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Selection is very important for the egg production domain, which is a growing market worldwide. This market has a very segmented nature, with every country having special specifications, depending on consumers expectations. This means that breeding companies have to produce birds which are adapted, or adaptable, to various breeding conditions, while still being able to produce eggs suitable for consumers expectations. Egg production market is also a very competitive, detained worldwide by only 3 enterprise groups. This means that the selection of the different lines, which are dedicated to fulfill differents production criteria, is a critical step. The genetic progress of selected populations is distributed worldwide, and optimize it is a way to stand out from the competitors.For the last few years, genomic selection is put in place in different sectors. Among other things, this methodology allowed to improve genetic progress in cattle industry, which was a precursor in the utilisation of it. This evaluation methode seems highly promising for the avian sector. To precisely estimate the effect of using it, it is necessary to know the accuracy of genomic evaluation. The main objective of this work is to estimate the precision of genomic evaluation on layers egg quality traits under different scenarios, in comparison with what is observed when using genetic evaluation., La sélection est particulièrement importante pour le domaine de la production d’œufs, qui est un marché en expansion au niveau mondial. Celui-ci présente une forte segmentation du marché, c'est à dire que chaque pays aura un cahier des charges particulier, dépendant des attentes des consommateurs. Cela signifie que les entreprises de sélection ont à produire des individus adaptés, ou adaptable, aux conditions d'élevage diverses, ainsi que capables de répondre aux différents besoin des consommateurs. C’est également un secteur fortement concurrentiel, détenu au niveau mondial par 3 grands groupes. Cela fait de la sélection des différentes lignées, qui répondent aux différents critères de production, une étape particulièrement critique. Le progrès génétique des populations sélectionnées est fortement diffusé partout dans le monde, et l'optimiser est un moyen de se distinguer des concurrents. Depuis plusieurs années, la méthodologie de la sélection génomique est mise en place dans différentes filières. Elle a notamment permis d'accélérer le progrès génétique dans la filière bovine, qui a été pionnière dans son utilisation. Cette méthode d'évaluation a été jugée prometteuse pour la filière avicole. Pour estimer précisément l'effet de l'usage de cette méthode d'évaluation sur leprogrès génétique des populations sélectionnées, il est nécessaire de connaître la précision de l'évaluation génomique. L'objectif premier de cette thèse est d'estimer la précision de l'évaluation génomique sur les caractères de qualité d’œuf chez la poule pondeuse dans différents cas de figures, en comparaisonde celle obtenue par l’évaluation génétique utilisée jusqu’alors.

Selection is very important for the egg production domain, which is a growing market worldwide. This market has a very segmented nature, with every country having special specifications, depending on consumers expectations. This means that breeding companies have to produce birds which are adapted, or adaptable, to various breeding conditions, while still being able to produce eggs suitable for consumers expectations. Egg production market is also a very competitive, detained worldwide by only 3 enterprise groups. This means that the selection of the different lines, which are dedicated to fulfill differents production criteria, is a critical step. The genetic progress of selected populations is distributed worldwide, and optimize it is a way to stand out from the competitors.For the last few years, genomic selection is put in place in different sectors. Among other things, this methodology allowed to improve genetic progress in cattle industry, which was a precursor in the utilisation of it. This evaluation methode seems highly promising for the avian sector. To precisely estimate the effect of using it, it is necessary to know the accuracy of genomic evaluation. The main objective of this work is to estimate the precision of genomic evaluation on layers egg quality traits under different scenarios, in comparison with what is observed when using genetic evaluation.; La sélection est particulièrement importante pour le domaine de la production d'oeufs, qui est un marché en expansion au niveau mondial. Celui-ci présente une forte segmentation du marché, c'est à dire que chaque pays aura un cahier des charges particulier, dépendant des attentes des consommateurs. Cela signifie que les entreprises de sélection ont à produire des individus adaptés, ou adaptable, aux conditions d'élevage diverses, ainsi que capables de répondre aux différents besoin des consommateurs. C’est également un secteur fortement concurrentiel, détenu au niveau mondial par 3 grands groupes. Cela fait de la sélection des différentes lignées, qui répondent aux différents critères de production, une étape particulièrement critique. Le progrès génétique des populations sélectionnées est fortement diffusé partout dans le monde, et l'optimiser est un moyen de se distinguer des concurrents. Depuis plusieurs années, la méthodologie de la sélection génomique est mise en place dans différentes filières. Elle a notamment permis d'accélérer le progrès génétique dans la filière bovine, qui a été pionnière dans son utilisation. Cette méthode d'évaluation a été jugée prometteuse pour la filière avicole. Pour estimer précisément l'effet de l'usage de cette méthode d'évaluation sur le progrès génétique des populations sélectionnées, il est nécessaire de connaître la précision de l'évaluation génomique.L'objectif premier de cette thèse est d'estimer la précision de l'évaluation génomique sur les caractères de qualité d'oeuf chez la poule pondeuse dans différents cas de figures, en comparaison de celle obtenue par l’évaluation génétique utilisée jusqu’alors.

National audience; Avian breeders are currently putting in place genomic selection in their selection schemes. One key parameter to optimize selection schemes, and so genetic gain of selected populations, is to correctly predict the accuracy of genomic evaluation. In a previous study, it has been shown that genomic selection at birth was a very promising strategy for breeders selection in purebred. As crossbred between pure lines is commonly used in avian selection schemes, raises the question about the use of crossbred offspring in breeders evaluation, and their impact on evaluation accuracy. In this study, we had 2 goals. First, estimation of genetic correlation, for the same egg quality trait, between performance from pure line, and cross line layers. Then, estimation of the differences in evaluation accuracy, by adding crossbred information to pure line evaluation. Results shown that genetic correlation between purebred and crossbred trait is strong, but did not allow to consider that it is the same trait. Adding crossbred performances into evaluations allowed to obtain better results, globally, than in separated evaluations.; Depuis quelques années, la sélection génomique commence à se mettre en place dans la filière avicole. Dans le but d’optimiser les schémas de sélection, et donc le progrès génétique des populations sélectionnées, il est important de connaître la précision de l’évaluation génomique, comparativement à l’évaluation génétique. Dans une étude précédente, il avait été observé que l’usage de la sélection génomique à la naissance était une stratégie très prometteuse pour la sélection des reproducteurs en race pure. Le croisement entre lignées pures étant utilisé à large échelle par les schémas de sélection avicoles, il s’est posé la question de l’utilisation des données des descendantes croisées sur l’évaluation des reproducteurs, et de leur influence sur la précision de l’évaluation. Dans le cadre de cette étude, 2 objectifs ont été poursuivis. Tout d’abord, estimer la corrélation génétique, pour un même caractère de qualité d’œuf, entre la performance exprimée par des poules de lignée pure, et celle des poules croisées. Ensuite, estimer les différences de précision apportées par l’intégration des données des croisées à l’évaluation en lignée pure. Les résultats ont montré que la corrélation génétique entre caractère pur et croisé est forte, mais ne permet pas de considérer qu’il s’agit du même caractère. L’ajout des performances de croisées aux évaluations a permis d’obtenir des résultats globalement meilleurs qu’en évaluations séparées.

La structure du déséquilibre de liaison (DL) au sein des populations en sélection impacte fortement la précision obtenue lors des études de cartographie de QTL ou lors de l’évaluation génomique des reproducteurs. Chez les oiseaux, la structure hétérogène du génome nécessite de décrire précisément le DL pour optimiser la sélection. L’utilisation des puces SNP haute densité pour le génotypage des populations de volailles est une opportunité pour approfondir notre connaissance de la structure du DL de ces populations. L’objectif de cette étude est d’acquérir une connaissance haute résolution de la structure du DL au sein de populations de poules de types ponte et chair. Nous avons analysé les génotypes (puce 600 K Affymetrix® Axiom® HD SNP) de 1541 animaux issus de 3 populations. L’étendue et le niveau du DL ont été estimés par le r2 moyen à distance physique donnée entre SNP. Cette étude met en évidence des différences importantes de structure du DL entre lignées et entre chromosomes. L’étendue et le niveau du DL sont plus importants dans les lignées de type ponte ou pour les macro-chromosomes et le chromosome Z. Ce niveau important de DL peut faciliter la détection de QTL sur ces chromosomes, mais peut également compliquer la localisation fine de polymorphismes causaux. A l’inverse, le faible niveau de DL observé sur les micro-chromosomes nécessite l’utilisation d’une forte densité de SNP pour détecter une association avec un phénotype, mais devrait permettre la cartographie fine d’un polymorphisme causal. Ces différences sont à prendre en considération pour définir une stratégie de génotypage économique et efficace pour la cartographie fine de QTL ou l’évaluation génomique., Knowledge of the linkage disequilibrium (LD) pattern is useful in animal genetic studies as it underlies mapping studies and genomic selection. This is all the more important in birds given the heterogeneous structure of the avian karyotype. Recently, the availability of the high density 600 K Affymetrix® Axiom® HD SNP genotyping array allowed to assess an in-depth knowledge of the LD pattern in chicken genome. The aim of the present study was to assess a higher resolution of the LD pattern in chicken genome in layer and broiler lines. In this study, we analyzed genotypes of 1541 animals from layers and broiler commercial populations to characterize their LD pattern. LD was measured by the average r2 value at a given physical distance between SNP. LD extended over a larger region for layer lines than for broiler line. Most differences between lines appeared at small interval distances (< 0.5Mb). LD extent and decay differed considerably between chromosomes categories. Average r2 values were higher for Z chromosome than for macro, intermediates and microchromosomes. The extent of useful LD observed for autosomal chromosomes was at least ten-fold longer for layer lines than for broiler. Finally, this study shed light on high LD for Z chromosome. The differences in LD pattern observed between chromosomes and chicken lines should be taken into account to define an economically efficient genotyping strategy.