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The main objective of this thesis is to study the mechanisms related to the pathogenicity of V. tapetis. For this purpose, we developed 2 research axes. The first one aimed at studying the virulence of V. tapetis by answering the following 2 issues: What are the genes involved in the virulence of V. tapetis? and Are there host-specific markers of the virulence of V. tapetis? The second research axis concerned pathogen-host interactions and addressed the following 2 issues: What are the genes expressed during infection in the host? and What are the modulations in the animal associated with pH and temperature during infection? The main findings of this thesis are: (i) V. tapetis, in the context of BRD, induces a down expression of genes involved in the immune response anda deregulation of genes involved in the stabilization and synthesis of actin filaments (ii) This pathogen also induces a decrease in lysosomal activity on exposed hemocytes (iii) The effect of V. tapetis on the actin cytoskeleton and on the decrease in lysosomal activity is independent of the type IV secretion system (T4SS) (iv) The type IV secretion system (T4SS) is involved in the development of BRD but is not essential to induce this disease (v) In the context of BRD and of the loss of hemocyte adhesions properties in vitro, V. tapetis is able to modulate the pH of extrapallial fluids, respectively in the first days and hours of infection (vi) Finally, the "strains typing" approach based on MALDITOF makes it possible to discriminate between V. tapetis strains according to their pathogenicity with regard to Manila clam., L’objectif principal de cette thèse est d’étudier les mécanismes liés au pouvoir pathogène de V. tapetis.Pour cela, nous avons développé 2 axes de recherche. Le premier axe vise à étudier la virulence de V. tapetis en répondant aux 2 problématiques suivantes : Quels sont les gènes impliqués dans la virulence de V. tapetis ? et Existe-t-il des marqueurs hôtes-spécifiques de la virulence de V. tapetis ? Le second axe de recherche concerne l’interaction hôte pathogène et répond aux 2 problématiques suivantes : Quels sont les gènes exprimés lors de l’infection chez l’hôte ? et Quelles sont les modulations au sein de l’animal associées au pH et à la température lors de l’infection ?Les principales découvertes de cette thèse sont : (i) La bactérie V. tapetis, dans le cadre de la MAB, induit une sous expression des gènes impliqués dans la réponseimmunitaire et une dérégulation des gènes impliqués dans la stabilisation et la synthèse des filaments d’actine (ii) Ce pathogène induit également une diminution de l’activité lysosomale sur les hémocytes exposés (iii) L’effet de V. tapetis sur le cytosquelette d’actine et sur la diminution de l’activité lysosomale est indépendante du système de sécrétion de type IV (T4SS) (iv) Le système de sécrétion de type IV (T4SS) est impliqué dans le développement de la MAB mais n’est pas essentiel pour induire cette affection(v) Dans le cadre de la MAB et de la perte des adhérences des hémocytes in vitro, V. tapetis est capable de moduler le pH des fluides extra-palléaux, respectivement dans les premiers jours et premières heures de l’infection (vi) Enfin, l’approche de « strains typing » basée sur la technique MALDI-TOF permet de discriminer les souches de V. tapetis en fonction de leur pouvoir pathogène vis à vis de la palourde japonaise.

Knowledge of the effects and action modes of resistance QTL to plant diseases is a major challenge for the durable use of genetic resistances in agriculture. In the pea/Aphanomyces euteiches pathosystem, which has a major economic importance, the aim of this study was to validate the single or combined effects of main resistance QTL, and study their action modes on steps of the pathogen life cycle. A total of 157 pea NILs (Near Isogenic Lines) created by Marker-Assisted Back-crossing and carrying no, one, two or three of the seven main resistance QTL previously identified, was genotyped using a 15K SNPs array and evaluated for resistance. The NILs carrying major-effect QTL, individually or in combination with minor-effect QTL, had increased levels of partial resistance in controlledconditions and in the field compared to NILs without QTL, in different genetic backgrounds. Several NILs carrying single or multiple minor-effect QTL also showed reduced levels of disease severity in one or the two test conditions. Most of the QTL had significant effects on slowing down infection and/or pathogen DNA quantity which had colonized the root for seven days after inoculation. This study gives tools and information for the choice of resistance QTL to use in pyramiding breeding strategies for increasing partial levels of resistance to A. euteiches in future pea varieties.; La connaissance des effets et modes d’action des QTL (Quantitative Trait Loci) de résistance des plantes aux maladies est un enjeu majeur pour l’exploitation durable des résistances génétiques en agriculture. Dans le pathosystème pois/Aphanomyces euteiches, présentant une importance économique majeure, l’objectif de la thèse a consisté à valider les effets de QTL de résistance, seuls ou en combinaison, et à connaitre leurs modes d’action sur les étapes du cycle de l’agent pathogène. Un total de 157 NILs (Near Isogenic Lines) de pois issues d’un programme de Back-cross Assisté par Marqueurs, porteuses d’aucun, un, deux ou trois des sept principaux QTL de résistance préalablement identifiés, a été génotypé à l’aide d’une puce 15K SNPs et évalué pour la résistance. Les NILs porteuses de QTL à effets majeurs, seuls ou en combinaison avec des QTL à effets mineurs,ont présenté des niveaux accrus de résistance partielle en conditions contrôlées et au champ par rapport aux NILs dépourvues de QTL, dans différents fonds génétiques. Certaines NILs comportant des QTL individuels ou combinés à effets mineurs ont également montré un niveau réduit de sévérité de la maladie dans l’une ou les deux conditions de test. La plupart des QTL a présenté des effets significatifs sur le ralentissement de l’infection et/ou de la quantité d’ADN pathogène ayant colonisé la racine pendant sept jours après inoculation. Cette thèse fournit des outils et éléments de choix de QTL à combiner en sélection pour augmenter l’efficacité de la résistance partielle à A. euteiches dans les futures variétés de pois

The cancer research focuses on the development of "targeted strategies" by increasing therapeutic efficacy and reducing toxicity. In this context, this work has been devoted to the design of peptide vectors for anticancer applications. These systems have been developed using a cyclodecapeptide scaffold which presents specific conformational properties. Two different approaches were considered. The first one was to investigate new tumor receptor ligands based on the recognition domain of a therapeutics monoclonal antibody. We propose the design of Rituximab mimics which targets the CD20 antigen used for the treatment of Non-Hodkinien lymphoma. In the second approach, we developed vectors for tumor imaging. For this purpose, multivalent scaffolds containing RGD peptide that target integrin alpha-v-beta-3 were combined with several detection elements and evaluated by using PET, MRI and optical imaging techniques. In both strategies, delivery systems consist of a recognition domain bearing one or more ligands and an effector module consisting of an active element, both assembled on the molecular scaffold. Therefore, we developed procedures for biomolecular assemblies by modulating the grafting sites on scaffold. We have thendeveloped synthetic methodologies combining several orthogonal chemoselective ligations. We demonstrate that this strategy offers many benefits and enables macromolecular assemblies in one step without intermediate purification or deprotection., La recherche sur le cancer s'oriente vers le développement de « stratégies ciblées » comme la vectorisation de composés actifs permettant d'augmenter l'efficacité thérapeutique et de réduire la toxicité du traitement. Dans ce contexte, ces travaux ont été consacrés à la conception de vecteurs peptidiques pour des applications anticancéreuses. Ces systèmes ont été élaborés à partir d'un châssis moléculaire cyclodécapeptidique présentant des propriétés conformationnelles particulières. Deux approches différentes ont été envisagées. La première a consisté à rechercher de nouveaux ligands de récepteurs tumoraux en s'inspirant du domaine de reconnaissance d'un anticorps monoclonal thérapeutique. Dans ce contexte, nous proposons la conception de mime du Rituximab ciblant l'antigène CD20 utilisé dans le traitement des lymphomes Non-Hodkinien. Dans la seconde approche, nous avons développé des vecteurs destinés à des applications d'imagerie tumorale. Pour cela, des châssis multivalents présentant des ligands peptidiques RGD ciblant l'intégrine alpha-v-beta-3 ont été conjugués avec différents agents de détection puis évalués par techniques d'imagerie TEP, IRM et imagerie optique. Dans ces deux stratégies, les systèmes de vecteurs sont constitués d'un domaine de reconnaissance présentant un ou plusieurs ligands, et d'un module effecteur composé d'un élément de détection, le tout assemblé sur le châssis moléculaire. Nous nous sommes donc intéressés à développer des procédures d'assemblages biomoléculaires permettant de moduler les sites d'accrochages du châssis. Pour cela, nous avons mis au point des méthodologies de synthèse originales combinant plusieurs ligations chimiosélectives orthogonales. On démontrera que cette stratégie offre de multiples avantages et permet un assemblage macromoléculaire en une seule étape sans déprotection ni purification intermédiaire.

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

The aim of this color illustrated study is to put into place the goals, main partners, questions and methods in the framework of an original research, developed as early as 1984 by the "High Altitude pastures" interparks research program. Some partial and preliminary results have been used as examples to better explain these researches, which will be later detailed in documents at the end of the study., Cette étude illustrée en couleurs se donne pour but de situer les objectifs, les principaux partenaires, les questions abordées et les méthodes employées dans le cadre d'une recherche originale, développée dès 1984 par le programme de recherche interparcs "Formations Pâturées d'altitude". Quelques résultats, souvent partiels et encore provisoires ont servi d'illustration pour mieux situer ces recherches qui seront précisées par la suite dans des documents de fin d'études.