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While a global concern about the sustainability of fisheries and the status of marine resources is arising, a better understanding of the available resource at different scales is required to implement an ecosystem-based management. In Reunion Island, local fisheries are still poorly know and the recent shark attack highlighted the lack of fundamental knowledge about the functioning of marine trophic webs. The general aim of this Ph.D thesis is to analyse the feeding relationship between the different predators of multiple habitats. Carried out between January 2012 and December 2014 in collaboration with the fishing stakeholders, the sampling focused on species of commercial interest or interacting with fisheries (bycatches and depredators). Carbon (δ13C) and nitrogen (δ15N) stable isotopes ratio and stomacal content analysis were used to determine the organic matter they depend on, their interspecific relationships and the factors influencing their diets. Results show a wide disparity between species caught in shallow water and the deep ones.Despite their association with the benthic environment, deepwater species (100-600m) indirectly rely on surface primary production through their vertically migrating prey. This dependence on mesopelagic organism induce consequently a high dietary overlap between pairwise species, although alleviated by their presence in different bathymetric areas. Habitat appear to be the main driver of their diet, with a Western/Eastern coasts distinction probably due to different sea current configurations. Deepwater species' isotopic composition is strongly conditioned by both environmental and intrinsic drivers, hence indicating food diet might change during their development and in relation to the reproduction cycles. The wide diversity of the smaller species' diet, Pristipomoides argyrogrammicus, probably contributed to increase its abundance, as reported in captures data when other species decrease.Shallow species are split into three distinct diet categories along a shore-offshore gradient. Both the bull shark (Carcharhinus leucas) and the giant trevally (Caranx ignobilis) rely on the same, coastal, resources whereas the tiger shark (Galeocerdo cuvier) is getting along the edges of the island shelf. The dolphinfish (Coryphaena hippurus) and the wahoo (Acanthocybium solandri) have their diet specialised in a reduced number of prey families, mainly consuming post-larvae of coastal species at their pelagic stage of development. The δ13C we measured in C. leucas blood indicates seasonal variations in its feeding areas' distances to the coast. Moreover, tiger shark are likely to form an homogeneous population composed with generalist individuals conversely to bull sharks which are forming an assorted population of individuals specialized on different resources.Those results tend to promote an habitat-focused approach, more suitable for the management of deepwater species, whereas a species-focused approach would rather be more effective for shallow, highly mobile species.; Dans un contexte mondial de préoccupation sur la durabilité des pêcheries et dans un contexte local de raréfaction des ressources marines, mieux appréhender les facteurs responsables de la répartition des ressources disponibles à différentes échelles est un prérequis crucial à la mise en place d’un système de gestion intégrée, dite écosystémique, des pêches. A La Réunion, la pêcherie locale est encore mal connue et les récentes attaques de requins mettent encore plus en exergue le manque de connaissances fondamentales sur le fonctionnement des réseaux trophiques. L’objectif général de cette thèse est d’étudier les relations alimentaires entre différents prédateurs d’intérêt local, appartenant à plusieurs compartiments écologiques. L’échantillonnage, réalisé entre janvier 2012 et décembre 2014 en partenariat avec la filière pêche, s’est concentré sur les principales espèces d’intérêt commercial ou en interactions avec les pêcheries (captures accessoires et déprédateurs). La détermination des sources de matière organique dont elles dépendent, de leurs relations interspécifiques, ainsi que des facteurs de variation de leurs alimentations, a été réalisée grâce à l’analyse des isotopes stables du carbone (δ13C) et de l’azote (δ15N), ainsi que celle des contenus stomacaux. Les résultats montrent une grande disparité entre espèces capturées en surface et celles capturées entre profondeur.Bien qu’associées au substrat, les espèces profondes (100-600m) dépendent indirectement de la production primaire de surface via leurs proies qui effectuent des migrations verticales dans la colonne d’eau. Cette dépendance aux organismes mésopélagiques induit un chevauchement alimentaire globalement important entre ces espèces, atténué par l’occupation de zones bathymétriques différentes. Leurs régimes alimentaires semblent très dépendant de leur habitat, avec une distinction entre la côte est et la côte ouest de l’île, probablement en lien avec des conditions courantologiques différentes. Leurs compositions isotopiques sont quant à elles fortement influencées à la fois par des facteurs environnementaux et intrinsèques, indiquant l’existence de modifications de leur régime alimentaire au cours de leur développement en lien avec les cycles de reproduction. La grande diversité du régime alimentaire de la plus petite espèce, Pristipomoides argyrogrammicus, a probablement favorisé le développement de celle-ci dont l’abondance augmente dans les captures, ce qui constitue une tendance inverse de celles des autres espèces.Concernant les espèces de surface, celles-ci se répartissent selon un gradient côte-large, formant trois groupes aux régimes alimentaires distincts. Le requin bouledogue (Carcharhinus leucas) et la carangue grosse tête (Caranx ignobilis) exploitent des ressources similaires à proximité de la côte, tandis que le requin tigre (Galeocerdo cuvier) s’alimente sur le bord du plateau insulaire. La dorade coryphène (Coryphaena hippurus) et le thon banane (Acanthocybium solandri) présentent une forte spécialisation sur un nombre limité de familles de proies, consommant majoritairement des stades pélagiques post-larvaires d’espèces côtières. Le δ13C mesuré dans le sang de C. leucas suggère des variations saisonnières de la distance à la côte de ses zones d’alimentation, certainement en lien avec son cycle biologique. Les requins tigre semblent former une population homogène constituée d’individus généralistes tandis que les requins bouledogue forment une population hétérogène d’individus spécialisés sur des ressources différentes.Ces résultats indiquent qu’une approche centrée sur l’habitat conviendrait à la gestion des espèces profondes, tandis qu’une approche centrée sur les espèces serait plus efficiente pour les espèces de surface.

While a global concern about the sustainability of fisheries and the status of marine resources is arising, a better understanding of the available resource at different scales is required to implement an ecosystem-based management. In Reunion Island, local fisheries are still poorly know and the recent shark attack highlighted the lack of fundamental knowledge about the functioning of marine trophic webs. The general aim of this Ph.D thesis is to analyse the feeding relationship between the different predators of multiple habitats. Carried out between January 2012 and December 2014 in collaboration with the fishing stakeholders, the sampling focused on species of commercial interest or interacting with fisheries (bycatches and depredators). Carbon (δ13C) and nitrogen (δ15N) stable isotopes ratio and stomacal content analysis were used to determine the organic matter they depend on, their interspecific relationships and the factors influencing their diets. Results show a wide disparity between species caught in shallow water and the deep ones.Despite their association with the benthic environment, deepwater species (100-600m) indirectly rely on surface primary production through their vertically migrating prey. This dependence on mesopelagic organism induce consequently a high dietary overlap between pairwise species, although alleviated by their presence in different bathymetric areas. Habitat appear to be the main driver of their diet, with a Western/Eastern coasts distinction probably due to different sea current configurations. Deepwater species' isotopic composition is strongly conditioned by both environmental and intrinsic drivers, hence indicating food diet might change during their development and in relation to the reproduction cycles. The wide diversity of the smaller species' diet, Pristipomoides argyrogrammicus, probably contributed to increase its abundance, as reported in captures data when other species decrease.Shallow species are split into three distinct diet categories along a shore-offshore gradient. Both the bull shark (Carcharhinus leucas) and the giant trevally (Caranx ignobilis) rely on the same, coastal, resources whereas the tiger shark (Galeocerdo cuvier) is getting along the edges of the island shelf. The dolphinfish (Coryphaena hippurus) and the wahoo (Acanthocybium solandri) have their diet specialised in a reduced number of prey families, mainly consuming post-larvae of coastal species at their pelagic stage of development. The δ13C we measured in C. leucas blood indicates seasonal variations in its feeding areas' distances to the coast. Moreover, tiger shark are likely to form an homogeneous population composed with generalist individuals conversely to bull sharks which are forming an assorted population of individuals specialized on different resources.Those results tend to promote an habitat-focused approach, more suitable for the management of deepwater species, whereas a species-focused approach would rather be more effective for shallow, highly mobile species.; Dans un contexte mondial de préoccupation sur la durabilité des pêcheries et dans un contexte local de raréfaction des ressources marines, mieux appréhender les facteurs responsables de la répartition des ressources disponibles à différentes échelles est un prérequis crucial à la mise en place d’un système de gestion intégrée, dite écosystémique, des pêches. A La Réunion, la pêcherie locale est encore mal connue et les récentes attaques de requins mettent encore plus en exergue le manque de connaissances fondamentales sur le fonctionnement des réseaux trophiques. L’objectif général de cette thèse est d’étudier les relations alimentaires entre différents prédateurs d’intérêt local, appartenant à plusieurs compartiments écologiques. L’échantillonnage, réalisé entre janvier 2012 et décembre 2014 en partenariat avec la filière pêche, s’est concentré sur les principales espèces d’intérêt commercial ou en interactions avec les pêcheries (captures accessoires et déprédateurs). La détermination des sources de matière organique dont elles dépendent, de leurs relations interspécifiques, ainsi que des facteurs de variation de leurs alimentations, a été réalisée grâce à l’analyse des isotopes stables du carbone (δ13C) et de l’azote (δ15N), ainsi que celle des contenus stomacaux. Les résultats montrent une grande disparité entre espèces capturées en surface et celles capturées entre profondeur.Bien qu’associées au substrat, les espèces profondes (100-600m) dépendent indirectement de la production primaire de surface via leurs proies qui effectuent des migrations verticales dans la colonne d’eau. Cette dépendance aux organismes mésopélagiques induit un chevauchement alimentaire globalement important entre ces espèces, atténué par l’occupation de zones bathymétriques différentes. Leurs régimes alimentaires semblent très dépendant de leur habitat, avec une distinction entre la côte est et la côte ouest de l’île, probablement en lien avec des conditions courantologiques différentes. Leurs compositions isotopiques sont quant à elles fortement influencées à la fois par des facteurs environnementaux et intrinsèques, indiquant l’existence de modifications de leur régime alimentaire au cours de leur développement en lien avec les cycles de reproduction. La grande diversité du régime alimentaire de la plus petite espèce, Pristipomoides argyrogrammicus, a probablement favorisé le développement de celle-ci dont l’abondance augmente dans les captures, ce qui constitue une tendance inverse de celles des autres espèces.Concernant les espèces de surface, celles-ci se répartissent selon un gradient côte-large, formant trois groupes aux régimes alimentaires distincts. Le requin bouledogue (Carcharhinus leucas) et la carangue grosse tête (Caranx ignobilis) exploitent des ressources similaires à proximité de la côte, tandis que le requin tigre (Galeocerdo cuvier) s’alimente sur le bord du plateau insulaire. La dorade coryphène (Coryphaena hippurus) et le thon banane (Acanthocybium solandri) présentent une forte spécialisation sur un nombre limité de familles de proies, consommant majoritairement des stades pélagiques post-larvaires d’espèces côtières. Le δ13C mesuré dans le sang de C. leucas suggère des variations saisonnières de la distance à la côte de ses zones d’alimentation, certainement en lien avec son cycle biologique. Les requins tigre semblent former une population homogène constituée d’individus généralistes tandis que les requins bouledogue forment une population hétérogène d’individus spécialisés sur des ressources différentes.Ces résultats indiquent qu’une approche centrée sur l’habitat conviendrait à la gestion des espèces profondes, tandis qu’une approche centrée sur les espèces serait plus efficiente pour les espèces de surface.

The study of the food web requires the understanding of natural processes related to the distribution and abundance of organisms in their environment. Tropical seabirds show a hierarchical distribution that depends on the position of their colonies in relation to the physical structures of the environment, which favours biological production and to their dispersion capability, which is strongly affected by their status (breeder, migrant, ...). At macro-scale (103km), this distribution reflects the boundaries of their habitat, at meso-scale (10²km) the presence of structure aggregating prey, and at micro-scale (101km), the temporary presence at the surface, of prey driven by foraging marine predatory schools, mostly tunas. In the south-west Indian Ocean, more than 6 million of birds are present, of which 99% are sooty terns. They breed seasonally, in austral winter, at the Seychelles and at Europa, in austral summer at Juan de Nova. High chlorophyll concentration found around islands during breeding season favours the development of the food web that leading to the terns. The location of the Glorieuses Islands drives a sub-annual breeding regime, led by the presence of prey in the vicinity of the colony all year round. Sooty tern biomass removed during the reproduction, is estimated at 55,000 tons yearly, in the Mozambique Channel. The ain preys are squids, pelagic fishes and fish larvae, in various proportions according to the location.; L'étude des réseaux trophiques nécessite une compréhension des phénomènes naturels relatifs à la distribution et l'abondance des organismes dans leur environnement. Les oiseaux marins tropicaux ont une distribution hiérarchique qui dépend de la position de leurs colonies vis à vis des structures physiques du milieu favorisant la production biologique, et de la capacité de dispersion des oiseaux, qui est fortement influencée par leur statut (reproducteur, migrateur, ...). A macro-échelle (103km) cette distribution reflète les limites de leurs habitats, à méso-échelle (10²km) la présence de structures qui agrègent les proies et à micro-échelle (101 km), la présence temporaire en surface, de proies rendues accessibles le plus souvent par les bancs de prédateurs en chasse, tels que les thons. Dans le sud-ouest de l'océan Indien, plus de 6 millions d'oiseaux sont présents, dont 99% sont des sternes fuligineuses. Elles se reproduisent de façon saisonnière en hiver austral aux Seychelles et à Europa, en été austral à Juan de Nova. La concentration en chlorophylle plus élevée autour des colonies saisonnières favorise le développement de chaînes alimentaires qui aboutissent aux sternes. La position des Glorieuses semble avoir favorisé une reproduction sub-annuelle,soutenue par la présence de proies autour des colonies toute l'année. Les rélèvements de biomasse effectués par les sternes en reproduction sont estimés à plus de 55 000 tonnes par an, dans le canal du Mozambique. Ces prélèvements concernent des calmars, des poissons pélagiques et des larves de poissons, avec des proportions variables suivant les sites.

The study of the food web requires the understanding of natural processes related to the distribution and abundance of organisms in their environment. Tropical seabirds show a hierarchical distribution that depends on the position of their colonies in relation to the physical structures of the environment, which favours biological production and to their dispersion capability, which is strongly affected by their status (breeder, migrant, ...). At macro-scale (103km), this distribution reflects the boundaries of their habitat, at meso-scale (10²km) the presence of structure aggregating prey, and at micro-scale (101km), the temporary presence at the surface, of prey driven by foraging marine predatory schools, mostly tunas. In the south-west Indian Ocean, more than 6 million of birds are present, of which 99% are sooty terns. They breed seasonally, in austral winter, at the Seychelles and at Europa, in austral summer at Juan de Nova. High chlorophyll concentration found around islands during breeding season favours the development of the food web that leading to the terns. The location of the Glorieuses Islands drives a sub-annual breeding regime, led by the presence of prey in the vicinity of the colony all year round. Sooty tern biomass removed during the reproduction, is estimated at 55,000 tons yearly, in the Mozambique Channel. The ain preys are squids, pelagic fishes and fish larvae, in various proportions according to the location., L'étude des réseaux trophiques nécessite une compréhension des phénomènes naturels relatifs à la distribution et l'abondance des organismes dans leur environnement. Les oiseaux marins tropicaux ont une distribution hiérarchique qui dépend de la position de leurs colonies vis à vis des structures physiques du milieu favorisant la production biologique, et de la capacité de dispersion des oiseaux, qui est fortement influencée par leur statut (reproducteur, migrateur, ...). A macro-échelle (103km) cette distribution reflète les limites de leurs habitats, à méso-échelle (10²km) la présence de structures qui agrègent les proies et à micro-échelle (101 km), la présence temporaire en surface, de proies rendues accessibles le plus souvent par les bancs de prédateurs en chasse, tels que les thons. Dans le sud-ouest de l'océan Indien, plus de 6 millions d'oiseaux sont présents, dont 99% sont des sternes fuligineuses. Elles se reproduisent de façon saisonnière en hiver austral aux Seychelles et à Europa, en été austral à Juan de Nova. La concentration en chlorophylle plus élevée autour des colonies saisonnières favorise le développement de chaînes alimentaires qui aboutissent aux sternes. La position des Glorieuses semble avoir favorisé une reproduction sub-annuelle,soutenue par la présence de proies autour des colonies toute l'année. Les rélèvements de biomasse effectués par les sternes en reproduction sont estimés à plus de 55 000 tonnes par an, dans le canal du Mozambique. Ces prélèvements concernent des calmars, des poissons pélagiques et des larves de poissons, avec des proportions variables suivant les sites.