5 results on '"Genetic Evolution"'
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2. HYPOTHÈSE SUR LA RÉÉMERGENCE DU VIRUS BTV-8 EN 2015, EN FRANCE.
- Author
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Stéphan, Zientara, Corinne, Sailleau, Lydie, Postic, Grégory, Caignard, Aurore, Fablet, Damien, Vitour, and Emmanuel, Bréard
- Abstract
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- Published
- 2022
3. Étude de l’évolution du tropisme et de la pression sélective exercée sur le gène de l’enveloppe du virus de l’immunodéficience humaine de type 1 au cours de la grossesse et à l’échelle de la population
- Author
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Ransy, Doris and Soudeyns, Hugo
- Subjects
Grossesse ,Pregnancy ,Selective pressure ,Human immunodeficiency virus ,Tropisme ,Virus de l'immunodeficience humaine ,Pression sélective ,HIV-1 ,Genetic evolution ,Évolution génétique ,VIH-1 ,Tropism ,Coreceptor tropism - Abstract
Introduction. Le VIH-1 évolue en fonction de la réponse immunitaire spécifique de l’hôte. La pression sélective exercée par la réponse immunitaire VIH-spécifique de l’hôte entraine l’évolution des gènes viraux et à terme détermine l’évolution de la maladie. Cette évolution du virus à l’échelle d’un individu façonne également l’évolution du virus à l’échelle de la population et détermine le devenir de l’épidémie. Le VIH utilise les corécepteurs d’entrée CCR5 (virus R5) et CXCR4 (virus X4) afin d’infecter la cellule cible, et l’évolution du tropisme du virus de R5 vers X4, appelé switch du tropisme, est associé à la progression de la maladie. Les virus R5 sont rencontrés en début d’infection tandis que les virus X4 apparaissent en fin de maladie chez un certain de nombre de patients et sont considérés comme plus virulents. La pression sélective immunitaire exercée sur le gène de l’enveloppe (env) peut donc entrainer l’évolution du tropisme du VIH. La grossesse est un état immunitaire particulier considéré comme étant principalement caractérisé par un biais Th2 nécessaire à l’établissement de la tolérance materno-fétale. Le switch de tropisme de R5 vers X4 en grossesse n’a jamais été documenté, de même que l’évolution des déterminants du tropisme à l’échelle de la population. Hypothèses. Les changements immunitaires associés à l’initiation et la progression de la grossesse engendrent des changements dans la pression immunitaire exercée sur l’enveloppe et peuvent favoriser le switch du tropisme. L’évolution du tropisme du VIH-1 peut être observé à l’échelle de la population au même titre que l’évolution de l’enveloppe virale. Objectifs. Analyser l’évolution du tropisme et décrire la pression sélective sur l’enveloppe des femmes enceintes infectées par le VIH-1. Analyser l’évolution des déterminants du tropisme à l’échelle de la population. Méthodes. Nous avons dans un premier temps analysé l’évolution des déterminants du tropisme et déterminé le génotype et phénotype du VIH-1 chez 19 femmes enceintes issues de la cohorte du centre maternel et infantile sur le SIDA de l’hôpital Sainte-Justine (CMIS). Nous avons ensuite caractérisé et comparé la pression sélective exercée sur env, par une méthode bayésienne, chez 31 femmes enceinte et 29 femmes non-enceintes. Enfin, nous avons analysé et comparé des déterminants du tropisme entre des séquences d’enveloppe contemporaines et anciennes, issues des bases de données du NCBI. Résultats. Nos résultats montrent la présence de virus X4 chez la moitié de notre cohorte, et un switch de tropisme de R5 vers X4 chez 5/19 sujets. Les séquences des femmes enceintes présentaient des taux de substitutions plus élevées que celles des femmes non-enceintes. La pression sélective dans la région C2 était plus faible chez les femmes enceintes que chez les femmes non-enceintes, et différait dans 4 positions entre ces 2 groupes. Cette sélection diminuait au cours de la grossesse chez les patientes traitées. Enfin, une accumulation de mutations X4 a été observée dans les séquences R5 contemporaines par rapport aux séquences R5 anciennes. Conclusion. Les changements immunitaires associés à la grossesse semblent induire des modifications subtiles dans la pression sélective exercée sur env, suffisant à influencer l’évolution du tropisme de R5 vers X4. Un switch du tropisme à l’échelle de la population impliquerait une épidémie évoluant vers une plus grande virulence du virus. Nos résultats sont d’importance en ce qui concerne la prophylaxie antirétrovirale pour la santé de la mère et la prévention de la transmission mère-enfant du VIH-1. Ils sont aussi importants concernant l’avenir de la thérapie antirétrovirale dans le contexte d’une épidémie évoluant vers une plus grande virulence, Introduction. HIV-1 evolves as a function of the immune specific response of the host. The selective pressure exerted by HIV-specific immune responses lead to the evolution of the viral genes and ultimately determine the evolution of the disease. HIV evolution at the individual level also shapes the evolution of the virus the population level and determines the future of the epidemic. HIV enters the target cell via CCR5 (R5 viruses) or CXCR4 (X4 viruses) coreceptors, and switch of tropism from R5 to X4, is associated with progression disease. Indeed, R5 virus characterize earlier stages of infection while X4 emerge at later disease stages in some patients and are considered more virulent. The immune pressures exerted on the envelope gene (env) can therefore cause HIV coreceptor switch. Pregnancy is considered a particular immune state mainly characterized by a Th2 bias necessary for the establishment of materno-fetal tolerance. Tropism switch from R5 to X4 during pregnancy has never been documented, and changes in the determinants of tropism during the HIV epidemic at the population level have never been reported. Hypotheses. Immune changes associated with initiation and progression of pregnancy generate changes in the immune pressure exerted on env and may influence coreceptor tropism switch. The evolution HIV-1 coreceptor tropism can be observed at the population level as well as the evolution of the viral envelope. Objectives. Analyze the evolution of tropism and describe the selective pressure on the envelope of pregnant women infected with HIV-1. Analyze the evolution of the determinants of tropism in at the population level. Methods. We first analyzed the evolution of determinants of tropism and determined the genotype and phenotype of HIV-1 in 19 pregnant women from centre maternel et infantile sur le SIDA de l’hôpital Sainte-Justine (CMIS). We then characterized and compared the selective pressure on env, using a Bayesian method, in 31 pregnant and 29 non-pregnant women. Finally, we analyzed and compared the determinants of tropism between contemporary and early envelope sequences retrieved from the NCBI databases. Results. Our results show the presence of X4 virus in half of our cohort, and R5 to X4 tropism switch in 5/19 subjects. Higher substitution rates were found in sequences from pregnant women as compared to sequences from non-pregnant subjects. Selective pressure in the C2 region was lower in pregnant than in non-pregnant women, and differed in 4 positions between these 2 groups. This selection decreased during pregnancy in patients who received antiretroviral therapy. Finally, accumulation of X4 mutations was observed in contemporary R5 sequences compared to early R5 sequences. Conclusion. Immune changes that are associated with pregnancy appear to induce subtle changes in selective pressures in env, changes that may influence the evolution of tropism towards X4. Switch of tropism at the population level would imply an evolving epidemic towards greater virulence. Our results are of importance regarding antiretroviral prophylaxis for the health of the mother and for the prevention of mother-to-child transmission of HIV-1. These results are also important for the future of antiretroviral therapy in the context of evolving epidemic
- Published
- 2016
4. Evolution génétique et signification des associations de phosphates de la pegmatite d'Angarf-Sud, plaine de Tazenakht, Anti-Atlas, Maroc
- Author
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Kurt Abraham, André-Mathieu Fransolet, and Jean-Marie Speetjens
- Subjects
Chemistry ,Genetic Evolution ,phosphates Fe-Mn ,apatites Cl et F ,pegmatites ,évolution génétique ,Maroc ,General Earth and Planetary Sciences ,Humanities ,Fe-Mn phosphates ,CI-and F-bearing apatites ,genetic evolution ,Morocco ,General Environmental Science - Abstract
New electron microprobe chemical analyses on the phosphate minerals from the Angarf-Sud pegmatite, Tazenakht Plain, Anti-Atlas, Morocco, confirm or specify the chemical composition for triphylite, ferrisicklerite, heterosite, ferroalluaudite, chlorapatite, and fluorapatite. The crystallographic properties are also yielded for the Fe3+ very rich ferrisicklerite (a = 5.843, b = 9.913and c = 4.783 Å) and for the ferroalluaudite, rich in Fe2+ and poor in Mn (a = 11 .989, b = 12.541, c = 6.434 Å and β = 1 14°6'). The 21 phosphate minerals presently known in the pegmatite are listed in a recapitulatory way. On the basis on both the chemical data and the pétrographie relationships observed in thin sections, the discussion of the different stages of the whole evolution process from one generation of triphylite, rich in Fe and Mg, leads up to the proposal of genetic schémas. Two evolution sequences are distinguished : (1) Triphylite → ferroalluaudite + chlorapatite → fluorapatite, and (2) Triphylite → ferrisicklerite → heterosite. A hydration stage could have altered both triphylite and ferroalluaudite, giving barbosalite and tavorite, on one hand, and barbosalite and melonjosephite, on the other one. The weathering transforms, among others, ferroalluaudite and chlorapatite into a fine grained mixture of lipscombite and mitridatite. For ferroalluaudite, as a result of the metasomatic transformation, as well as for ferrisicklerite and heterosite, products of the Li leaching and concomitant oxidation of the transition metallic cations, we propose to consider their chemical composition as a typomorphic character. Moreover, taking into account the role of Ca in the ferrisicklerite chemical composition and the oxidation process observed for the ferroalluaudites, the formation of oxidized ferroalluaudite and ferrisicklerite is thought to be a simultaneous phenomenon. Subsequently to the detection of chlorapatite requiring an increase of the activity of both Ca and Cl in the fluid hydrothermal phase, it is also suggested that the Li is leached as chloride during the oxidation of triphylite into ferrisicklerite. However, the large amount of Ca, in the case of the Angarf-Sud pegmatite, seems to have drastically restricted the development of this oxidation stage., De nouvelles analyses chimiques à la microsonde électronique des phosphates de la pegmatite d'Angarf-Sud, Plaine de Tazenakht, Anti-Atlas, Maroc, confirment ou précisent la composition chimique de la triphylite, de la scorzalite, de la ferrisicklerite, de l'heterosite, de la ferroalluaudite, de la chlorapatite et de la fluorapatite. Les propriétés cristallographiques sont également fournies pour la ferrisicklerite riche en Fe3+ (a = 5,843, b = 9,913 et c = 4,783 Å) et pour la ferroalluaudite, riche en Fe2+ et pauvre en Mn (a = 11,898, b = 12,541, c = 6,434 Å et β = 114°6'). Les 21 phosphates actuellement connus dans le gisement sont présentés sous forme d'une liste récapitulative. S'appuyant à la fois sur les informations d'ordre chimique et sur les relations pétrographiques observées en lames minces, la discussion des différentes étapes du processus d'évolution globale à partir d'une seule génération de triphylite riche en Fe et en Mg, conduit à la proposition de schémas génétiques. Deux séquences d'évolution sont distinguées : (1) Triphylite → ferroalluaudite + chlorapatite → fluorapatite et (2) Triphylite → ferrisicklerite → heterosite. Une phase d'hydratation aurait affecté simultanément la triphylite et la ferroalluaudite, produisant la barbosalite et la tavorite, d'une part, et la barbosalite et la mélonjosephite, d'autre part. L'altération superficielle transforme notamment la ferroalluaudite et la chlorapatite en un mélange intime de lipscombite et de mitridatite. On propose de considérer la ferroalluaudite, résultant de la transformation métasomatique, et la ferrisicklerite et l'hétérosite, produits issus du lessivage de Li et de l'oxydation concomitante des cations métalliques de transition, comme minéraux typomorphes sur la base de leur composition chimique. De plus, il semble que, vu le rôle de Ca dans la ferrisicklerite ainsi que le processus d'oxydation mis en évidence dans les ferroalluaudites, la formation de ferroalluaudite oxydée et de ferrisicklerite se soit déroulée simultanément. Grâce à la découverte de chlorapatite, nécessitant un apport de Ca et de Cl dans la phase fluide hydrothermale, on suggère que Li est lessivé sous forme de chlorure lors de l'oxydation de la triphylite en ferrisicklerite mais que l'excès de Ca a notablement restreint le développement de ce mécanisme d'altération à Angarf-Sud., Fransolet André-Mathieu, Abraham Kurt, Speetjens Jean-Marie. Evolution génétique et signification des associations de phosphates de la pegmatite d'Angarf-Sud, plaine de Tazenakht, Anti-Atlas, Maroc. In: Bulletin de Minéralogie, volume 108, 3-4, 1985. Minéralogie dans les Sciences de la Terre et l'Industrie - Hommage à François Permingeat.
- Published
- 1985
5. Evolution génétique de la vitesse de lecture de mots en fonction de leur fréquence
- Author
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Raymond Champagnol
- Subjects
Arts and Humanities (miscellaneous) ,Genetic Evolution ,Sociology ,Humanities ,General Psychology - Abstract
Summary Measurements of the tinte required to read a set of 40 high-frequency and 40 lower-frequency words have been carried out through 10 trials with a population ranging from first-graders to graduate students in order to observe the genetic evolution of the reading times. On the whole, it has been observed that tirne decreases as experiments are carried on through trials and age levels. At ail levels, high frequency words are read significantly faster thon lower frequency ones, but with the first trials only. Results have led to formulate hypotheses on differenciation and activation factors involved in the performance of the subjects and on the structure and extension of children's lexical repertories., Résumé On a mesuré le temps de lecture, au cours de 10 essais, de 40 mots fréquents et de 40 mots moins fréquents afin d'observer, du cours préparatoire aux étudiants de licence, l'évolution génétique de ces temps. De façon générale, les temps diminuent en fonction des niveaux scolaires et des essais. Les mots fréquents sont lus significativement plus vite que les mots moins fréquents à tous les niveaux, mais seulement lors des premiers essais. Les résultats conduisent à des hypothèses sur des facteurs de différenciation et d'activation impliqués dans la performance et sur la structure et l'extension des répertoires lexicaux des enfants., Champagnol Raymond. Evolution génétique de la vitesse de lecture de mots en fonction de leur fréquence. In: L'année psychologique. 1971 vol. 71, n°2. pp. 407-416.
- Published
- 1971
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