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The outer layer of bacterial and parasitic membranes mainly contains glycoconjugates which constitute the first barrier against all harmful interactions with outside of the cell. This layer filters molecules that can reach the lipid bilayer. The objective of this thesis was to obtain a better understanding of the existing relationships between antibiotic peptides and the glycocalyx of bacteria and parasites. In the first chapter, the three-dimensional structure of an antimicrobial peptide produced by two bacterial strains of pseudoalteromonas in the presence of LPS micelles was determined. In the second chapter, the structure of synthetic antimicrobial pseudopeptides interacting with various membrane models were resolved.The role of charges has been demonstrated since strong variations in affinity could be detected, by liquid NMR, thanks to the use of anionic and zwitterionic SUVs. However, the strong similarity of the three-dimensional structures obtained under NMR distance constraints with these two types of SUV involves that the selectivity of the peptides, between eukaryotic cells and bacteria, would be mainly associated with electrostatic interactions without an important role for the hydrophobic interactions. A different structure was obtained in the presence of LPS micelles. In the third chapter, the study of the interaction of the parasite L. tarentolae with several galactofuranolipids and pseudopeptides is presented.; La couche externe des membranes bactériennes et parasitaires présente en majorité des glycoconjugués qui constituent la première barrière contre toutes les interactions néfastes avec l'extérieur de la cellule. Cette couche filtre les molécules pouvant atteindre la bicouche lipidique. L’objectif de cette thèse était d’obtenir une meilleure compréhension des relations existantes entre des peptides antibiotiques et le glycocalix des bactéries et des parasites. Dans le premier chapitre, la structure tridimensionnelle d’un peptide antimicrobien produit par deux souches bactériennes de pseudoalteromonas en présence de micelles de LPS a été déterminée. Dans le second chapitre, la structure de pseudopeptides antimicrobiens de synthèse en interaction avec divers modèles membranaires ont été résolues.Le rôle des charges a été mis en évidence puisque de fortes variations d’affinité ont pu être détectées, par RMN du liquide, grâce à l’utilisation de SUV anioniques et zwitterioniques. Néanmoins la forte similitude des structures tridimensionnelles obtenues sous contraintes de distances RMN avec ces deux types de SUV implique que la sélectivité des peptides, entre cellules eucaryotes et bactéries, serait principalement associée aux interactions électrostatiques sans rôle important pour les interactions hydrophobes. Une structure différente a été obtenue en présence de micelles de LPS. Dans le troisième chapitre, l’étude de l’interaction du parasite L. tarentolae avec plusieurs galactofuranolipides et des pseudopeptides est présentée.

The outer layer of bacterial and parasitic membranes mainly contains glycoconjugates which constitute the first barrier against all harmful interactions with outside of the cell. This layer filters molecules that can reach the lipid bilayer. The objective of this thesis was to obtain a better understanding of the existing relationships between antibiotic peptides and the glycocalyx of bacteria and parasites. In the first chapter, the three-dimensional structure of an antimicrobial peptide produced by two bacterial strains of pseudoalteromonas in the presence of LPS micelles was determined. In the second chapter, the structure of synthetic antimicrobial pseudopeptides interacting with various membrane models were resolved.The role of charges has been demonstrated since strong variations in affinity could be detected, by liquid NMR, thanks to the use of anionic and zwitterionic SUVs. However, the strong similarity of the three-dimensional structures obtained under NMR distance constraints with these two types of SUV involves that the selectivity of the peptides, between eukaryotic cells and bacteria, would be mainly associated with electrostatic interactions without an important role for the hydrophobic interactions. A different structure was obtained in the presence of LPS micelles. In the third chapter, the study of the interaction of the parasite L. tarentolae with several galactofuranolipids and pseudopeptides is presented., La couche externe des membranes bactériennes et parasitaires présente en majorité des glycoconjugués qui constituent la première barrière contre toutes les interactions néfastes avec l'extérieur de la cellule. Cette couche filtre les molécules pouvant atteindre la bicouche lipidique. L’objectif de cette thèse était d’obtenir une meilleure compréhension des relations existantes entre des peptides antibiotiques et le glycocalix des bactéries et des parasites. Dans le premier chapitre, la structure tridimensionnelle d’un peptide antimicrobien produit par deux souches bactériennes de pseudoalteromonas en présence de micelles de LPS a été déterminée. Dans le second chapitre, la structure de pseudopeptides antimicrobiens de synthèse en interaction avec divers modèles membranaires ont été résolues.Le rôle des charges a été mis en évidence puisque de fortes variations d’affinité ont pu être détectées, par RMN du liquide, grâce à l’utilisation de SUV anioniques et zwitterioniques. Néanmoins la forte similitude des structures tridimensionnelles obtenues sous contraintes de distances RMN avec ces deux types de SUV implique que la sélectivité des peptides, entre cellules eucaryotes et bactéries, serait principalement associée aux interactions électrostatiques sans rôle important pour les interactions hydrophobes. Une structure différente a été obtenue en présence de micelles de LPS. Dans le troisième chapitre, l’étude de l’interaction du parasite L. tarentolae avec plusieurs galactofuranolipides et des pseudopeptides est présentée.

Nous étudions le ribozyme VS de Neurospora, en tant que système modèle, pour augmenter nos connaissances sur la relation entre la structure et la fonction chez les ARNs, ainsi que pour mieux comprendre le mécanisme de clivage de ce ribozyme. Il a été proposé précédemment que la boucle interne A730 dans la tige-boucle VI (SLVI) contient le site actif du ribozyme et lie un ou plusieurs ions métalliques qui pourraient participer au mécanisme réactionnel. Nous avons déterminé par spectroscopie RMN la structure de la tige-boucle SLVI contenant la boucle A730 afin d’éclaircir ce mécanisme. La structure obtenue est en accord avec les études biochimiques antérieures et présente un ou plusieurs sites de liaison au magnésium associé à la boucle interne. Suite à des études de cinétique et de mutagenèse, il a été proposé qu’une adénine localisée dans le site actif, A756, participe à la catalyse par acide/base générale. Des études de pH effectuées précédemment ont identifié un pKa catalytique (5.2-5.8) qui correspond probablement à l’équilibre de protonation du A756. À l’aide de méthodes utilisant le carbone-13, nous avons identifié un pKa modifié appartenant au A756, ce qui supporte le rôle de ce résidu dans la catalyse par acide/base générale. Les études structurales présentées ici aident donc à augmenter notre compréhension du mécanisme de clivage chez le ribozyme VS., We are studying the Neurospora VS ribozyme as a model system to increase our knowledge of the structure-function relationship in RNA and to better understand the mechanism of the cleavage reaction. It has been previously postulated that the A730 internal loop of stem-loop VI (SLVI) forms the active site of the VS ribozyme and binds magnesium ion(s) that may participate in catalysis. To get insights into the catalytic mechanism, we have determined by NMR spectroscopy the structure of a SLVI fragment containing the A730 loop. The structure we obtained is in agreement with previous biochemical studies and contains one or more magnesium-ion binding sites in the active site. Based on kinetic and mutagenesis studies, it has been proposed that an adenine in the A730 loop, A756, is important for catalysis and may participate in general acid/base catalysis. Previous pH-dependent enzymatic studies identified a catalytic pKa of 5.2-5.8, which likely corresponds to the protonation equilibrium of this A756 adenine in the A730 loop. Using 13C NMR methods, we have identified a shifted pKa for A756, which gives additional support to the role of this residue in the general acid/base mechanism. The NMR studies presented here therefore increase our understanding of the cleavage reaction in the VS ribozyme.