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Des études expérimentales ont suggéré que les particules de suie formées le long de différentes lignes de courant dans une flamme de diffusion peuvent avoir des morphologies différentes. Cependant, les incertitudes liées à l'échantillonnage et à leur analyse rendent difficile la quantification de ces différences. Dans ce travail, ce problème est exploré d'un point de vue numérique grâce à un couplage de simulations aux échelles macroscopique et nanoscopique. Ces simulations montrent des agrégats remarquablement plus grands et plus compacts dans les ailes de la flamme comparativement à ceux rencontrés le long de l'axe central. L'analyse des paramètres morphologiques tels que l'anisotropie, le recouvrement des monomères et le nombre de coordinance révèle la compléxité de la morphologie des particules de suie ainsi que la présence d'agrégats en chaîne le long des différentes lignes de courant de la flamme., Experimental studies have suggested that soot particles formed along different streamlines in a diffusion flame may have different morphologies. However, the uncertainties linked to the sampling and their analysis make difficult the quantification of these morphological differences. This work explores this problem from a numerical point of view thanks to a coupling of nanoscale and macroscale simulations. The coupling shows remarkably larger and more compact aggregates near the wings of the flame compared to its centerline. The analysis of morphological parameters such as anisotropy, monomers overlapping, and coordination number reveals the complex morphology of soot and shows the presence of chain-like aggregates along the different streamlines of the flame.

Adeno-associated virus (AAV) are promising gene therapy vectors. They allow liver- or/and muscle-targeted gene transfer. Liver-targeting AAV gene therapy is among the simplest strategy, because the liver is highly vascularized hence easily reachable. Moreover, hepatic expression of a transgene induce its immune tolerance. Nevertheless, there are still some great challenges to overcome for AAV gene therapy: (i) anti-capsid immune response, (ii) the size-limited AAV’s encapsidating capacity, (iii) multi-tissues targeting, (iv) the loss of expression in a growing /proliferative liver. Glycogen storage disease type III (GSDIII) is a rare metabolic and genetic disease. Its pathophysiology turns it into an excellent disease model to study AAV gene transfer limitations. Indeed, liver and muscles are affected in GSDIII. More specifically, the liver impairment in GSDIII leads to fibrosis, to hepatocytes proliferation, and to hepatocellular carcinomas development. Meanwhile, muscular progressive weakness appears and worsen with aging. In addition, the size of the gene coding for the enzyme lacking in GSDIII reaches almost the AAV encapsidation capacity, which oblige to develop strategies to increase the encapsidation capacity. We developed a murine model of GSDIII that recapitulates the human phenotype observed in patients. In this study, we developed strategies based on AAV to overcome the therapeutic challenges associated with GSDIII. To do so, we developed dual AAV vectors approaches, the overlapping and the dual hybrid system, that allowed rescue of the muscular phenotype, but only a partial correction of the metabolic features., Les virus adéno-associés (AAV) sont des vecteurs prometteurs pour la thérapie génique. Ils permettent de cibler notamment le foie et les muscles. Cibler le foie est l’une des stratégies les plus simples en thérapie génique par AAV, car il est hautement vascularisé. Une expression hépatique du transgène permet de plus une tolérance de l’organisme face à ce transgène réintroduit. Cependant, il existe encore des limites à surmonter avant de pouvoir établir une plateforme de thérapie génique par AAV : (i) la réponse immunitaire anti-capside, (ii) la capacité d’encapsidation du vecteur, (iii) le défi de cibler plusieurs tissus cibles, (iv) la perte d’expression du vecteur dans un foie en prolifération. La glycogénose de type III (GSDIII) est une maladie métabolique et génétique rare dont la physiopathologie en fait un excellent modèle pour étudier les limites de la thérapie génique par AAV. En effet, le foie et les muscles des patients sont affectés dans cette maladie. Plus précisément, l’atteinte hépatique dans GSDIII conduit à une fibrose, à une prolifération hépatocytaire, et au développement de carcinomes hépatocellulaires. En parallèle, une myopathie progressive s’installe. De plus, la taille du gène codant pour l’enzyme déficitaire dans GSDIII atteint presque la limite d’encapsidation de l’AAV, ce qui oblige à trouver des solutions pour augmenter cette capacité. Nous avons développé un modèle murin de GSDIII, reproduisant les caractéristiques observées chez les patients. Dans cette étude, nous avons développé des stratégies mettant en jeu des AAV afin de répondre aux défis thérapeutiques que cette pathologie pose. Pour ce faire, nous avons développé des vecteurs AAV dual, overlapping et dual hybrid, qui ont permis de corriger le phénotype musculaire, mais seulement partiellement le phénotype métabolique.

Data Handover is a library of functions adapted to large-scale distributed systems. It provides routines that allow acquiring resources in reading or writing in the ways that are coherent and transparent for users. We modelled the life cycle of Dho by a finite state automaton and through experiments; we have found that our approach produced an overlap between the calculation of the application and the control of the data. These experiments were conducted both in simulated mode and in real environment (Grid'5000). We exploited the GRAS library of the SimGrid toolkit. Several clients try to access the resource concurrently according the client-server paradigm. By the theory of queues, the stability of the model was demonstrated in a centralized environment. We improved, the distributed algorithm for mutual exclusion (of Naimi and Trehel), by introducing following features: (1) Allowing the mobility of processes (ADEMLE), (2) introducing shared locks (AEMLEP) and finally (3) merging both properties cited above into an algorithm summarising (ADEMLEP). We proved the properties, safety and liveliness, theoretically for all extended algorithms. The proposed peer-to-peer system combines our extended algorithms and original Data Handover model. Lock and resource managers operate and interact each other in an architecture based on three levels. Following the experimental study of the underlying system on Grid'5000, and the results obtained, we have proved the performance and stability of the model Dho over a multitude of parameters, Data Handover est une librairie de fonctions adaptée aux systèmes distribués à grande échelle. Dho offre des routines qui permettent d'acquérir des ressources en lecture ou en écriture de façon cohérente et transparente pour l'utilisateur. Nous avons modélisé le cycle de vie de Dho par un automate d'état fini puis, constaté expérimentalement, que notre approche produit un recouvrement entre le calcul de l'application et le contrôle de la donnée. Les expériences ont été menées en mode simulé en utilisant la libraire GRAS de SimGrid puis, en exploitant un environnement réel sur la plate-forme Grid'5000. Par la théorie des files d'attente, la stabilité du modèle a été démontrée dans un contexte centralisé. L'algorithme distribué d'exclusion mutuelle de Naimi et Tréhel a été enrichi pour offrir les fonctionnalités suivantes: (1) Permettre la connexion et la déconnexion des processus (ADEMLE), (2) admettre les locks partagés (AEMLEP) et enfin (3) associer les deux propriétés dans un algorithme récapitulatif (ADEMLEP). Les propriétés de sûreté et de vivacité ont été démontrées théoriquement. Le système peer-to-peer proposé combine nos algorithmes étendus et le modèle originel Dho. Les gestionnaires de verrou et de ressource opèrent et interagissent mutuellement dans une architecture à trois niveaux. Suite à l'étude expérimentale du système sous-jacent menée sur Grid'5000, et des résultats obtenus, nous avons démontré la performance et la stabilité du modèle Dho face à une multitude de paramètres

Data handover, Dho is a library of functions adapted to large-scale distributed systems. It provides routines that allow to acquire resources in reading or writing in the ways that are coherent and transparent for users. We modeled the life cycle of Dho by a finite state automaton and through experiments, we have found that our approach produced an overlap between the calculation of the application and the controle of the data. These experiments were conducted both in simulated mode and in real environment (within Grid'5000). We exploited the GRAS library of the SimGrid toolkit. Several clients try to access the resource concurrently according the client-server paradigm. By the theory of queues, the stability of the model was demonstrated in a centralized environment. We improved, the distributed algorithm for mutual exclusion (of Naimi and Trehel), by introducing following features: (1) Allowing the mobility of processes (ADEMLE), (2) introducing shared locks (AEMLEP) and finally (3) merging both properties cited above into an algorithm summarising (ADEMLEP). We proved the properties, Safety and liveliness, theoretically for all extended algorithms. The proposed peer-to-peer system combines our extended algorithms and original dho model. Lock and resource managers operate and interact each other in an architecture based on three levels. Following the experimental study of the underlying system on Grid'5000, and the results obtained, we have proved the performance and stability of the model Dho over a multitude of parameters., Data Handover, Dho est une librairie de fonctions adaptée aux systèmes distribués à grande échelle. Dho offre des routines qui permettent d'acquérir des ressources en lecture ou en écriture de façon cohérente et transparente pour l'utilisateur. Nous avons modélisé le cycle de vie de Dho par un automate d'état fini puis, constaté expérimentalement, que notre approche produit un recouvrement entre le calcul de l'application et le contrôle de la donnée. Les expériences ont été menées en mode simulé en utilisant la libraire GRAS de SimGrid puis, en exploitant un environnement réel sur la plate-forme Grid'5000. Par la théorie des files d'attente, la stabilité du modèle a été démontrée dans un contexte centralisé. L'algorithme distribué d'exclusion mutuelle de Naimi et Tréhel a été enrichi pour offrir les fonctionnalités suivantes: (1) Permettre la connexion et la déconnexion des processus (ADEMLE), (2) admettre les locks partagés (AEMLEP) et enfin (3) associer les deux propriétés dans un algorithme récapitulatif (ADEMLEP). Les propriétés de sûreté et de vivacité ont été démontrées théoriquement. Le système peer-to-peer proposé combine nos algorithmes étendus et le modèle originel dho. Les gestionnaires de verrou et de ressource opèrent et interagissent mutuellement dans une architecture à trois niveaux. Suite à l'étude expérimentale du système sous-jacent menée sur Grid'5000, et des résultats obtenus, nous avons démontré la performance et la stabilité du modèle Dho face à une multitude de paramètres.

International audience; The Arlequin method has been successfully used to alterate a given safe structure by super-imposing a local alterated model (or patch) to a global given model. This paper aims on the one hand to extend the Arlequin method to the multi-alteration of a given global model, while analyzing the interactions between these alterations, and on the other hand to solve efficiently the obtained discrete Arlequin problems by means of Decompotion Domain Solvers.; La méthode Arlequin a été utilisée avec succès pour altérer de manière flexible une structure saine, en superposant un modèle local (ou patch) altéré à un modèle global donné. Ce travail s’inscrit dans un double objectif. Le premier est l’extension de cette méthode à la multi-altération des structures, par superposition de plusieurs patchs, tout en tenant compte des inter-actions entre ces patchs. Le second est la résolution numérique performante des problèmes Arlequin discrets dérivés de cette modélisation multi-patchs par des Méthodes de Décomposition de Domaines.

Numerical treatment of flow mechanics problems relies on particular and often complex geometries. In order to describe them faithfully, we have developped a method to connect nonmatching block-structured meshes. This method relies on non-conservative and implicit interpolation of interfaces variables between blocks. The connecting conditions treatment has been developped in 2D and 3D and applied to the resolution of Navier-Stokes equations with the augmented Lagrangian method. Numerical validation in 2D has been performed on several test cases which analytical solutions are well-known as well as academics cases such as the flow over a backward-facing step, the lid-driven cavity flow, and the flow aroud a cylinder. Results show the feasibility and validity of the proposed method.; Le traitement numérique de problème de mécanique des fluides s'appuit sur des géométries souvent particulières et complexes. Afin de les représenter au mieux, nous avons développé une méthode de raccordement de maillages multiblocs non-conformes. Elle repose sur l'interpolation, non-conservative et implicite des variables des interfaces entre les blocs. Le traitement des conditions de raccord a été intégré au code de calcul Aquilon en 2D et en 3D, dans le contexte de la méthode du Lagrangien Augmentée servant à la résolution des équations de Navier-Stokes. La validation numérique 2D a été effectuée sur un ensemble de cas tests dont les solutions analytiques sont bien connues ainsi que sur les cas de la marche descendante, de la cavité entraînée et de l'écoulement autour d'un cylindre. Les résultatsobtenus montrent la faisabilité et le bien-fondé de l'approche proposée.

Numerical treatment of flow mechanics problems relies on particular and often complex geometries. In order to describe them faithfully, we have developped a method to connect nonmatching block-structured meshes. This method relies on non-conservative and implicit interpolation of interfaces variables between blocks. The connecting conditions treatment has been developped in 2D and 3D and applied to the resolution of Navier-Stokes equations with the augmented Lagrangian method. Numerical validation in 2D has been performed on several test cases which analytical solutions are well-known as well as academics cases such as the flow over a backward-facing step, the lid-driven cavity flow, and the flow aroud a cylinder. Results show the feasibility and validity of the proposed method.; Le traitement numérique de problème de mécanique des fluides s'appuit sur des géométries souvent particulières et complexes. Afin de les représenter au mieux, nous avons développé une méthode de raccordement de maillages multiblocs non-conformes. Elle repose sur l'interpolation, non-conservative et implicite des variables des interfaces entre les blocs. Le traitement des conditions de raccord a été intégré au code de calcul Aquilon en 2D et en 3D, dans le contexte de la méthode du Lagrangien Augmentée servant à la résolution des équations de Navier-Stokes. La validation numérique 2D a été effectuée sur un ensemble de cas tests dont les solutions analytiques sont bien connues ainsi que sur les cas de la marche descendante, de la cavité entraînée et de l'écoulement autour d'un cylindre. Les résultatsobtenus montrent la faisabilité et le bien-fondé de l'approche proposée.