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Citation suggérée : Anses. (2022) Avis de l’Anses relatif à l’évaluation des risques liés à la consommation de compléments alimentairescontenant du curcuma (autosaisine 2019-SA-0111). Maisons-Alfort : Anses, 178 p; L’utilisation de plantes dans les compléments alimentaires est encadrée par le décret n°2006-352 du 20 mars 2006 et par l’arrêté du 24 juin 2014 ci-après dénommé « arrêté plantes ».De nombreux compléments alimentaires contenant du curcuma ou sa substance active, la curcumine, sont disponibles sur le marché français, notamment pour leurs potentielles propriétés digestives, antioxydantes et anti-inflammatoires. Entre mai 2016 et mars 2021, plus de 1600 produitscontenant du curcuma ou de la curcumine ont été déclarés à la DGCCRF par Téléicare. Cette plante ne figure pas dans l’annexe I de l’arrêté du 24 juin 2014 établissant la liste des plantes, autres que les champignons, autorisées dans les compléments alimentaires et leurs conditions d’emploi Cette liste a été consolidée et publiée par la DGCCRF en janvier 20195, trois espèces de curcuma y sont présentes : Curcuma longa L., Curcuma xanthorrhiza Roxb. et Curcuma zedoaria (Christm.) Roscoe mais aucune recommandation sanitaire n’est attachée à ces trois espèces.À ce jour, une demande d’allégation pour la curcumine entrant dans la composition de denrées alimentaires a été déposée et évaluée par l’autorité européenne de sécurité des aliments (Efsa), qui a estimé qu’une relation de cause à effet n’était pas établie entre la consommation de cettesubstance et la « contribution au fonctionnement normal des articulations ». Ainsi, aucune allégation n’a été autorisée par la Commission européenne (règlement (UE) n° 432/2012).Une dose journalière admissible (DJA) de 3 mg/kg pc/j, fondée sur l’observation d’une diminution de la croissance pondérale de la seconde génération de rats exposés à la plus forte dose lors d’une étude de toxicité développementale, a été fixée pour la curcumine, qui est largement utilisée commecolorant (E100) dans l’alimentation (Jecfa 2004). La consommation actuelle de certains compléments alimentaires contenant de la curcumine, notamment ceux dans lesquels sa biodisponibilité est augmentée par l’association à d’autres ingrédients tels que la pipérine ou par l’utilisation de nouvelles formulations, peut entraîner un dépassement de cette DJA.Par ailleurs, depuis la mise en place du dispositif de nutrivigilance en 2009, 120 signalements d’effets indésirables susceptibles d’être liés à la consommation de compléments alimentaires contenant du curcuma ou de la curcumine ont été portés à la connaissance de l’Anses. Parmi ces120 déclarations, 67 ont fait l’objet d’une analyse d’imputabilité par le groupe de travail de nutrivigilance. Les effets indésirables les plus fréquemment rapportés sont notamment d’ordre hépatique avec 15 signalements analysables. Par ailleurs, l’Italie a recensé entre novembre 2018 etjuin 2019 une vingtaine de cas spontanés d’hépatite impliquant le curcuma (seul ou en association avec d’autres ingrédients) (Menniti-Ippolito et al. 2020).Dans ce contexte, l’Anses a décidé de s’autosaisir afin de mener un état des lieux des connaissances sur cette plante, d’estimer l’exposition de la population française à la curcumine présente dans l’alimentation et, le cas échéant, de protéger les populations sensibles et les plus exposées par la formulation de recommandations.

L’utilisation de plantes dans les compléments alimentaires est encadrée par le décret n°2006-352 du 20 mars 2006 et par l’arrêté du 24 juin 2014 ci-après dénommé « arrêté plantes ». La coumarine est un composé naturel odorant présent dans certaines plantes comme la cannelle, la fève tonka et le mélilot. La teneur en coumarine dans ces plantes est très variable, de traces à plus de 0,3 % (m/m). L’arrêté plantes précise dans son annexe I que la coumarine est une « substance à surveiller » pour les canneliers Cinnamomum cassia et Cinnamomum verum. Cependant, d’autres plantes autorisées pour une utilisation dans les compléments alimentaires contiennent de la coumarine et aucune teneur limite en coumarine n’est indiquée pour ces produits dans l’arrêté « plantes ».L’Efsa a établi une dose journalière tolérable (DJT) de 0,1 mg/kg p.c./jour pour la coumarine (Efsa 2004). Cette dose a été confirmée sur la base de nouvelles données par l’Institut fédéral allemand de l’évaluation des risques (BfR 2007) et lors de sa réévaluation par l’Efsa (Efsa 2008). L’Efsa a indiqué également que la consommation de compléments alimentaires contenant des doses élevées de cannelle constituait une situation à risque pour les personnes atteintes de diabète de type II. Le BfR1 a précisé de son côté qu’une consommation élevée de cannelle entraînerait une exposition excessive à la coumarine et a donc déconseillé la consommation de cannelle de Chine, étant donné sa teneur relativement élevée en coumarine (BfR 2006). Par ailleurs, une petite sous-population d’individus, entre 0,4 à 6,5 % de la population caucasienne, est sensible à la coumarine, avec des effets indésirables observés à faibles doses, et est considérée comme une population à risque (Tisserand et Young 2014). Les teneurs en cannelle ou en coumarine dans certains compléments alimentaires, les doses journalières recommandées pour ces produits, ainsi que l’exposition à d’autres produits alimentaires contenant de la cannelle, pourraient entraîner un dépassement important de la DJT fixée par l’Efsa. Dans ce contexte, l’Anses s’est autosaisie pour évaluer le risque d’hépatotoxicité lié à la teneur en coumarine des plantes pouvant être consommées dans les compléments alimentaires ou dans d’autres denrées alimentaires. Cette expertise est réalisée en prenant en compte toutes les denrées alimentaires qui sont susceptibles de contenir des plantes ou des préparations de plantes contenant de la coumarine, notamment les cannelles, pouvant être consommées en France. Par ailleurs, les substances autres que la coumarine présentes dans ces plantes ne sont pas prises en compte dans cette évaluation.

The human intestinal and skin microbiota are stable ecosystems that are specific to each individual. Nevertheless, there is in each of them, a common base of strains, the core microbiota. Many exogenous factors such as xenobiotics can disturb and influence the bacterial composition of the microbiotes and cause an imbalance called dysbiosis which can participate in several pathologies. In addition, these microorganisms can metabolize or even degrade these compounds, thus rendering them inactive. In this context, it is important to highlight the potential effects of xenobiotics on bacteria but also to be able to identify the strains responsible for the metabolization of compounds. The aims of the thesis were to set up a model of intestinal and skin microbiota, first by individualizing the strains, then by grouping them in a consortium in order to determine i- the effects of different xenobiotics on the microbiotes and ii- the impact of these microbiota on the tested molecules.A representative model of the intestinal microbiota core composed of 30 strains and a model for the study of individual strains were produced in a microplate in a single medium. The results showed that the growth of the 36 strains in a single culture as well as the stabilized consortium of 30 strains is inhibited for the most part in the presence of antibiotics. Analysis of the culture supernatants (single strains or consortium) by UHPLC-MS/MS revealed that xenobiotics can be chemically modified by bacteria. Concerning the skin model, we have shown that parabens do not act on staphylococci of the cutaneous microbiota but that structural modifications of these endocrine disruptors are found in the presence of numerous bacterial strains. Based on our results, this simplified model could eventually facilitate the study of the impact of xenobiotics on certain microbiota, facilitating certain stages of the development of new therapies.; Les microbiotes intestinal et cutané humains sont deux écosystèmes stables et propres à chaque individu. Néanmoins, il existe dans chacun d’eux, un socle de souches communes, le core microbiote. De nombreux facteurs exogènes, comme les xénobiotiques, peuvent perturber et influencer la composition des microbiotes et provoquer une dysbiose, pouvant participer à plusieurs pathologies. En outre, ces microorganismes peuvent métaboliser, voire dégrader ces composés les rendant ainsi inactifs. Il est donc important de pouvoir mettre en évidence les effets potentiels des xénobiotiques sur les bactéries mais également d’identifier les souches responsables de la métabolisation des composés. Les buts de la thèse ont été la mise en place de modèle de microbiote intestinal et cutané, tout d’abord en individualisant les souches, puis en les regroupant en consortium afin de déterminer i- les effets de différents xénobiotiques sur les microbiotes et ii- l’impact de ces microbiotes sur les molécules testées. Un modèle représentatif du core microbiote intestinal composé de 30 souches ainsi qu’un modèle d’étude des souches individuelles a été en réalisé en microplaque dans un milieu unique. Les résultats ont montré que la croissance des 36 souches en culture unique ainsi que le consortium stabilisé de 30 souches est inhibée majoritairement en présence d’antibiotiques. L’analyse des surnageants de culture (souches uniques ou consortium) par UHPLC-MS/MS a, quant à elle, révélé que des xénobiotiques peuvent être modifiés chimiquement par les bactéries. Concernant le modèle cutané, nous avons mis en évidence que les parabènes n’ont pas d’action sur les staphylocoques du microbiote cutané mais que des modifications de structure de ces perturbateurs endocriniens sont retrouvés en présence de nombreuses souches bactériennes.Sur la base de nos résultats, ce modèle simplifié pourrait permettre à terme de faciliter l’étude de l’impact des xénobiotiques sur certains microbiotes, facilitant certaines étapes du développement de nouvelles thérapies.

Over the last century, the agro-industrial transition has profoundly changed the mode of agricultural production in developed countries, with many negative impacts on biodiversity and agro-ecosystems functioning. Agroecology has recently emerged as an alternative to this system of production. At the interface between scientific disciplines and agricultural practices, agroecology is based on supporting and maintaining ecological processes of interest. Through a literature review, we highlighted the relatively small number of ecological studies on agroecological practices. Among the latter, few studies linked practices and biodiversity. We also showed that vegetable gardening was underrepresented, while micro-farms were almost absent, although agroecological practices are frequent in those two environments. This thesis aims to understand the ecological impacts of setting up I/ two crop associations and II/ permanent raised beds in a context of tomato production in vegetable small farms. Because of biocidal properties of sulphur compounds identified in plants from the Allium genus, and the ability of legumes to fix atmospheric nitrogen in their roots thanks to symbiotic bacteria, the leek and bean cash crops were selected to be associated with tomato. An in situ experiment was carried out in 2018 and 2019 in two sites in south-western France to assess consequences of the implementation of these practices on tomato performances in terms of growth and yield, as well as on nematode communities, as bioindicators of soil functioning. Our observations highlighted the importance of the cultivation history and of the soil quality for the response of plants and soil organisms to these practices. The analysis of nematode communities showed a soil enrichment in response to the bean-tomato association. The association with leek had little effect on nematode communities but was linked to improved tomato plant performances. Raised bed cultivation had no effect on tomato plant performances, although a soil enrichment was observed through nematode communities, dominated by bacterivorous, and through a greater abundance of other soil organisms. An interaction between raised bed gardening and associations was observed. The effects of bean-tomato association were less pronounced when the soil was enriched in organic matter in raised beds. Conversely, the positive effect of the leek association seemed to be more pronounced in raised beds. A simplified system experiment was carried out to evaluate the potential of leek to control one of the main parasites of tomato, the root-knot nematode Meloidogyne incognita. The presence of leek did not reduce the nematode infestation on tomato roots but appeared to inhibit their reproduction. The higher growth and early flowering of the tomato in association can be explained by a lower competition between plants than in the monoculture. Our work here supports the importance of organisms as bioindicators in studies focusing on soil functioning. It also provides additional information on the advantages of implementing crop association and/or raised bed gardening, particularly with regard to the use of leek as a tool for biocontrol. Our observations also suggest a facilitating effect of leek on tomato growth.; Au cours du siècle dernier, la transition agro-industrielle a profondément modifié le mode de production agricole dans les pays développés, entrainant de nombreux impacts négatifs sur la biodiversité et le fonctionnement des agroécosystèmes. L’agroécologie a récemment émergé comme alternative à ce système de production. A l’interface entre discipline scientifique et pratiques agricoles, l’agroécologie se base sur le support et le maintien de processus écologiques d’intérêts. A travers une analyse bibliographique, nous avons mis en évidence le nombre relativement faible d’études écologiques dans les pratiques agroécologiques. Parmi ces dernières, peu de travaux lient pratiques et biodiversité. Nous avons également montré que les exploitations maraichères étaient sous-représentées, tandis que les micro-fermes étaient quasi inexistantes alors que les pratiques agroécologiques sont fréquentes dans ces deux environnements. C’est dans ce cadre que s’inscrit cette thèse qui vise à comprendre les impacts écologiques de la mise en place I/ de deux associations de cultures et II/ de la culture sur buttes dans un contexte de production de tomates en micro-fermes maraichères. En raison des propriétés biocides des composés soufrés identifiés chez les plantes du genre Allium et de la capacité des légumineuses à fixer l’azote atmosphérique dans leur racine à l’aide de bactéries symbiotiques, le poireau et le haricot valorisés en vente directe, ont été sélectionnés pour être associés à la tomate. Une expérimentation in situ a été réalisée sur deux sites du Sud-Ouest de la France en 2018 et 2019, pour évaluer les conséquences de la mise en place de ces pratiques sur les performances de la tomate en termes de croissance et de rendement, ainsi que sur les communautés de nématodes, bioindicateurs du fonctionnement du sol. Nos observations ont mis en évidence l’importance de l’historique de culture et de la qualité du sol dans la réponse des plantes et des organismes du sol à la mise en place de ces pratiques. L’analyse des communautés de nématodes nous a permis de mettre en évidence un enrichissement du sol en réponse à l’association haricot-tomate. La culture en association avec le poireau n’a eu que peu d’effets sur les communautés de nématodes, mais est liée à de meilleures performances végétales des tomates. La culture sur buttes n’a pas eu d’effet sur les performances de la tomate, malgré un enrichissement du sol visible à travers les communautés de nématodes, dominées par les bactérivores, et une plus grande abondance d’autres organismes du sol. Une interaction entre culture sur buttes et associations a été observée. Les effets de l’association haricot-tomate étaient d’autant moins marqués que le milieu était enrichi par la culture sur buttes. A l’inverse, l’effet positif de l’association avec le poireau semblait plus marqué avec une culture sur buttes. Une expérimentation en système simplifié a été effectuée pour évaluer le potentiel du poireau à contrôler l’un des ravageurs de la tomate, le nématode à galles Meloidogyne incognita. La présence du poireau n’a pas réduit l’infestation des racines de tomates par les nématodes mais a semblé inhiber leur reproduction. La croissance plus importante et la floraison précoce des tomates associées s’expliquent par une compétition entre plantes moins importante qu’en monoculture. Les résultats obtenus lors de cette thèse soutiennent ici l’importance de la prise en compte des organismes bioindicateurs dans l’étude du fonctionnement du sol. Ils apportent également des éléments sur les avantages respectifs de la mise en place des pratiques étudiées, notamment dans le service de biocontrôle, nous ont permis d’émettre l’hypothèse d’un effet de facilitation du poireau sur la croissance des tomates.

Linear α-olefins are pervasive molecules as building blocks for the production of detergents, cosmetics, lubricants and packaging. Current synthesis ways occur through ethylene oligomerization catalysed by homogeneous complexes and require a first step of hydrocarbons steam cracking at temperatures ranging from 800 to 1100 °C.A cleaner technology could consist into the one-step synthesis by hydrocarbons cracking in an autothermal millisecond reactor (MSR). This MSR was primarily developed for methane partial oxidation and oxidative dehydrogenation of ethane and propane. Higher hydrocarbons conversion through the MSR still requires to understand both thermal and chemical phenomena implied. The development of a laboratory scale unit and the study of model molecules reactivity such as n-paraffins have demonstrated its relevance for α-olefins production. The MSR is a 2-zone reaction system implying catalytic combustion of a part of the reactants on a Pt/Al2O3 monolith to provide heat for the gas phase oxidative cracking of hydrocarbons. Thermal sensitive mechanisms govern this homogeneous area. Low temperatures and millisecond reaction times are then required to produce long chain olefins through an oxygen-assisted mechanism and to limit secondary reactions such as overcracking.In this homogeneous process assisted by heterogeneous catalysis, the chemical nature of the feedstock impacts the selectivities into α-olefins: fossil or bio-sourced reagents must have a saturated alkyl chain. This exploratory work lays the foundations of an RMS dedicated to the synthesis of α-higher olefins, on which proposals for improvement in terms of process engineering and its orientation towards a sustainable chemistry are based.; Les α-oléfines, briques élémentaires de la pétrochimie, entrent dans la fabrication de divers produits de la vie courante, tels que des produits d’hygiène, cosmétiques, lubrifiants, emballages et matériaux de construction. Les procédés d’oligomérisation de l’éthylène actuellement employés pour les produire opèrent en présence de catalyseurs homogènes et requièrent une étape préalable de vapocraquage des hydrocarbures à des températures allant de 800 à 1100 °C, selon la nature de la charge.Une alternative consisterait à produire ces oléfines directement par le craquage des hydrocarbures en réacteur milliseconde (RMS) autotherme. Initialement développée pour l’oxydation partielle du méthane et la déshydrogénation oxydante de l’éthane et du propane, l’application de cette technologie à la conversion d’hydrocarbures plus lourds nécessite encore la compréhension des phénomènes thermiques et des mécanismes chimiques mis en jeux.Le développement d’un pilote de RMS et l’étude de la réactivité de molécules modèles, telles que les n-paraffines supérieures, par une approche multi-échelle : thermique, chimique et spatio-temporelle ont montré la possibilité de produire des α-oléfines et permis d’établir les deux domaines réactionnels coexistant au sein du réacteur. Le catalyseur monolithique Pt/Al2O3, inhérent au fonctionnement autotherme du RMS, fournit la chaleur nécessaire à la production des oléfines dans la phase gaz du réacteur par la combustion d’une partie des réactifs. Les mécanismes régissant cette zone homogène du réacteur milliseconde sont de nature radicalaire et évoluent dans des domaines de température différents. Ainsi, la formation d’α-oléfines à longues chaînes carbonées est favorisée aux basses températures (< 400 °C), où l’oxygène moléculaire est impliqué dans les voies mécanistiques et les réactions de surcraquage limitées.Un RMS sélectif n’est pas concevable sans des temps de réaction de l’ordre de la milliseconde et un contrôle strict de la thermicité du réacteur, prérequis à la restriction des transformations aux premières étapes des mécanismes. Dans ce procédé homogène assisté par catalyse hétérogène, les sélectivités en α-oléfines sont influencées par la nature chimique de la charge. Qu’ils soient d’origine fossile ou biosourcés, les réactifs hydrocarbonés doivent comporter une chaîne alkyle saturée. Ce travail exploratoire pose les fondations d’un RMS dédié à la synthèse d’α-oléfines supérieures, sur lesquelles s’appuient des propositions d’amélioration en termes d’ingénierie du procédé et de son orientation vers une chimie durable.

National audience; Évaluation régionale des connaissances sur les services rendus par la biodiversité au fonctionnement des socioécosystèmes des paysages herbagers (prairies permanentes et bocages)

Isopods are good models to study interactions within the holobiont because they host a rich and diversified microbiota, whose composition is highly variable, depending on the environment and the host's life history traits. Some of their endosymbionts such as the feminizing bacteria Wolbachia, and their consequences on the evolutionary trajectory of hosts have been well characterised. A more global perspective of interactions within the holobiont and their impacts on the host’s fitness has been little considered. In this context, we used a combination of metagenomics, transcriptomics and gene expression analysis approaches to better understand the mechanisms and consequences of these interactions on the host's fitness. First, this thesis explores host-microbial interactions through the lignocellulose degradation process, which is essential for isopods’ nutrition. The host and microbiota’s enzymatic repertoires related to the degradation of lignocellulose have been identified in the woodlouse Armadillidium vulgare. The comparison of these two enzyme repertoires revealed their complementarity, suggesting a close collaboration between the host and its microbiota for lignocellulose degradation. The contribution of the host and its microbiota to this process was then quantified according to several diets with gene expression of CAZymes (enzymes specialized in lignocellulose degradation) and metabarcoding approaches. Secondly, the identification of the CAZymes repertoire in 64 transcriptomes of aquatic and terrestrial isopods provided new information on the evolutionary processes that have favoured the conquest of lands by isopods. This work was further developed by obtaining metagenomes of five isopod species to characterise lignocellulose deconstruction strategies in the holobiont. The reconstruction of bacterial genomes from metagenomes enabled us to identify other symbionts in isopods. We also have characterised a first virome of isopods, which shows that phages constitute an important part of the microbiota. They could play a crucial role as regulators of bacterial communities within the holobiont. All these studies illustrate the richness of interactions between the microbiota and the host in isopods for lignocellulose degradation, and open the way to new implications of the microbiota within the isopods’ holobiont.; Les isopodes représentent un modèle de choix pour l’étude des interactions au sein de l’holobionte car ils hébergent un microbiote riche et diversifié, dont la composition est très variable, sous la dépendance de l’environnement et des traits d’histoire de vie de l’hôte. Certains de leurs endosymbiotes tels que la bactérie féminisante Wolbachia et leurs conséquences sur la trajectoire évolutive des hôtes ont été bien caractérisés. Une perspective plus globale des interactions au sein de l’holobionte et leurs impacts sur la valeur adaptative de l’hôte n’a été que peu envisagée. Dans ce cadre, nous avons utilisé une combinaison d’approches expérimentales, de métagénomique, de transcriptomique et d’analyse de l’expression de gènes, afin de mieux comprendre les mécanismes et les conséquences de ces interactions sur la valeur adaptative de l’hôte. Dans un premier temps, cette thèse explore les interactions hôtes-microbiotes au travers du processus de dégradation de la lignocellulose, essentiel dans la nutrition des isopodes. Le répertoire enzymatique lié à la dégradation de la lignocellulose de l’hôte et du microbiote du cloporte Armadillidium vulgare ont été identifiés. La comparaison de ces deux répertoires enzymatiques a permis de mettre en évidence leur complémentarité, suggérant ainsi une étroite collaboration entre l’hôte et son microbiote pour la dégradation de la lignocellulose. La contribution de l’hôte et de son microbiote dans ce processus a ensuite été quantifiée en fonction de plusieurs régimes alimentaires avec des approches de métabarcoding et d’expression de gènes de CAZymes, enzymes spécialisées dans la dégradation de la lignocellulose. Dans un second temps, l’identification du répertoire de CAZymes dans 64 transcriptomes d’isopodes aquatiques et terrestres a permis d’apporter de nouveaux éléments sur les processus évolutifs qui ont favorisé la conquête des écosystèmes terrestres par les isopodes. Ces travaux ont été approfondis par l’obtention des métagénomes de cinq espèces d’isopodes permettant de caractériser les stratégies de déconstruction de la lignocellulose dans l’holobionte. La reconstruction des génomes bactériens à partir des métagénomes a permis d’identifier d’autres symbiotes chez les isopodes. Nous avons parallèlement caractérisé un premier virome des isopodes, qui montre que les phages constituent une part importante du microbiote. Ils pourraient jouer un rôle crucial comme régulateurs des communautés bactériennes au sein de l’holobionte. L’ensemble de ces travaux illustre la richesse des interactions entre le microbiote et l’hôte chez les isopodes pour la dégradation de la lignocellulose, et ouvre la voie à de nouvelles implications du microbiote au sein de l’holobionte des isopodes.

Isopods are good models to study interactions within the holobiont because they host a rich and diversified microbiota, whose composition is highly variable, depending on the environment and the host's life history traits. Some of their endosymbionts such as the feminizing bacteria Wolbachia, and their consequences on the evolutionary trajectory of hosts have been well characterised. A more global perspective of interactions within the holobiont and their impacts on the host’s fitness has been little considered. In this context, we used a combination of metagenomics, transcriptomics and gene expression analysis approaches to better understand the mechanisms and consequences of these interactions on the host's fitness. First, this thesis explores host-microbial interactions through the lignocellulose degradation process, which is essential for isopods’ nutrition. The host and microbiota’s enzymatic repertoires related to the degradation of lignocellulose have been identified in the woodlouse Armadillidium vulgare. The comparison of these two enzyme repertoires revealed their complementarity, suggesting a close collaboration between the host and its microbiota for lignocellulose degradation. The contribution of the host and its microbiota to this process was then quantified according to several diets with gene expression of CAZymes (enzymes specialized in lignocellulose degradation) and metabarcoding approaches. Secondly, the identification of the CAZymes repertoire in 64 transcriptomes of aquatic and terrestrial isopods provided new information on the evolutionary processes that have favoured the conquest of lands by isopods. This work was further developed by obtaining metagenomes of five isopod species to characterise lignocellulose deconstruction strategies in the holobiont. The reconstruction of bacterial genomes from metagenomes enabled us to identify other symbionts in isopods. We also have characterised a first virome of isopods, which shows that phages constitute an important part of the microbiota. They could play a crucial role as regulators of bacterial communities within the holobiont. All these studies illustrate the richness of interactions between the microbiota and the host in isopods for lignocellulose degradation, and open the way to new implications of the microbiota within the isopods’ holobiont.; Les isopodes représentent un modèle de choix pour l’étude des interactions au sein de l’holobionte car ils hébergent un microbiote riche et diversifié, dont la composition est très variable, sous la dépendance de l’environnement et des traits d’histoire de vie de l’hôte. Certains de leurs endosymbiotes tels que la bactérie féminisante Wolbachia et leurs conséquences sur la trajectoire évolutive des hôtes ont été bien caractérisés. Une perspective plus globale des interactions au sein de l’holobionte et leurs impacts sur la valeur adaptative de l’hôte n’a été que peu envisagée. Dans ce cadre, nous avons utilisé une combinaison d’approches expérimentales, de métagénomique, de transcriptomique et d’analyse de l’expression de gènes, afin de mieux comprendre les mécanismes et les conséquences de ces interactions sur la valeur adaptative de l’hôte. Dans un premier temps, cette thèse explore les interactions hôtes-microbiotes au travers du processus de dégradation de la lignocellulose, essentiel dans la nutrition des isopodes. Le répertoire enzymatique lié à la dégradation de la lignocellulose de l’hôte et du microbiote du cloporte Armadillidium vulgare ont été identifiés. La comparaison de ces deux répertoires enzymatiques a permis de mettre en évidence leur complémentarité, suggérant ainsi une étroite collaboration entre l’hôte et son microbiote pour la dégradation de la lignocellulose. La contribution de l’hôte et de son microbiote dans ce processus a ensuite été quantifiée en fonction de plusieurs régimes alimentaires avec des approches de métabarcoding et d’expression de gènes de CAZymes, enzymes spécialisées dans la dégradation de la lignocellulose. Dans un second temps, l’identification du répertoire de CAZymes dans 64 transcriptomes d’isopodes aquatiques et terrestres a permis d’apporter de nouveaux éléments sur les processus évolutifs qui ont favorisé la conquête des écosystèmes terrestres par les isopodes. Ces travaux ont été approfondis par l’obtention des métagénomes de cinq espèces d’isopodes permettant de caractériser les stratégies de déconstruction de la lignocellulose dans l’holobionte. La reconstruction des génomes bactériens à partir des métagénomes a permis d’identifier d’autres symbiotes chez les isopodes. Nous avons parallèlement caractérisé un premier virome des isopodes, qui montre que les phages constituent une part importante du microbiote. Ils pourraient jouer un rôle crucial comme régulateurs des communautés bactériennes au sein de l’holobionte. L’ensemble de ces travaux illustre la richesse des interactions entre le microbiote et l’hôte chez les isopodes pour la dégradation de la lignocellulose, et ouvre la voie à de nouvelles implications du microbiote au sein de l’holobionte des isopodes.

The current decline in biodiversity is the result of global changes, including climate change. It contributes to amplifying the effects of global changes on ecosystems. Although the assessment of the impacts of climate change on species distribution is widely studied at large scales, assessment at the national, regional or even departmental scale is less systematic although it is the most appropriate to be accounted in conservation strategies. In order to assess the vulnerability of emblematic wetland species to climate change, we have constructed distribution scenarios using approaches based on ecological niche modelling. We focused on amphibians, ectothermic organisms with both aquatic and terrestrial stages and low dispersal abilities, which are highly threatened by human activities and climate change. We assessed the potential impacts of climate change on the distribution of the yellow-bellied toad Bombina variegata, the great crested newt Triturus cristatus, the tree frog Hyla arborea, and the Mediterranean tree frog Hyla meridionalis, by estimating the interactions between species presence and environmental factors and by assessing the effects of climate and land use changes on the potential distribution of species at the regional scale. Then, we focused on the effects of climate change scenarios on the potential distribution and connectivity of suitable habitats of the marbled newt Triturus marmoratus and of T. cristatus across the administrative department of Vienne. Finally, we assessed the ability of T. marmoratus to follow a potential shift of suitable areas due to climate change, in a context of land use change at the national scale. We then studied another emblematic species of wetlands and rivers, the white-clawed crayfish Austropotamobius pallipes. We modelled the impact of climate change on its distribution by explicitly accounting for the distribution of an invasive and competitive species, the signal crayfish Pacifastacus leniusculus. Projections for future conditions were forecasted using global warming scenarios based on radiative forcing trajectories called RCP (Representative Concentration Pathways).Our studies have shown that climate change is likely to lead to a contraction of ranges and a potential shift in the suitable areas for most of the studied species, with a more or less significant impact depending on the considered species and the climate change scenario. In addition, we have shown the importance of land use in mitigating the effects of climate change on species distribution. Following consideration of uncertainties and limitations, the results of the presented work may be useful for the conservation, management and assessment of the studied species, and may be replicated for other wetland species.; La chute de la biodiversité actuelle est le résultat des changements globaux et notamment du changement climatique. Elle contribue à amplifier les effets des changements globaux sur les écosystèmes. Bien que l’évaluation des impacts du changement climatique sur la distribution des espèces soit largement étudiée à de larges échelles, l’évaluation à l’échelle nationale, régionale ou même départementale est moins systématique bien qu’elle soit la plus appropriée pour être prise en compte dans les stratégies de conservation. Afin d’évaluer la vulnérabilité d’espèces emblématiques des zones humides au changement climatique, nous avons construit des scénarios de distribution en utilisant des approches basées sur la modélisation de niche écologique. Nous nous sommes intéressés aux amphibiens, organismes ectothermes présentant un mode de vie à la fois aquatique et terrestre et de faibles capacités de dispersion, qui sont fortement menacés par les activités humaines et le changement climatique. Nous avons évalué les impacts potentiels du changement climatique sur la distribution du sonneur à ventre jaune Bombina variegata, du triton crêté Triturus cristatus, de la rainette arboricole Hyla arborea, et de la rainette méridionale Hyla meridionalis, en estimant les interactions entre la présence des espèces et les facteurs environnementaux et en évaluant les effets des changements climatique et d’occupation du sol sur la distribution potentielle des espèces à l’échelle régionale. Puis, nous nous sommes intéressés aux effets de scénarios de changement climatique sur la distribution potentielle et la connectivité des habitats favorables chez le triton marbré Triturus marmoratus et T. cristatus à l’échelle du département de la Vienne. Enfin, nous avons évalué la capacité de T. marmoratus à suivre un potentiel déplacement des zones favorables dû au changement climatique, dans un contexte de changements d’occupation du sol à l’échelle nationale. Dans un second temps, nous nous sommes intéressés à une autre espèce emblématique des milieux humides et des cours d’eau, l’écrevisse à pattes blanches Austropotamobius pallipes. Ainsi, nous avons modélisé l’impact du changement climatique sur la distribution de l’espèce en prenant en compte explicitement la distribution d’une espèce invasive et compétitive, l’écrevisse signal Pacifastacus leniusculus. Les projections pour les conditions futures ont été réalisées à partir de scénarios de réchauffement climatique basés sur des grandes trajectoires de forçage radiatifs nommées RCP (Representative Concentration Pathways).Nos études ont permis de mettre en évidence que le changement climatique risque d’entrainer une contraction des aires de répartition ainsi qu’un potentiel déplacement des aires favorables de la plupart aux espèces étudiées, avec un impact plus ou moins important selon l’espèce et le scénario de changement climatique considéré. Par ailleurs, nous avons montré l’importance de l’occupation du sol pour l’atténuation des effets du changement climatique sur la distribution des espèces. Suite à la prise en compte des incertitudes et des limites relatives aux différentes études, les résultats des travaux présentés pourront être utiles à la conservation, à la gestion et à l’évaluation des espèces étudiées, et être reproduits pour d’autres espèces de zones humides.

The current decline in biodiversity is the result of global changes, including climate change. It contributes to amplifying the effects of global changes on ecosystems. Although the assessment of the impacts of climate change on species distribution is widely studied at large scales, assessment at the national, regional or even departmental scale is less systematic although it is the most appropriate to be accounted in conservation strategies. In order to assess the vulnerability of emblematic wetland species to climate change, we have constructed distribution scenarios using approaches based on ecological niche modelling. We focused on amphibians, ectothermic organisms with both aquatic and terrestrial stages and low dispersal abilities, which are highly threatened by human activities and climate change. We assessed the potential impacts of climate change on the distribution of the yellow-bellied toad Bombina variegata, the great crested newt Triturus cristatus, the tree frog Hyla arborea, and the Mediterranean tree frog Hyla meridionalis, by estimating the interactions between species presence and environmental factors and by assessing the effects of climate and land use changes on the potential distribution of species at the regional scale. Then, we focused on the effects of climate change scenarios on the potential distribution and connectivity of suitable habitats of the marbled newt Triturus marmoratus and of T. cristatus across the administrative department of Vienne. Finally, we assessed the ability of T. marmoratus to follow a potential shift of suitable areas due to climate change, in a context of land use change at the national scale. We then studied another emblematic species of wetlands and rivers, the white-clawed crayfish Austropotamobius pallipes. We modelled the impact of climate change on its distribution by explicitly accounting for the distribution of an invasive and competitive species, the signal crayfish Pacifastacus leniusculus. Projections for future conditions were forecasted using global warming scenarios based on radiative forcing trajectories called RCP (Representative Concentration Pathways).Our studies have shown that climate change is likely to lead to a contraction of ranges and a potential shift in the suitable areas for most of the studied species, with a more or less significant impact depending on the considered species and the climate change scenario. In addition, we have shown the importance of land use in mitigating the effects of climate change on species distribution. Following consideration of uncertainties and limitations, the results of the presented work may be useful for the conservation, management and assessment of the studied species, and may be replicated for other wetland species.; La chute de la biodiversité actuelle est le résultat des changements globaux et notamment du changement climatique. Elle contribue à amplifier les effets des changements globaux sur les écosystèmes. Bien que l’évaluation des impacts du changement climatique sur la distribution des espèces soit largement étudiée à de larges échelles, l’évaluation à l’échelle nationale, régionale ou même départementale est moins systématique bien qu’elle soit la plus appropriée pour être prise en compte dans les stratégies de conservation. Afin d’évaluer la vulnérabilité d’espèces emblématiques des zones humides au changement climatique, nous avons construit des scénarios de distribution en utilisant des approches basées sur la modélisation de niche écologique. Nous nous sommes intéressés aux amphibiens, organismes ectothermes présentant un mode de vie à la fois aquatique et terrestre et de faibles capacités de dispersion, qui sont fortement menacés par les activités humaines et le changement climatique. Nous avons évalué les impacts potentiels du changement climatique sur la distribution du sonneur à ventre jaune Bombina variegata, du triton crêté Triturus cristatus, de la rainette arboricole Hyla arborea, et de la rainette méridionale Hyla meridionalis, en estimant les interactions entre la présence des espèces et les facteurs environnementaux et en évaluant les effets des changements climatique et d’occupation du sol sur la distribution potentielle des espèces à l’échelle régionale. Puis, nous nous sommes intéressés aux effets de scénarios de changement climatique sur la distribution potentielle et la connectivité des habitats favorables chez le triton marbré Triturus marmoratus et T. cristatus à l’échelle du département de la Vienne. Enfin, nous avons évalué la capacité de T. marmoratus à suivre un potentiel déplacement des zones favorables dû au changement climatique, dans un contexte de changements d’occupation du sol à l’échelle nationale. Dans un second temps, nous nous sommes intéressés à une autre espèce emblématique des milieux humides et des cours d’eau, l’écrevisse à pattes blanches Austropotamobius pallipes. Ainsi, nous avons modélisé l’impact du changement climatique sur la distribution de l’espèce en prenant en compte explicitement la distribution d’une espèce invasive et compétitive, l’écrevisse signal Pacifastacus leniusculus. Les projections pour les conditions futures ont été réalisées à partir de scénarios de réchauffement climatique basés sur des grandes trajectoires de forçage radiatifs nommées RCP (Representative Concentration Pathways).Nos études ont permis de mettre en évidence que le changement climatique risque d’entrainer une contraction des aires de répartition ainsi qu’un potentiel déplacement des aires favorables de la plupart aux espèces étudiées, avec un impact plus ou moins important selon l’espèce et le scénario de changement climatique considéré. Par ailleurs, nous avons montré l’importance de l’occupation du sol pour l’atténuation des effets du changement climatique sur la distribution des espèces. Suite à la prise en compte des incertitudes et des limites relatives aux différentes études, les résultats des travaux présentés pourront être utiles à la conservation, à la gestion et à l’évaluation des espèces étudiées, et être reproduits pour d’autres espèces de zones humides.

Free-living amoebae are protists who colonize natural and artificial environments. Some strains of the genus Acanthamoeba are human pathogens. In addition, in response to environmental stresses, amoebae can differentiate into a resistant form called cyst, protecting them from adverse conditions. Free-living amoebae are described as environmental reservoirs for many bacterial pathogens, such as Legionella pneumophila, a bacteria responsible for a serious form of pneumonia, called legionellosis. During this study, we were interested in the genes of A. castellanii that could be involved in amoebal physiology, especially encystment, and during interaction with L. pneumophila. For this purpose, several proteins of A. castellanii were selected from a proteomic analysis of L. pneumophila infected amoebae. The gene overexpression in the amoeba did not affect the intracellular growth of L. pneumophila. However, the overexpression of two of these genes partially inhibited the encystment process. One of them, the Erat protein, was analyzed in more details. It is an N-acetyltransferase-like of the GNAT family, has a potential prokaryotic origin, and its expression was strongly repressed during encystment. To conclude, this work led to the development of molecular tools on the A. castellanii model, as well as to improve knowledge on the amoebal physiology and in particular on the encystment process.; Les amibes libres sont des protistes qui colonisent des systèmes aqueux naturels ou artificiels. Certaines souches parmi le genre Acanthamoeba sont responsables de pathologie infectieuse chez l’Homme. Par ailleurs, en réponse à des stress environnementaux, les amibes se différencient en une forme de résistance appelée kyste, les protégeant ainsi contre les conditions de vie défavorable. Les amibes libres sont décrites comme des réservoirs environnementaux pour de nombreux pathogène de l’Homme, telle que la bactérie Legionella pneumophila, agent responsable d’une forme grave de pneumonie : la légionellose. Durant ma thèse, nous nous sommes intéressés aux gènes d’amibes libres pouvant être impliqués dans la biologie de l’amibe, notamment l’enkystement, et lors de l’interaction avec L. pneumophila. Pour cela, plusieurs protéines d’A. castellanii ont été sélectionnées à partir d’une analyse protéomique d’amibes infectées par cette bactérie. La surexpression de ces gènes dans l’amibe n’affecte pas la croissance intracellulaire de L. pneumophila. Cependant, la surexpression de deux de ces gènes inhibe partiellement le processus d’enkystement. L’une d’entre elles, la protéine Erat, a été analysée plus en détails. C’est une N-acétyltransferase-like de la famille des GNATs, d’origine possiblement procaryotique, et dont l’expression est fortement réprimée durant l’enkystement. L’ensemble de ces travaux a permis de développer des outils moléculaires sur le modèle A. castellanii, ainsi que d’améliorer la connaissance sur la physiologie de l’amibe et notamment sur le processus d’enkystement.

Free-living amoebae are protists who colonize natural and artificial environments. Some strains of the genus Acanthamoeba are human pathogens. In addition, in response to environmental stresses, amoebae can differentiate into a resistant form called cyst, protecting them from adverse conditions. Free-living amoebae are described as environmental reservoirs for many bacterial pathogens, such as Legionella pneumophila, a bacteria responsible for a serious form of pneumonia, called legionellosis. During this study, we were interested in the genes of A. castellanii that could be involved in amoebal physiology, especially encystment, and during interaction with L. pneumophila. For this purpose, several proteins of A. castellanii were selected from a proteomic analysis of L. pneumophila infected amoebae. The gene overexpression in the amoeba did not affect the intracellular growth of L. pneumophila. However, the overexpression of two of these genes partially inhibited the encystment process. One of them, the Erat protein, was analyzed in more details. It is an N-acetyltransferase-like of the GNAT family, has a potential prokaryotic origin, and its expression was strongly repressed during encystment. To conclude, this work led to the development of molecular tools on the A. castellanii model, as well as to improve knowledge on the amoebal physiology and in particular on the encystment process.; Les amibes libres sont des protistes qui colonisent des systèmes aqueux naturels ou artificiels. Certaines souches parmi le genre Acanthamoeba sont responsables de pathologie infectieuse chez l’Homme. Par ailleurs, en réponse à des stress environnementaux, les amibes se différencient en une forme de résistance appelée kyste, les protégeant ainsi contre les conditions de vie défavorable. Les amibes libres sont décrites comme des réservoirs environnementaux pour de nombreux pathogène de l’Homme, telle que la bactérie Legionella pneumophila, agent responsable d’une forme grave de pneumonie : la légionellose. Durant ma thèse, nous nous sommes intéressés aux gènes d’amibes libres pouvant être impliqués dans la biologie de l’amibe, notamment l’enkystement, et lors de l’interaction avec L. pneumophila. Pour cela, plusieurs protéines d’A. castellanii ont été sélectionnées à partir d’une analyse protéomique d’amibes infectées par cette bactérie. La surexpression de ces gènes dans l’amibe n’affecte pas la croissance intracellulaire de L. pneumophila. Cependant, la surexpression de deux de ces gènes inhibe partiellement le processus d’enkystement. L’une d’entre elles, la protéine Erat, a été analysée plus en détails. C’est une N-acétyltransferase-like de la famille des GNATs, d’origine possiblement procaryotique, et dont l’expression est fortement réprimée durant l’enkystement. L’ensemble de ces travaux a permis de développer des outils moléculaires sur le modèle A. castellanii, ainsi que d’améliorer la connaissance sur la physiologie de l’amibe et notamment sur le processus d’enkystement.

Throughout the processing and storage process, food raw materials are likely to be colonized by micro-organisms. It is estimated that 5 to 10% of global food production is lost due to the proliferation of yeasts and/or molds within these matrices. The dairy industry is the second largest food industry in the world and is not immune to this contamination. To solve this problem and meet the growing consumer demand to eliminate chemical preservatives in food products, biopreservation with bacterial ferments is the best alternative. In this study, the antifungal capacity of 18 strains of Lactobacillus was analyzed with respect to the inhibition of growth of fungal strains isolated from contaminated dairy products. Four Lactobacillus strains with the broadest inhibition spectrum were selected. The characterization of the antifungal molecules produced was carried out from cultures in MRS medium, milk medium and fresh cheese, revealing the synergy of lactic acid with other molecules. These molecules have been found to be weakly produced and correspond to organic acids resulting from the degradation of amino acids (phenyllactic acid, benzoic acid,...), fatty acids (C12, C14, C16 saturated or unsaturated, C18 saturated or unsaturated) and volatile or semi-volatile molecules (diacetyl, acetic acid,...). The increase in antifungal activity by overproduction of these molecules was subsequently attempted by different approaches: random mutagenesis, addition of precursors to the environment, etc., unfortunately without success.; Tout au long du processus de transformation et de stockage, les matières premières alimentaires sont susceptibles d’être colonisées par des micro-organismes. On estime que 5 à 10 % de la production alimentaire mondiale est perdue du fait de la prolifération de levures et/ou moisissures au sein de ces matrices. L’industrie laitière est la deuxième filière agro-alimentaire au monde et celle-ci n’est pas épargnée par ces contaminations. Pour résoudre cette problématique et répondre à la demande grandissante des consommateurs visant à éliminer les conservateurs chimiques dans les produits alimentaires, la biopréservation par des ferments bactériens représente la meilleure alternative. Dans cette étude, la capacité antifongique de 18 souches de lactobacilles a été analysée vis-à-vis de la croissance de souches fongiques isolées de produits laitiers contaminés. Quatre souches de Lactobacillus présentant le spectre d’inhibition le plus large ont ainsi été sélectionnées. La caractérisation des molécules antifongiques produites a été réalisée à partir de cultures en milieu MRS, milieu lait et fromages frais, révélant la synergie de l’acide lactique avec d’autres molécules. Ces molécules se sont révélées faiblement produites et correspondent à des acides organiques issus de la dégradation d’acides aminés (acide phényllactique, acide benzoïque, …), des acides gras (C12, C14, C16 saturé ou non, C18 saturé ou non) et des molécules volatiles ou semi-volatiles (diacétyle, acide acétique, …). L’augmentation de l’activité antifongique par surproduction de ces molécules a par la suite été tentée par différentes approches : mutagénèse aléatoire, ajout de précurseurs dans le milieu, etc, malheureusement sans succès.

Throughout the processing and storage process, food raw materials are likely to be colonized by micro-organisms. It is estimated that 5 to 10% of global food production is lost due to the proliferation of yeasts and/or molds within these matrices. The dairy industry is the second largest food industry in the world and is not immune to this contamination. To solve this problem and meet the growing consumer demand to eliminate chemical preservatives in food products, biopreservation with bacterial ferments is the best alternative. In this study, the antifungal capacity of 18 strains of Lactobacillus was analyzed with respect to the inhibition of growth of fungal strains isolated from contaminated dairy products. Four Lactobacillus strains with the broadest inhibition spectrum were selected. The characterization of the antifungal molecules produced was carried out from cultures in MRS medium, milk medium and fresh cheese, revealing the synergy of lactic acid with other molecules. These molecules have been found to be weakly produced and correspond to organic acids resulting from the degradation of amino acids (phenyllactic acid, benzoic acid,...), fatty acids (C12, C14, C16 saturated or unsaturated, C18 saturated or unsaturated) and volatile or semi-volatile molecules (diacetyl, acetic acid,...). The increase in antifungal activity by overproduction of these molecules was subsequently attempted by different approaches: random mutagenesis, addition of precursors to the environment, etc., unfortunately without success.; Tout au long du processus de transformation et de stockage, les matières premières alimentaires sont susceptibles d’être colonisées par des micro-organismes. On estime que 5 à 10 % de la production alimentaire mondiale est perdue du fait de la prolifération de levures et/ou moisissures au sein de ces matrices. L’industrie laitière est la deuxième filière agro-alimentaire au monde et celle-ci n’est pas épargnée par ces contaminations. Pour résoudre cette problématique et répondre à la demande grandissante des consommateurs visant à éliminer les conservateurs chimiques dans les produits alimentaires, la biopréservation par des ferments bactériens représente la meilleure alternative. Dans cette étude, la capacité antifongique de 18 souches de lactobacilles a été analysée vis-à-vis de la croissance de souches fongiques isolées de produits laitiers contaminés. Quatre souches de Lactobacillus présentant le spectre d’inhibition le plus large ont ainsi été sélectionnées. La caractérisation des molécules antifongiques produites a été réalisée à partir de cultures en milieu MRS, milieu lait et fromages frais, révélant la synergie de l’acide lactique avec d’autres molécules. Ces molécules se sont révélées faiblement produites et correspondent à des acides organiques issus de la dégradation d’acides aminés (acide phényllactique, acide benzoïque, …), des acides gras (C12, C14, C16 saturé ou non, C18 saturé ou non) et des molécules volatiles ou semi-volatiles (diacétyle, acide acétique, …). L’augmentation de l’activité antifongique par surproduction de ces molécules a par la suite été tentée par différentes approches : mutagénèse aléatoire, ajout de précurseurs dans le milieu, etc, malheureusement sans succès.

International audience; Avec l'intérêt croissant de la société contemporaine pour les sujets ayant trait à la santé humaine et à l'environnement, on observe une nette volonté pour réduire l'utilisation des pesticides dans le monde entier. Cependant, réduire l'utilisation des composés phytopharmaceutiques sans affecter la quantité et la qualité des produits est devenu l'un des grands défis du XXI e siècle. Pour concilier la demande de réduire les doses avec celle de maintenir une efficacité optimum des produits phytosanitaires, un meilleur ciblage des parasites est devenu l'une des priorités du développement agrochimique. De ce point de vue, les produits agrochimiques et pharmaceutiques modernes ont les mêmes exigences de développement. Tout comme les médicaments, les pesticides nécessitent une administration ciblée pour assurer une concentration élevée sur le site d'action, ceci tout en limitant la toxicité dans les organes ou organismes non ciblés. Ainsi, certaines stratégies de libération ciblée de médicaments sont également applicables à la recherche et au développement de produits agrochimiques pour améliorer la biodisponibilité de nouveaux ingrédients actifs.

Water is essential to sustain life and water sources used for human consumption must be biologically safe, to avoid any risk for health. Indeed, the most common and widespread health risk associated with drinking water are infectious diseases caused by pathogenic microorganisms such as Legionella pneumophila. However, more efforts are needed to control disinfection by-products and minimize people exposure to potentially hazardous chemicals while maintaining adequate disinfection to ensure good water quality. Thus, this work aimed to find natural antibacterial compounds to control L. pneumophila growth using bacteria from freshwater environments. Environmental aquatic bacteria were sampled from five freshwater sources to get a large culturable bacterial collection. A total of 273 bacterial isolates were recovered and screened for their ability to produce anti-Legionella compounds. Among those, 178 (65%) were shown to be active against L. pneumophila. Four strains (Aeromonas bestiarum SW257, Rahnella aquatilis SW265, Flavobacterium spp. PW52, and Pseudomonas spp PW329) were next selected for the characterization of their active compounds. A. bestiarum SW257 produces an anti-Legionella peptide, and Flavobacterium spp PW52 produces a mixture of anti-Legionella compounds with surface active properties, named flavolipids. Finally Pseudomonas sp. PW329 delivers many volatile organic compounds, and R. aquatilis SW26 produces a anti-Legionella siderophore.; Les circuits et réseaux d’eau subissent épisodiquement des problèmes de contamination par des microorganismes tels que Legionella pneumophila, conduisant à la dégradation de la qualité microbiologique de l’eau circulante. De nouveaux moyens de traitements doivent être mis en place de façon notamment à limiter l’usage de biocides chimiques. Ce travail de thèse s’inscrit dans cette problématique et a pour objectif d’identifier de nouveaux composés actifs contre L. pneumophila en tenant compte de son comportement et de ses interactions au sein de son microenvironnement. De manière à obtenir des composés produits par des souches bactériennes appartenant à la même niche écologique que L. pneumophila, une campagne de prélèvement d’eau a été réalisée. Un total de 273 isolats environnementaux ont été isolés et testés contre L. pneumophila. Les résultats obtenus indiquent que 178 de ces isolats (65%) présentent une activité anti-Legionella. Quatre souches ont ensuite été sélectionnées (Aeromonas bestiarum SW257, Rahnella aquatilis SW265, Flavobacterium spp. PW52 et Pseudomonas spp PW329) et les composés actifs produits ont été caractérisés. A. bestiarum SW257 produit un peptide anti-Legionella. Flavobacterium sp. PW52 produit un mélange de composés anti-Legionella ayant des propriétés tensioactives, les flavolipides. Pseudomonas sp. PW329 produit des composés organiques volatiles, identifiés par SPME-GC-MS, actifs contre L. pneumophila. Enfin, R. aquatilis SW265 produit un sidérophore à activité anti-Legionella.

Bacteria are an indivisible component of drinking water distribution systems which, by colonizing them, form complex communities. It is assumed that variations in the structure and composition of this microbiome could reflect a change in water quality related to different events (stagnation, biocorrosion, pressure change, etc.). A major sampling campaign was conducted within the Paris drinking water distribution systems allowing to assess the diversity and the dynamic of these bacterial communities using three different methods: description of the community by metabarcoding, heterotrophic plate count and quantification by PCR of three opportunistic pathogens, Mycobacterium spp. L. pneumophila, and P. aeruginosa. This study revealed some diversity within the drinking water bacterial communities. Culture and quantitative PCR methods also reveal the ecological importance of the Mycobacterium genus. The integration of spatio-temporal and physico-chemical parameters of drinking water into analyses has highlighted a relative stability of bacterial communities. However, variations in the structure of the communities are visible following important climatic events, without consequences on the sanitary quality of the water. Altogether, our work suggests that the use in parallel of different methodologies, particularly metabarcoding, has improved our knowledge of the bacterial communities within the Paris drinking water distribution systems and better observe subtle changes, invisible to conventional methods.; Les bactéries sont une composante indissociable des réseaux de distribution d’eau potable qui, en les colonisant, forment des communautés complexes. Il est émis l’hypothèse que des variations de structure et de composition de ce microbiome pourraient refléter des changements de la qualité de l’eau liés à différents phénomènes (stagnation, biocorrosion, changement de pression, ...). Une importante campagne de prélèvements menée sur le réseau d’eau potable de Paris a permis d’apprécier la dynamique de ces communautés bactériennes selon trois méthodes différentes : la description de la communauté par metabarcoding, la culture de la flore hétérotrophe totale et la quantification par PCR de trois pathogènes opportunistes, Mycobacterium spp. L. pneumophila, et P. aeruginosa. Cette étude a mis en évidence une certaine diversité au sein des communautés bactériennes de l’eau potable malgré une prédominance des genres Hyphomicrobium et Phreatobacter. Les méthodes de culture et de PCR quantitative mettent également à jour l’importance écologique du genre Mycobacterium. L’intégration aux analyses des paramètres spatio-temporels et physico-chimiques de l’eau potable a permis de constater une relative stabilité des communautés bactériennes. Cependant, suite à d’importants évènements climatiques, des variations dans la structure des communautés sont visibles sans conséquence sur la qualité sanitaire de l’eau. Ces travaux suggèrent que l’utilisation en parallèle de différentes méthodologies, et notamment l’apport du metabarcoding, permet d’améliorer la connaissance sur le réseau de distribution d’eau potable et de mieux observer des changements fins, invisibles aux méthodes classiques.

Bacteria are an indivisible component of drinking water distribution systems which, by colonizing them, form complex communities. It is assumed that variations in the structure and composition of this microbiome could reflect a change in water quality related to different events (stagnation, biocorrosion, pressure change, etc.). A major sampling campaign was conducted within the Paris drinking water distribution systems allowing to assess the diversity and the dynamic of these bacterial communities using three different methods: description of the community by metabarcoding, heterotrophic plate count and quantification by PCR of three opportunistic pathogens, Mycobacterium spp. L. pneumophila, and P. aeruginosa. This study revealed some diversity within the drinking water bacterial communities. Culture and quantitative PCR methods also reveal the ecological importance of the Mycobacterium genus. The integration of spatio-temporal and physico-chemical parameters of drinking water into analyses has highlighted a relative stability of bacterial communities. However, variations in the structure of the communities are visible following important climatic events, without consequences on the sanitary quality of the water. Altogether, our work suggests that the use in parallel of different methodologies, particularly metabarcoding, has improved our knowledge of the bacterial communities within the Paris drinking water distribution systems and better observe subtle changes, invisible to conventional methods.; Les bactéries sont une composante indissociable des réseaux de distribution d’eau potable qui, en les colonisant, forment des communautés complexes. Il est émis l’hypothèse que des variations de structure et de composition de ce microbiome pourraient refléter des changements de la qualité de l’eau liés à différents phénomènes (stagnation, biocorrosion, changement de pression, ...). Une importante campagne de prélèvements menée sur le réseau d’eau potable de Paris a permis d’apprécier la dynamique de ces communautés bactériennes selon trois méthodes différentes : la description de la communauté par metabarcoding, la culture de la flore hétérotrophe totale et la quantification par PCR de trois pathogènes opportunistes, Mycobacterium spp. L. pneumophila, et P. aeruginosa. Cette étude a mis en évidence une certaine diversité au sein des communautés bactériennes de l’eau potable malgré une prédominance des genres Hyphomicrobium et Phreatobacter. Les méthodes de culture et de PCR quantitative mettent également à jour l’importance écologique du genre Mycobacterium. L’intégration aux analyses des paramètres spatio-temporels et physico-chimiques de l’eau potable a permis de constater une relative stabilité des communautés bactériennes. Cependant, suite à d’importants évènements climatiques, des variations dans la structure des communautés sont visibles sans conséquence sur la qualité sanitaire de l’eau. Ces travaux suggèrent que l’utilisation en parallèle de différentes méthodologies, et notamment l’apport du metabarcoding, permet d’améliorer la connaissance sur le réseau de distribution d’eau potable et de mieux observer des changements fins, invisibles aux méthodes classiques.

National audience

International audience

Nowadays, grapevine wood decay diseases cause significant economic losses for the most sensitive varieties and represent a threat to the sustainability of the wine industry.This research focuses on the identification of molecular markers for sensitivity to Eutypa lata, responsible for Eutypiosis that could be used to diagnose the sensitivity of new grapevine clones or cultivars. Using an in vivo and in vitro infection assay, several potential markers genes for tolerance to Eutypiosis have been identified from a gene expression study on twelve different cultivars.Using an innovative in vitro infection system, the molecular dialogue (without physical contact) between Vitis vinfera foliars discs of and Eutypa lata was studied, leading to the identification of elicitors that could potentially play a role in the induction of defense responses in the cultivars. In addition, the expression of several sugar transport and invertase genes and their associated activities were demonstrated to be differentially regulated by the infection in tolerant and susceptible cultivars.Altogether, this research work led to the identification of several tolerance markers genes to Eutypiosis and to the development of a new, efficient and reliable in vitro infection system that could be used to diagnose new cultivar susceptibility. Furthermore, the results obtained demonstrated the importance of sugar transport and defense metabolism regulation during the infection of grapevine by Eutypa lata.; Les maladies du bois de la vigne, causées par des champignons nécrotrophes, ont un impact considérable sur l'économie viticole au niveau mondial. En effet, tous les cépages Vitis vinifera cultivés actuellement présentent une sensibilité plus ou moins forte à ces champignons.Dans le but d'établir un test rapide d'évaluation de la sensibilité de clones de vigne (nouvellement sélectionnés ou futures obtentions variétales) à Eutypa lata, le champignon responsable de l'Eutypiose, une recherche de marqueurs moléculaires de tolérance a été réalisée. Suite à l'infection in vivo et in vitro d'une douzaine de cépages de sensibilité différente par E. lata, plusieurs gènes candidats ont été identifiés comme marqueurs potentiels de la tolérance à la maladie à partir d'une étude transcriptomique.A l'aide d'un système innovant d'infection in vitro, le dialogue moléculaire sans contact physique entre des disques foliaires de V. vinifera et le mycélium d’E. lata a également été étudié chez les douze cépages. Cette étude a permis de mettre en évidence le rôle potentiel d'éliciteurs dans la mise en place des réponses de défenses. De plus, l'infection par E. lata régule différentiellement l'expression des gènes codant pour un transporteur d'hexoses et des invertases, ainsi que les activités invertasiques associées, chez les cépages de sensibilités variables.Les travaux de recherche présentées dans cette thèse ont ainsi permis l'identification des marqueurs de tolérance à l'Eutypiose et la mise au point d'un test d'infection in vitro efficace et fiable, permettant de diagnostiquer la sensibilité des futures créations variétales. De plus les résultats obtenus démontrent l'importance des éliciteurs dans la mise en place des défenses, de la régulation du transport et du métabolisme des sucres au cours de l'infection par E. lata.

Nowadays, grapevine wood decay diseases cause significant economic losses for the most sensitive varieties and represent a threat to the sustainability of the wine industry.This research focuses on the identification of molecular markers for sensitivity to Eutypa lata, responsible for Eutypiosis that could be used to diagnose the sensitivity of new grapevine clones or cultivars. Using an in vivo and in vitro infection assay, several potential markers genes for tolerance to Eutypiosis have been identified from a gene expression study on twelve different cultivars.Using an innovative in vitro infection system, the molecular dialogue (without physical contact) between Vitis vinfera foliars discs of and Eutypa lata was studied, leading to the identification of elicitors that could potentially play a role in the induction of defense responses in the cultivars. In addition, the expression of several sugar transport and invertase genes and their associated activities were demonstrated to be differentially regulated by the infection in tolerant and susceptible cultivars.Altogether, this research work led to the identification of several tolerance markers genes to Eutypiosis and to the development of a new, efficient and reliable in vitro infection system that could be used to diagnose new cultivar susceptibility. Furthermore, the results obtained demonstrated the importance of sugar transport and defense metabolism regulation during the infection of grapevine by Eutypa lata.; Les maladies du bois de la vigne, causées par des champignons nécrotrophes, ont un impact considérable sur l'économie viticole au niveau mondial. En effet, tous les cépages Vitis vinifera cultivés actuellement présentent une sensibilité plus ou moins forte à ces champignons.Dans le but d'établir un test rapide d'évaluation de la sensibilité de clones de vigne (nouvellement sélectionnés ou futures obtentions variétales) à Eutypa lata, le champignon responsable de l'Eutypiose, une recherche de marqueurs moléculaires de tolérance a été réalisée. Suite à l'infection in vivo et in vitro d'une douzaine de cépages de sensibilité différente par E. lata, plusieurs gènes candidats ont été identifiés comme marqueurs potentiels de la tolérance à la maladie à partir d'une étude transcriptomique.A l'aide d'un système innovant d'infection in vitro, le dialogue moléculaire sans contact physique entre des disques foliaires de V. vinifera et le mycélium d’E. lata a également été étudié chez les douze cépages. Cette étude a permis de mettre en évidence le rôle potentiel d'éliciteurs dans la mise en place des réponses de défenses. De plus, l'infection par E. lata régule différentiellement l'expression des gènes codant pour un transporteur d'hexoses et des invertases, ainsi que les activités invertasiques associées, chez les cépages de sensibilités variables.Les travaux de recherche présentées dans cette thèse ont ainsi permis l'identification des marqueurs de tolérance à l'Eutypiose et la mise au point d'un test d'infection in vitro efficace et fiable, permettant de diagnostiquer la sensibilité des futures créations variétales. De plus les résultats obtenus démontrent l'importance des éliciteurs dans la mise en place des défenses, de la régulation du transport et du métabolisme des sucres au cours de l'infection par E. lata.

Nowadays, characterizing plants responses to drought is a major goal for plant scientists. The carbon management in response to environmental cues involves the activity of ERD6-like (Early Response to Dehydration six-like) monosaccharides transporters, playing roles in sugar subcellular partitioning and re-allocation at the scale of the whole organism. The first purpose of this PhD thesis focused on the analysis of the ERD6-like evolution into the plant Kingdom, using a phylogeny approach. Identification of 519 ERD6-like in the proteome of 47 plants species lead to rebuild the evolutionary story of this gene family, and to provide evidence for the major duplication events. The second purpose was the mapping of ERD6-like expression levels in different organs of Arabidopsis thaliana and lead to the identification of almost constitutively expressed copies and others displaying organ-preferential expression patterns. The third purpose was to study the responses of ERD6-like genes to water starvation in A. thaliana leaves. This highlighted the expression induction of 4 AtERD6-like during water deficit. Finally, the characterization of erd6-like insertional mutants initiated the study of the functional diversity of this large family of monosaccharide transporters in Arabidopsis thaliana.; La caractérisation des réponses des plantes à la sécheresse est un enjeu actuel majeur. La gestion du carbone dans l’adaptation des végétaux aux contraintes environnementales requiert l’activité de transporteurs de monosaccharides ERD6-like (Early Response to Dehydration six-like), transporteurs impliqués dans la compartimentation subcellulaire des sucres et leur remobilisation à l’échelle de l’organisme. Le premier axe de la thèse a été dédié à l’analyse phylogénétique des ERD6-like par une approche de génomique évolutive. L’identification de 519 ERD6-like dans les protéomes de 47 Embryophytes a permis de reconstituer l’histoire évolutive de cette famille en mettant en exergue des événements majeurs de duplications. Le second axe a permis d’établir la cartographie de l’expression des ERD6-like dans les différents organes d’Arabidopsis thaliana et a mené à l’identification de gènes exprimés de façon constitutive dans tous les organes, et d’autres, manifestant une expression préférentielle. Le troisième axe a permis d’étudier la réponse des ERD6-like à la carence en eau, dans les feuilles d’A. thaliana. Pour cela, le phénotypage morphologique, biochimique et physiologique des rosettes de plantes cultivées en conditions normales d’alimentation hydrique ou de stress hydrique a été réalisé. Le profil d’expression des AtERD6-like au cours de la cinétique de carence en eau a mis en évidence l’induction de quatre AtERD6-like en réponse au déficit hydrique. L’analyse de simples mutants pour ces gènes, a permis d’initier l’étude de la diversification fonctionnelle des ERD6-like d’A. thaliana.

Oniscidea show a remarkable diversity of chromosomal sex determination systems (male heterogamety XX/XY or female heterogamety ZW / ZZ). However, the origin of such diversity is still largely unknown to date. It has been proposed that these different systems may be the product of the coevolution between terrestrial isopods and Wolbachia, a feminizing endosymbiotic bacteria transmitted vertically through oocytes. In order to characterize the impact of Wolbachia endosymbiosis on the evolution of sex determination mechanisms, we used a combination of genomic, transcriptomic and gene expression approaches. First, the genome of the species Armadillidium nasatum (characterized by an XX/XY system) was generated and then structurally and functionally annotated. From this genome, a comparative genomic approach allowed us to characterize sequences Y-linked, in order to better understand the processes involved in the sex chromosome degeneration. In order to identify effectors potentially related to sex determination or differentiation, a candidate gene approach has been used to characterize DM-domain genes, known to be involved in the sex determination pathways of many species, and then to measure their expression over development. Finally, a Oniscidea phylogeny was generated in parallel with sex-reversal experiments in order to characterize the number and the direction of the transitions of heterogenetic systems during the terrestrial isopods evolution. This work emphasize the impact of endosymbiosis on the evolution of host sex determination mechanisms.; Les Oniscidea présentent une diversité remarquable de systèmes chromosomiques de déterminisme du sexe (hétérogamétie mâle XX/XY ou hétérogamétie femelle ZW/ZZ), dont l'origine reste encore largement inconnue à ce jour. Il a été proposé que ces différents systèmes puissent être le produit de la coévolution entre les isopodes terrestres et Wolbachia, une bactérie endosymbiotique féminisante transmise verticalement par voie ovocytaire. Dans le but de caractériser l'impact de l'endosymbiose à Wolbachia sur l'évolution des mécanismes de déterminisme du sexe, nous avons utilisé une combinaison d'approches génomique, transcriptomique et d'expression de gènes. Tout d'abord, le génome de l'espèce Armadillidium nasatum (caractérisée par un système XX/XY) a été généré et ensuite annoté structurellement et fonctionnellement. A partir de ce génome, des approches de génomique comparatives ont permis la caractérisation de séquences liées au chromosomes Y, afin de mieux comprendre les processus impliqués dans la dégénérescence des gonosomes. Afin d'identifier des effecteurs liés au déterminisme ou à la différenciation du sexe, une approche par gènes candidats a permis de caractériser des gènes à domaines DM, connus pour être impliqués dans le déterminisme du sexe de nombreuses espèces, et d'en mesurer l'expression au cours du temps. Enfin, une phylogénie des Oniscidea a été réalisée en parallèle d'expériences de réversion de sexe afin d'estimer le nombre et la direction des transitions de systèmes d'hétérogamétie au cours de l'évolution des isopodes terrestres. Ces travaux contribuent à illustrer l'impact de l'endosymbiose sur l'évolution des mécanismes de déterminisme du sexe de l'hôte.

Genetic diversity is a crucial parameter for both populations and individuals. As such, heterozygosity often confers a selective advantage to individuals in numerous taxa, and sexual selection processes can result in an optimisation of offspring heterozygosity. We tested these hypotheses in the terrestrial isopod Armadillidium vulgare. In this work, we highlighted a higher reproductive success for more heterozygous males, which could result from both intrasexual competition and mate choice, as well as a choice for a genetically dissimilar partner. These two processes result in an increase in offspring heterozygosity. Moreover, we described for the first time a high rate of multiple paternity in natural as well as in experimental populations, increasing brood allelic richness and allowing post-copulatory sexual selection processes. Besides, we showed that more heterozygous individuals survive better when confronted to a bacterial infection, probably through a better tolerance. More heterozygous individuals are also bigger at the same age, which is particularly important in females because a big size leads to a higher fecundity. These results suggest that various mechanisms result in genetic diversity maintenance in A. vulgare populations and confer a better fitness to individuals. Thereby, it is likely that populations of this terrestrial isopod possess a high adaptive potential enabling their long-term maintenance.; La diversité génétique est un paramètre capital pour les populations comme pour les individus. Ainsi, l'hétérozygotie confère généralement un avantage de valeur sélective aux individus dans de nombreux taxa, et il existe divers processus de sélection sexuelle permettant d'optimiser l'hétérozygotie de la descendance. Nous avons testé ces hypothèses chez l'isopode terrestre Armadillidium vulgare. Nous avons pu mettre en évidence un meilleur succès reproducteur des mâles les plus hétérozygotes, qui peut résulter de la compétition intrasexuelle comme du choix de partenaire, ainsi que d'un choix pour un partenaire génétiquement dissimilaire. Ces deux processus ont pour conséquence d'augmenter l'hétérozygotie des descendants. Nous avons aussi décrit pour la première fois un fort taux de paternité multiple dans les populations naturelles comme expérimentales, augmentant la richesse allélique des portées et permettant à la sélection sexuelle post-copulatoire d'avoir lieu. De plus, nous avons pu observer que les animaux les plus hétérozygotes survivent mieux face à une infection bactérienne, probablement via une meilleure tolérance. Les individus les plus hétérozygotes sont également plus gros à âge équivalent, ce qui revêt une importance particulière pour les femelles puisqu'une grande taille leur confère une meilleure fécondité. Ces résultats suggèrent que divers mécanismes sont à l'origine du maintien de la diversité génétique dans les populations d'A. vulgare et confèrent aux individus une meilleure valeur sélective. Ainsi les populations de cet isopode terrestre possèdent vraisemblablement un potentiel adaptatif important permettant leur maintien à long terme.

Genetic diversity is a crucial parameter for both populations and individuals. As such, heterozygosity often confers a selective advantage to individuals in numerous taxa, and sexual selection processes can result in an optimisation of offspring heterozygosity. We tested these hypotheses in the terrestrial isopod Armadillidium vulgare. In this work, we highlighted a higher reproductive success for more heterozygous males, which could result from both intrasexual competition and mate choice, as well as a choice for a genetically dissimilar partner. These two processes result in an increase in offspring heterozygosity. Moreover, we described for the first time a high rate of multiple paternity in natural as well as in experimental populations, increasing brood allelic richness and allowing post-copulatory sexual selection processes. Besides, we showed that more heterozygous individuals survive better when confronted to a bacterial infection, probably through a better tolerance. More heterozygous individuals are also bigger at the same age, which is particularly important in females because a big size leads to a higher fecundity. These results suggest that various mechanisms result in genetic diversity maintenance in A. vulgare populations and confer a better fitness to individuals. Thereby, it is likely that populations of this terrestrial isopod possess a high adaptive potential enabling their long-term maintenance.; La diversité génétique est un paramètre capital pour les populations comme pour les individus. Ainsi, l'hétérozygotie confère généralement un avantage de valeur sélective aux individus dans de nombreux taxa, et il existe divers processus de sélection sexuelle permettant d'optimiser l'hétérozygotie de la descendance. Nous avons testé ces hypothèses chez l'isopode terrestre Armadillidium vulgare. Nous avons pu mettre en évidence un meilleur succès reproducteur des mâles les plus hétérozygotes, qui peut résulter de la compétition intrasexuelle comme du choix de partenaire, ainsi que d'un choix pour un partenaire génétiquement dissimilaire. Ces deux processus ont pour conséquence d'augmenter l'hétérozygotie des descendants. Nous avons aussi décrit pour la première fois un fort taux de paternité multiple dans les populations naturelles comme expérimentales, augmentant la richesse allélique des portées et permettant à la sélection sexuelle post-copulatoire d'avoir lieu. De plus, nous avons pu observer que les animaux les plus hétérozygotes survivent mieux face à une infection bactérienne, probablement via une meilleure tolérance. Les individus les plus hétérozygotes sont également plus gros à âge équivalent, ce qui revêt une importance particulière pour les femelles puisqu'une grande taille leur confère une meilleure fécondité. Ces résultats suggèrent que divers mécanismes sont à l'origine du maintien de la diversité génétique dans les populations d'A. vulgare et confèrent aux individus une meilleure valeur sélective. Ainsi les populations de cet isopode terrestre possèdent vraisemblablement un potentiel adaptatif important permettant leur maintien à long terme.

Acanthamoeba castellanii is an ubiquitous free-living amoeba of the environment. This amoeba feeds mainly on micro-organisms by phagocytosis. However, some micro-organisms have acquired resistances that allow them to escape digestion and even multiply inside amoebae. This is the case of Legionella pneumophila, the bacterium responsible for legionellosis. Legionella pneumophila, through its Dot/Icm secretion system, injects several effectors into its host. These effectors interact with the proteins of the host, and induce a modification of the physiology of its host, to its advantage. During my phD, we were interested in the effects of Legionella pneumophila infection on the proliferation of its amoebic host. We showed that Legionella pneumophila prevents the proliferation of Acanthamoeba castellanii. This phenotype was associated with a modification of the shape, a loss of adhesion and a decrease in motility of the amoeba. On the molecular level, Legionella pneumophila induces a decrease in the expression of the cdc2b gene, which share similarities with the cdk1 (cyclin dependent kinase) gene, coding for the major CDK of the mammalian cells cycle. The arrest of proliferation of Acanthamoeba castellanii, which involves a reduction in expression of cdc2b, is certainly induced by one or more effector(s) of Legionella pneumophila, because the mutant ΔdotA of L. pneumophila, defective in the Dot/Icm secretion apparatus, does not induce proliferation arrest of Acanthamoeba castellanii.; Acanthamoeba castellanii est une amibe libre ubiquiste de l'environnement. Elle se nourrit principalement de micro-organismes par phagocytose. Seulement, certains micro-organismes ont développé des mécanismes de résistances qui leur permettent d'échapper à la digestion et même de se multiplier à l'intérieur des amibes. C'est le cas de Legionella pneumophila, bactérie responsable de la légionellose. Legionella pneumophila, à travers son système de sécrétion Dot/Icm, injecte plusieurs effecteurs à l'intérieur de son hôte. Ces effecteurs interagissent avec les protéines de l'hôte, et induisent une modification de la physiologie de son hôte, à son avantage. Durant ma thèse, nous nous sommes intéressés aux effets de Legionella pneumophila, sur la prolifération de son hôte amibien. Nous avons montré que Legionella pneumophila arrête la prolifération d'Acanthamoeba castellanii. Ce phénotype était associé une modification de la forme, à une perte d'adhérence et à une baisse de motilité de l'amibe. Sur le plan moléculaire, Legionella pneumophila induit une baisse dans l'expression du gène cdc2b, qui présente des similarités avec le gène cdk1 (cyclin dépendant kinase), codant pour la CDK essentielle au déroulement du cycle cellulaire chez les mammifères. L'arrêt de la prolifération d'Acanthamoeba castellanii, qui passe par une réduction d'expression de cdc2b, est certainement induit par un ou plusieurs effecteur(s) de Legionella pneumophila, car le mutant ΔdotA de L. pneumophila, défectueux au niveau de l'appareil de sécrétion Dot/Icm, n'induit pas l'arrêt de la prolifération d'Acanthamoeba castellanii.

Remerciements :Les auteurs remercient ImageUP, plateforme d’imagerie de l’université de Poitiers pour l’assistance en microscopie électronique; Iridovirus IIV31 : un pathogène d’isopodes terrestres remarquable

International audience; Dans cet article nous présentons le résultat d'une collaboration entre le monde universitaire et les réseaux naturalistes. La valorisation d'une importante base de données de présence d'amphibiens via la modélisation de leurs niches écologiques a permis de cartographier les habitats potentiellement favorables à quatre espèces protégées en France : le crapaud calamite, le triton crêté, la rainette arboricole et la rainette méridionale dans six départements français (Indre-et-Loire, Indre, Creuse, Haute-Vienne, Corrèze, Ariège). Nous avons utilisé deux méthodes de modélisation, ENFA et MAXENT, puis déterminé la méthode la plus efficace avec les données disponibles. Ce travail a permis d'améliorer les connaissances sur les espèces étudiées et de fournir des cartes de répartition potentielle des espèces pouvant servir d'outil de réflexion pour la mise en place d'actions de conservation dans les territoires concernés.

International audience; La plupart des produits phytopharmaceutiques systémiques phloémiens ou ambimobiles sont des herbicides ; l'absorption de ces produits dans le phloème a lieu en général par le mécanisme de piégeage d'acide. Toutefois, quelques molécules (notamment le paraquat, le glyphosate et le phosphite) sont manipulées par des transporteurs de la membrane plasmique, une propriété non programmée initialement (Figure 1). Dans un passé récent, nous avons mis en évidence que des systèmes de transport d'acides aminés pouvaient manipuler des xénobiontes halogénés couplés à un acide alpha-aminé ayant une masse moléculaire plus importante que leur substrat naturel (Chollet et al., 1997; Deletage-Grandon et al., 2001). Ces conjugués, qui associent dans leur structure un herbicide (2,4-D) et un alpha-amino acide (lysine), sont distribués dans la plante de manière différente que la molécule parent, avec notamment un transport plus important vers l'extrémité des racines. En prenant en compte i/ la nécessité de diminuer les quantités de composés phytopharmaceutiques utilisés comme cela est prévu dans les plans Ecophyto, notamment en améliorant le ciblage des parasites, ii/ le besoin de mettre au point des fongicides capables de lutter contre des pathogènes jusqu'ici hors de portée des molécules classiques (par exemple les maladies vasculaires ou racinaires), nous avons étendu notre stratégie utilisant les systèmes de transport de nutriments à des molécules fongicides.

International audience; Aujourd’hui, des molécules d’origine naturelle sont recherchées comme solution alternative dans la lutte contre Legionella ; ces molécules doivent être spécifiques de la cible et biodégradables mais aussi présenter un faible impact sur l’homme et l’environnement. Le projet ICarE a pour objectif de caractériser de nouveaux agents d’origine naturelle, actifs contre L. pneumophila, en tenant compte de son comportement et de ses interactions au sein de son micro-environnement.

Free living amoebae (FLA) are protoza found in various environments where they can feed by phagocytosis on bacteria, fungi, viruses or other protozoa. Acanthamoebae castellanii was used as the main model in this thesis, divided in two parts. The first part of the thesis relied on the trophic preference of amoebae, in presence of different microorganisms. Amongst them, two bacteria, Klebsiella pneumoniae and Staphylococcus aureus, appeared as the most attractive for the studied protozoa. Bacterial extracts have been fractionned and their study has shown the protein nature of the chemoattractants involved in this interspecies crosstalk.Literature data have reported similarities between A. castellanii and other phagocytic cells such as macrophages. The second part of the thesis allowed us to compare phagocytic activities of A. castellanii and Thp-1 macrophagic cells towards four microorganisms: the filamentous fungus Aspergillus fumigatus, the bacteria Klebsiella pneumoniae and Staphylococcus aureus and an Adenovirus B3 serotype. The influence of the two phagocytic cells on the microorganisms' growth has also been investigated. This has evidenced the behavior differences between FLA and macrophages towards pathogenic microorganisms, showing that results obtained by studying amoebae and microorganisms relationships could not be extrapolated in all cases to the relationships between macrophages and microorganisms., Les amibes libres sont des protozoaires retrouvés dans de nombreux environnements où ils ingèrent par phagocytose des bactéries, des champignons, des virus ou d'autres protozoaires. Le modèle d'étude principal de cette thèse, divisée en deux grandes parties, a été Acanthamoeba castellanii. La première partie de la thèse a concerné l'étude de la préférence trophique des amibes, en présence de différents micro-organismes. Parmi ceux-ci, deux bactéries, Klebsiella pneumoniae et Staphylococcus aureus, se sont montrées les plus attractives pour les protozoaires étudiés. Des extraits bactériens ont été fractionnés et leur étude a permis de mettre en évidence la nature protéique des composés chimioattractifs impliqués dans ce dialogue intergenre. Certaines données de la littérature ont rapporté les similitudes entre A. castellanii et d'autres cellules phagocytaires que sont les macrophages. La seconde partie de la thèse a permis de comparer les activités de phagocytose d'A. castellanii et de la lignée macrophagique Thp-1 vis-à-vis de quatre micro-organismes : le champignon filamenteux Aspergillus fumigatus, les bactéries Klebsiella pneumoniae et Staphylococcus aureus, et un Adénovirus sérotype B3. L'influence des deux types de cellules phagocytaires sur la croissance des micro-organismes a également été étudiée. Ces travaux ont permis de mettre en évidence des différences de comportements des amibes libres par rapport aux macrophages vis-à-vis de micro-organismes pathogènes, montrant qu'il n'est pas toujours possible d'extrapoler les résultats d'études amibes libres/micro-organismes aux relations macrophages/micro-organismes.

National audience

Free-living amoebae are unicellular eukaryotes whose ecology in drinking water networks remains poorly understood. They may represent a public health concern, because of their ability to favour the presence of potentially pathogenic bacteria, among which are mycobacteria. A sampling scheme based on Paris drinking water network allowed identifying the diversity of both freeliving amoebae and their bacterial microbiome, using ribosomal RNA targeted pyrosequencing. These analyses indicated the major presence of Acanthamoeba, Vermamoeba, Echinamoeba and Protacanthamoeba genera. The microbiome was highly diverse and dominated by Pseudomonas, Stenotrophomonas, Bradyrhizobium, Sphingomonas and Pseudoxanthomonas. The coupling of physicochemical parameters to this analysis allowed underlining the importance of water origin, temperature, pH and chlorine concentration in shaping amoebal populations. Also an original endosymbiosis between V. vermiformis and a bacterium of the TM6 phylum was described. Free-living amoebae were frequently co-isolated with mycobacteria in the water network, mainly M. llatzerense and M. chelonae species. Infection experiments on A. castellanii illustrated the capacity of these species to resist and grow in presence of amoebae. Through genomics and transcriptomics approaches, several virulence factors, conserved between M. llatzerense, M. chelonae and M. tuberculosis were identified, and found to be upregulated during infection experiments. These results suggest their involvement in mycobacterial resistance to amoebal predation. Altogether, this work helped to better understand the ecology of free-living amoebae and their microbiome in drinking water networks, as well as the role of free-living amoebae in the survival and persistence of mycobacteria in such environments.; Les amibes libres sont des microorganismes unicellulaires eucaryotes dont l'écologie au sein des réseaux d'eau potable est mal connue. Les amibes libres représentent un enjeu de santé publique, du fait de leur capacité à favoriser la présence de bactéries potentiellement pathogènes, parmi lesquelles des mycobactéries. Une campagne de prélèvement menée sur le réseau d'eau potable de Paris a permis d'évaluer la diversité des amibes libres et de leur microbiome bactérien, par pyroséquençage ciblant les gènes ribosomaux (16S et 18S). Ces analyses ont suggéré la prédominance des genres Acanthamoeba, Vermamoeba, Echinamoeba et Protacanthamoeba. Le microbiome des amibes a révélé une grande diversité bactérienne, dominée par Pseudomonas, Stenotrophomonas, Bradyrhizobium, Sphingomonas et Pseudoxanthomonas. L'intégration des paramètres physicochimiques a permis de suggérer l'importance de l'origine de l'eau, la température, le pH et la concentration en chlore dans la dynamique des populations amibiennes. Une endosymbiose originale entre V. vermiformis et des bactéries du phylum TM6 a également été mise en évidence. Les amibes ont été fréquemment co-isolées avec des mycobactéries dans le réseau, principalement les espèces M. llatzerense et M. chelonae. Des expériences d'infection chez A. castellanii ont permis d'observer la capacité de ces mycobactéries à survivre et croitre en présence d'amibes. Par génomique comparative et analyses transcriptomiques, plusieurs facteurs de virulence, conservés entre M. llatzerense, M. chelonae et M. tuberculosis, ont été identifiés et sont surexprimés au cours de l'infection. Ces données suggérent leur implication dans la résistance à la prédation amibienne. L'ensemble de ces travaux a permis d'améliorer la connaissance des populations amibiennes et de leur microbiome au sein du réseau d'eau potable, apportant des éléments supplémentaires concernant leur implication dans la survie et la persistance des mycobactéries.

International audience

Free-living amoebae are unicellular eukaryotes whose ecology in drinking water networks remains poorly understood. They may represent a public health concern, because of their ability to favour the presence of potentially pathogenic bacteria, among which are mycobacteria. A sampling scheme based on Paris drinking water network allowed identifying the diversity of both freeliving amoebae and their bacterial microbiome, using ribosomal RNA targeted pyrosequencing. These analyses indicated the major presence of Acanthamoeba, Vermamoeba, Echinamoeba and Protacanthamoeba genera. The microbiome was highly diverse and dominated by Pseudomonas, Stenotrophomonas, Bradyrhizobium, Sphingomonas and Pseudoxanthomonas. The coupling of physicochemical parameters to this analysis allowed underlining the importance of water origin, temperature, pH and chlorine concentration in shaping amoebal populations. Also an original endosymbiosis between V. vermiformis and a bacterium of the TM6 phylum was described. Free-living amoebae were frequently co-isolated with mycobacteria in the water network, mainly M. llatzerense and M. chelonae species. Infection experiments on A. castellanii illustrated the capacity of these species to resist and grow in presence of amoebae. Through genomics and transcriptomics approaches, several virulence factors, conserved between M. llatzerense, M. chelonae and M. tuberculosis were identified, and found to be upregulated during infection experiments. These results suggest their involvement in mycobacterial resistance to amoebal predation. Altogether, this work helped to better understand the ecology of free-living amoebae and their microbiome in drinking water networks, as well as the role of free-living amoebae in the survival and persistence of mycobacteria in such environments., Les amibes libres sont des microorganismes unicellulaires eucaryotes dont l'écologie au sein des réseaux d'eau potable est mal connue. Les amibes libres représentent un enjeu de santé publique, du fait de leur capacité à favoriser la présence de bactéries potentiellement pathogènes, parmi lesquelles des mycobactéries. Une campagne de prélèvement menée sur le réseau d'eau potable de Paris a permis d'évaluer la diversité des amibes libres et de leur microbiome bactérien, par pyroséquençage ciblant les gènes ribosomaux (16S et 18S). Ces analyses ont suggéré la prédominance des genres Acanthamoeba, Vermamoeba, Echinamoeba et Protacanthamoeba. Le microbiome des amibes a révélé une grande diversité bactérienne, dominée par Pseudomonas, Stenotrophomonas, Bradyrhizobium, Sphingomonas et Pseudoxanthomonas. L'intégration des paramètres physicochimiques a permis de suggérer l'importance de l'origine de l'eau, la température, le pH et la concentration en chlore dans la dynamique des populations amibiennes. Une endosymbiose originale entre V. vermiformis et des bactéries du phylum TM6 a également été mise en évidence. Les amibes ont été fréquemment co-isolées avec des mycobactéries dans le réseau, principalement les espèces M. llatzerense et M. chelonae. Des expériences d'infection chez A. castellanii ont permis d'observer la capacité de ces mycobactéries à survivre et croitre en présence d'amibes. Par génomique comparative et analyses transcriptomiques, plusieurs facteurs de virulence, conservés entre M. llatzerense, M. chelonae et M. tuberculosis, ont été identifiés et sont surexprimés au cours de l'infection. Ces données suggérent leur implication dans la résistance à la prédation amibienne. L'ensemble de ces travaux a permis d'améliorer la connaissance des populations amibiennes et de leur microbiome au sein du réseau d'eau potable, apportant des éléments supplémentaires concernant leur implication dans la survie et la persistance des mycobactéries.

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Resume Les peptides antimicrobiens cationiques (cationic antimicrobial peptides ou CAMPs en anglais) sont des composants cles de la defense des etres multicellulaires. Il s’agit de molecules amphiphiles et cationiques, de 12 a 50 acides amines qui presentent une grande variete de structures. Leur spectre d’action tres large ainsi que leurs proprietes anti-inflammatoires et immunomodulatrices en font des candidats d’avenir dans le domaine de l’infectiologie. Par ailleurs, l’activite des CAMPs ne semble pas etre affectee par les mecanismes de resistance aux antibiotiques developpes par les bacteries, propriete particulierement importante dans le contexte actuel. Malgre leurs avantages incontestables, l’interet des industries pharmaceutiques pour ces molecules s’est montre jusqu’a present limite. En effet, le cout eleve de production ainsi que leur courte demi-vie a considerablement entrave leur developpement. De plus, de plus amples etudes restent encore a mener concernant leur innocuite et l’acquisition de resistance, consideree jusqu’a present comme improbable. A la vue du fort potentiel therapeutique de ces molecules, de nombreuses strategies sont proposees pour surmonter les obstacles a leur developpement et nul doute que celles-ci reanimeront l’interet des industries pharmaceutiques pour ces composes naturels.

National audience

International audience; Fungal biofilms associated with inserted medical devices such as catheters, represent a major risk factor for candidemia. In addition, these biofilm yeasts show a decreased susceptibility to antifungal agents. Recently, a new therapeutic approach has emerged, the "lock therapy", based on the use of high concentrations of antimicrobials, instilled into the lumen of the catheter and left in place for 8 to 12 h. In vitro or in vivo studies have evaluated the interest of antifungal locks using amphotericin B, an azole or echinocandins. The promising results will permit us to discuss the relevance of this technique.

Symbiosis represents a major evolutionary force leading to many adaptations of the partners, especially in response to pathogens. The endosymbiotic bacteria Wolbachia ( -proteobacteria) confer resistance to pathogens for vector insects. In the isopod crustacean Armadillidium vulgare, Wolbachia modify the host immunocompetence by decreasing total hemocyte count (THC) and increasing the natural septicemia. The presence of the bacteria in hemocytes and hematopoietic organs raises many questions about consequences of this presence on immune system functions and on immunocompetence of A. vulgare. We thus studied the impact of the symbiosis on hemocytes, immunocompetence and immune gene expressions. We showed by fluorescent in situ hybridization that Wolbachia infect more than one third of the hemocytes and by flow cytometry that the proportion of circulating granular hemocytes is lower in oneyear old infected animals, without any difference in THC at this age. Phenoloxidase activity decreases with age and symbiotic status. However, the Wolbachia presence seems to protect hemocytes against apoptosis and to increase host immunocompetence during infection with Listeria ivanovii. Finally, the quantification of the expression of immune genes, identified after establishing the first reference transcriptome of isopods (ANR EndoSymbArt project), revealed a trend to under-expression in whole animal and ovaries but an over-expression in immune tissues. Therefore, the Wolbachia presence modifies immune system characteristics at cellular and humoral levels and the immunocompetence of A. vulgare. The study of new parameters will clarify if the Wolbachia presence is a real benefit to its host or if the bacteria do have a significant cost to its host., La symbiose constitue une force évolutive majeure permettant de nombreuses adaptations des partenaires, en particulier dans la réponse des hôtes aux agents pathogènes. La bactérie endosymbiotique Wolbachia ( -protéobactérie) confère ainsi à certains insectes une résistance aux agents pathogènes humains dont ils sont les vecteurs. Chez le crustacé isopode Armadillidium vulgare, la présence de Wolbachia altère l'immunocompétence de son hôte en diminuant le taux d'hémocytes circulants (THC) et en augmentant la septicémie naturelle. La présence de Wolbachia dans les hémocytes et les organes hématopoïétiques a soulevé de nombreuses questions quant aux conséquences que cela entraîne sur le fonctionnement du système immunitaire et sur l'immunocompétence d'A. vulgare. Nous avons donc étudié l'impact de cette symbiose sur les hémocytes, l'immunocompétence et l'expression de gènes de l'immunité. Ainsi Wolbachia est présente dans plus d'un tiers des hémocytes (hybridation in situ fluorescente) et sa présence diminue la proportion d'hémocytes granulaires circulants (cytométrie en flux) chez les animaux âgés d'un an, sans affecter le THC à cet âge. L'activité phénoloxydase diminue avec l'âge et le statut symbiotique. En revanche, la présence de Wolbachia semble protéger les hémocytes de l'apoptose et augmenter l'immunocompétence d'A. vulgare lors d'une infection par Listeria ivanovii. Enfin, la quantification de l'expression des gènes de l'immunité, identifié après l'établissement du premier transcriptome de référence d'isopode (projet ANR EndoSymbArt), a révélé une tendance à la sous-expression au niveau de l'animal entier et des ovaires mais à la sur-expression dans les tissus immunitaires. La présence deWolbachia modifie donc les caractéristiques du système immunitaire aux niveaux cellulaire et humoral ainsi que l'immunocompétence d'A. vulgare. L'étude de nouveaux paramètres permettra d'établir si la présence de Wolbachia constitue réellement un avantage pour son hôte ou si au contraire la bactérie présente un coût parasitaire important.

Symbiosis represents a major evolutionary force leading to many adaptations of the partners, especially in response to pathogens. The endosymbiotic bacteria Wolbachia ( -proteobacteria) confer resistance to pathogens for vector insects. In the isopod crustacean Armadillidium vulgare, Wolbachia modify the host immunocompetence by decreasing total hemocyte count (THC) and increasing the natural septicemia. The presence of the bacteria in hemocytes and hematopoietic organs raises many questions about consequences of this presence on immune system functions and on immunocompetence of A. vulgare. We thus studied the impact of the symbiosis on hemocytes, immunocompetence and immune gene expressions. We showed by fluorescent in situ hybridization that Wolbachia infect more than one third of the hemocytes and by flow cytometry that the proportion of circulating granular hemocytes is lower in oneyear old infected animals, without any difference in THC at this age. Phenoloxidase activity decreases with age and symbiotic status. However, the Wolbachia presence seems to protect hemocytes against apoptosis and to increase host immunocompetence during infection with Listeria ivanovii. Finally, the quantification of the expression of immune genes, identified after establishing the first reference transcriptome of isopods (ANR EndoSymbArt project), revealed a trend to under-expression in whole animal and ovaries but an over-expression in immune tissues. Therefore, the Wolbachia presence modifies immune system characteristics at cellular and humoral levels and the immunocompetence of A. vulgare. The study of new parameters will clarify if the Wolbachia presence is a real benefit to its host or if the bacteria do have a significant cost to its host.; La symbiose constitue une force évolutive majeure permettant de nombreuses adaptations des partenaires, en particulier dans la réponse des hôtes aux agents pathogènes. La bactérie endosymbiotique Wolbachia ( -protéobactérie) confère ainsi à certains insectes une résistance aux agents pathogènes humains dont ils sont les vecteurs. Chez le crustacé isopode Armadillidium vulgare, la présence de Wolbachia altère l'immunocompétence de son hôte en diminuant le taux d'hémocytes circulants (THC) et en augmentant la septicémie naturelle. La présence de Wolbachia dans les hémocytes et les organes hématopoïétiques a soulevé de nombreuses questions quant aux conséquences que cela entraîne sur le fonctionnement du système immunitaire et sur l'immunocompétence d'A. vulgare. Nous avons donc étudié l'impact de cette symbiose sur les hémocytes, l'immunocompétence et l'expression de gènes de l'immunité. Ainsi Wolbachia est présente dans plus d'un tiers des hémocytes (hybridation in situ fluorescente) et sa présence diminue la proportion d'hémocytes granulaires circulants (cytométrie en flux) chez les animaux âgés d'un an, sans affecter le THC à cet âge. L'activité phénoloxydase diminue avec l'âge et le statut symbiotique. En revanche, la présence de Wolbachia semble protéger les hémocytes de l'apoptose et augmenter l'immunocompétence d'A. vulgare lors d'une infection par Listeria ivanovii. Enfin, la quantification de l'expression des gènes de l'immunité, identifié après l'établissement du premier transcriptome de référence d'isopode (projet ANR EndoSymbArt), a révélé une tendance à la sous-expression au niveau de l'animal entier et des ovaires mais à la sur-expression dans les tissus immunitaires. La présence deWolbachia modifie donc les caractéristiques du système immunitaire aux niveaux cellulaire et humoral ainsi que l'immunocompétence d'A. vulgare. L'étude de nouveaux paramètres permettra d'établir si la présence de Wolbachia constitue réellement un avantage pour son hôte ou si au contraire la bactérie présente un coût parasitaire important.

In animals, mitochondrial DNA (mtDNA) is generally composed of ~16 kb circular monomer molecules. However, two species of terrestrial Crustaceans Armadillidium vulgare and Porcellionides pruinosus (Isopoda: Oniscidea) are exceptions. Their mtDNA is composed of ~14 kb linear monomers associated to ~28 kb circular head-to-head dimers. In order to describe its structure, the complete mtDNA sequence of A. vulgare has been obtained. It does contain the 13 protein coding genes and the 2 ribosomal sub-units generally found in metazoan mtDNA, but not all of the 22 expected transfer RNA (tRNAs). Besides, a surprising heteroplasmy that generates a dual tRNA alloacceptor for both amino acids Alanine and Valine (tRNAAla/Val) has been discovered. This heteroplasmy by the presence of two different genes on a single mitochondrial locus is an unique example in eukaryotes. Interestingly, this heteroplasmy has been observed in a wide range of Oniscidea species carrying an atypical mtDNA. The appearance of the atypical mitochondrial genome in isopods may have permit the appearance of the tRNAAla/Val, and evolutionary forces that allow the maintenance of these two genes essential for mitochondrial translation might conserve the atypical structure of mtDNA., L'ADN mitochondrial (ADNmt) des animaux est généralement constitué de molécules circulaires monomériques de ~16 kb. Cependant, parmi les rares exceptions qui ont été décrites, deux espèces d'Oniscidea Armadillidium vulgare et Porcellionides pruinosus (Crustacés Isopodes terrestres) présentent un ADNmt atypique composé de molécules monomériques linéaires de ~14 kb associées à des dimères circulaires et palindromiques de ~28 kb. Afin de connaître plus en détail sa structure, l'ADNmt atypique d'A. vulgare a été séquencé. Il contient bien les 13 gènes codants pour des protéines et les deux sous unités ribosomales généralement présents dans l'ADNmt des Métazoaires, mais en revanche il ne présente pas l'ensemble des 22 ARN de transferts (ARNt) attendus. De plus, une étonnante hétéroplasmie générant un ARNt alloaccepteur pour les acides aminés Alanine et Valine (ARNtAla/Val) a été découverte. Cette hétéroplasmie est un exemple unique chez les Eucaryotes par la présence de deux gènes différents sur le même locus mitochondrial. De façon surprenante, cette hétéroplasmie a également été observée chez de nombreuses autres espèces d'Oniscidea qui possèdent aussi un génome mitochondrial atypique. Il semble donc que l'apparition de cet ADNmt atypique chez les Isopodes ait permis l'apparition de l'ARNtAla/Val, et que les forces évolutives permettant le maintien de ces deux gènes essentiels à la traduction mitochondriale soient impliquées dans la conservation de cette structure atypique.