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National audience; La pratique de la monotraite s’accompagne d’une baisse importante de la production laitière ainsi que de changements dans la composition du lait et d’effets rémanents, après 3 semaines, lors du retour à deux traites par jour. De nombreuses études ont montré que les niveaux de production laitière durant la monotraite ainsi que les pertes de production laitière lors du passage à la monotraite varient entre races, et d’une vache à une autre intra race laissant supposer une origine génétique. Dans ce contexte, notre étude visait à estimer les paramètres génétiques de la production laitière et de la composition du lait pendant une phase de monotraite ainsi que des réponses de la production laitière à la monotraite (perte lors du passage à la monotraite et regain au retour à 2 traites par jour), et à identifier des prédicteurs de ces réponses. Notre étude portait sur 430 vaches croisées Holstein X Normande et comprenait 3 périodes: une semaine contrôle à 2 traites par jour, 3 semaines de monotraite et enfin 2 semaines de retour à 2 traites par jour. L’application des 3 semaines de monotraite a diminué la production laitière de 27,5%, les vaches ont récupéré en moyenne 57% du lait perdu lors du retour à 2 traites par jour. Les héritabilités estimées lors de la période contrôle et des 3 semaines de monotraite étaient de 0,41 et 0,35 pour la production laitière, de 0,66 et 0,61 pour le taux butyreux, 0,60 et 0,80 pour le taux protéique, 0,66 et 0,36 pour le taux de lactose et 0,20 et 0,15 pour les scores de cellules somatiques. La production laitière et la composition du lait pendant les périodes de monotraite et de bitraite étaient génétiquement proches avec des corrélations toutes supérieures à 0,80 intra caractère, mais moins qu’entre périodes à même fréquence de traite. Les héritabilités de la perte de lait observée en passant les vaches en monotraite étaient modérées et du même ordre que celle de la production laitière (0,39 et 0,34 respectivement pour la perte de production laitière exprimée en kg/jour et en %). Le regain de production laitière lors du retour à 2 traites par jour était un caractère de forte héritabilité (0,63). La production laitière ainsi que la composition du lait lors de la période contrôle étaient génétiquement corrélées aux réponses mais pas suffisamment pour être considérées comme des prédicteurs des réponses à 3 semaines de monotraite. Les pertes observées lors du premier jour de monotraite étaient corrélées génétiquement à 0,98 et 0,96 avec les pertes de production laitière lors des 3 semaines de monotraite (en kg/jour et en %), et pourraient être ainsi considérées comme des prédicteurs plus précis des pertes de production sur 3 semaines de monotraite.

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La baisse de la mortalité des veaux est un enjeu majeur pour les filières bovines. Le projet FGE MORPHE, visait à quantifier l’impact génétique sur la mortalité des veaux et des génisses entre leur naissance et leur mise en reproduction et à définir des phénotypes pertinents pour de nouvelles évaluations génétiques. L’analyse phénotypique de la mortalité a été réalisée sur 9 races laitières et 10 races allaitantes à partir des déclarations de naissance et de mortalité des veaux entre 2005 et 2011. Entre 0 et 6 mois, le taux moyen de mortalité est variable selon les races (entre 10,5 et 19,2% en races laitières et entre 5,1 et 13,7% en races allaitantes). Il dépend également du sexe du veau (+3% de mortalité chez les mâles), du rang de vêlage de la mère (moindre mortalité chez les multipares), de la taille des élevages (moindre mortalité dans les petits troupeaux en races laitières), et de la période de naissance (mortalité plus importante des veaux laitiers naissant entre décembre et mars). Sur la période 3-180 jours, le taux de mortalité des veaux présente une variabilité phénotypique importante entre pères, allant de moins de 5% pour les meilleurs à 10 voire 15% pour les moins bons. En races allaitantes, l’étude génétique de la mortinatalité (0-2 jours) a été prioritaire. Ce caractère est décomposé en un effet direct et un effet maternel. 4 modèles ont été testés sur 3 races (Charolaise, Limousine et Parthenaise), afin de mesurer l’impact de la déconnexion entre troupeaux et du caractère discontinu du phénotype. Les héritabilités sont faibles et cohérentes entre modèles, de l’ordre de 1 à 2%. Les écarts de moyennes phénotypiques des taureaux évalués dans les classes extrêmes sont importants. La comparaison des valeurs génétiques estimées avec les 4 modèles montre l’importance de la prise en compte de la déconnexion entre troupeaux. Le modèle pourrait probablement être amélioré en intégrant des variances hétérogènes intra troupeau. Dans les races laitières, l’héritabilité de la mortalité entre 3 et 180 jours a été estimée avec un modèle à seuil à différents stades de vie pour les races Holstein, Montbéliarde, Normande, Simmental et Brune. Elle est généralement comprise entre 0,1 et 0,9% pour les stades de vie définis au cours du 1 er mois et entre 0,3 et 2,1% entre 1 et 6 mois. Ce niveau faible reste cependant compatible avec la mise en œuvre d’une évaluation génétique, dans la perspective d’une prise en compte de ces caractères en sélection génomique., The decrease in calf mortality is a major issue for the cattle sector. The MORPHE project, funded by France Genetique Elevage was aimed at quantifying the genetic impact on calves and heifer mortality from birth to reproduction period and to define relevant phenotypes for new genetic evaluations. The phenotypic analysis of mortality was carried out on nine dairy breeds and 10 beef breeds from birth and death events reported in the national information system between 2005 and 2011. Between zero and six months, the average mortality rate depended on the breeds (from 10.5 to 19.2% in dairy breeds and from 5.1 to 13.7% in beef breeds). It also depended on the sex of the calf (+ 3% mortality for males), calving rank of dam (lower mortality in multiparous), farm size (lower mortality in small herds for dairy breeds) and birth period (higher calf mortality for birth between December and March for dairy breeds). The calf mortality rate between three and 180 days had a high phenotypic variability between sires, ranging from less than 5% for the best bulls to 10 or even 15% for the worse ones. In beef breeds, the genetic study of stillbirth (0-2 days) was a priority. This trait was split into a direct and a maternal effects. Four models were tested on three breeds (Charolaise, Limousine, and Parthenaise) to measure the impact of disconnection between herds and the discrete nature of the phenotype. Heritabilities were low (from 1 to 2%) but consistent between models. The differences of stillbirth for bulls evaluated in extreme classes were important. The comparison of breeding values estimated with the four models showed the importance of connectedness between herds. The model could probably be improved by integrating within herd heterogeneous variances. In dairy breeds, heritability of mortality was estimated with a threshold model at different life stages for Holstein, Montbeliarde, Normandy, Simmental and Brown Swiss breeds. It ranged between 0.1 and 0.9% for the first month of life and between 0.3 and 2.1% between 1 and 6 months of age. Despite these low heritability estimates, the implementation of a genetic

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Un protocole de détection de QTL en croisement entre les races Prim'Holstein et Normande a été mené à l'Unité Expérimentale INRA du Pin-au-Haras. Ce programme a pour objectif de détecter et cartographier des QTL responsables de la variabilité intra et entre races. 866 femelles F2 ont été suivies jusqu’en première lactation, ainsi que 324 femelles « F3 » issues d'un père F1 et d'une mère F2. Les phénotypes mesurés concernent les caractères classiquement mesurés en ferme, mais surtout un grand nombre de caractères originaux. Les résultats présentés concernent l'aptitude fromagère des laits individuels, la précocité sexuelle, la reprise de cyclicité post-partum, et la coloration de la robe. Tous les individus F0 à F3 sont génotypés sur la puce bovine 50k d'Illumina. Les détections ont été faites par analyse de liaison et déséquilibre de liaison. L'âge à la puberté est en moyenne de 307 jours (± 51) et son héritabilité est estimée à 0,37. Des QTL sont détectés sur 13 chromosomes (1, 2, 3, 5, 8, 11, 12, 13, 14, 21, 25, 27 et 29), les plus forts étant sur les chromosomes 29 (pic à 26 Mb) et 13 (61 Mb). Le délai de reprise de cyclicité est en moyenne de 31 jours (± 12) et son héritabilité est estimée à 0,17. 14 QTL sont détectés sur 9 chromosomes (1, 3, 5, 8, 11, 17, 21, 26 et 27) avec les plus forts sur les chromosomes 21 (26 Mb) et 26 (33 Mb). Seuls 2 QTL sont communs aux deux caractères, sur le chromosome 21, reflétant leur faible corrélation génétique (0,24). L’aptitude fromagère dépend très fortement du génotype au locus des caséines, ainsi que de la beta-lactoglobuline et de DGAT1. Après prise en compte de ces locus, 5 à 8 QTL sont détectés pour les différents caractères analysés (temps de prise, fermeté du gel, rendement, gras sur sec). Ils sont en général différents entre caractères et ont des effets plus réduits. Concernant le patron de coloration, MC1R est responsable de la couleur, ASIP de la bringeure, MITF de la tête blanche, du pourcentage de blanc, de la couleur des onglons, KIT du pourcentage de blanc et du type de panachure. Une nouvelle région sur le chromosome 8 est mise en évidence et affecte le pourcentage de blanc et le type de panachure., A QTL detection experiment has been carried out on the “Le Pin” INRA experimental farm by crossing Holstein and Normande dairy cattle. This experiment was aimed at mapping QTL responsible for within and between breed genetic variability. Eight-hundred sixty-six F2 and 324 « F3 » females (F1 sire x F2 dam) were studied before and during their first lactation. In addition to conventional traits, many especially original traits were recorded. This paper presents the results for cheese making ability of milk, age at puberty, cyclicity resumption, and coat color. All F0-F3 animals were genotyped with the Illumina 50k Beadchip. QTL detection was performed by linkage and linkage disequilibrium analysis. Age at puberty reached 307 days (± 51) on average and its heritability estimate was 0.37. Over 20 QTL were found on 13 chromosomes (1, 2, 3, 5, 8, 11, 12, 13, 14, 21, 25, 27, and 29), with the strongest ones on chromosomes 29 (26 Mb) and 13 (61 Mb). Cyclicity resumption was obtained after 31 days (± 12) and its heritability estimate was 0.17. Fourteen QTL were found on 9 chromosomes (1, 3, 5, 8, 11, 17, 21, 26, and 27), with the strongest ones on chromosomes 21 (26 Mb) and 26 (33 Mb). Only two regions on chromosome 21 were found to be common for both traits, in agreement with their low genetic correlation (0.24). Cheese making properties were strongly dependent on casein locus, as well as on beta-lactoglobulin and DGAT1. After accounting for these loci, 5 to 8 QTL were detected for the different traits analyzed (coagulation time, gel firmness, cheese yield, fat/dry matter ratio). In general, they were different across traits and with more limited effects than for the identified loci. With regards to coat color, MC1R was found to be responsible for color, ASIP for brindle, MITF for white head, white percentage, hoof color, KIT for spotting type and white percentage. A new region was identified on chromosome 8 affecting white percentage and type of spotting.