection as low as 10 pmol of the model glycoprotein could be achieved. The addition of OGP enables an improved release and extraction of N-glycans from proteins stacked within the gel as the MALDI-TOF-MS spectra show structures with higher signal intensities. Glycan microarrays for serum-based diagnostics The microarray technology that enables faster and more efficient analysis is increasingly used for establishing novel diagnostic applications. In parallel, it has become a wide¬spread glycomics tool to unravel biological questions. In this study, N-glycans were isolated from human sources and subsequently labeled. The optimum label, surface and binding protocols were selected using glucose oligomers as model substances. It could be shown that, instead of the usual label 2AB, DAP glucose oligomers were binding to the surface of the slide much more efficiently. Thereafter, sera from OvCa patients and age- matched healthy controls were investigated with the microarray technology. High mannose N-glycans and complex-type N-glycanstructures (Hex6HexNAc5Neu5Ac3-2AB (m/z 3764.6) and Hex5Hex-NAc4Neu5Gc2-2AB (m/z 3014.6)) were isolated by HPLC fractionation. Slides were coated with glycans, serum was put on the slides and finally a secondary fluorescent antibody directed against immunoglobulins was applied. The resulting fluorescent signals were measured using a fluorescence scanner. The signal intensities of the high- mannose N-glycans and Hex5HexNAc4Neu5Gc2-2AB were significantly stronger on OvCa arrays than on healthy control arrays. In summary, anti-high-mannose and anti-NeuGc autoantibodies are potential serum biomarkers for OvCa.

We recently demonstrated that serum analysis using affinity based matrix assisted lazer desorption/ionization-time of flight mass spectrometry (MALDI-ToF mass spectrometry) is capable to distinguish between patients with early onset preeclampsia and matched controls (Pecks et al. 2010). We then aimed to evaluate the potential diagnostic value of this method in a multicentric setting. Additionally, we aimed to extend our analysis to late onset preeclampsia. A total of 126 serum samples of preeclamptic (60) and healthy pregnant women (66) were collected in four perinatal care centers. Serum analysis was performed as described previously using MALDI-ToF mass spectrometry.The findings of Pecks and Seidenspinner were confirmed by repeated measuring of their sample set. Established rules however displayed restricted applicability to center two, three and four since predefined cut off values failed at differing peak intensities. Standardizing intensities center wise by grouping peak intensities of preeclamptic and control patients provided applicability over all centers apart from center four, where no control patient data was available. Therefore, those samples were excluded from further analysis. Aiming to improve compatibility on the m/z axis respectively, internal calibration based on calculated masses from single and double charged transthyretin ([M+H]+: 13,762 Da; [M+H]2+: 6,881 Da) was introduced. Newly added modifications amended the pre-established analysis and sample classification resulted in a sensitivity of 87.8 % and a specificity of 74.2 %. Separate calculations solely for early onset preeclampsia bring forth a sensitivity of 90.6 % and specificity of 86.7 % and might explain the decline in our overall sensitivity/specificity versus values from Pecks and Seidenspinner. Our results imply that MALDI-ToF mass spectrometry serum-profiling together with center-wise standardization offers a robust method to classify preeclampsia from control samples over several centers. Furthermore, the score shows a tendency to increase in case of more severe conditions or poorly fetal outcome. Therefore, the six used peak ratios should be amended or substituted to use the MALDI-ToF mass spectrometry to full capacity for preeclampsia subclass investigation.

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