3 results on '"human model"'
Search Results
2. MODELLING OF THE TRA/TRD LOCUS V(D)J REARRANGEMENTS
- Author
-
Simonet, Maria-Ana, TIMB, Techniques de l'Ingénierie Médicale et de la Complexité - Informatique, Mathématiques et Applications, Grenoble - UMR 5525 (TIMC-IMAG), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut d'oncologie/développement Albert Bonniot de Grenoble (INSERM U823), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-CHU Grenoble-EFS-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Grenoble-EFS-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Joseph-Fourier - Grenoble I, Jacques Demongeot / Evelyne Jouvin-Marche(jacques.demongeot@imag.fr), Simonet, Maria-Ana, and VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut d'oncologie/développement Albert Bonniot de Grenoble (INSERM U823)
- Subjects
TRA/TRD locus ,V(D)J rearrangements ,Diversité combinatoire des TR ,modèle humain ,[SDV.IMM] Life Sciences [q-bio]/Immunology ,réarrangement V(D)J ,[SDV.IMM]Life Sciences [q-bio]/Immunology ,TR-combinatorial diversity ,locus TRA/TRD ,human model ,simulation ,modèle murin ,murine model - Abstract
T lymphocytes express at their surface an antigen receptor composed by αβ or γδ chains. A TRα chains are encoded by a variable (V), a joining (J) and a constant (C) segments which are under the of the control of a specific recombination mechanism called "V(D)J recombination". The VJ combinatorial diversity is unknown and the current state of molecular technology does not allow us to perform an analysis of all putative VJ combination or to estimate the frequencies of the functional VJ in mice. To overcome this difficulty we defined a mathematical model fitting experimental data. This model gives new insights on the rules controlling the use of the V and the J genes and provides a dynamic calculation of the VJ combinations. The model proposes an accessibility of the TRA/TRD locus by successive windows of different sizes and with different speed of progression. Furthermore, a possibility of successive secondary rearrangements was introduced. In parallel, an experimental analysis of the VJ combination has been performed in humans. From this analysis, the VJ combination profiles are calculated and used to validate our simulation program. In the future, the model may be use to analysis the variations between sound or altered repertoire., Les lymphocytes T expriment à leur surface des récepteurs (TR) composés de chaînes αβ ou γδ, chargés de reconnaitre des peptides antigéniques. Une chaîne d'un TRα donnée est le résultat de l'assemblage de gènes variable (V), jonction (J) et constant (C) sous le contrôle d'un mécanisme de recombinaison spécifique dénommé " recombinaison V(D)J ". De part le nombre important de gènes V et J dispersés sur plus de 1 méga base et des segments V dupliqués chez la souris, il est quasiment impossible d'établir la diversité combinatoire VJ exacte et surtout leurs fréquences par les techniques actuelles de biologie moléculaire. Aussi pour appréhender ces questions, nous avons développé un modèle de simulation des réarrangements des combinaisons VJ codant pour la chaine TRα chez la souris. Le modèle implémenté est basé sur des fenêtres d'accessibilités flexibles, des vitesses d'ouverture variables et inclue aussi un temps de maturation entre deux réarrangements. Il permet de rendre compte de la dynamique et de la variabilité de la chaine α en termes de répertoire (nombre et fréquence des combinaisons). Il propose que 2 à 3 réarrangements sont suffisant pour utiliser l'ensemble des segments J et permet aussi de donner un profil global de l'ensemble des combinaisons VJ. En parallèle, une analyse des réarrangements VJ a été réalisée chez l'homme. Cette analyse permet de visualiser les profils des combinaisons VJ expérimentaux et permettra de valider l'adaptation du modèle de simulation des réarrangements des chaines TRα chez la souris aux chaines TRα chez l'homme. Le modèle pourra servir d'outils pour analyser les variations entre répertoire sain et répertoire altéré ou modifié dans le cas de pathologies ou de reconstruction du répertoire immunitaire après une greffe de moelle osseuse.
- Published
- 2008
3. MODELISATION DES REARRANGEMENTS V(D)J AU NIVEAU DU LOCUS TRA/TRD
- Author
-
Simonet, Maria-Ana, TIMB, Techniques de l'Ingénierie Médicale et de la Complexité - Informatique, Mathématiques et Applications, Grenoble - UMR 5525 (TIMC-IMAG), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut d'oncologie/développement Albert Bonniot de Grenoble (INSERM U823), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-CHU Grenoble-EFS-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Grenoble-EFS-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Joseph-Fourier - Grenoble I, and Jacques Demongeot / Evelyne Jouvin-Marche(jacques.demongeot@imag.fr)
- Subjects
TRA/TRD locus ,V(D)J rearrangements ,Diversité combinatoire des TR ,modèle humain ,réarrangement V(D)J ,[SDV.IMM]Life Sciences [q-bio]/Immunology ,TR-combinatorial diversity ,locus TRA/TRD ,human model ,simulation ,modèle murin ,murine model - Abstract
T lymphocytes express at their surface an antigen receptor composed by αβ or γδ chains. A TRα chains are encoded by a variable (V), a joining (J) and a constant (C) segments which are under the of the control of a specific recombination mechanism called "V(D)J recombination". The VJ combinatorial diversity is unknown and the current state of molecular technology does not allow us to perform an analysis of all putative VJ combination or to estimate the frequencies of the functional VJ in mice. To overcome this difficulty we defined a mathematical model fitting experimental data. This model gives new insights on the rules controlling the use of the V and the J genes and provides a dynamic calculation of the VJ combinations. The model proposes an accessibility of the TRA/TRD locus by successive windows of different sizes and with different speed of progression. Furthermore, a possibility of successive secondary rearrangements was introduced. In parallel, an experimental analysis of the VJ combination has been performed in humans. From this analysis, the VJ combination profiles are calculated and used to validate our simulation program. In the future, the model may be use to analysis the variations between sound or altered repertoire.; Les lymphocytes T expriment à leur surface des récepteurs (TR) composés de chaînes αβ ou γδ, chargés de reconnaitre des peptides antigéniques. Une chaîne d'un TRα donnée est le résultat de l'assemblage de gènes variable (V), jonction (J) et constant (C) sous le contrôle d'un mécanisme de recombinaison spécifique dénommé " recombinaison V(D)J ". De part le nombre important de gènes V et J dispersés sur plus de 1 méga base et des segments V dupliqués chez la souris, il est quasiment impossible d'établir la diversité combinatoire VJ exacte et surtout leurs fréquences par les techniques actuelles de biologie moléculaire. Aussi pour appréhender ces questions, nous avons développé un modèle de simulation des réarrangements des combinaisons VJ codant pour la chaine TRα chez la souris. Le modèle implémenté est basé sur des fenêtres d'accessibilités flexibles, des vitesses d'ouverture variables et inclue aussi un temps de maturation entre deux réarrangements. Il permet de rendre compte de la dynamique et de la variabilité de la chaine α en termes de répertoire (nombre et fréquence des combinaisons). Il propose que 2 à 3 réarrangements sont suffisant pour utiliser l'ensemble des segments J et permet aussi de donner un profil global de l'ensemble des combinaisons VJ. En parallèle, une analyse des réarrangements VJ a été réalisée chez l'homme. Cette analyse permet de visualiser les profils des combinaisons VJ expérimentaux et permettra de valider l'adaptation du modèle de simulation des réarrangements des chaines TRα chez la souris aux chaines TRα chez l'homme. Le modèle pourra servir d'outils pour analyser les variations entre répertoire sain et répertoire altéré ou modifié dans le cas de pathologies ou de reconstruction du répertoire immunitaire après une greffe de moelle osseuse.
- Published
- 2008
Catalog
Discovery Service for Jio Institute Digital Library
For full access to our library's resources, please sign in.