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La thèse propose un regard en profondeur sur les fondements de la connaissance en phonologie structurale. Elle s articule autour de cinq objectifs. Tout d'abord, un cadre précis de discussion métathéorique en phonologie est développé, admis qu'il n'existe tout simplement pas de méthode du genre permettant une critique systématique du contenu de programmes de recherche différents dans ce domaine. Cette méthodologie est ensuite appliquée à la phonologie fonctionnelle, celle issue de renseignement de Nikolaï S. Troubetz- koy et du fonctionnalisme d'André Martinet. De plus, elle est appliquée à un second programme de recherche, en marge de la réflexion centrale. Il s'agit de la phonologie générative et, plus spécifiquement, d'une théorie contemporaine à l'intérieur de celle-ci, la théorie de loptimalité, dont le caractère représentatif du cadre général est également abordé. Cet exercice comparatif permet de dégager les relations entre les contenus respectifs des deux programmes à l'étude pour, enfin, évaluer le statut épistémologique de la phonologie fonctionnelle.Il s'avère que la connaissance de la langue issue de la phonologie fonctionnelle se distingue clairement du domaine de la phonologie générative dégagé à travers l'étude de la théorie de loptimalité (et vice versa). Le partage des mêmes fondements phonétiques, d'une terminologie parfois trompeusement homogène et de la notion d'explication fonctionnelle masque la profonde opposition de valeur épistémologique accordée à des prémisses acceptées d'emblée par tous (l'opposition significative, par exemple, ou la réalité psychologique).En somme, ce travail remet en question une vision cumulative et rectiligne de l'histoire de la phonologie par l'épistémologie. Porter un regard critique sur la motivation des théories et sur les choix terminologiques permet de dégager les fondements de deux traditions de pensée qui ne se chevauchent pas là où celles-ci se définissent respectivement en tant que phonologie. Ainsi, du point de vue de la connaissance, la phonologie américaine n'inclut jamais ni ne peut contredire le fonctionnalisme européen, qui dès lors représente un courant parallèle plutôt que primitif.