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National audience; L’anémie infectieuse des équidés (AIE) est une maladie virale des équidés, dont la prévalence en France a fortement chuté depuis les années 1980 mais pour laquelle des cas sporadiques ou groupés sont encore régulièrement recensés. Le système de surveillance français comporte plusieurs dispositifs assurant une surveillance évènementielle ou programmée. L’objectif de ce travail était d’évaluer l’ensemble du système de surveillance de l’AIE, à l’aide de la méthode semi-quantitative OASIS (variante « flash ») afin d’identifier des axes d’amélioration. Les points forts majeurs identifiés sont la qualité du diagnostic de laboratoire, la simplicité et la rapidité des procédures de déclaration. Les principales recommandations portent sur une meilleure formalisation des objectifs de surveillance (pouvant conduire à une évolution des modalités de surveillance), un renforcement de la cohésion entre les dispositifs et une meilleure structuration de l’organisation institutionnelle centrale : unité centrale d’animation, comité de pilotage, comité scientifique et technique. Il ressort également de cette évaluation la nécessité d’améliorer la gestion et le traitement des données, en particulier leur centralisation, leur analyse épidémiologique régulière et le recours accru aux échanges informatisés pour les résultats d’analyses de laboratoire. Le travail conduit a aussi permis de montrer que l’utilisation de la méthode OASIS sous sa forme simplifiée « flash » était globalement bien acceptée par les partenaires du système de surveillance. Elle a permis en outre d’identifier avec un rapport temps/efficacité satisfaisant les principaux points faibles et de proposer des grandes améliorations du système.

Monitoring of vector-borne diseases : methods, strengths / weak point. Recent outbreaks of vector-borne diseases in France over the past decade have illustrated the need for efficient surveillance methods to monitor the onset and / or spread of these diseases. Epidemiological surveillance can detect the emergence of new or exotic diseases or monitor the epidemiological situation of an already established disease in an area to adapt control measures. Epidemiological surveillance can take many forms that can be combined to monitor a disease : Eventdriven surveillance (also called passive surveillance), programmed surveillance (or active surveillance) and syndromic surveillance. The specificities of the vector-borne diseases surveillance are based on the frequent complexity of their epidemiological cycles and the surveillance of the vectors. Entomological surveillance uses specific methods that are sometimes heavy and expensive to implement. It can track the geographical distribution of vectors, periods of vector activity, but due to a frequently low vector competence, usually cannot monitor diseases transmitted by these vectors., Les récents épisodes de maladies à transmission vectorielle en France au cours des dix dernières années ont illustré la nécessité de disposer de méthodes de surveillance performantes pour suivre l’apparition et/ ou l’évolution de ces maladies. La surveillance épidémiologique permet de déceler l’apparition d’une maladie nouvelle ou exotique ou de suivre l’évolution de la situation épidémiologique d’une maladie déjà implantée sur un territoire afin d’adapter les méthodes de contrôle. Les modalités de surveillance peuvent prendre diverses formes qui peuvent être combinées pour assurer le suivi d’une maladie : surveillance évènementielle (encore appelée surveillance passive), surveillance programmée (ou surveillance active) et surveillance syndromique. Les particularités de la surveillance des maladies à transmission vectorielle reposent sur la complexité fréquente de leurs cycles et sur la surveillance des vecteurs. La surveillance entomologique utilise des méthodes spécifiques qui sont quelque fois lourdes et couteuses à mettre en oeuvre. Elle permet de suivre la répartition géographique des vecteurs, les périodes d’activité vectorielle mais, en raison fréquemment d’une faible compétence vectorielle ne permet pas de suivre les maladies transmises par ces vecteurs., Dufour Barbara, Hendrikx Pascal, Leblond Agnès. Surveillance des maladies vectorielles : méthodes, avantages et limites. In: Bulletin de l'Académie Vétérinaire de France tome 168 n°1, 2015. pp. 43-49.

La mortalité bovine est un problème important, tant au plan économique que du point de vue du bien-être animal. Nous avons analysé les données enregistrées dans la base de données nationale d'identification de 2003 à 2009, décrivant la carrière d'environ 75 millions de bovins, afin de fournir des statistiques fiables de la mortalité bovine en France. Les résultats de cette étude constituent un référentiel pouvant être utilisé pour évaluer des situations observées en élevage. En moyenne sur cette période, le risque de mortalité périnatale des mâles et des femelles atteignait respectivement 7,9% et 6,0% dans le cheptel laitier, et 4,7% et 3,2% dans le cheptel allaitant. Le risque de mortalité annuel moyen des animaux de plus de deux ans était de 3,5% chez les laitiers et de 2,0% chez les allaitants. La mortalité des bovins laitiers était significativement plus élevée que celle des allaitants pour les dix classes d'âge étudiées, sauf celle de un à deux ans. La modélisation des données hebdomadaires a permis de décrire la saisonnalité des taux de mortalité, qui était différente selon le sous-groupe populationnel considéré. Les taux de mortalité des veaux de moins de sept jours présentaient notamment deux pics d'ampleur équivalente (en décembre et juillet), tandis que les autres classes d'âge présentaient un pic principal en hiver, visiblement associé chez les adultes au pic de vêlage. Les résultats de cette modélisation ont par ailleurs révélé une augmentation significative des taux de mortalité de 2003 à 2009, probablement en partie due à l'épizootie de fièvre catarrhale ovine qui s'est propagée en France en 2007-2008. L'augmentation des taux de mortalité bovine a déjà été constatée dans de nombreux pays, suggérant la nécessité de mettre en place des mesures correctrices., Cattle mortality represents both an economical and an animal welfare issue. We analyzed the data recorded in the National Cattle Register from 2003 to 2009, gathering data about 75 million cattle, to provide reliable statistics of cattle mortality in France. On average over this period, the perinatal mortality risk in males and females reached respectively 7.9% and 6.0% in dairy cattle, and 4.7% and 3.2% in beef cattle. The average annual mortality risk of animals over two years was 3.5% for dairy and 2.0% for beef cattle. Mortality of dairy cattle was significantly higher than that of beef cattle for the ten age groups studied, except for those of one to two years. Weekly data were modeled to describe the seasonality of mortality, which was different among the different sub-population groups. The mortality rate of calves less than seven days old showed two peaks of equal magnitude (in December and July), while other age groups showed a major peak in the winter, apparently associated in adults to the peak of calving. The modeling results of the model also revealed a significant increase in death rates from 2003 to 2009, probably partly due to the blue tongue epizootic that spread in France from 2007 to 2008. Rising rates of cattle mortality have already been observed in many countries, suggesting the need to implement corrective measures.

L'importance actuelle des maladies animales, leur émergence ou réémergence montrent que la surveillance est indispensable pour que soient définies des mesures de lutte adaptées. Les systèmes de surveillance s'appuient sur différents types d'acteurs organisés en réseau et qui ont pour activités de collecter, transmettre, analyser et diffuser les informations sanitaires. Ces activités peuvent être réparties entre les acteurs du secteur public et ceux du secteur privé. Cependant, la spécification des mandats et attributions de chacun est aujourd'hui essentielle. Ainsi, en Afrique, où la réduction des budgets consacrés aux Services vétérinaires de l'État a suscité depuis quelques années le développement de la médecine vétérinaire privée, les positionnements et rôles des agents de l'État (vétérinaires, techniciens, etc.) par rapport aux acteurs du secteur privé (vétérinaires, éleveurs) demandent à être précisément définis et harmonisés. Diverses expériences dans ce domaine, menées par divers pays d'Afrique subsaharienne, sont ici présentées et commentées.

The One Health concept recognizes that human health, animal health and environmental health areinterconnected and promotes multisectoral and multidisciplinary collaboration to efficiently manage health issues atthe human-animal-environment interface. One Health surveillance is strongly encouraged as it suggests theenhanced performance and cost-effectiveness of surveillance. Nevertheless, surveillance systems continue to bedeveloped and operated in a highly sectoral approach. We argue that the challenging operationalization of OneHealth surveillance is partly due to the existence of confusion and uncertainty regarding its practical application aswell as its added value comparing to sectoral surveillance components operating independently.In this context, we developed a conceptual and methodological framework to help the implementation ofOne Health surveillance. First, we characterised One Health surveillance and its application contexts using asystematic literature review of existing One Health surveillance systems followed by an expert opinion elicitation.Then, we mobilized two approaches, stakeholder analysis and companion modelling, to develop and apply twoinnovative methods to facilitate the application of the One Health concept by surveillance actors. Finally, weidentified specific attributes to support the development of a tool aiming at evaluating the quality andappropriateness of implemented collaboration to meet the collaborative objectives. Along with other projects led byresearch teams across the world, our research work contributes to the promotion of One Health surveillance.; Le concept One Health (Une seule santé) reconnaît une interconnexion entre la santé animale, la santé humaine et la santé des écosystèmes. Il encourage des efforts collaboratifs entre secteurs et disciplines pour aborder plus efficacement les problématiques sanitaires à l'interface homme-animal-environnement. En matière de surveillance sanitaire, ce concept est très largement promu car il laisse présager une amélioration de la performance épidémiologique et économique de la surveillance. Cependant, les systèmes de surveillance continuent le plus souvent à opérer en silo avec des dispositifs sectoriels très peu connectés. Nous pensons que le manque d’opérationnalisation de la surveillance One Health relève en partie de la persistance de confusions et d’incertitudes sur son application pratique et sur sa valeur ajoutée par rapport à la juxtaposition de dispositifs sectoriels fonctionnant indépendamment.Dans ce contexte, nous avons développé un cadre conceptuel et méthodologique pour favoriser la mise en oeuvre du concept One Health dans le domaine de la surveillance. Pour cela, nous avons tout d’abord caractérisé la surveillance One Health et ses contextes d’application en conduisant une revue systématique de littérature des systèmes One Health existants, suivie d’une élicitation d’opinions d’experts. Puis, nous avons mobilisé deux approches, l’analyse des acteurs et la modélisation d’accompagnement, pour développer et tester de nouvelles méthodes pour aider les acteurs de la surveillance dans la mise en oeuvre du concept One Health. Enfin, nous avons défini des attributs spécifiques pour développer un outil d’évaluation de la qualité et de la pertinence de la collaboration mise en oeuvre dans un système de surveillance pour répondre aux objectifs collaboratifs. Ces travaux participent, en synergie avec des travaux conduits par d’autres équipes de recherche, à la promotion de la surveillance One Health.

How to identify effective strategies to manage the epidemics impacting crops?The answer to this question is not obvious because of the complexity of epidemics (they simultaneously depend on biological processes, patch organization in the landscape, and human interventions). To answer that question, models can be used because of their ability to simulate many scenarios. Indeed, they can enable to estimate epidemiological parameters, to assess the efficiency of different management strategies and to optimize them.In this context, we developed a generic framework for in silico optimization of plant disease management strategies at the landscape scale. This framework is based on (i) the characterization of the epidemic dynamics to estimate its key parameters, (ii) the use of a spatially explicit model to simulate the dynamics and management of this disease and (iii) the use of numerical optimization methods to identify efficient management strategies. Here, we apply this approach to sharka, caused by Plum pox virus. This disease has a worldwide impact on the Prunus industry and is associated with huge management costs in many countries. In France, the management strategy for this disease principally consists of orchard surveillance, removal of trees that might contribute to the epidemic propagation, and plantation bans.My PhD indicates that some strategies should be more profitable than the one currently applied in France. These strategies require less orchard surveillance and do not impose any plantation ban. It turns out that some of these strategies are efficient for all tested landscape types, which may be interesting in practice for risk managers. This approach was applied to the sharka, but could be transposed to optimize the management of other epidemics.; Comment identifier des stratégies efficaces pour gérer les épidémies affectant les cultures ?La réponse à cette question n’est pas évidente du fait de la complexité des épidémies (elles dépendent à la fois de processus biologiques, de l’organisation des parcelles dans le paysage, et des interventions humaines). Pour y répondre, des modèles peuvent être utilisés en raison de leur capacité à simuler de nombreux scénarios. En effet, ils peuvent permettre d’estimer des paramètres épidémiologiques, d’évaluer l'efficacité de différentes stratégies de gestion et de les optimiser.Dans ce contexte, nous avons développé une approche générique pour optimiser in silico la gestion d’une maladie des plantes à l’échelle du paysage. Cette approche est basée sur (i) la caractérisation de la dynamique épidémique pour estimer ses paramètres clés, (ii) l'utilisation d’un modèle spatialement explicite pour simuler la dynamique et la gestion de cette maladie et (iii) l'utilisation de méthodes d'optimisation numérique pour identifier des stratégies de gestion efficaces. Ici, nous appliquons cette approche à la sharka, causée par le Plum pox virus. Cette maladie a un impact mondial sur la filière Prunus et est associée à d'importants coûts de gestion dans de nombreux pays. En France, la stratégie de gestion de cette maladie repose notamment sur la surveillance des vergers, l’arrachage des arbres pouvant contribuer à la propagation de l’épidémie, et des restrictions de plantation.Ma thèse indique que certaines stratégies devraient être plus rentables que celle actuellement appliquée en France. Ces stratégies nécessitent moins de surveillance des vergers et n’imposent aucune restriction de plantation. Il s'avère que certaines de ces stratégies sont efficaces pour tous les types de paysage testés, ce qui peut être intéressant en pratique pour les gestionnaires du risque. Cette approche a été appliquée à la sharka, mais elle pourrait être transposée pour optimiser la gestion d’autres épidémies.

Emerging animal diseases, zoonotic diseases and the development of international trade have led to an increase in the need for efficient animal health surveillance systems. However, the current economic environment led to significant budget cuts, resulting in a reallocation of resources dedicated to surveillance. In this context, regular evaluation of surveillance systems, on which are based the health decisions, is essential to ensure their operation, the quality of the collected data and to allow their improvement.This study focused on the evaluation of a complex surveillance system, the Sylvatub network for the surveillance of Mycobacterium bovis infection in wildlife, which consists of several surveillance components focusing on several wild species. We have used four evaluation methods: (i) a quantitative method to estimate the surveillance sensitivity by scenario trees modelling, (ii) a quantitative method to estimate the surveillance costs, enabling the estimation of a cost-effectiveness ratio, (iii) a semi-quantitative method to estimate the global operation of the system, and (iv) a qualitative method to investigate the acceptability of the surveillance. This study allowed to assess the Sylvatub network in its environmental and economical context, with the integration of behavioral and social factors; and allowed the development of recommendations for the evolution of the surveillance system and its improvement.This study has highlighted the methodological and operational advantages of the complementary use of several methods for the evaluation of complex surveillance systems. It provides methodological perspectives to support the integration of evaluation methods. The assessment of the Sylvatub system should be deepened and complemented by the evaluation of the surveillance system in cattle to explore interconnections between domestic and wild populations in this particular multi-host system.; Les maladies animales émergentes, les maladies zoonotiques et le développement du commerce international ont conduit à une augmentation des besoins en systèmes de surveillance en santé animale performants. Toutefois, le contexte économique actuel conduit à des restrictions budgétaires importantes, induisant une diminution des ressources allouées à la surveillance. Dans ce contexte, l’évaluation régulière des dispositifs de surveillance, sur lesquels sont fondées les décisions sanitaires, est indispensable afin de vérifier leur bon fonctionnement, la qualité des données collectées, et permettre leur amélioration.Notre travail a porté sur l’évaluation d’un dispositif de surveillance complexe, Sylvatub, le dispositif de surveillance de l’infection à Mycobacterium bovis dans la faune sauvage, constitué de plusieurs composantes de surveillance et ciblant plusieurs espèces sauvages. Nous avons appliqué quatre méthodes d’évaluation : (i) une méthode quantitative d’estimation de la sensibilité de la surveillance par arbres de scénarios, (ii) une méthode quantitative d’estimation des coûts de la surveillance, permettant le calcul d’un ratio coût-efficacité, (iii) une méthode semi-quantitative permettant l’étude du fonctionnement général du dispositif et (iv) une méthode qualitative permettant d’investiguer l’acceptabilité de la surveillance. Ces travaux ont permis d’évaluer le dispositif Sylvatub dans son contexte environnemental et économique, en intégrant des facteurs comportementaux et sociaux, et ont permis la formulation de recommandations pour l’évolution du dispositif et son amélioration.Ces travaux ont également permis de souligner les avantages méthodologiques et opérationnels de l’utilisation complémentaire de plusieurs méthodes pour l’évaluation de dispositifs de surveillance complexes et proposent des perspectives méthodologiques pour favoriser l’intégration des méthodes d’évaluation. L’évaluation du dispositif Sylvatub devra être poursuivie et complétée par celle du dispositif de surveillance en élevage bovin afin d’étudier les interconnexions entre les populations domestiques et sauvages dans ce système multi-hôtes particulier.