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International audience; Comptes rendus (avec résumés d'interventions) des journées du 20-21 septembre 2012, ayant réunis à Poitiers experts scientifiques et techniques autour de Gallasellus heilyi (crustacé isopode aquatique), espèce endémique du grand Centre-Ouest de la France

Les Crustacés forment un sous-groupe d'Arthropodes, au même titre que les Hexapodes (insectes) ou les Chélicérates (araignées). Fondamentalement, ils se caractérisent par l'existence d'un stade embryonnaire typique (la larve nauplius), et par une cuticule imprégnée de sels de calcium. Au-delà, c'est un groupe très hétérogène, avec une grande diversité de formes, d'habitats, et de mode de vie. Pour la France continentale métropolitaine, on estime à environ 900 le nombre d'espèces de Crustacés (bords de mers et océans exclus !). En Vienne, au dernier pointage (circulaire Vienne Nature, hiver 2010/2011), seules 8 espèces recensées (pour l'essentiel des écrevisses). C'est qu'il s'agit d'un de ces nombreux " groupes orphelins " pour lesquels il n'y a plus ou peu de naturalistes locaux spécialisés (carcinologues). Pour autant, des données anciennes et disparates existent, mais elles ne sont pas centralisées. En nature comme en toute chose, l'intérêt nait de l'intéressement. Voici un premier essai de synthèse et d'actualisation sur notre faune Crustacé locale.

La technologie des microarrays demeure à ce jour un outil important pour la mesure de l'expression génique. Au-delà de la technologie elle-même, l'analyse des données provenant des microarrays constitue un problème statistique complexe, ce qui explique la myriade de méthodes proposées pour le pré-traitement et en particulier, l'analyse de l'expression différentielle. Toutefois, l'absence de données de calibration ou de méthodologie de comparaison appropriée a empêché l'émergence d'un consensus quant aux méthodes d'analyse optimales. En conséquence, la décision de l'analyste de choisir telle méthode plutôt qu'une autre se fera la plupart du temps de façon subjective, en se basant par exemple sur la facilité d'utilisation, l'accès au logiciel ou la popularité. Ce mémoire présente une approche nouvelle au problème de la comparaison des méthodes d'analyse de l'expression différentielle. Plus de 800 pipelines d'analyse sont appliqués à plus d'une centaine d'expériences sur deux plateformes Affymetrix différentes. La performance de chacun des pipelines est évaluée en calculant le niveau moyen de co-régulation par l'entremise de scores d'enrichissements pour différentes collections de signatures moléculaires. L'approche comparative proposée repose donc sur un ensemble varié de données biologiques pertinentes, ne confond pas la reproductibilité avec l'exactitude et peut facilement être appliquée à de nouvelles méthodes. Parmi les méthodes testées, la supériorité de la sommarisation FARMS et de la statistique de l'expression différentielle TREAT est sans équivoque. De plus, les résultats obtenus quant à la statistique d'expression différentielle corroborent les conclusions d'autres études récentes à propos de l'importance de prendre en compte la grandeur du changement en plus de sa significativité statistique., Microarrays remain an important tool for the measurement of gene expression, and a myriad of methods for their pre-processing or statistical testing of differential expression has been proposed in the past. However, insufficient and sometimes contradictory evidence has prevented the emergence of a strong consensus over a preferred methodology. This leaves microarray practitioners to somewhat arbitrarily decide which method should be used to analyze their data. Here we present a novel approach to the problem of comparing methods for the identification of differentially expressed genes. Over eight hundred analytic pipelines were applied to more than a hundred independent microarray experiments. The accuracy of each analytic pipeline was assessed by measuring the average level of co-regulation uncovered across all data sets. This analysis thus relies on a varied set of biologically relevant data, does not confound reproducibility for accuracy and can easily be extended to future analytic pipelines. This procedure identified FARMS summarization and the TREAT gene ordering statistic as algorithms significantly more accurate than other alternatives. Most interestingly, our results corroborate recent findings about the importance of taking the magnitude of change into account along with an assessment of statistical significance.

National audience; L'étude porte sur le devenir des agriculteurs installés aidés de 1993 à 2002 dans six départements (Dordogne, Doubs, Maine-et-Loire, Pyrénées Atlantiques, Vienne, Yonne). Dans ces départements le pourcentage de hors cadres familiaux (HCF) varie de 8 à 24% pour cette période. Dans l'ensemble les HCF aidés s'installent plus en individuel qu'en société et ne regrettent pas leur installation. Certes ils font état des difficultés rencontrées mais ils ont réussi à les surmonter, 97% d'entre eux pensent continuer dans ce métier et ils ne se sentent pas pénalisés pas leur statut de HCF.

Le contrat territorial d'exploitation, d'une durée de cinq ans, vise à associer le développement économique de l'exploitation et la protection de l'environnement en favorisant une agriculture multifonctionnelle répondant aux nouvelles attentes de la société. Plus de vingt mille CTE ont déjà été signés et le nombre de signatures, en forte progression, atteint les deux mille par mois. Les aides financières, qui se répartissent entre les aspects socio-économiques et envi ronnementaux, s'élèvent en moyenne à 38 110 euros par contrat. La population bénéficiaire est tout à fait représentative de l'ensemble des agriculteurs de moins de 55 ans. Toutefois, les exploitations sous statut sociétaire sont surreprésentées. Si toutes les filières de production sont proportionnellement bien impliquées, la taille moyenne des exploitations individuelles reste plus grande que la moyenne nationale. Le CTE joue un rôle important dans la création d'emplois puisqu'un emploi est créé pour quinze CTE signés. Parmi les mesures agro-environnementales, les contractants sont sensibles à l'amélioration de la qualité de l'eau (plus de la moitié des CTE) et au maintien de la biodiversité et des paysages. Les actions liées au tourisme sont choisies dans près d'un CTE sur dix, soit trois fois plus qu'au niveau national. En particulier, la préservation du patrimoine est incluse dans la moitié des CTE contenant des actions touristiques. Les CTE contenant des mesures de conversion à l'agriculture biologique sont nombreux (13%), et les CTE collectifs dont la mise en place a été plus tardive sont désormais en pleine expansion. La France des CTE est donc riche de diversités tant par les hommes qui la composent que par les actions que le monde agricole, sans exclusion, a choisi de mener. Si l'agriculture reste avant tout une activité économique à part entière, les agriculteurs montrent, à travers le CTE, leur préoccupation, identique à celle des urbains, de préserver un monde rural vivant et respectueux de l'environnement.