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The Republic of Guinea has a large block of tropical rainforest and has a high carbon dioxide (CO2) emission potential. Knowledge of the quantity and distribution of carbon in these forests will allow monitoring of CO2 emissions associated with deforestation and degradation. Nowadays, it is obvious that carbon is at the heart of international discussions on the greenhouse effect and climate change. The forest thus plays an essential role by capturing atmospheric compounds containing carbon or by releasing carbon dioxide by respiration, decomposition and combustion. This makes it the main terrestrial reservoir of carbon capable of acting as a sink or a source, as the case may be. The present research is carried out in the classified forests of Forest Guinea. The objective is on the one hand to test and evaluate the validity of pantropical allometric equations and on the other hand to develop local allometric equations followed finally by a comparative analysis of forest inventory and remote sensing methods. The methodology used for the quantification of the surface carbon content and the sequestration potential at the scale of the study area was structured around two stages combining the use of two techniques: (i) the in situ inventory to measure the volumes of biomass and carbon stocks in plots distributed over the different bioclimatic regions of Forest Guinea (ii) extrapolation of the results using an average vegetation index (NDVI) and satellite imagery on a period of 30 years (1990-2019). The treatment and analysis enabled the following results to be obtained: the areas of primary forests remain constant at 52%, ie 65,742.46 ha; the surface areas of Secondary Forests are declining from 25% (1990) to 18% (2019) i.e. a net loss of 7% around 19,000.70 ha which corresponds to deforestation of 633.33 ha per year, gallery forests have experienced a decrease from 5% (1990) to 3% (2019), i.e. a loss of 2%, the transitional shrub formations experienced a degradation from 9% (1990) to 5% (2019), i.e. a loss of 4%, while those other surfaces made up of water tables, urban fabric, crop fields, mines and quarries increased from 9% (1990) to 23% (2019), i.e. an increase of 14% which corresponds to 38,468.14 ha, which shows an increase in occupied areas to about 1,282.27 ha per year. The validity test of pantropical allometric equations in the Mount Nimba Biosphere Reserve. Provided the following results: 19.57 tC / ha for the equation of Chave et al. 2005; 13.36 tC / ha, for the equation of Ebuyi et al (2011). Also, it should be noted that the Chave equation stores more carbon in this forest. As part of the establishment of the NERF, data was collected in the classified forest of Ziama in four (4) zones: Boo, Massadou, Sérédou and Zoboroma; a biomass gradient by species is estimated as follows: Funtumia elastica (114t / ha), Uapaca guinéensis (200,114t / ha), Celtis mildbraedii (130,114t / ha), Piptadeniastrum africanum (302,114t / ha), Bosqueia angolensis (148 114t / ha), Funtumia elastic (122 114t / ha). CO2 emissions followed an increasing trend during the period 2010-2018. They totaled 175.89 tCO2 in 2010 and evolved continuously to reach 571.33 tCO2 in 2018. Thus, the FREL in the classified forest of Ziama is 146.69 tCO2 / year on average. Regarding the development of our allometric equation model for the forest region of Guinea, the selection and validity criteria of the models are based on the tests of normality, nullity, heterogeneity and autocorrelation of the residuals. . Then we performed the analysis of residual errors, residual standard errors (RSE) and the Akaike information criterion (AIC). Among the ten (10) models developed, six (6) equations take into account the diameter and density. Models with an AIC of 30.71 and an RSE of 0.2989 are the most consistent. On the other hand, four equations taking into account the diameter, the height and the density were developed, among which the model (Δ1) is the most precise, with an AIC of 16.91 and an ESR of 0.26. Equation (Δ1) has a residual error equal to 0.044 or 4.43% and a lower AIC compared to equation (Δ2) which has a high residual error at the same time as the AIC. What disqualifies them from the selection. This is the model in the form of power that is the most explanatory of the above-ground biomass of the species Trichilia Septentrionalis in Forest Guinea. These results obtained should endow Guinea and the countries with similar types of ecosystems with arguments on the capacities of woody vegetation to absorb atmospheric carbon and thus allow the development of the foundations of a positive contribution aimed at improving the environment. 'state of the atmosphere through activities to renew the plant cover while registering such activities in the direction of sustainable profit for local populations., La République de Guinée dispose d’un grand bloc de forêt humide tropicale et possède un potentiel d’émissions de dioxyde de carbone (CO2) élevé. Une connaissance de la quantité et de la distribution du carbone dans ces forêts permettra de faire le suivi des émissions de CO2 associées à la déforestation et la dégradation. De nos jours, il est évident que le carbone est au cœur des discussions internationales sur l’effet de serre et le changement climatique. La forêt assure ainsi un rôle primordial en captant les composés atmosphériques contenant du carbone ou en libérant le dioxyde de carbone par respiration suite à la décomposition et par combustion. Cela fait d’elle le principal réservoir terrestre de carbone susceptible, selon le cas, de se comporter en puits ou en source. La présente recherche est effectuée dans les forêts classées de la Guinée Forestière. L’objectif visé d’une part est de tester et d’évaluer la validité des équations allométriques pantropicales et d’autre part de développer des équations allométriques locales suivi enfin d’une analyse comparative des méthodes d’inventaire forestier et de Télédétection. La méthodologie utilisée pour la quantification de la teneur en carbone superficiel et le potentiel de séquestration à l’échelle de la zone d’étude a été structurée autour de deux étapes combinant l'utilisation de deux techniques : (i) l’inventaire in situ pour mesurer les volumes de la biomasse et des stocks de carbone dans des placettes réparties sur les différentes régions bioclimatiques de la Guinée Forestière (ii) les résultats utilisant les indices de végétations moyen (NDVI) et les imageries satellitaire sur une période de 30 ans (1990-2019). Le traitement et l’analyse ont permis obtenir les résultats suivants: la surface des forêts primaires demeure constante à 52% soit 65742,46 ha ; la surface des forêts secondaires s’amenuise de 25% en 1990 et 18% en 2019 soit une perte nette de 7% (19000,70 ha) qui correspond à une déforestation de 633,33 ha par an, les forêts galeries ont subi une diminution de 5% en 1990 et de 3 % en 2019 soit une perte de 2%, les formations arbustives de transition ont connu une dégradation de 9% en 1990 et 5 % en 2019 soit une perte de 4 %, tandis que les autres surfaces constituées des nappes d’eau, de tissus urbains, des champs de culture, des mines et carrières ont progressé de 9% en 1990 à 23 % en 2019 soit une augmentation de 14% qui correspond à 38 468,14 ha, qui met en évidence une hausse des superficies occupées à environ 1 282,27 ha par an. Le test de validité des équations allométriques pantropicales dans la réserve de la biosphère du Mont Nimba a permis d’obtenir les résultats qui suivent : 19,57 tC/ha pour l’équation de Chave et al. 2005 ; 13,36 tC/ha, pour l’équation d’Ebuyi et al (2011). Par ailleurs, il est à souligner que l’équation de Chave estime plus le stock de carbone dans cette forêt. Dans le cadre de l’établissement du NERF, des données ont été collectées dans la forêt classée de Ziama sur quatre (4) zones : Boo, Massadou, Sérédou et Zoboroma ; un gradient de biomasse par essence est estimé comme suit : Funtumia elastica (114t/ha), Uapaca guinéensis (200 114t/ha), Celtis mildbraedii (130 114t/ha), Piptadeniastrum africanum (302 114t/ha), Bosqueia angolensis (148 114t/ha), Funtumia elastic (122 114t/ha). Les émissions de CO2 ont suivi une tendance croissante durant la période 2010-2018. Elles ont totalisé 175,89 teCO2 en 2010 tout évoluant sans interruption pour atteindre 571,33 teCO2 en 2018. Ainsi, le NERF dans la forêt classée de Ziama est de 146,69 teCO2/an en moyenne. En ce qui concerne le développement de notre modèle d’équation allométrique pour la région forestière de la Guinée, les critères de sélection et de validité des modèles sont basés sur les tests de normalité, de nullité, d’hétérogénéité et d’autocorrélation des résidus. Ensuite, nous avons effectué, l’analyse des erreurs résiduelles, des erreurs résiduelles standard (RSE) et le critère d’information d’Akaike (AIC). Parmi les dix (10) modèles développés, six (6) tiennent compte du diamètre et la densité. Les modèles avec un AIC de 30,71 et un RSE de 0,2989 sont les plus cohérentes. Par contre quatre équations tenant compte du diamètre, de la hauteur et la densité ont été élaborées, parmi lesquelles le modèle (Δ1) est le plus précis, avec un AIC de 16,91 et un RSE de 0,26. L’équation (Δ2) a une erreur résiduelle égale à 0,044 soit 4,43% et un AIC plus faible par rapport à l’équation (Δ1) qui a une erreur résiduelle élevée en même temps que l’AIC. Ce qui les disqualifie de la sélection. C’est ainsi le modèle sous forme de puissance est le plus explicatif de la biomasse aérienne en Guinée Forestière. Ces résultats obtenus devraient doter à la Guinée et les pays ayant les mêmes types d'écosystèmes ; des arguments sur la capacité de leur végétation ligneuse à absorber le carbone atmosphérique et permettre ainsi de développer les fondements d'une contribution positive visant à améliorer l'état de l'atmosphère par des activités de renouvellement du couvert végétal tout en inscrivant de telles activités dans le sens d'un profit durable pour les populations locales.

Over time, lakes trap sedimentary particles that form sedimentary reserves. Tracing the origin of those particles with a precise stratigraphic resolution, involves reconstituting one or more paleo environmental information thus allowing the identification of past environmental changes. Decrypting that information requires a sedimentary carrot analysis technic to identify their high resolution composition indicators. Hyperspectral imagery remains one of the rare technics capable of showing those indicators in a two dimensional form so as to characterize the variations in the composition of the sediment as well as the finer stratigraphic structures. In comparison to the methods used routinely, hyperspectral imagery is a highresolution (nanometers resolution) technic that does not destroy the core of the sediment and is time efficient (1 hour per meter of sediment). In this thesis, the potential of the high resolution imagery is highlighted through the study of several case studies. The aim is to reconstitute environmental changes based on the origin of high resolution sedimentary organic matter (OM) quickly whilst preserving their history. Several hyperspectral indicators have been developed on two carefully chosen study sites to understand the origins of those OM. Those sites were chosen based on their potential sedimentary organic signature. In a Mediterranean environment, detrital OM inputs in the Bresson lake give a history of the various forest fires whereas the organic carbon variations in a series of reserve sediments, reconstruct the fluctuations of glacier erosion in an artic lake. In both cases, the OM of detrital origin is traced for the first time through a non-destructive method. Tracing OM issued from Primary aquatic production is improved with a new spectroscopic index. These indicators are validated by the methods routinely used (HPLC and RE6) then are calibrated by these technics in order to rebuilt high resolution COT concentrations. Hyperspectral imagery allows to trace the sedimentary composition and to see geo chemical variations in order to quantify the origin of organic inputs. Those results seem promising and bring essential foundations to develop the routine use of this new technic in order to reconstitute accurately past environmental changes., Les lacs piègent des particules sédimentaires au fil du temps de manière à former des archives sédimentaires. Tracer l’origine des particules archivées avec une résolution stratigraphique particulièrement détaillée conduit à reconstituer une ou des informations paléoenvironnementales permettant d’identifier les changements environnementaux passés. Afin de décrypter ces informations, les techniques d’analyse des carottes sédimentaires nécessitent d’identifier des marqueurs de leur composition à haute résolution. L’imagerie l’hyperspectrale demeure une des rares techniques capables de représenter ces marqueurs en deux dimensions pour caractériser les variations de la composition du sédiment et les structures stratigraphiques les plus fines. Dans ce mémoire, le potentiel de l’imagerie est mis en valeur à travers l’étude de plusieurs cas. L’objectif est de reconstituer des changements environnementaux à partir de l’origine des matières organiques (MO) sédimentaires à hauterésolution rapidement et sans destruction des archives. Plusieurs marqueurs hyperspectraux permettant de comprendre l’origine des MO sont développés sur deux sites d’étude choisis pour leur potentielle signature organique sédimentaire. Dans un environnement méditerranéen, les apports en MO détritique dans les sédiments du lac Bresson tracent les épisodes d'incendie du couvert forestier alors que les variations de carbone organique total (COT) dans une série d’archives sédimentaires reconstruisent les fluctuations de l’érosion glaciaire dans un lac arctique. Dans ces deux cas, la MO d’origine détritique est tracée pour la première fois par une méthode non-destructive et le traçage de la MO issue de la productivitéprimaire aquatique (plus classique) est amélioré par un nouvel indice spectroscopique. Ces marqueurs sont validés par des méthodes utilisées en routine (HPLC, comptage des particules de charbon, pyrolyse Rock-Eval 6) puis calibrés par ces techniques pour reconstruire des concentrations en COT à haute résolution. L’imagerie hyperspectrale permet donc de tracer lacomposition sédimentaire, voire des variations géochimiques, pour quantifier l'origine des apports organiques. Ces résultats apparaissent comme prometteurs et fournissent les bases essentielles pour développer l'utilisation en routine de cette nouvelle technique afin de reconstituer finement les changements environnementaux passés.

Mangroves are complex and unique ecosystems that develop on intertidal areas along (sub)tropical coastlines. Due to their position, they are considered as major ecosystems in the coastal carbon cycle. Thanks to their high primary productivity, coupled with a high carbon sequestrating capacity in both biomass and soils, mangroves have been called “Blue Carbon” ecosystems. However, future climate change, and particularly increases in atmospheric CO2 concentrations, temperatures and sea-level rise, may alter its functioning. Within this context, the objectives were to (i) understand how eustatic variations may have impacted soil carbon stocks by the past, in order to better predict the effects of future sea-level rise, (ii) characterize CO2 and CH4 emissions from the soil and also from the water column within the mangrove forest, and (iii) evaluate the impact of future increase in atmospheric CO2 concentrations and in sea-level may affect the physiology of young mangrove seedlings. Increases in atmospheric CO2 concentrations will modify either the seedlings productivity and photosynthetic activity, therefore facilitating their ability to colonize new accommodation spaces due to the rising sea-level. This increase in sea-level will also have a consequent impact on soil carbon stocks, as we showed for the past eustatic variations of the late Holocene, also implying a migration of mangroves stands. Eventually, CO2 and CH4 emissions to the atmosphere were non-neglectable, particularly the one emitted from the water column.; La mangrove est un écosystème complexe qui se développe sur les zones intertidales, le long des littoraux (sub)tropicaux. Dû à sa production primaire élevée, couplée à une grande capacité de séquestration du carbone organique, la mangrove a été nommée écosystème à « Carbone Bleu ». Toutefois, le changement climatique à venir, et particulièrement les augmentations en CO2 atmosphérique et en température ainsi que la hausse du niveau marin, pourraient modifier son fonctionnement. Dans de ce contexte, les objectifs étaient de (i) comprendre comment les variations eustatiques passées ont pu impacter les stocks de carbone enfouis dans les sols de mangrove, afin de mieux prévoir l’effet de la future hausse du niveau marin, (ii) caractériser les émissions de CO2 et de CH4 depuis les sols et la colonne d’eau dans la mangrove, et (iii) évaluer l’impact de la hausse des concentrations en CO2 atmosphérique et de la durée d’immersion sur la physiologie de plantules de palétuviers. L’augmentation des concentrations CO2 atmosphérique modifiera la productivité des palétuviers, notamment en stimulant leur activité photosynthétique, facilitant ainsi leurs capacités à coloniser de nouveaux espaces disponibles du fait de la hausse des océans. Cette hausse aura également un effet conséquent sur les stocks de carbone dans les sols, comme nous l’avons montré pour les variations eustatiques de l’Holocène tardif, impliquant également une migration des strates de mangrove. Finalement, les émissions de CO2 et de CH4 vers l’atmosphère sont non négligeables, tout particulièrement celles émises depuis la colonne d’eau, qui devront être pris en compte dans les futurs bilans carbone de l’écosystème.

Mangroves are complex and unique ecosystems that develop on intertidal areas along (sub)tropical coastlines. Due to their position, they are considered as major ecosystems in the coastal carbon cycle. Thanks to their high primary productivity, coupled with a high carbon sequestrating capacity in both biomass and soils, mangroves have been called “Blue Carbon” ecosystems. However, future climate change, and particularly increases in atmospheric CO2 concentrations, temperatures and sea-level rise, may alter its functioning. Within this context, the objectives were to (i) understand how eustatic variations may have impacted soil carbon stocks by the past, in order to better predict the effects of future sea-level rise, (ii) characterize CO2 and CH4 emissions from the soil and also from the water column within the mangrove forest, and (iii) evaluate the impact of future increase in atmospheric CO2 concentrations and in sea-level may affect the physiology of young mangrove seedlings. Increases in atmospheric CO2 concentrations will modify either the seedlings productivity and photosynthetic activity, therefore facilitating their ability to colonize new accommodation spaces due to the rising sea-level. This increase in sea-level will also have a consequent impact on soil carbon stocks, as we showed for the past eustatic variations of the late Holocene, also implying a migration of mangroves stands. Eventually, CO2 and CH4 emissions to the atmosphere were non-neglectable, particularly the one emitted from the water column., La mangrove est un écosystème complexe qui se développe sur les zones intertidales, le long des littoraux (sub)tropicaux. Dû à sa production primaire élevée, couplée à une grande capacité de séquestration du carbone organique, la mangrove a été nommée écosystème à « Carbone Bleu ». Toutefois, le changement climatique à venir, et particulièrement les augmentations en CO2 atmosphérique et en température ainsi que la hausse du niveau marin, pourraient modifier son fonctionnement. Dans de ce contexte, les objectifs étaient de (i) comprendre comment les variations eustatiques passées ont pu impacter les stocks de carbone enfouis dans les sols de mangrove, afin de mieux prévoir l’effet de la future hausse du niveau marin, (ii) caractériser les émissions de CO2 et de CH4 depuis les sols et la colonne d’eau dans la mangrove, et (iii) évaluer l’impact de la hausse des concentrations en CO2 atmosphérique et de la durée d’immersion sur la physiologie de plantules de palétuviers. L’augmentation des concentrations CO2 atmosphérique modifiera la productivité des palétuviers, notamment en stimulant leur activité photosynthétique, facilitant ainsi leurs capacités à coloniser de nouveaux espaces disponibles du fait de la hausse des océans. Cette hausse aura également un effet conséquent sur les stocks de carbone dans les sols, comme nous l’avons montré pour les variations eustatiques de l’Holocène tardif, impliquant également une migration des strates de mangrove. Finalement, les émissions de CO2 et de CH4 vers l’atmosphère sont non négligeables, tout particulièrement celles émises depuis la colonne d’eau, qui devront être pris en compte dans les futurs bilans carbone de l’écosystème.

The root system is essential but essentially invisible. Plants are anchored to the soil through their root system; their adaptation and survival abilities are highly dependent on their ability to learn to take advantage of the space that surrounds them. Certain trees are nevertheless some of the largest and oldest living species on the planet- evidence of their ability to adapt to changes in their environment. Within managed anthropogenic constraints, particular species are vulnerable. It is clear that a wide range of parameters are likely to influence the root system and its operation, which offers many entry points to improve our understanding of a root's capacity for expansion, its dynamics, its role within the plant itself and within the soil plant atmosphere continuum. Available data on the extent and dynamics of plant roots includes several thousand references. However, the vast majority of these observations were made within the first meter of the soil profile. Data acquisition for the fine and/or deep roots is currently limited by constraints of time and financial resources. To overcome this lack of information, while trying to assess root dynamics under different environmental conditions, many models have been developed. However, it is still difficult to describe the complexity of root development in the community and to integrate its "plasticity".To understand such a complex environment, we must work toward establishing a definition of objectives and the tools necessary to develop and implement them. The work developed in the first part of this thesis is the subject of two articles and focuses on a literature review about deep roots. The vital role of the root system for the plant is well highlighted, as is its impact as a link within the atmosphere. We discuss the role of deep roots in carbon storage, which is critical and often underestimated. The different techniques for accessing the root systems in situ are also considered, and we present our access technique for observing the roots down to depths of five meters. We have also developed tools for shooting through a flatbed scanner and image analysis ( IJ_Rizo ) now available online.In the second part of the thesis, we focus on the study of root systems of adult rubber trees (Hevea brasiliensis L. RRIM 600) in the northeast of Thailand. Thailand has greatly expanded its acreage to extend its operations beyond its natural climate zone, into areas of high water stress. In this context, we studied the seasonality and dynamics of fine roots for three years and their contribution to the carbon cycle. We were able to highlight the continuity of root dynamics during independent periods of defoliation, yet link these to the seasonality of rainfall. We were also able to characterize the low differentiation of root dynamics at 0 to 4.5 m of depth in this context.The third part of the thesis concerns the study of teak particular to the region of Luang Prabang, Laos. By applying the rain exclusion technique for 2 years on a plantation of twenty-year-old trees, we observed the influence of precipitation patterns. During the period of water stress, an almost total cessation of root growth, at the surface and significant depths, has been highlighted. We conclude that in the case of species with a high dependence on water resources there is a direct impact on the physiological state and stagnated trunk growth. Some individuals have demonstrated an ability to adapt by changing their foliation/defoliation cycle, accompanied by a resumption of trunk growth during the second year of imposed drought. We also demonstrated the importance of rooting as a means of carbon storage, which in this context represents more than 45% of total carbon- roughly double the amount published in other literature .The data obtained for the species studied in this paper can be used for modelling scenarios simulating climate change and changing land use., Le système racinaire, lien essentiel entre la plante et le sol quoi qu'essentiellement invisible, reste encore aujourd'hui peu étudié dans son ensemble. Les plantes étant ancrées au sol via leur système racinaire, leurs facultés d'adaptation et de survie sont donc très dépendantes de leurs capacités à savoir tirer profit de l'espace qui les entoure, notamment par l'intermédiaire de leur système racinaire. Certains arbres font néanmoins partie des plus grands et plus anciens êtres vivants de la planète, preuve s'il en est de leur capacité d'adaptation au milieu dans lequel ils poussent et aux changements environnementaux pouvant survenir dans le temps. Dans le cas des plantations, les contraintes anthropiques imposées se heurtent parfois aux limites de cette formidable capacité d'adaptation. Les travaux développés dans la première partie de cette thèse font l'objet de deux articles publiés et se concentrent sur une revue bibliographique des connaissances sur l'enracinement profond. Le rôle vital du système racinaire pour la plante est ainsi mis en avant ainsi que ses fonctions dans le continuum sol-plante-atmosphère. Son rôle essentiel, souvent sous-estimé dans le stockage du carbone, est également abordé. Les différentes techniques permettant d'accéder aux systèmes racinaires in situ sont passées en revue et nous présentons la technique du puits d'accès que nous avons utilisé pour observer les racines jusqu'à 5 mètres de profondeur. Nous avons également développé nos propres outils de prise de vue par l'intermédiaire de scanner à plat ainsi qu'un outil d'analyse d'images ( IJ_Rizo) aujourd'hui disponible en ligne.Dans la deuxième partie du mémoire, nous nous consacrons à l'étude du système racinaire de l'hévéa adulte (Hevea brasiliensis) dans le nord-est de la Thaïlande. Premier producteur mondial de caoutchouc naturel, la Thaïlande a fortement développé ses plantations d'hévéas allant jusqu'à étendre son exploitation au-delà de sa zone climatique naturelle, dans des zones à fortes contraintes hydriques. Dans ce contexte, nous avons étudié la saisonnalité et la dynamique des racines fines pendant trois ans ainsi que leur contribution au cycle du carbone. Nous avons pu mettre en évidence la continuité de la dynamique racinaire indépendamment des périodes de défoliation mais en lien avec la saisonnalité de la pluviométrie. Nous avons également pu caractériser la faible différenciation de la dynamique racinaire de 0 à 4,5 mètres de profondeur dans un tel contexte. La troisième partie de la thèse concerne l'étude du teck (tectona grandis), espèce endémique d'Asie du Sud-Est, et notamment du Laos dans la région de Luang Prabang. Le développement de sa culture sous forme de plantations mono-spécifiques se poursuit depuis les années 80. En appliquant la technique d'exclusion de pluie pendant 2 ans sur des arbres d'une plantation d'une vingtaine d'années, nous avons observé l'influence du régime de précipitations sur l'enracinement. Un arrêt pratiquement total de croissance des racines en surface et en profondeur a ainsi été mis en évidence. Nous concluons, dans le cas d'espèces à une forte dépendance à la ressource en eau de surface, à un impact direct sur l'état physiologique et une stagnation de la croissance des troncs. Certains individus ont démontré une capacité d'adaptation en modifiant leur cycle de foliation / défoliation accompagné d'une reprise de la croissance des troncs lors de la deuxième année du régime de sécheresse imposé. Nous avons également démontré l'importance de l'enracinement fin pour le stockage du carbone qui, dans ce contexte, représente plus de 45 % du carbone total, soit environ le double des données publiées dans la littérature.Les données obtenues pour les espèces étudiées dans ce mémoire pourront être utilisées pour la modélisation de scenarios simulant le changement climatique et le changement d'usage des terres.

La mangrove est un écosystème complexe qui se développe sur les zones intertidales, le long des littoraux (sub)tropicaux. Dû à sa production primaire élevée, couplée à une grande capacité de séquestration du carbone organique, la mangrove a été nommée écosystème à « Carbone Bleu ». Toutefois, le changement climatique à venir, et particulièrement les augmentations en CO2 atmosphérique et en température ainsi que la hausse du niveau marin, pourraient modifier son fonctionnement. Dans de ce contexte, les objectifs étaient de (i) comprendre comment les variations eustatiques passées ont pu impacter les stocks de carbone enfouis dans les sols de mangrove, afin de mieux prévoir l’effet de la future hausse du niveau marin, (ii) caractériser les émissions de CO2 et de CH4 depuis les sols et la colonne d’eau dans la mangrove, et (iii) évaluer l’impact de la hausse des concentrations en CO2 atmosphérique et de la durée d’immersion sur la physiologie de plantules de palétuviers. L’augmentation des concentrations CO2 atmosphérique modifiera la productivité des palétuviers, notamment en stimulant leur activité photosynthétique, facilitant ainsi leurs capacités à coloniser de nouveaux espaces disponibles du fait de la hausse des océans. Cette hausse aura également un effet conséquent sur les stocks de carbone dans les sols, comme nous l’avons montré pour les variations eustatiques de l’Holocène tardif, impliquant également une migration des strates de mangrove. Finalement, les émissions de CO2 et de CH4 vers l’atmosphère sont non négligeables, tout particulièrement celles émises depuis la colonne d’eau, qui devront être pris en compte dans les futurs bilans carbone de l’écosystème., Mangroves are complex and unique ecosystems that develop on intertidal areas along (sub)tropical coastlines. Due to their position, they are considered as major ecosystems in the coastal carbon cycle. Thanks to their high primary productivity, coupled with a high carbon sequestrating capacity in both biomass and soils, mangroves have been called “Blue Carbon” ecosystems. However, future climate change, and particularly increases in atmospheric CO2 concentrations, temperatures and sea-level rise, may alter its functioning. Within this context, the objectives were to (i) understand how eustatic variations may have impacted soil carbon stocks by the past, in order to better predict the effects of future sea-level rise, (ii) characterize CO2 and CH4 emissions from the soil and also from the water column within the mangrove forest, and (iii) evaluate the impact of future increase in atmospheric CO2 concentrations and in sea-level may affect the physiology of young mangrove seedlings. Increases in atmospheric CO2 concentrations will modify either the seedlings productivity and photosynthetic activity, therefore facilitating their ability to colonize new accommodation spaces due to the rising sea-level. This increase in sea-level will also have a consequent impact on soil carbon stocks, as we showed for the past eustatic variations of the late Holocene, also implying a migration of mangroves stands. Eventually, CO2 and CH4 emissions to the atmosphere were non-neglectable, particularly the one emitted from the water column.