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National audience; The filamentous yeast Candida albicans is a benign member of the healthy human microbiota but can also turn into an opportunistic pathogen in immunocompromised patients. The morphological plasticity of C. albicans is a major virulence factor. Hyphae i.e. elongated multi-cellular invasive filaments, and unicellular ovaloid yeasts, respectively participate toinvasion and dissemination in the tissues and bloodstream. The reversible yeast-to-hypha phenotypic switches depend on the physicochemical properties of C. albicans environment, notably pH, temperature and growth factors. C. albicans also secretes farnesol, a quorum-sensing molecule that is involved in inhibiting hyphal induction.In contrast to the impact of chemical parameters, little is known about how mechanical forces affect the growth phenotype. To this end, we have developed dedicated microfluidic devices allowing both live-cell imaging and high-throughput experiments to quantify the impact of compressive stress on the yeast-to-hypha transition. The principle of our devices isbased on the emergence of growth-induced pressure when cells proliferate in confined space.Using these devices, we observed expression of the hyphal-specific gene HWP1 under small compressive stress intensities. Yeast-to-hypha transition probability in the confined population seems modulated by the concentration of secreted farnesol and cell-division rate under pressure. To describe the local accumulation of farnesol in the dense population, wepropose a theoretical model of 1D advection-diffusion in a porous medium, based in particular on the Kozeny-Carman approximation. The results obtained suggest a significant underestimation of the hydrodynamic resistance of the porous material. This limitation opens new questions about the transport in a porous environment, composed of deformable and growing yeasts. The model predicts the temporal dynamics when advection is effective. Our results suggest that, taking inhibition into account, the efficiency of induction by pressure is as strong as a known inductive stress such as the addition of serum at 37°C.Single-cell characterization of HWP1 gene expression suggests a regulated mechanism during induction that compensates for biophysical pressure limitation. Single-cell reporter expression also showed that higher compressive stress values (hundreds of kPa) limits hyphal-growth maintenance. In contrast, observation of hyphae in a second uncompressed chamber showed that hyphal epigenetic program is maintained upon mechanical relaxation. Together, the results of this thesis suggest that growth-induced pressure promotes phenotype change in C. albicans, and that this transition is stable. These results pave the way for the investigation of the mechanical regulation of the yeast-to-hypha transition and its link with the pathogenicity of C. albicans.; La levure filamenteuse Candida albicans est un membre bénin du microbiote chez l'humain en bonne santé. Cependant, cet organisme peut devenir un pathogène opportuniste, particulièrement chez les patients immunodéprimés. La plasticité morphologique de C. albicans est un facteur majeur de sa virulence. Les hyphes, de longs filaments multicellulaires et invasifs, et les levures unicellulaires de forme ovaloïde, supportent respectivement l'invasion et la dissémination dans les tissues et le système sanguin. La transition de phénotype réversible levure-vers-hyphe dépend de multiples paramètres physico-chimiques de l'environnement de Candida, notamment le pH, la température et des facteurs de croissance. C. albicans sécrète également du farnésol, une molécule de quorum-sensing qui est impliquée dans l'inhibition de l'induction hyphale. Contrairement à l'impact des paramètres chimiques, la manière dont les for! ces mécaniques peuvent affecter le phénotype adopté reste peu renseignée. Nous avons utilisé des dispositifs microfluidiques permettant l'imagerie de cellules vivantes et des expériences à haut débit afin de quantifier l'impact de contraintes compressives sur la transition levure-hyphe. Le principe de ce dispositif repose sur l'émergence de la pression induite par la croissance des cellules sous confinement spatial. En utilisant ces dispositifs, nous avons observé l'expression d'un gène spécifique à la croissance hyphale (HWP1) sous de faibles intensités de forces compressives. La probabilité d'induction levure-hyphe dans la population confinée semble modulée par la concentration de farnésol sécrété, et par le taux de division sous pression. Pour décrire l'accumulation locale de farnésol dans la population dense, nous proposons un modèle théorique d'advection-diffusion 1D en milieu poreux reposant notamment sur l'approximation de Kozeny-Carman. Les ! résultats obtenus suggèrent une sous-estimation importante de la résistance hydrodynamique du poreux. Cette limitation ouvre de nouvelles questions sur le transport dans un poreux constitué de levures déformables et en croissance. Le modèle prédit la dynamique temporelle lorsque l'advection est efficace. Nos résultats suggèrent qu'en dehors de toute inhibition, l'efficacité d'induction par la pression est aussi forte qu'un stress inductif connu tel que l'addition de sérum à 37°C. La caractérisation de l'expression du gène HWP1 en cellule-unique suggère que la dynamique d'induction est régulée et compense la limitation biophysique de la pression. En parallèle, la maintenance du programme épigénétique hyphal semble limitée sous plus forte pression (centaine de kPa) via un ralentissement de la croissance. En revanche, la croissance hyphale est maintenue lorsque les hyphes accèdent à un second compartiment permettant la relaxation mécanique. Ensemble, ! les résultats de cette thèse suggèrent que la pression induite par l! a croissance confinée favorise le changement de phénotype chez C. albicans et que cette transition est stable. Ces résultats ouvrent la voie à de nouvelles investigations sur la régulation par la mécanique de cette transition et son lien avec la pathogénicité de C. albicans.

Calvados is a Normandy brandy made by the distillation of cider. Ciders destined for distillation resultfrom spontaneous fermentation without any human intervention, leading to various interactions between thedifferent microbial communities. At the end of alcoholic fermentation, glycerol produced can be degraded andconverted to 3-hydroxypropionaldehyde (3-HPA) by Lactobacillus collinoides via the glycerol dehydrataseenzyme encoded by the pdu operon. During distillation, dehydration of 3-HPA to acrolein leads to organolepticdisorders, developing a bitterness taste in calvados known as “piqûre acroléique”. The first objective of this thesiswas to unveil the diversity of ten ciders for distillation during fermentation using a high throughput sequencing(16S, ITS1) approach and to establish links between microbial composition and aromatic quality. This approachallowed us to identify more than 40 bacterial and fungal and significant differences were found among fungal andbacterial populations between producers during the fermentation process, suggesting that the practices lead to thetypicity of cider, and therefore to the typicity of calvados. The study of the microbial composition was correlatedwith the aromatic composition of ciders for distillation during the fermentation process and of the micro-distillates.Three groups of microbial dynamics and compositions, directly related to the producers, were observed leading todifferent aromatic compositions. A comparative analysis of eight genomes of Lactobacillus collinoides strainsisolated from the ciders according to the different metabolisms associated with fermentation as well as on theability of the strains to metabolize glycerol was performed. Two types of operon pdu were highlighted and thisgenetic variability between L. collinoides strains suggests different abilities for glycerol degradation. Anexperimental design (D-optimal) by varying 6 factors (glucose, fructose, nitrogen, ethanol, malic acid, pH) wasdeveloped to study the metabolism of glycerol in these strains. 3 genetic and metabolic profiles were identified. L.collinoides strains with operon type I are always able to degrade glycerol, contrarily to those harbouring the operonof type II. This work opens up interesting perspectives regarding the presence and physiology of L. collinoidesduring the development of cider and its involvement in the “piqûre acroléique”., Le calvados est une eau-de-vie obtenue par distillation du cidre. Le cidre de distillation résulte d’une fermentation naturelle spontanée non maîtrisée, qui permet toutes les interactions possibles entre les différentes communautés microbiennes. En fin de fermentation alcoolique, le glycérol produit peut être dégradé et converti en 3-hydroxypropionaldehyde (3-HPA) par Lactobacillus collinoides via l’enzyme glycérol déshydratase codée par l’opéron pdu. Lors de la distillation, la déshydratation du 3-HPA en acroléine entraîne des désordres organoleptiques connus sous le nom de piqûre acroléique en développant un goût d’amertume dans les calvados. Ces travaux de thèse ont eu pour premier objectif d’apporter une réelle nouveauté dans l’étude de la diversité de dix cidres de distillation normands lors de la fermentation par une approche de métagénomique et d’établir des liens entre la composition microbienne et la qualité aromatique. Cette approche a permis de mettre en évidence plus de 40 genres bactériens et fongiques et des différences significatives ont été constatées au sein de ces populations entre les cidres des différents producteurs au cours du processus de fermentation, suggérant que les pratiques d’élaboration mènent à une typicité du cidre et donc à celle du calvados. L’étude de la composition des communautés microbiennes en lien avec la composition aromatique des cidres de distillation et celle des micro- distillats a été effectuée. Trois groupes de dynamiques et compositions microbiennes, directement liées aux producteurs, émergent conduisant à des compositions aromatiques différentes. L’analyse comparative de huit génomes de souches de Lactobacillus collinoides isolées à partir de cidres de distillation portant sur les métabolismes associés à la fermentation et sur la capacité des souches à métaboliser le glycérol a été effectuée. Deux types d’opéron pdu se profilent et cette variabilité génétique observée entre les souches de L. collinoides suggère des capacités différentes de dégradation du glycérol. Un plan expérimental (D-optimal) faisant varier 6 facteurs (glucose, fructose, azote, éthanol, acide malique, pH) a été élaboré pour étudier le métabolisme du glycérol chez ces souches. Trois profils génétiques et métaboliques ont pu être mis en évidence. Les souches de L. collinoides possédant l’opéron de type I sont toujours capables de dégrader le glycérol, contrairement à celles porteuses de l’opéron de type II. Ces travaux ouvrent des perspectives intéressantes quant à la présence et la physiologie de L. collinoides lors de l’élaboration du cidre et son implication dans la piqûre acroléique.

The use of yeasts in industry is inseparable from their ability to be produced and dehydrated. This dehydration process causes various dysfunctions in yeast cells that affect their functionality and viability. In order to protect yeasts from dehydration, food additives are often used as emulsifiers and antioxidants. However, yeasts are able to produce naturally protective substances, such as glutathione (GSH) and trehalose (TRE). In this context, three non-Saccharomyces (NS) strains, belonging to the different genera and species Torulaspora delbrueckii, Metschnikowia pulcherrima and Lachancea thermotolerans, were studied in this thesis. Despite the great interest aroused by their multiple agro-food applications, their dehydration resistance mechanisms associated with the synthesis of GSH and TRE, are currently unknown. This study is ultimately aimed at the formulation of new NS yeast dried strains without any food additives. In a first chapter, the impact of the “reference yeast” Saccharomyces cerevisiae dehydration in a pre-pilot fluidized bed has been correlated with the synthesis of GSH and TRE. It was possible to modulate the culture medium composition in order to optimize cell preservation before, during and after dehydration. In a second chapter, the previously defined conditions were applied to NS yeasts strains in order to understand the effects of dehydration on their microbial functionality. This study demonstrated that GSH plays an important role in NS yeasts protection, depending on the culture and dehydration conditions. In a third chapter, some oxidation resistance phenomena of the three NS strains were studied. It was clearly demonstrated that the susceptibility of cells to oxidative attack was dependent on culture-dehydration conditions and was yeast strain-dependent. Finally, in a fourth chapter, an in-depth biochemical study of the most dehydration-sensitive yeast strain, L. thermotolerans, was performed by synchrotron FTIR micro-spectroscopy. Cells grown in GSM (medium favoring the production of GSH), besides showing a better viability, showed a greater intensity in the spectral bands of lipids CH2 and CH3, associated with the plasma membrane fluidity. In addition, TSM grown cells (TSM is a medium favoring the production of TRE) exhibited a higher protein denaturation, suggested by the intensity of β-sheet peaks, and C=O (lipid oxides) bands correlated with lipid peroxidation. These data can explain the decreased of viability of this strain during production-dehydration process. The fundamental knowledge acquired in this study will be useful to obtain new dehydrated yeast strains without additives and with high performance. It will be useful also to improve the formulation and dehydration methods currently used in industry., L'utilisation des levures en industrie est indissociable de sa transformation à l'état déshydraté. Le procédé de séchage provoque un certain nombre de dysfonctionnements dans les cellules de levure qui affectent leur fonctionnalité et leur viabilité. Afin de protéger les levures au cours de la déshydratation, des additifs alimentaires sont souvent utilisés comme les émulsifiants et les antioxydants. Cependant, les levures sont capables de produire naturellement des substances protectrices, telles que le glutathion (GSH) et le tréhalose (TRE). Dans ce contexte, trois souches non-Saccharomyces (NS) appartenant aux genres et espèces Torulaspora delbrueckii, Metschnikowia pulcherrima et Lachancea thermotolerans ont été étudiées. En effet, malgré leur intérêt pour de multiples applications agro-alimentaires, leurs mécanismes de résistance à la déshydratation associés à la synthèse de GSH et de TRE sont à l’heure actuelle méconnus. Cette investigation peut permettre à terme la formulation de nouvelles souches de levure NS sous forme sèche, sans aucuns additifs. Dans un premier chapitre, l’impact de la déshydratation de la levure « modèle » Saccharomyces cerevisiae en lit fluidisé pré-pilote a été corrélé à la synthèse du GSH et du TRE. Ainsi, il a été possible d’élucider les effets de la modulation de la composition du milieu de culture afin d'optimiser la conservation des cellules avant, pendant et après la déshydratation. Dans un deuxième chapitre, les conditions précédemment définies ont été appliquées aux levures NS afin de comprendre les effets de la déshydratation sur leur fonctionnalité. Cette étude a démontré que le GSH joue un rôle important dans la protection des levures NS, en fonction des conditions de culture et de déshydratation utilisées. Dans un troisième chapitre, certains phénomènes de résistance à l'oxydation des trois souches NS ont été étudiés. Il a été clairement démontré que la sensibilité des cellules à l’attaque oxydante dépend des conditions de culture-déshydratation et est inhérente à la souche étudiée. Enfin, dans un quatrième chapitre, une étude approfondie au niveau biochimique de la souche de levure la plus sensible, L. thermotolerans, a été réalisée par la micro-spectroscopie infrarouge avec rayonnement synchrotron. Les cellules cultivées en GSM, milieu favorisant la synthèse du glutathion, en plus de présenter une meilleure viabilité, montrent une plus grande intensité dans les bandes spectrales des lipides CH2 et CH3, associées à la fluidité de la membrane plasmique. Par ailleurs, les cellules cultivées en milieu TSM, milieu favorisant la synthèse du tréhalose, présentent une dénaturation plus élevée des protéines marquée par une intensité plus élevée des pics de feuillet β, et une intensité plus élevée des groupements C=O (oxydes lipidiques) corrélée à la peroxydation lipidique. Ces deux phénomènes expliquent la diminution de la viabilité obtenue sur cette souche lors de sa déshydratation. Les connaissances fondamentales acquises dans le cadre de cette étude seront utiles pour obtenir de nouvelles souches de levures déshydratées sans additifs et à hautes performances. Elles contribuent également à l’amélioration des méthodes de formulation et de déshydratation actuellement utilisées en industrie.

This study aims to identify yeasts from commercial attiéké.This descriptive cross-sectional survey involving 103 samples of attiéké sold on the market from August to September 2017. It was conducted from the mycology laboratory of the Institut Pasteur of Côte d'Ivoire. The samples were seeded on YGC medium. The colonies of positive culture were counted and seeded again on chromogen medium. Identification of yeasts species was carried out by MALDI-TOF mass spectrometry (Vitek MS bioMérieux).As a whole, 63 samples were contaminated with fungi i.e. an overall prevalence of 61.1 %. Fifty-nine of yeasts were identified i.e. 57.2 %. Candida rugosa was most frequently isolated (62.7 %), followed by Ccandida albicans (8.5 %), Candida krusei (8.5 %) et Candida tropicalis (8.5 %). Geotrichum candidum represented 6.8 % isolated yeasts. The yeast average load is 10,124×10The contamination of attiéké by yeasts is a reality. C. rugosa was most frequently isolated. It would be necessary to investigate the food chain to determine the source of contamination.

The aim of this study is to determine the prevalence and the fungi involved in onychomycosis located on fingers in Abidjan.This study includes the sellers of cooked cassava semolina served with fried tuna fish called "garba". Fines squames specimen was processed with 30% KOH for a direct microscope examination. Serous collection were done in physiological serum. Part of the original sample was cultured on Sabouraud medium with antibiotics (chloramphénicol, actidione). Species distribution and antifungal susceptibility by the technique on agar were noted.A total of 205 male sellers were involved. The Onychomycosis prevalence was 6.3%; (95% CI : 3.6-10.3). Five species of yeasts were identified. Candida spp were the most frequent (84.6%) and Candida albicans represented 30.8% of isolated yeasts. Trichosporon cutaneum were isolated in two case (15.4%). Susceptibility for amphotericin-B was 92.3% contrary to 5-fluorocytosine 30.8%. The subjects aged between 15 to 24 (69.2%), with a higher seniority (84.6%) and illiterate (69.2%) were the most affected. The main risk factors of fungal infections were the presence of previous fingernail onychomycosis (P0.0001) and the frequent fingernail cutting (P=0.0009).Onychomycosis caused by yeast is infrequent among "garba" sellers in Abidjan. The main fungi involved in fingernail onychomycosis were Candida species. It is nevertheless necessary to implement sensitization for them on contributing factors.

International audience; In Beyond Nature and Culture, based on a dichotomy between interiority and physicality considered as universal, Philippe Descola defines four schemes of thought which allow us to account for all past and present societies’ cosmologies : naturalism, animism, totemism and analogism, wherein naturalism is peculiar to the Moderns, and therefore to Western scientists. This article, based on a several-year observational study in a genetics and cell biology laboratory of the relations between biologists and their object of study, the yeast Saccharomyces cerevisiae, aims to question the relevance of these Descolian categories in accounting for scientific practices. By analyzing the type of human/non-human relationship established in the laboratory space, it is indeed possible to show that biologists actually use analogies to establish continuities, where naturalism posits continuity as a precondition for the production of knowledge about living things. Yet is this passage from naturalism to analogism fully satisfying ? We then hypothesize that scientists are profoundly relationalists.; Dans Par-delà nature et culture, Philippe Descola définit, à partir d’une dualité intériorité/physicalité qui serait universelle, quatre schèmes de pensée permettant de rendre compte de l’ensemble des cosmologies des sociétés passées et présentes : le naturalisme, l’animisme, le totémisme et l’analogisme, le naturalisme étant le schème propre aux Modernes et donc aux scientifiques occidentaux. Cet article, fondé sur une observation de plusieurs années des relations entre biologistes et leur objet d’étude, la levure Saccharomyces cerevisiae, au sein d’un laboratoire de génétique et de biologie cellulaire, a pour vocation de questionner la pertinence des catégories descoliennes pour décrire les pratiques scientifiques. En analysant le type de relations instaurées entre humains et non-humains dans l’espace du laboratoire, il est en effet possible de montrer que les biologistes usent en fait d’analogismes pour établir des continuités, là où le naturalisme pose la continuité comme préalable à toute connaissance sur le vivant. Mais ce passage du naturalisme à l’analogisme est-il pleinement satisfaisant ? Nous faisons alors l’hypothèse de penser les scientifiques comme étant relationnistes.

La production de « bioénergies » représente un défi important pour réduire les impacts environnementaux liés aux combustibles fossiles et accroitre l'indépendance énergétique. Cet article présente un état des lieux de la production de biocarburants (éthanol, lipides et hydrogène) par conversion de ressources lignocellulosiques par des levures ou des bactéries (conversion algale non traitée). Les étapes de prétraitements et hydrolyse nécessaires à l’obtention de substrats carbonés liquides et gazeux sont présentés et discutés. Cette revue montre les limites scientifiques et technologiques de cette conversion i.e. teneur initiale en carbone faible, génération d’inhibiteurs, limitations aux transferts gaz-liquide, faibles rendements en produits à partir du carbone initial. Les projets actuels s’intéressent au développement de souches génétiquement modifiées et de bioprocédés innovants pouvant ouvrir de nouvelles opportunités de production. La valorisation (matière et chaleur) et le recyclage des sous-produits contribueront à la viabilité économique et environnementale de la voie lignocellulosique de production d’agro-carburants., The production of bioenergies represents an important challenge to reduce environmental impacts linked to fossil fuels and to increase energetic independence. This article proposes an overview of biofuels’ production (ethanol, lipids and hydrogen mainly) by converting lignocellulosic resources using yeasts or bacteria (algal conversion is not considered). Both pretreatment and hydrolysis steps used to obtain liquid and gaseous substrates are presented and discussed. This review shows the scientific and technological bottlenecks of this conversion i.e. initial low carbon content, generation of inhibitors, limitations to gas-liquid transfers, low yields of products from the initial carbon. Current projects and prospects focus on the development of genetically modified strains and innovative bioprocesses that can offer new production opportunities. Matter and heat valorizations and recycling of by-products will contribute to the economic and environmental viability of the lignocellulosic pathway for the production of biofuels.

Endodontic infections are characterized by their microbial polymorphism with the presence of pathogenic agents such as bacteria. The aim of this study was to investigate the presence of yeast in the root canals of teeth with pulp necrotic with or without apical periodontitis and to study the sensibility of these at disinfection at sodium hypochlorite to 2.5 %.Root canal samples, taken with paper points before and after disinfection with sodium hypochlorite dosed at 2.5 % on 50 single rooted teeth in 38 patients, were seeded in petri dishes containing Sabouraud Chloramphenicol (SC) (Conda Laboratories, Madrid). These stains were incubated in an incubator at 37°C for 48hours. The presence of yeast was confirmed by white colonies on the entire circumference of the tip paper. The identification of species was done by macroscopic and microscopic examinations associated with Blastese test.The yeast colonies were isolated from 7 teeth (14 %) out of 50. All positive samples were from teeth with an open necrotic pulp (P0.001). The only species found was Candida albicans. Immediate disinfection with sodium hypochlorite at 2.5 % did not show a complete elimination of yeasts.The results of this study show that the canal of necrotic teeth with or without apical periodontitis may shelter yeasts even after immediate disinfection with sodium hypochlorite 2.5 %.

Conditioning unit's dates generate large amounts of wastage after sorting. This biomass, previously regarded as waste product with a high impact on the environment can be transformed into a highly valued product. The use of by-products of date fruit into biofuel industry is a part of an environmentaly friended economic process. But high levels of sugars in the syrups of dates induce high osmotic pressure which limits the ability of fermentative microorganisms such as Saccharomyces cerevisiae. This led us to use osmotolerant strains, Zygosaccharomyces rouxii and Candida pelliculosa. Various tests were conducted in culture media containing date juice at different levels in sugars, and perfectly stirred in batch conditions. The tests performed in a culture medium based on date juice at 17.4 ° Brix, led to the production of 63 g L-1, 41 g L-1 and 33.1 g L-1 of ethanol for the yeasts Saccharomyces cerevisiae, Candida pelliculosa and Zygosaccharomyces rouxii, respectively. Tests conducted at 35.8 °Brix (culture medium close to syrup raw dates) show that the growth of yeast Saccharomyces cerevisiae and Candida pelliculosa is inhibited by high osmotic pressure caused by the high concentration of sugars. Only the xerotolerante yeast Zygosaccharomyces rouxii is adapted to the environment and produced 55 g L-1 of bioethanol. The strain isolated from by-products of dates, identified as bacillus amyloliquefaciens, is able to develop in a hyper-osmotic environment and convert the three sugars (glucose, fructose and sucrose) into ethanol, unlike Z. rouxii which is a fructophilic strain. The yield of ethanol for the M-S175 is 0.45 g.g-1, higher than those of S. cerevisiae, C. pelliculosa and Z. rouxii which give respectivemnt 0.38, 0.28 and 0.34 g.g-1. By producing 90 g.L-1 of ethanol for M-S350, B. amyloliquefaciens seems promising to valorize a very rish substrate in fermentable sugars., Les unités de conditionnement des dattes génèrent des quantités importantes de déchets issues des écarts de triage. Cette biomasse, considérée jusqu'alors comme un déchet avec un impact sur l'environnement peut être transformée en produit à haute valeur ajouté. La valorisation des sous-produits de l'industrie des dattes en biocarburant s'inscrit dans une démarche économique et environnementale. Mais les fortes teneurs en sucres dans les sirops de dattes induisent une forte pression osmotique qui limite la capacité fermentaire des micro-organismes tel que Saccharomyces cerevisiae. Ceci nous a conduit à utiliser des souches osmotolérantes comme Zygosaccharomyces rouxii et Candida Pelliculosa. Différents essais ont été menés dans des milieux de culture à base de sirop de dattes, à différentes teneurs en sucres, en milieu discontinue et parfaitement agité. Les essais menés dans un milieu de culture à base de jus de dattes à 17,4 °Brix, conduisent à la production d'éthanol aux concentrations de 63 g L-1, 41 g L-1 et 33 g L-1 respectivement pour les levures Saccharomyces cerevisiae, Candida Pelliculosa et Zygosaccharomyces rouxii. Les essais menés dans le milieu à 35,8 °Brix (milieu de culture se rapprochant le plus des sirops de dattes brutes) montrent que la croissance des levures Saccharomyces cerevisiae et Candida Pelliculosa est inhibée par la pression osmotique élevée causée par la haute concentration en sucres. Seule la levure xérotolérante Zygosaccharomyces rouxii s'est adaptée au milieu en produisant 55 g L-1 de bioéthanol. La souche isolée des sous-produits de des dattes comme étant un Bacillus amyloliquifaciens est une souche allochtone capable de se developper dans un milieu hyper-osmotique et convertir les trois sucres (glucose, fructose et saccharose) en éthanol, contrairement à Z. rouxii qui est une souche fructophile. Le rendement en éthanol de B. amyloliquefaciens pour le milieu M-S175 est de 0,45 g.g-1, bien supérieur à ceux de S. cerevisiae, C. pelliculosa et Z. rouxii qui donnent respectivemnt 0,38, 0,29 et 0,34 g.g-1. En produisant 90 g.L-1 d'éthanol pour le milieu M-S350, B. amyloliquefaciens nous semble prometteuse pour valoriser un substrat très riche en sucres fermentescible.

Yarrowia lipolytica belongs to a group of yeasts that have diverged very early from most other hemiascomycetous yeasts. This yeast is able to use various hydrophobic substrates as unique carbon source and to synthesize new free fatty acid from non hydrophobic compounds. These characteristics make Y. lipolytica a known oleaginous model for the lipid metabolism survey of yeasts. Its oleaginous capacity is facilitated by protein family expansions that occurred across evolution after the divergence of the Yarrowia clade. Indeed, among 190 genes involved in the lipid metabolism in Y. lipolytica, more than 67% are grouped into 30 multigenic families with up to 16 members in the lipase family. The recent sequencing of 5 genomes within the Yarrowia clade enabled to compare their gene content. The study of gene families of the lipid metabolism allowed to highlight the evolutionary mechanisms involved in this clade. All the functions necessary to lipid metabolism are present in all species studied with at least one gene per family even for species that have 500 to 1,000 fewer genes than Y. lipolytica. These species are also found to be all oleaginous through physiological studies. The observed gene families derive from multiple gene duplications of which each copy evolves independently by different processes of sub- or neofunctionalisation, fixation, pseudogenization or loss. Contractions and expansions of protein families, gene expression, synteny and relative localisation of genes in the genome were investigated. More particularly, the selection pressure acting on these gene families was compared with those acting on the rest of the genome. The combination of these approaches, physiology, genomics and transcriptomics, has improved the comprehension of the lipid metabolism, its evolution and gene regulation within a clade of oleaginous yeasts.; Yarrowia lipolytica appartient à un groupe de levures qui a divergé très tôt dans l'arbre des hémiascomycètes. Cette levure est capable d'utiliser, comme seule source de carbone, des substrats hydrophobes très variés et est capable de synthétiser de nouveaux acides gras libres à partir de composés non hydrophobes. Ces caractéristiques font de Y. lipolytica un modèle de levure hémiascomycète pour l'étude du métabolisme des lipides. Sa capacité oléagineuse est facilitée par l'expansion de familles de protéines ayant eu lieu au cours de l'évolution après la divergence du clade Yarrowia. En effet, parmi les 204 gènes impliqués dans le métabolisme des lipides dans Y. lipolytica, plus de 67% sont regroupés dans 30 familles multigéniques avec un maximum de 16 membres pour la famille de la lipase. Le récent séquençage de génomes 5 dans le clade Yarrowia a permis de comparer leur contenu génétique. L'étude des familles de gènes du métabolisme des lipides a permis de mettre en évidence les mécanismes impliqués dans l'évolution de ce clade. Toutes les fonctions nécessaires pour le métabolisme des lipides sont présentes dans toutes les espèces étudiées, avec au moins un gène par famille, même pour les espèces qui ont de 500 à 1000 moins de gènes que Y. lipolytica. Ces espèces se sont d'ailleurs révélées être toutes oléagineuses, grâce à des études physiologiques. Les familles de gènes observées proviennent de multiples duplications de gènes dont chaque exemplaire évolue indépendamment par différents processus de sub- ou neofonctionalisations, fixations, pseudogénisations ou pertes. Les contractions et expansions de familles de protéines, l'expression des gènes, la synténie et la localisation relative des gènes dans le génome ont été étudiés. Plus particulièrement, la pression de sélection agissant sur ces familles de gènes a été comparée à celles agissant sur le reste du génome. La combinaison de ces approches, physiologie, génomique et transcriptomique, a permis d'améliorer la compréhension du métabolisme lipidique, de son évolution et de la régulation des gènes dans un clade des levures oléagineuses.

International audience; Onychomycosis represents about 50% of ungueal pathology. Dermatophytes (especially Trichophyton rubrum and Trichophyton interdigitale) are the main species involved in tinea pedis. Yeasts of the Candida (Candida albicans, Candida parapsilosis,…) genus are predominant on hands and very often associated with ungueal disease and perionyxis. Fungi other than the classic dermatophytes and yeasts can be rarely isolated from nail diseases. Among them, species belonging to Scopulariopsis, Aspergillus and Fusarium genus are mainly found, but their involvement in the disease must be proved. Other fungi, presenting a special affinity to keratin (pseudodermatophytes), such as Neoscytalidium dimidiatum (ex Scytalidium dimidiatum) from tropical and subtropical areas and Onychocola canadensis from Northern America and Europe, are considered as real pathogens in nail diseases. A multidisciplinary approach, including clinicians and biologists, is required to confirm the mycosis. This comparative review emphasizes the importance of histological examination, as well as molecular approaches, which are very contributive to the diagnosis of onychomycosis. The role of the laboratory is to identify at the species level the fungus isolated from nail scrapings and to show its involvement in the ungueal lesions.; Les onychomycoses représentent environ 50% des causes de pathologie unguéale. Les dermatophytes (notamment Trichophyton rubrum et Trichophyton interdigitale) sont les principaux agents isolés au niveau des pieds. Les levures du genre Candida (Candida albicans, Candida parapsilosis,…) prédominent aux mains, associées le plus souvent à un périonyxis. En dehors des classiques dermatophytes et des levures, d’autres champignons sont parfois isolés d’ongles pathologiques. Parmi eux, on trouve surtout des espèces appartenant aux genres Scopulariopsis, Aspergillus et Fusarium, dont le pouvoir pathogène doit être précisé. D’autres moisissures ayant une affinité particulière pour la kératine (pseudodermatophytes) sont considérées comme de vrais pathogènes. Il s’agit d’espèces issues de régions tropicales ou subtropicales comme Neoscytalidium dimidiatum (ex Scytalidium dimidiatum) ou de pays tempérés ou froids comme Onychocola canadensis qui est impliqué dans des onyxis des pieds chez le sujet âgé. Une approche pluridisciplinaire, clinico-biologique, est nécessaire pour confirmer la mycose et identifier l’espèce en cause. Cette revue comparative des différentes méthodes de diagnostic souligne l’intérêt de l’examen histologique de l’ongle, ainsi que celui des techniques de biologie moléculaire, qui s’avèrent très contributives au diagnostic d’onychomycose. L’interprétation des résultats s’efforcera de démontrer que le champignon isolé du prélèvement d’ongles pathologiques est bien à l’origine des lésions.

Cereal products (soft and hard wheat) are a basic staple food in the Moroccan diet. A total of 60 samples of two types of wheat flours used for human consumption were collected; 30 samples among this collection were obtained from various households using Moroccan varieties of wheat produced in traditional flour mills. The rest of the samples were purchased from retail wheat flour sources in the Rabat and Sale city markets. Standard plate counts (SPC), total and faecal coliforms, Clostridium, Salmonella spp., Shigella spp., Staphylococcus aureus, Listeria monocytogenes, yeast, lactic acid bacteria, and molds, were carried out to assess the microbiological quality of wheat flour. Microbiological interpretation of the criteria was performed according to standards implemented by the Codex Alimentarius Commission. Most frequent counts, in traditional and industrial wheat flour, were total aerobic mesophilic bacteria with an average 4 × 104 and 2.5 × 104 cfu/g, respectively. The results showed higher coliform and fungi counts in house than in commercial samples. Pathogenic flora as Salmonella spp., Shigella spp., S. aureus, L. monocytogenes, and Clostridium were not detected in all investigated samples. Bacterial strains isolated from both flours belong to the following genera: Enterobacter spp., Serratia spp., Klebsiella spp., Pantoea spp., Leclercia spp., Proteus spp. The most frequent genus of the investigated isolates was Aspergillus (81 %). Microbial counts were lower than the limit laid down in the Codex Alimentarius, attributing to these flours a satisfactory microbiological quality.

Study of the taxonomy and the biological activity of the actinomycete strain PAL111 against several pathogenic and toxigenic microorganisms for humans, and resistant to many antibiotics.The taxonomic study of isolate PAL111 is carried out on the basis of phenotypic and molecular characteristics. The tests against the pathogenic microorganisms are realized on ISP-2 and Bennett media. The kinetics of antibiotic production was investigated on ISP-2 medium. The antibiotic is highlighted by bioautography and chemical revelations, and then purified by chromatography on thick layer of silica gel and Sephadex LH20 column. The minimum inhibitory concentrations (MIC) were determined against pathogenic microorganisms.The phenotypic and molecular studies showed that the isolate PAL111 is closely related to the type strain of Streptomyces ambofaciens. It showed a strong activity against Candida albicans, filamentous fungi, and Gram-positive and Gram-negative bacteria. The optimal antibiotic production was observed at the end of the exponential phase of growth and at the beginning of the decline phase. The bioautography tests showed the presence of an antibiotic with both antibacterial and antifungal activities. This antibiotic is a hydrophilic amino-glycoside compound. The MIC were observed between 2 and 20μg/mL for yeasts, 10 and 50μg/mL for filamentous fungi, 2 and 10μg/mL for Gram-positive bacteria, and 20 and 75μg/mL for Gram-negative bacteria.The strong activity of isolate PAL111 against the pathogenic microorganisms and the polar characteristic of the produced antibiotic could encourage further studies on this bioactive molecule.

The aim of this work was to search for new bioactive compounds, displaying either antiplasmodial or antifungal activity. Two strategies were developed here: the evaluation of traditional remedies identified as antimalarial through ethnopharmacological study, and the search for antifungal essential oils, the criterium being here a bioinspired approach. Our work led to the discovery that the antimalarial activity of Quassia amara L. (Simaroubaceae) fresh young leaves was due to the presence of a known quassinoid, simalikalactone D. In the case of Psidium acutangulum DC. (Myrtaceae), a flavonol glycosides mixture explained the activity observed for the decoction. The search for antifungal essential oils from the Amazonian flora lead to the identification of several interesting species, thus validating our bioinspired strategy. The essential oil of Otacanthus azureus (Linden) Ronse was among the most active ones, either alone or in combination with azole drugs. Eventually, a metabolomic study of the GC/MS composition of these oils allowed us to develop a statistical tool which could help to select interesting antifungal products. This work thus demonstrate the major interest of the two strategies - ethnopharmacology and bioinspiration - for the search of new bioactive compounds.; L'objectif du travail effectué était la recherche de nouvelles substances actives d'origine végétale, présentant soit une activité antiplasmodiale soit une activité antifongique. Cette étude a été menée suivant deux stratégies différentes: l'étude de remèdes traditionnels antipaludiques identifiés suite à des enquêtes ethnopharmacologiques, et la mise en évidence des propriétés antifongiques d'huiles essentielles grâce à une stratégie bioinspirée. La première partie du travail a permis de mettre en évidence le rôle d'un quassinoïde connu, la simalikalactone D, dans l'activité antipaludique d'une tisane de jeunes feuilles fraîches de Quassia amara L. (Simaroubaceae). Dans le cas de la décoction de rameaux de Psidium acutangulum DC. (Myrtaceae), c'est cette fois un mélange de flavonoïdes glycosylés qui est responsable de l'activité du remède. Dans le cadre de la recherche de nouvelles substances antifongiques, le criblage effectué a permis d'identifier de nombreuses huiles essentielles présentant des activités intéressantes, validant ainsi la démarche bioinspirée retenue dans ce cas. L'huile essentielle d'Otacanthus azureus (Linden) Ronse a en particulier démontré une activité remarquable, à la fois seule et en combinaison avec des antifongiques azolés. Enfin, l'étude métabolomique de la composition des huiles essentielles a permis de mettre au point un outil pouvant orienter la sélection des huiles en fonction des données obtenues en GC/MS dans l'optique de la recherche de nouvelles substances antifongiques. Ce travail démontre donc la validité des stratégies retenues - ethnopharmacologie et bioinspiration - dans la recherche de nouvelles substances bioactives.

The aim of this work was to search for new bioactive compounds, displaying either antiplasmodial or antifungal activity. Two strategies were developed here: the evaluation of traditional remedies identified as antimalarial through ethnopharmacological study, and the search for antifungal essential oils, the criterium being here a bioinspired approach. Our work led to the discovery that the antimalarial activity of Quassia amara L. (Simaroubaceae) fresh young leaves was due to the presence of a known quassinoid, simalikalactone D. In the case of Psidium acutangulum DC. (Myrtaceae), a flavonol glycosides mixture explained the activity observed for the decoction. The search for antifungal essential oils from the Amazonian flora lead to the identification of several interesting species, thus validating our bioinspired strategy. The essential oil of Otacanthus azureus (Linden) Ronse was among the most active ones, either alone or in combination with azole drugs. Eventually, a metabolomic study of the GC/MS composition of these oils allowed us to develop a statistical tool which could help to select interesting antifungal products. This work thus demonstrate the major interest of the two strategies - ethnopharmacology and bioinspiration - for the search of new bioactive compounds.; L'objectif du travail effectué était la recherche de nouvelles substances actives d'origine végétale, présentant soit une activité antiplasmodiale soit une activité antifongique. Cette étude a été menée suivant deux stratégies différentes: l'étude de remèdes traditionnels antipaludiques identifiés suite à des enquêtes ethnopharmacologiques, et la mise en évidence des propriétés antifongiques d'huiles essentielles grâce à une stratégie bioinspirée. La première partie du travail a permis de mettre en évidence le rôle d'un quassinoïde connu, la simalikalactone D, dans l'activité antipaludique d'une tisane de jeunes feuilles fraîches de Quassia amara L. (Simaroubaceae). Dans le cas de la décoction de rameaux de Psidium acutangulum DC. (Myrtaceae), c'est cette fois un mélange de flavonoïdes glycosylés qui est responsable de l'activité du remède. Dans le cadre de la recherche de nouvelles substances antifongiques, le criblage effectué a permis d'identifier de nombreuses huiles essentielles présentant des activités intéressantes, validant ainsi la démarche bioinspirée retenue dans ce cas. L'huile essentielle d'Otacanthus azureus (Linden) Ronse a en particulier démontré une activité remarquable, à la fois seule et en combinaison avec des antifongiques azolés. Enfin, l'étude métabolomique de la composition des huiles essentielles a permis de mettre au point un outil pouvant orienter la sélection des huiles en fonction des données obtenues en GC/MS dans l'optique de la recherche de nouvelles substances antifongiques. Ce travail démontre donc la validité des stratégies retenues - ethnopharmacologie et bioinspiration - dans la recherche de nouvelles substances bioactives.

Microscopy urinalysis is one of the last manual analyses in laboratories and it is difficult to control. The automation of this analysis permits our laboratory to standardise this test. We performed an evaluation of the iQ(®)200 ELITE's performances and compare the data to the manual microscopy method which is considered as "the gold standard". The repeatability achieved at different levels of leukocytes and erythrocytes showed CVs below 10% for pathological values. Inter-run repeatability is 5,57% and carry-over is negligible if we take into consideration the linearity of the formed particles. Compared to the manual method, sensitivity (Se) of the analyser for leukocytes and erythrocytes are respectively 94.85 and 100%, the negative predictive value (NPV) are 92.91 and 100%, respectively. The weaknesses of the specificity (Sp) and positive predictive value (PPV) of erythrocytes (24.22 and 41.92%) are due to the lack of sensibility of the manual method. Also, the weak PPV of yeasts, casts and crystals are due to the better detection of those particles with the iQ(®)200's image recognition system than with manual method. NPV for all the urine formed particles are excellent, they are between 98 and 100%. The iQ(®)200 ELITE permits us to standardise and control this test for a future accreditation of the laboratory. We also significantly increase the turn around time.

Complexity of biological systems originates not only from their emergent properties but also from the feedbacks exerted by these properties on elementary structures and mechanisms. A systemic approach is required to capture this multiscale organization and its among-level feedback loops which have resulted from selective pressure during evolution: the scientific challenge is not to take into account all the relevant details but rather to consider jointly several integration levels. New mathematical tools are necessary to express how the consistency and interrelations among these different levels control biological functions.

Traditionally, mRNA decay was considered a simple destruction step of mRNA. This view has been challenged in the past years and mRNA decay now appears as an essential step in the regulation of gene expression. We first present a short review of the different reactions involved in mRNA decay, as well as some indications on their cellular location. Then, we describe two processes in which mRNA decay plays an essential role: (1) the mRNA quality control mechanisms that get rid of aberrant mRNAs (nonsensE-mediated decay, non-stop decay, no-go decay); (2) the regulation of mRNA stability through the targeting of specific factors to the mRNA (proteins or small non-coding RNAs).

This article presents the various functional groups and guilds occupied by saproxylic beetles. The nomenclature is detailed and the ecological groups are placed in their own habitats offered by the deadwood or the wood in decomposition. Analysis by light microscopy of the gut contents of adults of Mycetoma suturale (Panzer), Serropalpus barbatus (Schallenberg) (Melandryidae) and Triplax rufipes (Fabricius) (Erotylidae) allowed us to demonstrate a nutrition based on fungi sporophores for M. suturale and T. rufipes. In S. barbatus and T. rufipes guts, we found symbiotic yeasts. No woody material was detected in the digestive organ of S. barbatus despite its larva living in decaying coniferous wood. Lastly, we have studied two Eucnemidae : Hylis olexai (Palm) and Xylophilus corticalis (Paykull). The digestive tract could not be detected by dissection of the adults. Probably, the gut is present but very fine, fragile and unable to resist preservation and fixation., Les différents groupes fonctionnels et guildes dont relèvent les coléoptères saproxyliques sont présentés. La nomenclature est détaillée et les groupes écologiques sont replacés les uns par rapports aux autres dans les habitats que produit le bois mort ou en décomposition. L'analyse en microscopie optique des contenus stomacaux d'adultes de Mycetoma suturale (Panzer), Serropalpus barbatus (Schallenberg) (Melandryidae) et Triplax rufipes (Fabricius) (Erotylidae) nous a permis de mettre en évidence l'ingestion de champignons chez M. suturale et T. rufipes. Des levures stomacales sont observées chez S. barbatus et T. rufipes. Aucune matière ligneuse n'a pu être décelée chez S. barbatus dont les larves vivent dans le bois de résineux en décomposition. Enfin, pour les deux Eucnemidae étudiés -Hylis olexai (Palm) et Xylophilus corticalis (Paykull) -, le tube digestif n'a pu être mis en évidence par dissection. Il est probable que celui-ci soit très fin, fragile et dégradé par les liquides de conservation plutôt que véritablement absent., Dodelin Benoît, Pene Benjamin, André Jean. L'alimentation des coléoptères saproxyliques et notes sur les contenus stomacaux de cinq espèces. In: Bulletin mensuel de la Société linnéenne de Lyon, 74ᵉ année, n°10, décembre 2005. pp. 335-345.