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Medieval leper house of Saint-Thomas d'Aizier owned to the abbey of Fécamp’s dominium (Normandy). Dedicated to Thomas Becket, this rural edifice a priori of no significant importance is fully preserved and offers the chance of a nearly complete search. Used from 11th to 16th century, the site has been fossilized. Devolved to the care of lepers, a historical and archaeological study allows to understand its organization, origin, operation mode and changes over time. The excavation provided new insights into the living conditions, on sepulcral and non-sepulcral areas, on buried population and on care given to the patients welcomed. This site is also interesting to study the perception of leprosy during the Middle Ages and better understand its social and therapeutic implications., La léproserie médiévale Saint-Thomas d’Aizier, en pleine forêt de Brotonne, compte parmi les propriétés de l’abbaye de Fécamp (Normandie). Seule la chapelle romane, dédiée à Thomas Becket, subsiste à l’état de ruines. Petit édifice rural a priori sans importance notable, il présente l’intérêt d’être intégralement conservé et offre l’opportunité très rare d’une fouille quasi exhaustive. Fondé vers la fin du XIe s. et abandonné au cours du XVIe s., l’établissement est ensuite fréquenté façon sporadique. Progressivement gagné par la forêt, l’enclos s’est fossilisé et les vestiges ont été sauvegardés. Une léproserie est un centre de soins dévolus aux seuls lépreux/ses. À Aizier, l’étude des sources historiques et archéologiques a permis de comprendre l’organisation de cet établissement, son origine, son mode de fonctionnement et son évolution dans le temps avec des ruptures par rapport à sa destination d’origine (sexe, âge, pathologies). L’analyse de la population inhumée apporte non seulement un éclairage inédit sur les conditions de vie, la structuration des espaces et la nature des défunts, mais aussi sur les soins donnés aux malades accueillis dans cette communauté pénitentielle de lépreux. En effet, la population enterrée à Aizier est particulièrement intéressante pour l’étude de la lèpre au Moyen Âge, mais aussi pour connaître la perception de cette maladie et mieux appréhender ses implications sociales et thérapeutiques.

L’extraction directe des acides nucléiques de microorganismes du sol est une étape cruciale de l’analyse moléculaire des communautés microbiennes du sol. Cependant, l’utilisation de nombreux protocoles d’extraction, chacun présent des biais, rendent difficile la comparaison des jeux de données. Cette déficience est d’autant plus dommageable que les méthodes moléculaires présentent un débit élevé et, en conséquence, génèrent de nombreuses données. Avec de surpasser cette problématique, en 2006 l’INRA a proposé à l’ISO une méthode d’extraction directe de l’ADN du sol. Cette méthode a été évaluée par 13 laboratoires européens indépendants au travers d’un essai interlaboratoire Français et d’un essai international. La reproductibilité de la méthode d’extraction des acides nucléiques du sol a été évaluée en comparant les quantités d’ADN, l’abondance et la structure génétique de communautés microbiennes extraits de 12 sols différents. Basés sur les résultats des essais interlaboratoires, la méthode a été approuvée à l’unanimité par les 21 pays votant à l’ISO. Le standard ISO11063 décrivant cette méthode a été publié par l’ISO. Il est en cours de traduction pour être publié en Français par l’AFNOR. Les résultats des essais interlaboratoires seront présentés et les perspectives offertes par ce nouveau standard en terme d’évaluation post-homologation de produits phytosanitaires discutées.Petric I., Philippot L., Abbate, Abbate C., Bispo A., Chesnot T., Hallin S., Laval K., Lebeau T., Lemanceau P., Leyval C., Lindstrom K., Pandard P., Romero E., Sarr A., Schloter M, Simonet P., Smalla K., Wilke B.M., Martin-Laurent F. 2011. Inter-laboratory evaluation of the ISO standard 11063 "Soil quality - Method to directly extract DNA from soil samples". J. Microbiol. Meth. 84:454-460.

Le mildiou causé par Phytophthora infestans est une des maladies les plus dévastatrices de la pomme de terre et son contrôle requiert de nombreuses applications de fongicides souvent chimiques et toxiques. Pour se substituer à ces molécules, l’utilisation d’agents de lutte biologiques connait un engouement croissant ces dernières années. Dans notre étude, quatre filtrats (sur 149) de levures et champignons filamenteux sélectionnés d’après leur effet sur la croissance de P. infestans in vitro, ont été combinés avec le CMA Rhizophagus irregularis MUCL 41833 en billes d’alginate pour tester tout d’abord leur compatibilité, à la fois en conditions in vitro et in vivo. Ensuite, l’efficacité de la combinaison CMA avec Trichoderma virens MUCL 18139 a été évaluée sur le biocontrôle du mildiou chez la variété sensible Annabelle en conditions de serres. Pour cela, le CMA a été introduit dans le substrat au moment de la plantation et le filtrat (1) appliqué sur les parties aériennes en spray un jour avant ou un ou cinq jours après l’inoculation de P. infestans, (2) encapsulé dans des billes d’alginates avec le CMA au moment de la plantation, (3) soit les deux. Les résultats ont montré qu’après 15 jours de développement du mildiou sur les feuilles de pomme de terre, l’inoculation des racines avec le CMA seul ou encapsulé avec le filtrat de T. virens diminuait significativement l’aire sous la courbe de progression de la maladie de 69 et 77% respectivement (résultats similaires à ceux obtenus avec le fongicide Mancozèbe), en comparaison avec les plantes non-traitées. A l’inverse, l’application foliaire du filtrat, quelque soit la colonisation des racines par le CMA, n’a pas réduit les symptômes de la maladie. Nos résultats démontrent le potentiel offert par la combinaison de filtrats d’agents de bio-contrôle et de CMA pour contrôler le mildiou de la pomme de terre.

International audience; No abstract available

International audience; Justification: Les enfants présentent un faible taux de COVID-19 et de syndrome inflammatoire multisystémique sévère apparenté à la maladie de Kawasaki (MIS) mais présentent une prévalence élevée d'infections aux coronavirus saisonniers.Objectif: Nous avons évalué par sérologie si une infection antérieure par les coronavirus saisonniers (NL63, HKU1, 229E, OC43) pouvait fournir une immunité croisée contre l'infection par le SARS-CoV-2 chez les enfants.Méthodes: Une étude observationnelle multicentrique transversale a été mise en place chez i) des enfants pauci- ou asymptomatiques hospitalisés à Paris lors de la première vague pour des raisons autres qu’une infection à SARS-CoV-2 (groupe HOS, n = 739) ; et ii) des enfants présentant un syndrome inflammatoire multisystémique (groupe MIS, n = 36). Un test LIPS d’immunoprécipitation a été utilisé afin de mesurer la présence d’anticorps anti-SARS-CoV-2 dirigés contre les domaines C-terminal de la nucléoprotéine N et les domaines S1 et S2 de la protéine de spicule S. Un total de 69 patients séropositifs pour SARS-CoV-2, dont 15 MIS, et de 115 patients séronégatifs (CTL) appariés en fonction de l’âge et du sexe ont été sélectionnés afin de mesurer le niveau d’anticorps dirigés contre le SARS-CoV-2 et les coronavirus saisonniers (HCoV). La séroprévalence et le niveau de réponse anticorps dirigés contre les différents virus ont servi à évaluer si l’infection à SARS-CoV-2 chez les enfants est influencée par une infection antérieure par des coronavirus saisonniers. Principaux résultats: La prévalence des infections à HCoV était très élevée et similaire dans les trois groupes HOS, MIS et CTL. De même, les niveaux de réponse anticorps dirigés contre les HCoV n'étaient pas significativement différents dans les trois groupes et n'étaient pas corrélés au niveau de réponse anticorps anti-SARS-CoV-2 dans les groupes HOS et MIS. Les profils d'anticorps anti-SARS-CoV-2 étaient différents chez les enfants des groupes HOS et MIS, avec un niveau de réponse anti-S1 et –N significativement plus élevés chez les enfants atteints de syndrome inflammatoire multisystémique.Conclusion: Une infection antérieure par les coronavirus saisonniers (évaluée par sérologie) n'interfère pas avec le risque d’être infecté par le SARS-CoV-2 ni avec celui de développer un MIS chez les enfants.

International audience; La découverte en 2003 du premier virus géant, le Mimivirus, dont le génome a une taille de 1,2 Mb, a soulevé de très nombreuses questions, en particulier sur l’origine de ces virus et leur place dans le monde vivant [1, [2]. Bien que ces virus puissent sembler fondamentalement différents des autres, ce n’est pas le cas : Mimivirus et les autres virus géants font partie d’un même phylum groupant plusieurs familles de virus à ADN, les Nucleocytoviricota, communément appelés NCLDV (nucleocytoplasmic large DNA viruses) [3]. Ces virus sont tous de grande taille, les plus petits correspondant à la famille du virus de la variole, dont le génome est « seulement » dix fois plus petit que celui des géants. Les différentes familles de NCLDV infectent les eucaryotes les plus divers (animaux, algues, protistes), ce qui suggère une origine très ancienne dans l’évolution des espèces. Nous avons récemment pu le confirmer en réalisant des analyses phylogénétiques approfondies de ces virus [4]. De plus, en analysant leurs ARN polymérases (ARN Pol) et les ARN Pol cellulaires, notre étude a montré que deux des trois ARN Pol des eucaryotes, les ARN pol I et II, sont probablement d’origine virale.

Aspergillus fumigatus (Af, filamentous fungus) and Stenotrophomonas maltophilia (Sm, Gram-negative bacillus) can colonize the respiratory tract of cystic fibrosis patients. These pathogens can form biofilms, a mode of growth that confers some advantages, including a lower antimicrobial susceptibility. An in vitro mixed model biofilm developed in our laboratory describes an antagonism effect of Sm on Af using a couple of clinical reference strains. The first part of this thesis allowed the analysis of mixed biofilm formation using Sm strains from diverse origins in order to investigate whether this antagonism is strain-dependent. Only some clinical strains of Sm can induce an antagonism on Af after 24 h of co-culture at 37°C. The second part of this thesis was to evaluate the antimicrobial susceptibility of single and mixed biofilms by colorimetric, culture and qPCR methods. Our results show that direct contact of Sm increases the Af susceptibility to amphotericin B. On the other hand, Af improves the tolerance to levofloxacin and rifampicin of Sm. This tolerance seems to depend on the fungal biomass, which rely on the degree of antagonism generated by the bacterium. Antifungal-antibacterial combinations were efficient against mixed biofilm, highlighting the importance of microbial interactions to treat biofilms. This thesis work provides new data on the interactions and susceptibility of a filamentous fungal-bacterial biofilm, a field of research that remains little studied., Aspergillus fumigatus (Af, champignon filamenteux) et Stenotrophomonas maltophilia (Sm, bacille à Gram négatif) peuvent coloniser le tractus respiratoire des patients atteints de mucoviscidose. Ces pathogènes peuvent former des biofilms, un mode de vie conférant certains avantages, notamment une diminution de la sensibilité aux traitements. Un modèle in vitro de biofilm mixte développé dans notre laboratoire décrit un antagonisme de Sm sur Af avec un couple de souches cliniques de référence. La première partie de cette thèse a permis d'analyser la formation du biofilm mixte avec des souches de Sm de différentes origines afin de rechercher si cet antagonisme est souche-dépendante. Seules certaines souches cliniques de Sm peuvent induire un antagonisme sur Af après 24 h de co-culture à 37°C. La deuxième partie de cette thèse consistait à évaluer la sensibilité aux antimicrobiens des biofilms simples et mixtes par des méthodes colorimétriques, de culture et par qPCR. Nos résultats montrent que le contact direct de Sm augmente la sensibilité à l'amphotéricine B d'Af. En revanche, Af améliore la tolérance à la lévofloxacine et à la rifampicine de Sm. Cette tolérance semble dépendre de la biomasse fongique elle-même dépendante du degré d’antagonisme généré par la bactérie. Nos essais d’association d'antifongique-antibiotique ont été efficaces contre le biofilm mixte, mettant en lumière l'importance des interactions microbiennes dans la lutte contre les biofilms. Ce travail de thèse vient donc enrichir les données de la littérature sur les interactions et la sensibilité d’un biofilm champignon filamenteux-bactérie, un domaine de recherche qui reste peu étudié.

The main component of the bacterial cell wall is the peptidoglycan. It ensures the maintenance of the cell shape and ensures the mechanical protection required for the cell integrity. Its assembly is tightly regulated by diverse mechanisms that are specific of the bacterial cell shape and/or species. The peptidoglycan is formed by glycan strands cross-linked by peptide bonds. The family of Penicillin-Binding Proteins (PBPs) includes proteins that catalyse the polymerization and the reticulation of the peptidoglycan mesh. During my thesis, I identified and characterized a new regulator, the protein CozEb, of peptidoglycan assembly in the bacterium Streptococcus pneumoniae. I showed that the absence of CozEb leads to cell shape defects, thus highlighting the importance of CozEb in the maintenance of the cell shape. I also demonstrated that CozEb interacts with all the PBPs and with CozEa, another regulator which is homologous with CozEb and that regulates specifically the PBP PBP1a. Although CozEb does not seem to regulate PBP1a, I showed that the overproduction of CozEb compensate the absence of CozEa. I finally demonstrated that CozEa and CozEb display a comparable dynamic cellular localization and that the two regulators are excluded from the division site. Therefore, I propose a model in which CozEa and CozEb act like a monitoring system promoting PBP localization at the division site to secure a correct assembly of peptidoglycan. Altogether, this work provides a better understanding of the mechanisms involved in peptidoglycan assembly that is crucial for the viability of an important bacterial pathogen, Le composant majeur de la paroi cellulaire bactérienne, le peptidoglycane, assure le maintien de la forme cellulaire et la protection mécanique nécessaire à l'intégrité de la cellule. Son assemblage est finement contrôlé par des mécanismes de régulation spécifiques des différentes espèces et formes de la cellule bactérienne. Le peptidoglycane est formé de chaines de sucres réticulées entre elles par des ponts peptidiques. La famille des Penicillin-Binding Proteins (PBPs) rassemble des protéines catalysant la polymérisation et la réticulation du peptidoglycane. Au cours de ma thèse, j'ai identifié et caractérisé un nouveau régulateur de l'assemblage du peptidoglycane chez la bactérie Streptococcus pneumoniae, la protéine CozEb. Ainsi, j'ai montré que l’absence de CozEb induit des défauts morphologiques, montrant son importance dans le maintien de la forme cellulaire. J’ai également mis en évidence que CozEb interagit avec toutes les PBPs et avec CozEa, un autre régulateur homologue à CozEb régulant spécifiquement la PBP PBP1a. Bien que CozEb ne semble pas réguler PBP1a, j’ai ensuite démontré que la surproduction de CozEb compense l’absence de CozEa. J’ai enfin mis en évidence que CozEa et CozEb possèdent une localisation membranaire dynamique et qu'elles ne sont pas retrouvées au septum de division. Je propose ainsi un modèle dans lequel CozEa et CozEb agiraient tel un système de surveillance assurant le confinement des PBP au site de division pour garantir un assemblage correct du peptidoglycane. Ces travaux permettent ainsi d’approfondir la compréhension des mécanismes d’assemblage du peptidoglycane qui est indispensable à la survie d'une bactérie pathogène pour l'homme

The xylem-inhabiting phytopathogenic bacterium, Xylella fastidiosa, is mainly transmitted in Europe by the spittlebug (Aphrophoridae) Philaenus spumarius. In Belgium, other xylem-sap feeding Hemiptera (Aphrophora alni, Aphrophora salicina, Cercopis vulnerata, Cicadellaviridis) are also present and considered as potential vectors. The distribution, adult phenology and host plants in Belgium of these five species were analysed, using information from the Royal Belgian Institute of Natural Sciences collections, the naturalist web site Observations.be,and our own field data collections in 2016-17. Adults of the highly polyphagous A. alni, C.vulnerata, C. viridis, and P. spumarius were found in all the ecological regions of Belgium; A.salicina was less widely distributed and, in particular, was absent from the Ardennes and Lorraine, probably due to its narrower specificity to Salix spp. The C. vulnerata adults were collected mostly in May, whilst the other species' adults were found mostly from April to October with a peak in July for A. alni, in August for A. salicina and C. viridis, in May and August for P. spumarius. An egg winter diapause was observed in P. spumarius and A. salicina, whose eggs hatched only after overwintering under natural conditions. On the contrary, several successive generations of C. viridis could be reared under laboratory conditions. These last three species have five nymphal instars. In limited quantitative field samplings, C. viridis was found to be locally very abundant (up to 37,000 eggs/m2), and egg parasitism by a Mymarid wasp, Anagrus incarnatus, reached nearly 12%.

National audience; La crise qui résulte de la montée des résistances bactériennes menace la santé humaine, animale et environnementale. L’impact sanitaire et économique de la crise est massif. Alors que l’alerte est largement donnée et que des mécanismes et des programmes d’aide à l’innovation pour lutter contre l’antibiorésistance ont été mis en place, force est de constater que les nouveaux produits antibiotiques proposés n’arrivent pas à trouver une rentabilité économique leur permettant d’atteindre le marché et d’être au service des patients et de la communauté. Par ailleurs, il est nécessaire de développer des outils/indicateurs pour définir les interventions probantes en matière de lutte contre l’antibiorésistance. Les travaux de réflexion relatés dans cet article sont concentrés sur ces deux aspects de la recherche translationnelle : – la prévention et l’impact en santé de la problématique antibiorésistance, et – les spécificités de la recherche clinique pour innover en matière de lutte contre l’antibiorésistance. Cet article, issu des réflexions d’un groupe d’experts français, propose des solutions directement opérationnelles qui pourraient être mises en place rapidement et transformer radicalement la qualité et la quantité de nos moyens de lutte.

International audience; Bacteriophages have a prominent place in the living world. They participate to our understanding of the living world through three main aspects : (i) the dissection of the most intimist aspects of viral infection molecular mechanisms (molecular biology), (ii) the description and functioning mechanisms of ecosystems (ecology), and (iii) the adaptive dynamics of integrated viral and host-cell populations (evolution). This review looks back at the genesis of these fundamental findings and draws a picture of the most active fields of current research.; Les bactériophages tiennent une place prépondérante dans le monde vivant. Du point de vue épistémologique, ils participent à la compréhension du vivant via trois aspects fondamentaux : (i) les mécanismes moléculaires les plus intimes du fonctionnement des infections virales et de celui des cellules elles-mêmes (biologie moléculaire) ; (ii) le fonctionnement des écosystèmes (écologie) ; et (iii) la dynamique adaptative des populations virales et bactériennes (évolution). À travers une présentation historique de la découverte des bactériophages et de leurs fascinantes propriétés, cette revue relate la genèse des découvertes fondamentales associées à l’étude des bactériophages et présente une vision synthétique des champs de recherche actuels.

International audience; Haploidentical hematopoietic stem cell transplantation has been growing steadily since 2012. The SFGM-TC has twice published guidelines concerning T-cell repleted haploidentical grafts with high dose cyclophosphamide post-transplantation. The 2013 workshop recommended using the non-myeloablative Baltimore protocol with bone marrow and developed prospective protocols to evaluate these transplantations. The 2015 workshop reported improved results of reduced conditioning regimens in Hodgkin's lymphoma and intensive conditioning in myeloid hemopathies, and a similar outcome with 10/10 HLA matched donor with the same disease-risk score thus raising the question of the qualifier "alternative" for haploidentical transplants. The current work concerns the criteria for selecting the donor. The main criterion remains the absence of anti-HLA antibodies directed against the donor present in the recipient sera (DSA - Donor Specific Antibodies). In case of DSA and in the absence of an alternative donor, desensitization protocols exist. The other criteria are impossible to prioritize: age, sex, CMV, and blood type. The degree of relatedness and the number of HLA incompatibilities do not seem to be a criterion of choice. The 'ideal' donor would be a young man, CMV-matched, without major ABO incompatibility with a marrow transplant. There is insufficient data for the KIR-ligand and NIMA/NIPA mismatch. Peripheral stem cell grafts appear to yield more acute GVHD than bone marrow grafts after intensive conditioning, but with comparable survival rates. Based on the literature review, the comparison of haploidentical with unrelated donors encourages inclusion in existing national protocols randomizing these different donors.

Refers to : Marie-Cécile Ploy, Antoine Andremont, Bruno Valtier, Claire Le Jeunne - Antibiorésistance : outils pour une recherche translationnelle efficace - Therapies, Volume 75, Issue 1, January–February 2020, Pages 1-6; National audience; The rising emergence of bacterial resistances has led to a crisis which threatens human, animal and environmental health. The impact of the emergency is enormous in terms of public health and economics. Although there is a global awareness of the warnings and programmes supporting innovative actions to combat fight against antibiotic resistance, it must be admitted that proposed new antibiotics fail to find the economic profitability necessary for them to reach the market and become available for patients and the community. Moreover, it is necessary to develop tools/indicators to define effective interventions against antibiotic resistance. The work of the think-tank reported in this article concentrated on two aspects of translational research: - prevention and the impact on health of the antibiotic resistance issue, and - the specific requirements of clinical research leading to innovation in the fight against antibiotic resistance. This article, which reflects the thoughts of a group of French experts, proposes directly operational solutions which could be rapidly implemented and radically transform the quality and quantity of our resources available for the combat.

La mise en place des filières d'assainissement autonome des eaux domestiques est souvent considérée comme une alternative durable à l’assainissement collectif pour des régions rurales. En Région wallonne, l’administration structure les filières autonomes en filières comprenant des unités d’épuration individuelle (100 EH). Dans ces filières, les procédés dits extensifs gagnent en importance. Les procédés extensifs se basent sur l’exploitation de principes hydro-écologiques, avec l'objectif principal de réduire les coûts d’investissement et de fonctionnement de l’épuration, tout en optimisant les potentiels intrinsèques d’épuration des systèmes naturels, tels que les zones humides, les zones racinaires et les sols. Ces procédés se traduisent souvent aussi par une meilleure valorisation de la biodiversité et une intégration paysagère adéquate. Le cadre législatif en vigueur prévoit des méthodes d’évacuation des eaux, préalablement traitées, par infiltration dans le sol. Les dispositions relatives au dimensionnement de système d’évacuation sont reprises dans l’annexe IV de « Arrêté du Gouvernement wallon fixant les conditions intégrales et sectorielles relatives aux unités d’épuration individuelle et aux installations d’épuration individuelle (M.B. 29.12.2016) ». Les méthodes d’épuration autonomes autorisées ne prévoient pas encore le traitement direct des eaux usées par le sol lui-même. Or, des capacités auto-épuratoires sont bien présentes dans les sols naturels. De sorte à pouvoir consolider les bases scientifiques de la filière d’épuration autonomes, et particulièrement celle de l’épuration par le sol, la mission « EPUSOL » a été réalisée par l’Earth and Life Institute de l’UCLouvain. Cette mission s’est déroulée du 1 janvier 2016 au 31 décembre 2019. Les objectifs généraux (OG) de cette mission de guidance étaient : (1) de consolider les bases scientifiques pour une meilleure valorisation des sols comme milieu récepteur des eaux usées brutes (après prétraitement sommaire par fosse septique) ou traitées, dans des systèmes d’épuration autonome de la Région wallonne; et (2) de proposer des méthodologies modernes et robustes permettant d’évaluer les incidences environnementales liées à l’utilisation des sols comme milieu récepteur des eaux usées brutes ou traitées.

International audience; Haploidentical hematopoietic stem cell transplantation has been growing steadily since 2012. The SFGM-TC has twice published guidelines concerning T-cell repleted haploidentical grafts with high dose cyclophosphamide post-transplantation. The 2013 workshop recommended using the non-myeloablative Baltimore protocol with bone marrow and developed prospective protocols to evaluate these transplantations. The 2015 workshop reported improved results of reduced conditioning regimens in Hodgkin's lymphoma and intensive conditioning in myeloid hemopathies, and a similar outcome with 10/10 HLA matched donor with the same disease-risk score thus raising the question of the qualifier "alternative" for haploidentical transplants. The current work concerns the criteria for selecting the donor. The main criterion remains the absence of anti-HLA antibodies directed against the donor present in the recipient sera (DSA - Donor Specific Antibodies). In case of DSA and in the absence of an alternative donor, desensitization protocols exist. The other criteria are impossible to prioritize: age, sex, CMV, and blood type. The degree of relatedness and the number of HLA incompatibilities do not seem to be a criterion of choice. The 'ideal' donor would be a young man, CMV-matched, without major ABO incompatibility with a marrow transplant. There is insufficient data for the KIR-ligand and NIMA/NIPA mismatch. Peripheral stem cell grafts appear to yield more acute GVHD than bone marrow grafts after intensive conditioning, but with comparable survival rates. Based on the literature review, the comparison of haploidentical with unrelated donors encourages inclusion in existing national protocols randomizing these different donors.

International audience; Bacteriophages have a prominent place in the living world. They participate to our understanding of the living world through three main aspects : (i) the dissection of the most intimist aspects of viral infection molecular mechanisms (molecular biology), (ii) the description and functioning mechanisms of ecosystems (ecology), and (iii) the adaptive dynamics of integrated viral and host-cell populations (evolution). This review looks back at the genesis of these fundamental findings and draws a picture of the most active fields of current research.; Les bactériophages tiennent une place prépondérante dans le monde vivant. Du point de vue épistémologique, ils participent à la compréhension du vivant via trois aspects fondamentaux : (i) les mécanismes moléculaires les plus intimes du fonctionnement des infections virales et de celui des cellules elles-mêmes (biologie moléculaire) ; (ii) le fonctionnement des écosystèmes (écologie) ; et (iii) la dynamique adaptative des populations virales et bactériennes (évolution). À travers une présentation historique de la découverte des bactériophages et de leurs fascinantes propriétés, cette revue relate la genèse des découvertes fondamentales associées à l’étude des bactériophages et présente une vision synthétique des champs de recherche actuels.

Tuta absoluta est un micro-lépidoptère originaire d’Amérique du Sud et recensé au Burkina Faso depuis 2016. Ses larves creusent des galeries dans les feuilles et les fruits de la tomate. Grâce à des enquêtes détaillées réalisées auprès de 180 producteurs, nous avons évalué l’impact de ce ravageur sur la culture de tomates. Les cultivateurs produisent la tomate sur des superficies inférieures à ½ hectare. Tous ont démontré leur connaissance de T. absoluta et peuvent en décrire les symptômes. En moyenne, les producteurs estiment que cette mineuse leur fait subir des pertes de rendement comprises entre 45 et 70%, résultant en des pertes financières de 1 à 2 millions de Francs CFA par hectare. Près de 80% des producteurs n’ont recourt qu’aux produits phytopharmaceutiques, dont seulement 42% sont homologués pour la tomate. Quinze substances actives sont utilisées, dont l’emamectine benzoate, l’acétamipride et la cyperméthrine. La résistance des populations est telle que de nombreux producteurs abandonnent des parcelles à cause d’infestations incontrolables. Des méthodes alternatives sont parfois employées : destruction des plantes infestées, rotation de cultures, désherbage et biopesticides. Plusieurs producteurs pensent que l’invasion de cet insecte est indirectement la cause de conflits familiaux et de la baisse de leur niveau de vie.

Bacterial growth requires coordination between the main cell cycle processes that are DNA replication and segregation, elongation and cell division. During their life, bacteria are exposed to different endogenous or exogenous stresses (antibiotics, pH, nutrients starvation…) that can disturb the bacteria cell cycle. Those hostile life conditions trigger a cellular response aiming at improving survival in stress conditions. In E. coli, DNA breaks induce the SOS response that inhibits cell division while the bacteria continue to elongate, resulting in the formation of a filamentous cell. Filamentation has long been considered as a symptom of cell death, however recent studies suggest that this phenotype could instead be a transient morphology change improving the survival in hostile environments. The main objective of this thesis is to characterize the filamentation process, especially the restart of the filament division allowing to resume normal bacterial growth. To do so, I developped an approach combining live-cell microscopy in microfluidic chamber, flow cytometry, traditional microbiology technics and bacterial genetics. Association of those techniques constitutes a global approach allowing characterization of the stress effect on bacterial viability, morphology and DNA content, from the single cell to the population level. This experimental framework allowed to describe how filamentous cells quickly divide into viable cells, thus understanding how this transient and reversible cellular differentiation state constitute an efficient stress-survival strategy. Furthermore, the expertise I developed during this ph.D. project allowed me to be involved into the study of drug-resistance acquisition by gene transfer through bacterial DNA conjugation. Besides, I contributed to the characterization of the effects of biocides inducing envelop stress response and to the characterize the impact on E. coli of the production of Acinetobacter baumannii toxins predicted to be involved in contact-dependant growth inhibition, La prolifération bactérienne requiert la coordination entre les grands processus du cycle cellulaire qui sont la réplication et la ségrégation de l’ADN, l’élongation et la division cellulaire. Durant leur vie, les bactéries sont exposées à différents stress endogènes ou exogènes (antibiotiques, pH, manque de nutriments…) qui peuvent perturber le cycle cellulaire. Ces conditions défavorables activent alors une réponse cellulaire qui vise à améliorer la survie aux stress. Chez E. coli, la formation de cassures sur le chromosome induit la réponse SOS qui inhibe la division des cellules. Dans ce contexte, la bactérie continue à s’allonger ce qui aboutit à la formation d’une cellule filamenteuse. La filamentation a longtemps été considérée comme un symptôme de mort cellulaire, mais des études récentes suggèrent qu’il s’agirait plutôt d’un changement de morphologie transitoire qui améliorerait la survie en conditions défavorables. L’objectif principal de cette thèse est de caractériser le processus de filamentation et surtout le redémarrage de la division du filament, permettant un retour à une croissance normale de la bactérie. J’ai pour cela mis en place une approche combinant la microscopie en cellules vivantes en chambre microfluidique, la cytométrie en flux, la microbiologie traditionnelle et la génétique bactérienne. L’association de ces techniques constitue une approche globale permettant de caractériser l’effet d’un stress sur la viabilité, la morphologie et le contenu en ADN des bactéries, et ce de la cellule unique à l’échelle de la population. Cette approche a permis de décrire comment les cellules filamenteuses se divisent rapidement en cellules viables et de comprendre comment cet état de différenciation cellulaire transitoire et réversible constitue une stratégie efficace de survie aux stress. Par ailleurs, l’expertise développée au cours de ces travaux m’a permis d’être impliqué dans l ‘étude du transfert de gène de résistance à la tétracycline par conjugaison bactérienne. Ces mêmes expertisent ont aussi permis la caractérisation de l’effet de biocides induisant la réponse aux stress de l’enveloppe et la visualisation de l’effet de la production chez E. coli de deux toxines prédites pour être impliquées dans un système d’inhibition de croissance contact-dépendant chez A. baumannii.

International audience; Philippe Oger, Microbiologie, Adaptation et Pathogénie (MAP, Lyon) Les organismes adaptés à la vie dans les profondeurs terrestres ont développé des mécanismes adaptatifs leur permettant de résister à des conditions extrêmes de pression et de température. L'étude du génome des archées Thermococcales éclaire certains de ces mécanismes. La biosphère profonde regroupe un ensemble varié d'environnements localisés en profondeur dans les océans, sous le plancher océanique et dans le sous-sol. Là, les conditions de température et de pression hydrostatique augmentent avec la profondeur pour atteindre des valeurs qui inhibent la croissance des organismes de surface, dits piézosensibles (Fig.1b). En effet, la pression hydrostatique impacte de nombreuses macromolécules (protéines, lipides …) et réduit leur fonctionnalité, en inhibant, par exemple, le cycle cellulaire des organismes piézosensibles. En revanche, certains organismes de la biosphère profonde ont besoin de conditions extrêmes de pression hydrostatique pour croître, ils sont appelés piézophiles. Trois hypothèses ont été proposées pour expliquer l'adaptation à des valeurs élevées de pression hydrostatique : 1) l'existence de gènes spécifiques aux piézophiles et absents des organismes piézosensibles; 2) la modification structurale des protéines capables de fonctionner à ces valeurs élevées de pression hydrostatique ; et 3) l'augmentation du niveau d'expression des gènes pour compenser la perte de fonctionnalité dans ces conditions de pression hydrostatique élevé. Ces différentes hypothèses ont été testées en déterminant la séquence complète du génome de plusieurs archées piézophiles de la famille des Thermococcales. L'archée Thermococcus barophilus Ch5 a été isolée à 3 000 m de profondeur au niveau du site Logatchev sur la ride Médio-Atlantique. La comparaison de son génome avec ceux d'autres organismes connus montre que l'existence de gènes présents uniquement chez les piézophiles peut être écartée. Cependant, plusieurs spécificités des archées piézophiles sont à souligner. La première concerne la duplication de plusieurs fonctions associées à la membrane, et notamment chez l'archée Ch5 : 1) la duplication des gènes de synthèse des flagelles, qui permettent à la cellule de se déplacer, et 2) la multiplication des gènes de synthèse de protéines des chaînes respiratoires (5 au total), qui permettent à la cellule d'obtenir l'énergie nécessaire pour sa croissance. Ces protéines des chaînes respiratoires sont exprimées de manière différentielle en fonction de la pression hydrostatique, avec une epxression des chaînes Mbx à haute pression et Mbh à basse pression La deuxième particularité des organismes piézophiles des systèmes hydrothermaux concerne leur capacité à utiliser des sources de carbones inorganiques, telles que le monoxyde de carbone (CO) ou l'acide formique (CH 2 O 2) pour leur croissance. Dans les systèmes hydrothermaux, ces molécules sont disponibles en quantité suffisante pour soutenir la croissance des cellules. Il est donc probable que les duplications de gènes et activités métaboliques particulières permettent à l'archée Ch5 un meilleur accès aux ressources du milieu et une meilleure réponse aux contraintes liées aux valeurs élevées de pression hydrostatique. Le lien causal avec une éventuelle adaptation aux valeurs élevées de pression hydrostatique reste cependant à démontrer formellement.

International audience; No abstract available

International audience; La léproserie médiévale Saint-Thomas d’Aizier (fouillée de 1998 à 2010) est située en pleine forêt de Brotonne et compte parmi les propriétés de l’abbaye de Fécamp (Normandie, France). Seule la chapelle romane, dédiée à Thomas Becket, subsiste à l’état de ruines. Petit édifice rural a priori sans importance notable, il présente l’intérêt d’être intégralement conservé et offre l’opportunité très rare d’une fouille quasi exhaustive. Fondé vers la fin du XIIe siècle et abandonné au cours du XVIe siècle, l’établissement n’est plus fréquenté ensuite que de façon sporadique. Il est progressivement gagné par la forêt, ce qui a permis une fossilisation de l’enclos et la sauvegarde des vestiges. En principe, une léproserie est un centre de soins dévolus aux seuls lépreux/ses. À Aizier, l’étude des sources historiques et archéologiques a permis de comprendre l’organisation de cet établissement, son origine, son mode de fonctionnement et son évolution dans le temps avec des ruptures par rapport à sa destination d’origine (sexe, âge, pathologies). L’analyse de la population inhumée apporte non seulement un éclairage inédit sur les conditions de vie, la structuration des espaces et la nature des défunts, mais aussi sur les soins donnés aux malades accueillis dans cette communauté pénitentielle de lépreux. En effet, la population enterrée à Aizier est particulièrement intéressante pour l’étude de la lèpre au Moyen Âge, mais aussi pour connaître la perception de cette maladie et mieux appréhender ses implications sociales et thérapeutiques.

International audience; This article summarizes the influenza activity in France for the 2016-17 season.Methods – This report is based on the descriptive analysis of different sources of data on influenza or influenza- like illness collected in mainland France: influenza clinical activity in the community reported by the primary health care network, virological data analysed by reference laboratories, emergency units visits and hospitali- zations for clinical influenza, reporting of acute respiratory infections (ARI) clusters in nursing homes, reporting of severe influenza cases hospitalised in intensive care units (ICU) and mortality data.Results – In mainland France, the 2016-17 season was characterized by a moderate influenza epidemic in the community which started in mid-December, peaked mid-January and lasted 10 weeks. Sub-type A(H3N2) viruses were the almost exclusive circulating influenza viruses. The impact of the influenza epidemic was espe- cially severe among the elderly (65 years old and more) with a high proportion of hospitalisations for influenza among outpatients presenting to emergency ward (16% of 40 000 outpatients) and a high proportion of patients aged above 65 years (69%) among hospitalized patients. This age group accounted for 67% of the 1,479 cases admitted to intensive care. During the epidemic wave, a marked excess mortality estimate at 14,400 deaths attributable to influenza was observed. Over 90% of this excess affected people 75 years old and more.Conclusion – The 2016-17 influenza epidemic was early, moderate, and particularly severe among the elderly. This severity is due to the almost exclusive circulation of A(H3N2) viruses in a context of low vaccine coverage and sub-optimal vaccine effectiveness. It confirms the severity of the disease for the population at risk and strengthens the need for prevention, especially a higher vaccine coverage among people at risk and the implementation of non-pharmaceutical control measures to limit the spread of the virus around cases.; Cet article présente le bilan épidémiologique et virologique de l’activité grippale en France durant la saison 2016-2017.Méthodes – Ce bilan s’appuie sur l’analyse descriptive des données de surveillance de la grippe ou des syndromes grippaux transmises par les réseaux de médecine ambulatoire, les analyses virologiques des laboratoires partenaires, les signalements d’épisodes d’infections respiratoires aiguës (IRA) dans les collec- tivités de personnes âgées, la surveillance des passages aux urgences et des hospitalisations codées grippe, la surveillance des cas graves de grippe hospitalisés en services de réanimation et les données de mortalité.Résultats – L’épidémie de grippe a débuté mi-décembre et a atteint son pic mi-janvier pour se terminer début février, soit une durée totale de 10 semaines. Due quasi-exclusivement au virus grippal de type A(H3N2), elle a été d’intensité modérée en milieu ambulatoire mais a eu un impact important chez les personnes âgées. Elle a été caractérisée par une part importante d’hospitalisations parmi les passages aux urgences pour syndrome grippal (16% des 40 000 passages) et par une proportion importante des 65 ans et plus parmi les patients hospitalisés (69%). Cette tranche d’âge a représenté 67% des 1 479 cas de grippe admis en réanimation. Cette épidémie a également été marquée par un excès de mortalité estimé à 14 400 décès attribuables à la grippe, dont plus de 90% chez les personnes de 75 ans et plus.Conclusion – L’épidémie de grippe 2016-2017, précoce et d’intensité modérée, s’est caractérisée par un impact particulièrement important chez les personnes âgées, lié à la circulation quasi-exclusive de virus A(H3N2) dans un contexte de couverture vaccinale insuffisante et d’efficacité vaccinale sub-optimale. Cette épidémie rappelle la gravité de la maladie et l’importance de la prévention, à savoir la vaccination chez les personnes à risque, qui doit être complétée de mesures barrières pour limiter la diffusion du virus dans l’entourage des cas.

National audience

National audience; Hépatites B et C dans les communautés migrantes et transfrontalières du fleuve Maroni : le projet de recherche MaHevi

International audience; The continuous increase in antibiotic resistance among bacteria in infectious diseases associated with the lack of new antibiotics able to circumvent them are urging physicians, researchers and politicians to look for others options for treatments. Among those, phage therapy (use of natural viruses that infect bacteria, called bacteriophages) is one of the most promising approaches. In this review, we first focus on the problematic raised by multidrug resistant bacteria before addressing the main biological characteristics of bacteriophages, as well as the credibility and the relevance of phage therapy. We then introduce human applications, their potentials and limits.

International audience

International audience; The continuous increase in antibiotic resistance among bacteria in infectious diseases associated with the lack of new antibiotics able to circumvent them are urging physicians, researchers and politicians to look for others options for treatments. Among those, phage therapy (use of natural viruses that infect bacteria, called bacteriophages) is one of the most promising approaches. In this review, we first focus on the problematic raised by multidrug resistant bacteria before addressing the main biological characteristics of bacteriophages, as well as the credibility and the relevance of phage therapy. We then introduce human applications, their potentials and limits.

International audience

International audience; Dans l’Europe médiévale, la lèpre était une affection largement répandue. Cependant, des preuves moléculaires indiquent l’existence de différents génotypes du Mycobacterium leprae selon les lieux de découverte et les époques. M. leprae nécessite l’hébergement par un être vivant et diverses lignées sont associées à différentes populations humaines. Des données sont disponibles pour le Royaume-Uni, la Scandinavie, l’Europe centrale, du Sud et de l’Est, mais peu sont accessibles pour caractériser moléculairement la lèpre dans le Nord de la France. La paléopathologie de la lèpre est caractéristique et permet la reconnaissance de la maladie sur des cas établis. Des échantillons osseux montrant des signes de lèpre ont été prélevés à partir de divers sites : Lisieux (IVe – VIIe s.), Vendeuil-Caply (Ve-VIe s.), Neuville-sur-Escaut (début à milieu VIe s.) et la léproserie de Saint Thomas d’Aizier (fin XIIe-début XVIe s.). Quand cela était possible, des échantillons ont été prélevés sur différentes parties des squelettes incluant des esquilles de fosses nasales, les côtes et doigts de pied. Les échantillons de 25 à 50 mg ont été décalcifiés dans un mélange d’EDTA/protéinase K à 56°C sous agitation, puis divisés en 2 volumes égaux. Un volume a été traité avec 0.1M PTB pour casser les possibles réticulations covalentes, puis les deux volumes ont été mis à incuber dans un tampon de lyse à base de thiocyanate de guanidine pour dégrader les protéines. Pour achever la dégradation, les échantillons ont été congelés dans de l’azote liquide, puis décongelés trois fois. L’ADN a été capturé sur de la silice ou précipité dans le surnageant. Les préparations finales ont été conservées à -20°C jusqu’à utilisation. L’amplification en chaine par polymérase (PCR) en temps réel a été utilisée, avec des amorces et sondes pour les séquences répétitives pour le Mycobacterium leprae RLEP (36 copies/cellule) et RepLep (15 copies/cellule).Seuls les individus de la léproserie de Saint-Thomas d’Aizier se sont révélés positifs pour le M. leprae. Cela peut être dû à la période plus tardive d’inhumation ou à l’abandon du site après le XVIe s. et donc à l’absence de perturbations postérieures. Parmi les inhumés testés, dix individus étaient fortement positifs à l’ADN de M. leprae, un autre plus faiblement, et un était négatif. Huit des dix échantillons positifs venant de la léproserie de Saint-Thomas d’Aizier ont été génotypés.Les résultats des analyses menés montrent que M. leprae du Nord-Ouest de l'Europe est principalement du génotype 3I ou 2F, avec des exemples d'un sous-type intermédiaire et des similitudes à chacun de ces derniers (génotype 3I-1). Pour l'Europe centrale et orientale M. Leprae correspond aux génotypes 3K et 3M. En raison de l'association clonale de M. leprae avec son hôte humain, les résultats obtenus suggèrent qu'il existait plus d'une source d’origine de M. leprae et il est probable que la lèpre ait été introduite par les mouvements de migrations de différentes populations humaines.

Intestinal microbiota: what to expect physiologically and therapeutically?

International audience

In the course of this thesis, we focused our efforts on developing the use of Meldrum's acid as a platform for the organocatalyzed synthesis of chiral heterocycles. In the end, we managed to access various pyrazolidinone, pyrimidinone and isoxazolidinone moieties in a diastero- and/or enantioselective fashion. We found these reactions to proceed via a navel domino Knoevenagel/aza Michael/Cyclocondensation reaction. The stereocontrol issue was particularly studied, as our final compounds can be found as part of biologically relevant structures. We also put much effort in probing reaction mechanisms. In the latter, we worked in collaboration with the "Analyse et Modélisation" team of laboratoire COBRA to get insights on the [3+2] annulation reaction between Meldrum's and nitrones, using mass spectrometry, Dans le cadre de cette thèse, nous nous sommes tournés vers l'utilisation de l'acide de Meldrum en tant que plateforme pour la synthèse d'hétérocycles chiraux par organocatalyse. De nouvelles voies d'accès, diastéréo- et/ou énantiosélectives, à des pyrazolidinones, pyrimidinones et isoxazolidinones ont été mises au point, via une réaction domino de type Knoevenagel/aza Michael/Cyclocondensation. La problématique du contrôle de la stéréochimie au sein de ces molécules a été d'autant plus étudiée que ce type de structures peut être retrouvé dans des composés d'intérêt biologique. Un intérêt tout particulier a été porté à l'étude des mécanismes réactionnels. Notamment dans le cadre d'une collaboration entre notre groupe et l'équipe « Analyse et Modélisation » du laboratoire COBRA pour l'étude de la réaction d'annélation [3+2] entre l'acide de Meldrum et des nitrones, par spectrométrie de masse

Gabonese forest has an exceptional biodiversity. Some areas are defined as refuges for biodiversity in Africa. In Gabon, the forest has always taken an important economic role in the number of jobs it generates and indirectly by its ecological or environmental role. Currently, 10% of the land has a conservation status of classified national parks. Plants and animals are relatively well known and identified in Gabon, but it is not the same for certain organisms such as fungi which play a fundamental role in maintaining balance and equilibrium of the ecosystems. Fungi involved in tree growth via mycorrhizal associations or in the recycling of the woody material via the processions of wood-decay fungi. Given the significant lack of knowledge of these organisms, we were interested in the taxonomy, phylogenetic and ecological diversity of fungi present in Gabon, especially the wood-decay species (lignivores). Samplings were carried out between 2008 and 2012 on different sites in Gabon for different floristic composition. A standardized plots and random sampling along the forest transect sampling were carried out. By morphological (macroscopic and microscopic characters) and molecular approach, the species collected were identified and described. Differential characters for each species were given. Some data has been identified as the class of diameter of substrate colonized or the state of decomposition of the latter on the ground, in order to characterize the auto ecology of the species present. For the geographical characterization across Gabon, a small number of species "models" were georeferenced using DIVA GIS software. From a total of 438 samples, a little less than half representing 105 species have been identified, 41 collections were identified in a genus level and seven new species have been described. Many other species are yet to be described. Ecologically, three main groups emerged: (1) species whose basidiocarps emerged from the soil, they would be either root parasites or mycorrhizal (although we have not been able to demonstrate in our study), (2) species with emerging basidiocarps of the dead trunks that are mostly saprotroph and (3) species with emerging basidiocarps from trunks of living trees who would rather live as parasites. The study of species diversity in the four main collection sites showed that they had different species compositions and the number of shared species is low. Like previous studies, we also noticed that some species appeared to have ecological preference towards the substrate, including substrate size and stage of decomposition, which quantitatively reflects the available resources. Most of the bracket fungi (polypores) colonized variable substrates, though some species have a marked preference for large sized substrate, hence the importance of maintaining large trees or substrates highly decomposed. Results, although preliminary, showed that some species have a distribution along a west-east gradient or gradient of rainfall level. La forêt gabonaise abrite une exceptionnelle biodiversité. Certaines aires sont définies comme des zones refuges pour la biodiversité africaine. Au Gabon, la forêt a toujours occupé un rôle économique important par le nombre d’emplois qu’elle génère et indirectement par son rôle écologique. Actuellement, 10% du territoire dispose d'un statut de conservation classé en parcs nationaux. Les plantes et les animaux sont relativement bien connus et recensés au Gabon; toutefois, il n’en est pas de même pour certains organismes tels que les champignons qui jouent pourtant un rôle fondamental dans le maintien et l’équilibre des écosystèmes. Les champignons participent à la croissance des arbres via les associations mycorhiziennes ou au recyclage de la matière ligneuse via les cortèges d'espèces lignivores. Etant donné l'important déficit de connaissance de ces organismes, nous nous sommes intéressé à la diversité taxonomique, phylogénétique et écologique des mycètes présents au Gabon, et plus spécialement aux espèces lignivores. Des échantillonnages ont été effectués entre 2008 et 2012 sur différents sites au Gabon de composition floristique différente. Un échantillonnage standardisé dans les parcelles et un échantillonnage aléatoire le long des transects forestiers ont été effectués. Par approche morphologique (caractères macroscopiques et microscopiques) et moléculaire, les espèces collectées ont été identifiées et décrites. Des caractères discriminants pour chaque espèce ont été donnés. Certaines données ont été relevées, comme la classe de diamètre du substrat colonisé ou l’état de décomposition de celui-ci sur le terrain, afin de caractériser l'autécologie des espèces présentes. Pour la caractérisation biogéographique à l’échelle du Gabon, un nombre restreint d'espèces "modèles" ont été georéférencées à l’aide du logiciel DIVA GIS. Sur un total de 438 échantillons, un peu moins de la moitié représentant 105 espèces ont pu être identifiés, 41 collectes ont été identifiées au niveau du genre et sept nouvelles espèces ont été décrites. De nombreuses autres espèces doivent encore être décrites. Ecologiquement, trois principaux groupes apparaissent: (1) des espèces dont les basidiomes émergent du sol, elles seraient soit parasites racinaires, soit mycorhiziennes (bien que nous n’ayons pas pu le démontrer dans notre étude); (2) des espèces ayant des basidiomes émergeant des troncs morts qui seraient majoritairement des saprotrophes et (3) des espèces aux basidiomes émergeant des troncs d’arbres vivants qui seraient plutôt parasites. L’étude de la diversité en espèces des quatre principaux sites de collectes a montré que ceux-ci avaient des compositions en espèces différentes; le nombre d’espèces partagé est faible. Tout comme des études antérieures, nous avons également remarqué que certaines espèces semblent avoir une préférence écologique notamment vis-à-vis de la taille du substrat et de son stade de décomposition, qui reflète quantitativement la ressource disponible. La plupart des polypores colonise des substrats variables, certaines espèces ont cependant une préférence marquée pour des substrats de grande classe de diamètre, d'où l'importance de conserver de grands arbres, ou des substrats déjà fortement décomposés. Des résultats, bien que préliminaires, montrent que certains espèces ont une distribution selon un gradient ouest-Est ou gradient de pluviosité. (AGRO - Sciences agronomiques et ingénierie biologique) -- UCL, 2014

Communication orale: Brugère J.F.; D'origine intestinale, la trimethylamine (TMA) provient du métabolisme de divers nutriments par le microbiote intestinal (phosphatidylcholine, choline, L-carnitine, oxyde de trimethylamine TMAO). Absorbée, elle est oxydée par la flavine-monoxygénase 3 hépatique (FMO3) en TMAO qui rejoint la circulation sanguine. Très récemment, le TMAO (d'origine alimentaire via le métabolisme microbien de l'intestin) est apparu comme biomarqueur du risque cardiovasculaire et un rôle athérogène est fortement suspecté. Nous avons mis en évidence un nouvel ordre d'Archaea méthanogènes (7e ordre), présent notamment dans le tractus digestif (insectes, ruminants, homme) avec une plus grande prévalence chez les personnes âgées de 65 ans et plus (de l'ordre de 20% de la population). A partir de 3 génomes de souches digestives, des caractéristiques métaboliques et énergétiques uniques au sein du vivant ont pu être mises en évidence, telle une méthanogenèse semblant strictement limitée aux composés méthylés (méthanol, méthylamines, diméthylsulfide), sous la dépendance d'H2: le métabolisme anaérobie de la TMA est ainsi possible, et fait intervenir notamment une méthyltransférase particulière (MttB) incorporant au moment de sa synthèse, la pyrrolysine (Pyl, 22e acide aminé protéogène) par suppression traductionnelle d'un codon non-sens ambre. Cette conversion métabolique en méthane est montrée en culture pure de la seule souche isolée à ce jour (Methanomassiliicoccus luminyensis). Ceci fait de ce 7e ordre, en particulier des souches digestives, des candidats privilégiés pour une utilisation probiotique. Certaines souches montrent une meilleure adaptation à l'environnement digestif humain, avec des gènes de résistance aux sels biliaires. De plus, le méthane produit est considéré comme inerte pour l'homme (exhalé par environ 50 % de la population humaine productrice de ce gaz par son microbiote). Pour ces raisons, il serait possible de réduire la production de TMA par le microbiote intestinal au niveau intestinal, et par cela, la production hépatique de TMAO délétère, directement in situ au moment de sa synthèse intestinale, via des archaebiotiques.

This PhD focuses on the global energy management based on energetical flux models ofbuildings. The objective of the energy management system is to help the inhabitants to manage theirbuilding, by scheduling the consumption/production of the different appliances, taking into accountenergy costs, availability et inhabitants’ preferences. The PhD objective is to propose a resolution approach with several solvers inspired by the multi agent systems.A multi-phasis service representing several phasis has been developped. Each phasis is defined by its own consumption level. This type of service presents a better precision than singlephasis approaches to model some appliances. A new optimization approach has been developped. Itcombines different solvers embedded into software agents. The results is an hybrid approach forthe optimization based on the multi-agent system, using MILP algorithms and meta-heuristics.; Cette thèse concerne à la gestion globale à base de modèle des flux énergétiques dans le bâtiment. L'objectif des systèmes de gestion de l’énergie proposés est d’aider les occupants à gérer leur système bâtiment en planifiant la consommation/production des différents équipements présents en fonction des tarifs, de la disponibilité de l'énergie et des usages de l'occupant. L’objectif de cette thèse est de proposer une approche de résolution multi-solveurs s'appuyant sur le paradigme multi-agent.Pour y parvenir, nous avons développé, dans un premier temps, un service multi-phase, qui représente plusieurs phases flexibles avec des niveaux de consommation différents, offrant un niveau de précision supérieure pour des équipements comme une machine à laver. Dans un second temps, notre travail a consisté à proposer une nouvelle approche d’optimisation combinant différents solveurs embarqués dans des agents logiciels. Le résultat est une approche d’optimisation hybride à base d’agents, s’appuyant sur des algorithmes PLNE et des méta-heuristiques.

This PhD focuses on the global energy management based on energetical flux models ofbuildings. The objective of the energy management system is to help the inhabitants to manage theirbuilding, by scheduling the consumption/production of the different appliances, taking into accountenergy costs, availability et inhabitants’ preferences. The PhD objective is to propose a resolution approach with several solvers inspired by the multi agent systems.A multi-phasis service representing several phasis has been developped. Each phasis is defined by its own consumption level. This type of service presents a better precision than singlephasis approaches to model some appliances. A new optimization approach has been developped. Itcombines different solvers embedded into software agents. The results is an hybrid approach forthe optimization based on the multi-agent system, using MILP algorithms and meta-heuristics., Cette thèse concerne à la gestion globale à base de modèle des flux énergétiques dans le bâtiment. L'objectif des systèmes de gestion de l’énergie proposés est d’aider les occupants à gérer leur système bâtiment en planifiant la consommation/production des différents équipements présents en fonction des tarifs, de la disponibilité de l'énergie et des usages de l'occupant. L’objectif de cette thèse est de proposer une approche de résolution multi-solveurs s'appuyant sur le paradigme multi-agent.Pour y parvenir, nous avons développé, dans un premier temps, un service multi-phase, qui représente plusieurs phases flexibles avec des niveaux de consommation différents, offrant un niveau de précision supérieure pour des équipements comme une machine à laver. Dans un second temps, notre travail a consisté à proposer une nouvelle approche d’optimisation combinant différents solveurs embarqués dans des agents logiciels. Le résultat est une approche d’optimisation hybride à base d’agents, s’appuyant sur des algorithmes PLNE et des méta-heuristiques.

International audience; Bacteriophages were discovered in the early 20th century and rapidly used to treat bacterial infections in humans. As the first specific antibacterial agents, they were used worldwide until antibiotics ramped up. Thereafter, rapidly forgotten, they be- came the favorite toolbox for researchers that used them to elucidate some of the most fundamental aspects of the cellular life at the molecular level. Today, facing the threat of antibiotic resistant bacteria, bacteriophages are being reconsidered for their use in medicine. During the past century, knowledge on bacteriophages has improved considerably, nevertheless phage therapy is still in its infancy. Taking two examples of recently published experimental phage therapy results, this article summarizes the hopes but also the challenges that surround the future development of human phage therapy.; -Découverts au début du XX e siècle, les bactériophages ont rapidementété utilisés pour traiter des infections bactériennes, devenant ainsi les premiers antibactériens spécifiquesàêtre employés en médecine. Cependant, l'arrivée des antibiotiques a brutalement réduit leur utilisation, les confinant au rayon ((boîteà outils)) du chercheur. Celui-ci en fît bon usage permettant de dévoiler une très grande partie des secrets moléculaires de la cellule. Aujourd'hui, faceà la menace que représentent les pathogènes bactériens résistants aux antibiotiques, les bactériophages tentent de faire leur retour dans le domaine médical. Bien que la connaissance de ces virus bactériens ait considérablement progressé après presque un siècle d'études, leur utilisation thérapeutique est loin d'être maîtrisée. Cet article relate,à l'aide de deux exemples récents de l'utilisation expérimentale des bactériophages, les espoirs mais aussi les challenges qui entourent la mise en place de la phagothérapie appliquéeà l'Homme. Mots clés : Bactériophages thérapeutiques / infections bactériennes / résistance aux antibiotiques / pneumonie / diarrhée Abstract-Phagotherapy: a nightmare for bacteria, a dream for physicians? Bacteriophages were discovered in the early 20th century and rapidly used to treat bacterial infections in humans. As the first specific antibacterial agents, they were used worldwide until antibiotics ramped up. Thereafter, rapidly forgotten, they became the favorite toolbox for researchers that used them to elucidate some of the most fundamental aspects of the cellular life at the molecular level. Today, facing the threat of antibiotic resistant bacteria, bacteriophages are being reconsidered for their use in medicine. During the past century, knowledge on bacteriophages has improved considerably, nevertheless phage therapy is still in its infancy. Taking two examples of recently published experimental phage therapy results, this article summarizes the hopes but also the challenges that surround the future development of human phage therapy.

La maladie des raies noires (MRN), causée par le champignon ascomycète Mycosphaerella fijiensis, est l’une des maladies les plus dévastatrices du bananier (Musa spp.). Elle constitue une contrainte majeure à sa production, particulièrement dans les pays des tropiques humides où le bananier est une culture alimentaire de base. L’objectif de cette thèse a été de caractériser les populations de M. fijiensis et d’étudier l’épidémiologie de la MRN dans la région de Kisangani (RDC) en vue d’évaluer les stratégies de protection intégrée à développer dans les cultures de bananiers et bananiers plantains. La particularité de notre approche réside en la combinaison d’études en laboratoire, selon des approches classique et moléculaire, et des expérimentations sur le terrain pour mieux connaître les caractéristiques épidémiologiques de la maladie selon les saisons et les systèmes de cultures. Les caractéristiques phénotypiques des souches isolées de Kisangani sur milieu PDA étaient typiques de l’espèce M. fijiensis. Cette identification a été confirmée selon une approche moléculaire sur base du séquençage d’une partie de l’ADN ribosomal incluant les régions ITS (internal transcribed spacers) et le gène 5,8S. L’existence des deux types de croisement Mat1-1 et Ma1-2 au sein de la population a été révélée mais un déséquilibre entre les deux idiomorphes a été remarqué. L’évaluation de la pathogénicité des souches a montré que toutes les souches testées ont un pouvoir pathogène vis-à-vis du cultivar Cavendish « Grande Naine ». Notre étude a aussi permis de ressortir des différences de virulence selon les souches. Les tests de sensibilité aux fongicides ont montré que les souches de la RDC sont sensibles aux triazoles et au carbendazime, mais certaines souches seraient résistantes à l’azoxystrobine. Sur le plan épidémiologique, notre étude a révélé que les deux formes fongiques (anamorphe et téléomorphe) sont présentes non seulement en saison des pluies mais également en saison subsèche. Elles jouent donc un rôle important dans l’épidémiologie de la maladie. L’incidence de la maladie a été légèrement moindre en saison subsèche qu’en saison humide. Une comparaison de la progression de la maladie pendant les deux saisons selon le système de culture a révélé que le développement de la MRN a été plus lent en forêt secondaire qu’en jachère et en jardin de case et l’incidence et la sévérité ont été plus grandes sur les plantains que sur les bananes. La meilleure tolérance du cultivar Yangambi Km5 a été confirmée. Ces résultats ont apporté des éléments nouveaux sur l’épidémiologie de la maladie dans la région de Kisangani et sur les caractéristiques de la population en présence. Ils ont été exploités pour établir une liste de recommandations visant à mieux gérer les dégâts de M. fijiensis, un pathogène au potentiel évolutif important. (AGRO 3) -- UCL, 2013