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This PhD work focuses on the study of the phenomenon of impact electrification of glass beads in contact with various polymer materials. Despite being a sensitive aspect of many industrial processes, triboelectric charging still remains an impredictible and poorly understood phenomenon as soon as it involves dielectric materials. To bring a new contribution to the comprehension of the subject, this document reports the development and use of an experimental device measuring the electrostatic charge acquired by a bead during a unique impact with a dielectric target. The experimental device is first described in details, from conception decisions to the final experimental protocol. The triboelectric behavior of glass against targets made out of two different polymer materials, polytetrafluoroethylene (PTFE) and polyurethane (PU), is then studied through measurement campaigns designed to analyze the effect of important parameters divided in two categories: the impact mechanical parameters on one hand, and chemical and environmental parameters on the other hand. In the first part, the respective importance of the normal and tangential components of the bead velocity with respect to the target in triboelectric charging are analyzed for both materials. In addition to the validation of the generality of some previous experimental results in literature, the observed data also shows the importance of relaxation charge mechanisms such as electric discharges after separation in the triboelectric charging of PU. Studies on different diameter beads and other target materials have also been carried out to investigate the subject further. In the second part, an analysis of the bead surface conditions is first conducted through the chemical preconditioning of the beads used to provide a reference state. Measurement campaigns on the effects of relative humidity and temperature over impact triboelectric charging are then presented. To conclude, the effects of chemical additives placed at the surface of the beads are investigated in different humidity configurations.; Ce travail de thèse porte sur l’étude du phénomène d’électrisation par impact de billes de verre en contact avec divers matériaux polymères. Bien qu’étant un phénomène sensible dans de nombreux procédés industriels, le chargement triboélectrique reste un phénomène imprédictible et mal compris dès lors qu’il implique des matériaux diélectriques. Pour apporter une contribution à la compréhension de ce sujet, ce manuscrit rapporte le développement et l’utilisation d’un dispositif expérimental permettant la mesure de la charge électrostatique acquise par une bille au cours d’un impact unique avec une cible diélectrique.Le dispositif expérimental est décrit en détails dans un premier temps, depuis les choix de conceptions jusqu’au protocole expérimental final mis en place. Le comportement triboélectrique du verre contre des cibles en polymères de deux matériaux différents, le polytétrafluoroéthylène (PTFE) et le polyuréthane (PU), est ensuite étudié à travers des campagnes de mesures portant deux catégories de paramètres : les paramètres mécaniques de l’impact d’une part, et les paramètres chimiques et environnementaux d’autre part. Dans cette première partie, l’importance respective de la composante normale et tangentielle de la vitesse de la bille par rapport au repère de la cible dans le chargement triboélectrique sont analysées pour les deux matériaux. En plus de valider la généralité de certains résultats expérimentaux de la littérature scientifique, les données observées permettent également de mettre en évidence l’importance des mécanismes de relaxation de charges par décharge électrique après séparation dans le chargement triboélectrique du PU. Des études sur des billes de plusieurs diamètres et sur d’autres matériaux de cibles ont été utilisés en complément pour permettre une discussion approfondie du sujet. Dans la deuxième partie, une analyse des conditions de surface des billes est d’abord réalisée à travers le protocole de préconditionnement chimique utilisé pour obtenir un état de référence. Des campagnes de mesures réalisées pour analyser les effets de l’humidité relative et de la température sur le chargement triboélectrique par impact sont ensuite présentées. Pour finir, les effets d’additifs chimiques placés en surface des billes de verre sont étudiés dans plusieurs configurations d’humidité.

This PhD work focuses on the study of the phenomenon of impact electrification of glass beads in contact with various polymer materials. Despite being a sensitive aspect of many industrial processes, triboelectric charging still remains an impredictible and poorly understood phenomenon as soon as it involves dielectric materials. To bring a new contribution to the comprehension of the subject, this document reports the development and use of an experimental device measuring the electrostatic charge acquired by a bead during a unique impact with a dielectric target. The experimental device is first described in details, from conception decisions to the final experimental protocol. The triboelectric behavior of glass against targets made out of two different polymer materials, polytetrafluoroethylene (PTFE) and polyurethane (PU), is then studied through measurement campaigns designed to analyze the effect of important parameters divided in two categories: the impact mechanical parameters on one hand, and chemical and environmental parameters on the other hand. In the first part, the respective importance of the normal and tangential components of the bead velocity with respect to the target in triboelectric charging are analyzed for both materials. In addition to the validation of the generality of some previous experimental results in literature, the observed data also shows the importance of relaxation charge mechanisms such as electric discharges after separation in the triboelectric charging of PU. Studies on different diameter beads and other target materials have also been carried out to investigate the subject further. In the second part, an analysis of the bead surface conditions is first conducted through the chemical preconditioning of the beads used to provide a reference state. Measurement campaigns on the effects of relative humidity and temperature over impact triboelectric charging are then presented. To conclude, the effects of chemical additives placed at the surface of the beads are investigated in different humidity configurations.; Ce travail de thèse porte sur l’étude du phénomène d’électrisation par impact de billes de verre en contact avec divers matériaux polymères. Bien qu’étant un phénomène sensible dans de nombreux procédés industriels, le chargement triboélectrique reste un phénomène imprédictible et mal compris dès lors qu’il implique des matériaux diélectriques. Pour apporter une contribution à la compréhension de ce sujet, ce manuscrit rapporte le développement et l’utilisation d’un dispositif expérimental permettant la mesure de la charge électrostatique acquise par une bille au cours d’un impact unique avec une cible diélectrique.Le dispositif expérimental est décrit en détails dans un premier temps, depuis les choix de conceptions jusqu’au protocole expérimental final mis en place. Le comportement triboélectrique du verre contre des cibles en polymères de deux matériaux différents, le polytétrafluoroéthylène (PTFE) et le polyuréthane (PU), est ensuite étudié à travers des campagnes de mesures portant deux catégories de paramètres : les paramètres mécaniques de l’impact d’une part, et les paramètres chimiques et environnementaux d’autre part. Dans cette première partie, l’importance respective de la composante normale et tangentielle de la vitesse de la bille par rapport au repère de la cible dans le chargement triboélectrique sont analysées pour les deux matériaux. En plus de valider la généralité de certains résultats expérimentaux de la littérature scientifique, les données observées permettent également de mettre en évidence l’importance des mécanismes de relaxation de charges par décharge électrique après séparation dans le chargement triboélectrique du PU. Des études sur des billes de plusieurs diamètres et sur d’autres matériaux de cibles ont été utilisés en complément pour permettre une discussion approfondie du sujet. Dans la deuxième partie, une analyse des conditions de surface des billes est d’abord réalisée à travers le protocole de préconditionnement chimique utilisé pour obtenir un état de référence. Des campagnes de mesures réalisées pour analyser les effets de l’humidité relative et de la température sur le chargement triboélectrique par impact sont ensuite présentées. Pour finir, les effets d’additifs chimiques placés en surface des billes de verre sont étudiés dans plusieurs configurations d’humidité.

International audience; Dieback of Atlas cedars is a complex phenomenon that has been affecting the cedar forests of the Aurès mountains and Theniet El Had since the 1980s. Its causes are still unknown. This study focused on the cedar forest of Theniet El Had in order to gain a better understanding of the way Atlas cedar dieback is evolving over time and space and to establish whether it has any relationship with environmental factors. Two approaches were applied. In the first, a spatial approach, the distribution of affected trees was mapped out according to altitude, slope, exposure, dendrometric parameters (diameter and height) and state of health (percentage of defoliation). In the temporal approach, radial growth rates were compared between affected and healthy trees in six ecological stations that were representative of Atlas cedar stands in the study zone. The results show that dieback is more severe in the Theniet El Had forest towards its lower limits in steeply sloping low-altitude stations exposed to sunlight and heat. Dieback is advanced and affects adult and/or aging trees. The trees affected stand out for their poor growth and very high average sensitivity to climatic factors. The prolonged drought in the region from 1980 to 2002 has exacerbated the effects of aging, which has affected and worsened the state of health of the Atlas cedars. These results point to the urgency of undertaking sylvicultural work to improve the health of these stands and to establish sampling plots.; El agostamiento del cedro del Atlas en Argelia es un fenómeno complejo que ha afectado a los cedrales de Aurès y Theniet El Had desde los años 1980, y cuyas causas todavía son desconocidas. Para comprender mejor la evolución espaciotemporal del agostamiento del cedro del Atlas y establecer una eventual relación con los factores del medio, nuestro trabajo se ha focalizado en elcedral de Theniet El Had. Este estudio se basa en dos enfoques. Uno, espacial, inventaría la repartición de los árboles agostados según la altitud, la pendiente, la exposición, así como sus parámetros dendrométricos (diámetro, altura) y su estado de salud (tasa de defoliación). El otro, temporal, compara la evolución del crecimiento radial de los árboles agostados y de los árboles sanos en seisestaciones ecológicas representativas de las masas de cedro del Atlas en la zona de estudio. Los resultados muestran que el fenómeno de agostamiento del cedro del Atlas ha afectado más al cedral de Theniet El Had hacia su límite inferior, en estaciones situadas a baja altitud, en terrenos de fuerte pendiente y con exposiciones soleadas y cálidas. Este fenómeno se presenta en un estado avanzado, y los árboles agostados son árboles adultos y/o viejos. Los árboles agostados se distinguen por un débil crecimiento y una sensitividad media al clima muy elevada. Además del efecto de la edad, la sequía prolongada en la región durante el período 1980-2002 afectó y agravó el estado de salud del cedro del Atlas. Estos resultados ponen al día la urgencia de emprender tareas silvícolas para mejorar el estado de salud de las masas e implementar un dispositivo de vigilancia de la salud del cedro.; Le dépérissement du cèdre de l’Atlas en Algérie est un phénomène complexe qui a affecté les cédraies des Aurès et Theniet El Had depuis les années 1980, et dont les causes restent inconnues. Pour mieux comprendre l’évolution spatio-temporelle du dépérissement du cèdre de l’Atlas et établir une éventuelle relation avec les facteurs du milieu, notre travail s’est focalisé sur la cédraie de Theniet El Had. Ce travail est basé sur deux approches. L’une, spatiale, recense la répartition des arbres dépéris selonl’altitude, la pente, l’exposition, ainsi que leurs paramètres dendrométriques (diamètre, hauteur) et leur état de santé (taux de défoliation). L’autre, temporelle, compare l’évolution de la croissance radiale des arbres dépéris et des arbres sains dans six stations écologiques représentatives des peuplements de cèdre de l’Atlas dans la zone d’étude. Les résultats montrent que le phénomène de dépérissement du cèdre de l’Atlas a davantage marqué la cédraie de Theniet El Had vers sa limite inférieure, dans des stations situées à basse altitude, sur des terrains à forte pente et aux expositions ensoleillées et chaudes. Ce phénomène se présente dans un étatavancé, et les arbres dépéris sont desarbres adultes et/ou âgés. Les arbresdépéris se distinguent par une faiblecroissance et une sensitivité moyenneau climat très élevée. En plus de l’effetde l’âge, la sécheresse prolongée dans larégion au cours de la période 1980-2002a affecté et aggravé l’état de santé ducèdre de l’Atlas. Ces résultats mettent aujour l’urgence d’entreprendre des travauxsylvicoles pour améliorer l’état de santédes peuplements et de mettre en placeun dispositif de surveillance de la santédu cèdre.

Brown trout (Salmo trutta) ecology was largely studied. However, the process structuring the spatiotemporal patterns of population dynamics remains unclear. The objective of this thesis was to identify the demographic processes (e.g. survival or displacements) and the influence of biotic (between-individuals interactions) and abiotic (environmental conditions) processes structuring the age-stages (fry, juveniles and adults) of these populations in time and space.I studied (1) the role of density-dependence on survival and (2) the influence of environmental conditions experienced by trouts (hydraulics and water temperature). To assess the results’ transferability, I studied (3) the spatial scale (global or local) of influence of the processes and (4) if those processes varied among populations (hierarchical approach).I considered the dynamics of 45 trout populations, 22 being located downstream a hydropower facility. At a large scale, the recruitment of distant populations (up to 75 km apart) may be synchronized by large floods during emergence of fry or by spawning substratum displacements. We summarized the results of a determinist population dynamics models, locally calibrated on nine reaches showing well-described environmental conditions. This summary revealed the influence of various local drivers on population dynamics. Finally, a hierarchical model showed that density-dependent mortality among juveniles and adults was a key biotic process. The strength of the competition was greater in absence of shelter (

Peatlands cover 3 % of the continental surfaces but represent up to a third of the soil carbon stock. Peat accumulation results from the imbalance between primary production and decomposition due to the limitation of the prokaryote activity caused by the environmental conditions. Viral infection and lysis impact the diversity and the activity of the microbial communities and influence the carbon cycle. However, the functioning of the viral compartment had never been taken into account in peatlands. The aim of this thesis was to gain knowledge about the spatio-temporal dynamic of viral abundance and diversity in Sphagnum-dominated peatlands. Spatio-temporal analysis of viral and prokaryote abundance and of 12 metaviromes (viral diversity) in relation to the physico-chemical features in a temperate Sphagnum-dominated peatland in France revealed the high seasonal variability of the viral communities. This dynamic appeared mainly related to the environmental conditions shaped by the fluctuation of the water-table level. In the same peatland the taxonomic diversity of the present microorganisms (metagenomes) differed between the fen and the bog, but these communities present a similar functional diversity, which expression in selected in the same way in the two dynamic stages, in relation to depth-related environmental conditions. Viral abundance analyzed in 5 Sphagnum-dominated peatlands from Finland, Canada, France and subantarctic Amsterdam Isle presented a high geographical variability. Investigation of the diversity of the viral communities from the peat matrix and the pore-water in Finland and Canada emphasized the structuration of the viral communities by the site, then the dynamic stage, and finally depth. These results confirm the first hypotheses about the functioning of the viral compartment depending on environmental conditions and prokaryote activity. Effects of human-derived disturbances on viral ecology in peatlands were investigated based on this knowledge. While soil viral diversity was poorly documented at the start of this thesis, the collection of 31 metaviromes from Sphagnum-dominated peatlands produced for this project represents the second largest dataset representing the viral diversity from environmental samples., Les tourbières couvrent 3 % des surfaces continentales et jouent un rôle important dans le cycle du carbone en stockant le tiers du carbone des sols. L'accumulation de tourbe est liée au déséquilibre production primaire/décomposition du à une activité microbienne limitée par les conditions environnementales. L'infection et la lyse virale ont un impact sur la diversité et l'activité des communautés microbiennes, et influent sur le cycle du carbone. Cependant, le fonctionnement de ce compartiment viral n'avait jamais été pris en compte dans les études de fonctionnement des tourbières. Le but de ce travail de thèse était d'analyser et comprendre la dynamique spatiale et temporelle de l'abondance et de la diversité virale des tourbières à Sphagnum. L'analyse de l'abondance virale et procaryote et de 12 metaviromes en lien avec la physico-chimie d'une tourbière tempérée en France montre une forte variation saisonnière des communautés virales. Cette variation semble très liée aux conditions environnementales générées par la fluctuation de la nappe d'eau. Dans cette même tourbière, l'analyse de la diversité taxonomique et fonctionnelle des communautés de microorganismes présents (métagénomes) et métaboliquement actifs (métatranscriptomes) indique que la structure taxonomique est différente entre les des deux principaux stades, le fen et le bog, mais que ces communautés présentent une diversité fonctionnelle similaire, dont l'expression est liée aux changements des conditions environnementales avec la profondeur. L'abondance des particules virales étudiées dans 5 tourbières à Sphagnum réparties en Finlande, au Canada, en France, et sur l'île subantarctique d'Amsterdam varie fortement avec les sites. L'analyse de la diversité virale de la matrice et de l'eau de tourbe du Canada et de Finlande montre que la diversité virale est structurée par le site, puis le stade dynamique, puis la profondeur, avec un rôle important de la saturation en eau au niveau du site. Ces résultats valident le fonctionnement proposé du compartiment viral et de la communauté d'hôtes procaryotes. Ces connaissances ont été utilisées pour analyser le fonctionnement du compartiment microbien de tourbières à Sphagnum soumises à des perturbations d'origine anthropique. Les 31 métaviromes produits pour cette thèse constituent l'une des plus grandes bases de données sur la diversité virale des écosystèmes alors que la diversité virale des sols n'avait presque jamais été étudiée auparavant.

article présenté lors du colloque 'Phytomicronutriments' qui s’est tenu à Avignon le 16 décembre 2014.; National audience; Carotenoids are pigments responsible for the yellow, orange or red colour of fruits; they play a major role in their organoleptic and nutritional qualities. In plants, carotenoids contribute to important physiological functions and they help plants to adapt to changing environmental conditions. Thus, numerous works on this subject aim at enhancing carotenoid contents in plant and particularly in fruits. This review draws comparisons between the results obtained on tomato and citrus before synthetizing insights gained into developmental, genetic, and environmental controls and discussing possible developments. On this basis, we propose a conceptual model of carotenoid accumulation in fruits that accounts for the role played by environmental factors. The development of such a model allowing simulations of carotenoid contents will pave the way of a better management of these metabolites.; Les caroténoïdes sont des pigments responsables des couleurs jaune, orange, ou rouge des fruits, et sont des déterminants majeurs de leur qualité organoleptique et nutritionnelle. Dans la plante, les caroténoïdes participent à plusieurs grandes fonctions physiologiques et permettent à la plante de s’adapter à un environnement fluctuant. Ainsi, de nombreux programmes ont pour objectif d’augmenter leur concentration dans la plante et notamment les fruits. Cet article compare les résultats obtenus sur la tomate et les agrumes pour synthétiser les connaissances acquises sur les contrôles développementaux, génétiques et environnementaux, et discuter des leviers à creuser. Sur cette base, nous proposons un modèle d’accumulation des caroténoïdes dans les fruits rendant compte de l’effet des facteurs environnementaux. L’établissement d’un modèle de simulation de la concentration en caroténoïdes dans le fruit ouvrira la voie à un meilleur pilotage de l’accumulation de ces métabolites.

Les caroténoïdes sont des pigments responsables des couleurs jaune, orange, ou rouge des fruits, et sont des déterminants majeurs de leur qualité organoleptique et nutritionnelle. Dans la plante, les caroténoïdes participent à plusieurs grandes fonctions physiologiques et permettent à la plante de s’adapter à un environnement fluctuant. Ainsi, de nombreux programmes ont pour objectif d’augmenter leur concentration dans la plante et notamment les fruits. Cet article compare les résultats obtenus sur la tomate et les agrumes pour synthétiser les connaissances acquises sur les contrôles développementaux, génétiques et environnementaux, et discuter des leviers à creuser. Sur cette base, nous proposons un modèle d’accumulation des caroténoïdes dans les fruits rendant compte de l’effet des facteurs environnementaux. L’établissement d’un modèle de simulation de la concentration en caroténoïdes dans le fruit ouvrira la voie à un meilleur pilotage de l’accumulation de ces métabolites., Carotenoids are pigments responsible for the yellow, orange or red colour of fruits; they play a major role in their organoleptic and nutritional qualities. In plants, carotenoids contribute to important physiological functions and they help plants to adapt to changing environmental conditions. Thus, numerous works on this subject aim at enhancing carotenoid contents in plant and particularly in fruits. This review draws comparisons between the results obtained on tomato and citrus before synthetizing insights gained into developmental, genetic, and environmental controls and discussing possible developments. On this basis, we propose a conceptual model of carotenoid accumulation in fruits that accounts for the role played by environmental factors. The development of such a model allowing simulations of carotenoid contents will pave the way of a better management of these metabolites.

Corals live in symbiosis with dinoflagellate algae of the genus Symbiodinium, divided into 9 clades (A to I). The same host can harbour one or more of these clades depending on the environmental context. This lead to the suggestion that each clade has its unique physiological property. Therefore the capacity of flexibility and acquisition of clades may be an issue for the survival of the holobiont against various stresses. In this thesis, these capacities have been explored in several coral species, described with various flexibilities and sensitivities facing different environmental conditions. The diversity and dynamics of Symbiodinium communities associated to corals were estimated by using the real-time PCR technique, and evaluated in different environmental contexts : natural, in an 18-month spatio-temporal survey around Moorea, or controlled, upon incubation with different pCO2. Some corals showed the ability to host up to 3 or 4 distinct clades, leading to a reconsideration of the specialist-concept (i.e. host associated with one symbiont type). Nevertheless, depending on the coral host, ‘symbiotic signature’ regulations have been revealed. Latter are characterized by specific clade combination profils, which are stable and sustainable. In addition, sporadic changes by switching and shuffling, were observed in a given profil, regardless of a given environmental context, suggesting the dynamics as an constitutive mechanism in corals. However, records of coral disease together with Vibrio spp outbreaks, suggested an active participation of clade D for the ‘fitness’ of the coral host., Les coraux vivent en association symbiotique avec des algues dinoflagellées du genre Symbiodinium, distinguées en différents clades (A à I). Un même hôte peut abriter seul ou plusieurs de ces clades, a priori dépendant d’un contexte environnemental, suggérant qu’ils possèdent des propriétés physiologiques distinctes. Ainsi, les capacités de flexibilité et d’acquisition de clades pourraient être une issue pour la survie de l’holobionte face à divers stress. Dans le cadre de cette thèse, ces capacités ont été explorées chez plusieurs espèces coralliennes, décrites avec différentes flexibilités et sensibilités aux conditions environnementales. La diversité et la dynamique des communautés de Symbiodinium associées aux coraux ont été estimées à l’aide de la technique de PCR en temps réel et évaluées dans différents contextes environnementaux: naturels, lors d’un suivi spatio-temporel de 18 mois à Moorea, ou contrôlés, lors d'une incubation à différentes pCO2. Les coraux ont montré la possibilité d’héberger jusqu’à 3 ou 4 clades distincts, reconsidérant la notion de spécialiste (i.e. symbionte unique). Néanmoins, propre à l’hôte corallien, il a été mis en évidence la régulation de ‘signatures symbiotiques’ caractérisées par des profils particuliers d’association de clades, stables et durables. Des modifications sporadiques de ces profils, par switching et shuffling ont put être observées, indépendamment d’un contexte environnemental donné, suggérant la dynamique comme un mécanisme constitutif chez les coraux. Néanmoins, en cas de d’apparition d’épizooties de Vibrio spp. et d’une maladie corallienne il est suggéré que le clade D participe activement au ‘fitness’ de leur hôte.

Studying endocrine mechanisms is of particular interest because of the major role played by hormones in mediating interactions between an animal’s physiology, its behaviour, and both predictable and unpredictable regimes of environmental variation. During this PhD, I have investigated the relationships between endocrine status, reproductive performance, and reproductive output in a long-lived polar seabird, the Adélie penguin Pygoscelis adeliae, while integrating environmental parameters for some of the studies. The endocrine status of male penguins was experimentally modified using subcutaneous self-degradable pellets, which released either the hormone or an inhibitor of its secretion. The effects of changes in the levels of several hormones on the parental investment during incubation were assessed, using direct observations and dummy eggs to record incubation parameters. The levels of corticosterone – the so-called stress hormone, prolactin – the parental care hormone, and testosterone – the sexual behaviour and aggressiveness hormone, were manipulated. The effects of increased corticosterone levels on reproductive performance and output were also evaluated during the chick-rearing period. Finally, the behavioural consequences of a moderate elevation of corticosterone levels during the whole breeding cycle were assessed. On the whole, an increase in corticosterone levels decreased reproductive performances and output. Changes in prolactin or testosterone levels affected incubation duration and egg temperature, suggesting a role for these hormones in the control of the timing of breeding. The results prevented in this PhD highlight the fact that the relationship between endocrine status and reproductive performance is dose-, state-, and context-dependant. Our results illustrate the major role of the hormones considered in our studies in the regulation of reproductive effort. They also underline the importance of considering the interactions of organisms with their environment in studies of animal behaviour and ecophysiology., L’étude des mécanismes endocriniens est particulièrement intéressante du fait du rôle majeur des hormones dans la régulation des interactions entre la physiologie d’un organisme, son comportement, et les modifications de son environnement. Cette thèse s’est intéressée aux relations entre le statut hormonal, les performances de reproduction et le succès reproducteur d’un oiseau marin longévif, le manchot Adélie Pygoscelis adeliae, dans un contexte environnemental soumis à des changements. Le statut endocrinien de manchots mâles a été manipulé en utilisant des implants dégradables sous-cutanés diffusant l’hormone d’intérêt ou un inhibiteur de sa sécrétion. Les effets d’une modification des niveaux d’hormones sur l’investissement parental pendant l’incubation ont été mesurés à l’aide d’observations directes et d’oeufsfactices enregistrant les paramètres d’incubation. Les niveaux de corticostérone – hormone dite de stress, de prolactine – hormone des soins parentaux, et de testostérone – hormone liée aux comportements sexuels et à l’agressivité, ont été manipulés. Les effets d’une augmentation des niveaux de corticostérone sur les performances et le succès reproducteur pendant la période de l’élevage des poussins ont également été mesurés. Enfin, les conséquences d’une légère élévation des niveaux de corticostérone pendant l’ensemble de la saison de reproduction en termes de comportement et de succès reproducteur ont été examinées. Une augmentation des niveaux de corticostérone a globalement diminué les performances et le succès de reproduction. D’autre part, une modification des niveaux de prolactine ou de testostérone a affecté la durée etles paramètres d’incubation, suggérant une implication de ces deux hormones dans le contrôle de la phénologie de la reproduction. Les résultats présentés dans cette thèse mettent l’accent sur le fait que la relation entre statut endocrinien et performances de reproduction est dose, état et contexte dépendante. Nos résultats illustrent le rôle majeur des hormones étudiées dans la régulation de l’effort reproducteur, et soulignent également l’importance de considérer les interactions entre les organismes et leur environnement.

Studying endocrine mechanisms is of particular interest because of the major role played by hormones in mediating interactions between an animal’s physiology, its behaviour, and both predictable and unpredictable regimes of environmental variation. During this PhD, I have investigated the relationships between endocrine status, reproductive performance, and reproductive output in a long-lived polar seabird, the Adélie penguin Pygoscelis adeliae, while integrating environmental parameters for some of the studies. The endocrine status of male penguins was experimentally modified using subcutaneous self-degradable pellets, which released either the hormone or an inhibitor of its secretion. The effects of changes in the levels of several hormones on the parental investment during incubation were assessed, using direct observations and dummy eggs to record incubation parameters. The levels of corticosterone – the so-called stress hormone, prolactin – the parental care hormone, and testosterone – the sexual behaviour and aggressiveness hormone, were manipulated. The effects of increased corticosterone levels on reproductive performance and output were also evaluated during the chick-rearing period. Finally, the behavioural consequences of a moderate elevation of corticosterone levels during the whole breeding cycle were assessed. On the whole, an increase in corticosterone levels decreased reproductive performances and output. Changes in prolactin or testosterone levels affected incubation duration and egg temperature, suggesting a role for these hormones in the control of the timing of breeding. The results prevented in this PhD highlight the fact that the relationship between endocrine status and reproductive performance is dose-, state-, and context-dependant. Our results illustrate the major role of the hormones considered in our studies in the regulation of reproductive effort. They also underline the importance of considering the interactions of organisms with their environment in studies of animal behaviour and ecophysiology.; L’étude des mécanismes endocriniens est particulièrement intéressante du fait du rôle majeur des hormones dans la régulation des interactions entre la physiologie d’un organisme, son comportement, et les modifications de son environnement. Cette thèse s’est intéressée aux relations entre le statut hormonal, les performances de reproduction et le succès reproducteur d’un oiseau marin longévif, le manchot Adélie Pygoscelis adeliae, dans un contexte environnemental soumis à des changements. Le statut endocrinien de manchots mâles a été manipulé en utilisant des implants dégradables sous-cutanés diffusant l’hormone d’intérêt ou un inhibiteur de sa sécrétion. Les effets d’une modification des niveaux d’hormones sur l’investissement parental pendant l’incubation ont été mesurés à l’aide d’observations directes et d’oeufsfactices enregistrant les paramètres d’incubation. Les niveaux de corticostérone – hormone dite de stress, de prolactine – hormone des soins parentaux, et de testostérone – hormone liée aux comportements sexuels et à l’agressivité, ont été manipulés. Les effets d’une augmentation des niveaux de corticostérone sur les performances et le succès reproducteur pendant la période de l’élevage des poussins ont également été mesurés. Enfin, les conséquences d’une légère élévation des niveaux de corticostérone pendant l’ensemble de la saison de reproduction en termes de comportement et de succès reproducteur ont été examinées. Une augmentation des niveaux de corticostérone a globalement diminué les performances et le succès de reproduction. D’autre part, une modification des niveaux de prolactine ou de testostérone a affecté la durée etles paramètres d’incubation, suggérant une implication de ces deux hormones dans le contrôle de la phénologie de la reproduction. Les résultats présentés dans cette thèse mettent l’accent sur le fait que la relation entre statut endocrinien et performances de reproduction est dose, état et contexte dépendante. Nos résultats illustrent le rôle majeur des hormones étudiées dans la régulation de l’effort reproducteur, et soulignent également l’importance de considérer les interactions entre les organismes et leur environnement.

Organisms face trade-offs between their reproduction, maintenance and survival, from which result adaptative strategies at the energetics, behavioural and ecological levels.This PhD work investigates the reproductive strategies used by leatherback turtles, Dermochelys coriacea, nesting in French Guiana. We investigated maternal characteristics, reproductive output, and the possible links between migration and reproduction in a population of known identity, studied through a unique longitudinal monitoring, based on complementary approaches combining biometry, physiology and molecular biology.First, we found that leatherback turtles are capital breeders, i.e. females’ reproductive output displayed during their nesting season relies on body reserves previously stored during their migration. Second, we suggested that leatherback females adjust the duration of the migration according to the oceanographic conditions they experienced during migration. At a lifetime scale, this may allow females to face the trade-off between current and future reproductions. Finally, our approach highlights the importance to take into account individual characteristics in order to better understand reproductive strategies, and further assess realistic models of population dynamics, particularly when considering emblematic species such as sea turtles., Les organismes font face à des compromis entre leur reproduction, leur maintenance et leur survie, dont découlent des stratégies adaptatives énergétiques, comportementales et écologiques.Ce travail de thèse propose de préciser les stratégies de reproduction chez la tortue luth Dermochelys coriacea nidifiant en Guyane. Nous avons étudié les caractéristiques maternelles, les performances de reproduction et les potentiels liens existants entre la migration et la reproduction chez une population d’individus d’identité connue, suivis grâce à un suivi longitudinal original combinant biométrie, physiologie et biologie moléculaire.Premièrement nous montrons que les tortues luth opèrent comme des reproducteurs sur capital, i.e., leur reproduction repose sur les ressources stockées sous forme de réserves corporelles pendant la migration précédant la saison de ponte. D’autre part, nous suggérons que les femelles ajustent la durée de leur migration en fonction des conditions océanographiques rencontrées pendant la migration. Ceci leur permettrait, à l’échelle de la vie, de répondre au compromis entre la reproduction en cours et les reproductions futures. Enfin, notre démarche souligne l’importance de prendre en compte les caractéristiques individuelles dans la compréhension des stratégies de reproduction, et de manière ultime pour l’établissement de modèles réalistes de la dynamique des populations, notamment dans le cas d’espèces emblématiques telles que les tortues marines.

à venir

The study of coral reef systems that developed during the last deglacial sea-level rise is of major interest for the evaluation of the impact of sea-level and environmental changes on reef growth and architecture. Drill cores obtained on the Tahiti fore-reef slopes, during the IODP Expedition 310, include accurate records of reef growth during the 16-8 ka time window. The objectives of this study were to reconstruct the evolution of the biological composition, growth and architecture of last deglacial reefs from Tahiti and to model their development by coupling sedimentological and mineralogical analyses with dating, imaging and stratigraphic modelling methods. The results obtained provide the opportunity, on one hand, to better constrain the effect of the controlling environmental factors (e.g. sea level, wave energy, sediment fluxes) on reef development and, on the other hand, to reconstruct the development patterns of microbialites (microbial crusts) that locally correspond to the major volumetric component of the reef frameworks., L'étude des enregistrements récifaux de la dernière déglaciation est essentielle pour appréhender l'impact des variations du niveau marin et des conditions environnementales sur la croissance et l'architecture des récifs. Les forages réalisés sur les pentes externes des récifs de Tahiti lors de l'Expédition IODP 310 permettent d'enregistrer la croissance récifale durant la dernière déglaciation (entre 16000 et 8000 ans BP). Les objectifs de cette étude sont de reconstituer l'évolution de la composition biologique, de la croissance et de l'architecture des récifs post-glaciaires de Tahiti et de modéliser leur développement grâce à des analyses sédimentologiques et minéralogiques couplées aux méthodes de datations, d'imagerie et de modélisation stratigraphique. Les résultats obtenus permettent de mieux comprendre l'effet des différents paramètres environnementaux (ex. niveau marin, hydrodynamisme, flux terrigènes) sur la croissance, la morphologie et l'ennoiement de ces récifs. Ils ont aussi permis de reconstituer les paramètres de croissance des microbialithes (croûtes microbiennes) qui forment localement le constituant volumétrique majeur de ces récifs.

The major objectives of this thesis were to study the structure, functioning and dynamics of different faunal assemblages associated with cold seep ecosystems in the eastern Mediterranean Sea. We focused our study on three main sites: the Marmara Sea, the Mediterranean ridge and the Nile deep sea fan. This thesis aims at determining the environmental signature of Mediterranean sites and the characteristics of the associated fauna at European and global scales. The specific objectives were to (1) determine the composition, diversity, density, biomass of invertebrate assemblages, (2) characterize biogeochemical conditions within different microhabitats in the vicinity of organisms, (3) to define the trophic relationships amongst seep fauna using stable isotope analyses (collaboration) and lastly, (4) to compare the spatial distribution and assemblage characteristics at different spatial scales (local, structure-scale, regional). The results show that (1) the Napoli mud volcano is the richest structure in terms of numbers of taxa while the Nile deep-sea fan sites need additional sampling, (2) a high variability is observed both between the different microhabitats but also within a single microhabitat, (3) the methane and oxygen gradients as well as substratum type are the main structuring factors explaining the distribution of the fauna and (4) the characteristics of the microhabitats, rather than the study area, influence the structure of benthic communities associated with Mediterranean cold seeps., Les objectifs principaux de cette thèse sont d’étudier la structure, le fonctionnement et la dynamique de différents assemblages de faune associée aux émissions de fluides froids de Méditerranée orientale. Trois principaux sites ont été étudiés : la mer de Marmara, la ride méditerranéenne et le delta profond du Nil. Cette thèse tente de déterminer la « signature environnementale » des sites méditerranéens et les caractéristiques de la faune qui y est associée dans un contexte de marges européennes et mondiale. Les objectifs spécifiques sont (1) de déterminer la composition, la diversité, la densité et la biomasse des assemblages d'invertébrés ; (2) de caractériser les conditions biogéochimiques au sein des différents microhabitats à proximité des organismes; (3) de caractériser les relations trophiques sur les différents assemblages de faune par une approche isotopique (en collaboration) et finalement, (4) de comparer la distribution spatiale et les caractéristiques des assemblages à différentes échelles spatiales (locale, à l’échelle d’une structure géologique, régionale). Les résultats montrent que : (1) le volcan de boue Napoli est le site le plus riche en taxons alors que les sites du delta du Nil nécessiteraient un échantillonnage plus approfondi ; (2) il existe une grande variabilité entre les microhabitats ainsi qu’au sein d’un même microhabitat ; (3) les gradients en méthane, en oxygène ainsi que la nature du substrat sont les principaux facteurs abiotiques expliquant la distribution de la faune, (4) les caractéristiques des microhabitats, plutôt que la zone d’étude, influencent la structure des communautés benthiques associées aux écosystèmes de fluides froids méditerranéens.

Cherts, which are siliceous rocks, are considered as possible proxies of paleo-environmental conditions of the Early Earth. These rocks contain various forms of quartz, microquartz being the predominant one. The study of oxygen and silicon isotopic composition in the various forms of silica in cherts of different ages, from 3,5 Ga to 1,9 Ga, allowed to better understand the origin and the formation of these rocks and allowed to try to reconstruct paleo-temperatures for Precambrian seawater. Isotopic measurements were obtained with the ims 1270 multicollector ion microprobe with a precision better than 0,2 for [delta]18O and of 0,3 for [delta]30Si. These analyses were combined with the measurement of traces elements concentrations (B, Na, Mg, Al, K, Ca, Ti, Fe) with the ims 3f ion microprobe, with a petrographical study of microquartz and with the study of fluid inclusions in quartz veins. The major result is the existence at a micrometer scale of a large range of variations for [delta]18O (between 1 to 14) and [delta]30Si (between 2 to 5). In the Gunflint cherts, the range of [delta]18O variation has been interpreted as due to diagenesis and has been used to reconstruct oceanic paleo-temperatures. The calculated temperatures range from +37°C to +52°C, suggesting an hot ocean during the Precambrian era if Gunflint cherts are representative of global environmental conditions. The [delta]30Si variations associated with that of trace elements concentrations allow to constrain the various origins of these cherts. The effect of fluid circulations on the isotopic compositions has been characterized by [delta]18O and [delta]30Si analyses and by fluid inclusions study. It is shown that in some cases the [delta]18O value of microquartz can be totally re-equilibrated with the hydrothermal or metamorphic fluids. The approach developed in this thesis will be decisive in future studies of Archean cherts for paleotemperature reconstructions, Les cherts, roches siliceuses, sont souvent considérés comme des marqueurs des conditions environnementales de la Terre primitive. Ces roches sont constituées de quartz sous différentes formes dont le quartz microcristallin ou microquartz est la forme majoritaire. Le but de cette thèse est d'étudier à l'échelle micrométrique les compositions isotopiques de l'oxygène et du silicium des différentes formes de silice dans des cherts d'âges variés, allant de 3,5 à 1,9 Ga afin de mieux comprendre l'origine et le mode de formation de ces roches et d'essayer d'améliorer les reconstructions des températures océaniques du Précambrien. Les mesures isotopiques, réalisées à la sonde ionique ims 1270, ont une précision meilleure que 0,2 pour le [delta]18O et de l'ordre de 0,3 pour le [delta]30Si. Ces analyses isotopiques ont été combinées avec l'analyse des éléments traces (B, Na, Mg, Al, K, Ca, Ti, Fe) avec la sonde ionique 3f, avec une étude pétrographique détaillée du microquartz et avec l'analyse des inclusions fluides des veines de quartz. Le résultat principal est la mise en évidence de grandes gammes de variation du [delta]18O (entre 1 et 14) et du [delta]30Si (entre 2 et 5 ) à l'échelle micrométrique dans le microquartz. La gamme de variation du [delta]18O a pu être interprétée dans les échantillons datés de 1,9 Ga comme témoignant de l'histoire diagenètique de ces roches. Cette gamme permet, en corrigeant de l'effet de la diagenèse, de reconstruire des températures océaniques à 1,9 Ga entre 37 et 52°C, ce qui laisse suggérer un océan assez chaud au Précambrien si ces échantillons sont représentatifs de conditions globales. Dans le cas des échantillons datés à 3,5 Ga, les variations de [delta]30Si et de concentrations en éléments traces apportent des informations sur les origines variées des cherts. Enfin, l'effet des circulations fluides sur les compositions isotopiques du microquartz a été caractérisé par l'analyse isotopique du [delta]18O et du [delta]30Si et par l'étude des inclusions fluides. Il est démontré que dans certains cas le [delta]18O du microquartz peut être entièrement rééquilibré avec les fluides hydrothermaux ou métamorphiques. L'approche développée dans cette thèse devra dans le futur être appliquée systématiquement à l'étude des cherts aux fins de reconstructions paléo-environnemantales

L'algue rouge, Gracilaria verrucosa, a été cultivée, durant le printemps 2009, en mode suspendu à différents emplacements et profondeurs représentant les différences biogéochimiques de la lagune de Bizerte au Nord de la Tunisie. La concentration et la distribution des nutriments (ammonium, phosphate) dans l'eau, ainsi que la salinité, la température, l’oxygène et la transparence de l’eau ont été déterminées. Les méthodes analytiques internationales standardisées ont été appliquées. Les effets du mode de culture, de l’emplacement et de la profondeur sur les rendements en poids, protéines, R-Phycoérythrine et sucres totaux de l’algue ont été étudiés. La croissance de Gracilaria a été similaire dans les différents sites mais plus lente dans les profondeurs supérieures à 1 m en raison d’une moindre intensité lumineuse. L’espèce étudiée contient des teneurs élevées en protéines (20-30%) et en R-phycoérythrine (50-85mg/g matière fraîche) et une faible teneur de carbohydrates (30%-35%). Les teneurs en protéines et R-phycoérythrine corroborent le potentiel d’utilisation de cette algue, pour l’extraction de molécules à haute valeur ajoutée et le développement d’activités innovantes. تم استزراع الطحلب الأحمر غراسيلاريا بطريقة التّدلي وذلك بعدّة مواقع وأعماق يمثلون الاختلافات البيوجيوكيمائية لبحيرة بنزرت خلال ربيع سنة 2009. تم تحديد التركيز وتوزيع المغذيات (الآزوت و الفسفور) من جهة وتحديد درجة الملوحة والحرارة ونسبة الأكسيجين الذائب بالماء وصفاء الماء من جهة أخرى، وذلك باستعمال الطّرق التحليلية الموحّدة دوليّا. خلال هذه الدراسة تم تحديد نمو الطحلب وكمية البروتينات والسكريات وصبغ .R-phycoérythrineيمكن أن نستخلص من خلال هذه الدّراسة أن نموّ طحلب الغراسيلاريا مماثل في كل المواقع. كما أن هذا النموّ في الأعماق التي لا تتجاوز المتر عن سطح الماء أقل من النموّ في الأعماق التي تتجاوز المتر وذلك لمحدودية كميّة الضوء. وكما بيّنت هذه الدّراسة أنهذا الطحلب يحتوي على نسب عالية من البروتينات (20- 30%) وصبغ R-phycoérythrine (50 – 80 مغ/غ مادّة رطبة) ونسبة منخفضة من السكريات (30 – 35 %). إنّ نسبة البروتينيات والصبغ المتحصّل عليها تجعل من طحلب الغراسيلاريا مادة خام لاستخلاص صبغ R-phycoérythrine ذات القيمة المضافة العالية. The red alga, Gracilaria verrucosa, was grown using suspended modes at different depths and sites representing the biogeochemical differences of the Bizerte lagoon in the North of Tunisia during a spring 2009. The concentration and distribution of nutrients (ammonium, phosphate) in water, as well as the salinity, temperature and dissolved oxygen were determined. During this period some parameters as growth, concentrations of proteins, carbohydrates and pigments yield were investigated in order to evaluate the influence of the culture mode, site and depth on Gracilaria production. Internationally standardized analytical methods were applied in order to reach these objectives. Similar growth was observed in the lagoon. Gracilaria grew slower at a depths superior to 1.0 m. The major limiting factor of algae growth was found to be the light intensity. The results indicated that Gracilaria verrucosa showed a high range of protein (20%-30%), R-phycoerythrin contents (50-85mg/g weigh matter ) and a low content in carbohydrate (30%-35%).The proteins and R-phycoerythrin contents corroborate the potential use of the studied algae, which constitute useful raw material for the development of R-phycoerythrin extraction activity. Published Gracilaria verrucosa

Ce travail consiste à tester l’acclimatation d’une espèce thermophile, le tilapia du Nil Oreochromis niloticus dans la retenue du barrage Lebna (Cap Bon), moyennant un système extensif de grossissement. Les résultats montrent que le tilapia introduit directement en pleine retenue a pu se maintenir et supporter les mauvaises conditions hivernales en adoptant une stratégie d’hibernation. Par ailleurs, avec le retour des conditions favorables (T>20°C), ce Cichlidé a montré une bonne condition, une meilleure croissance qu’en élevage dans les bassins et cette fraction de population a pu proliférer. This work aims to test the acclimatization of a thermophile species, the Nile tilapia Oreochromis niloticus in Lebna reservoir (Cap Bon) with an extensive on-growing system. The results showed that the fishes introduced directly in open waters have been maintained and avoided the bad winter conditions, by adopting a strategy of hibernation. When the favorable conditions returned back (T>20°C), the fish showed good condition and better growth, than that recorded in rearing conditions. Also its natural reproduction was observed in the reservoir. تهتمّ هذه الدّراسة باختبار تأقلم سمك البلطي النّيلي Oreochromis niloticus في بحيرة سدّ لبنى (الوطن القبلي) ذات درجات الحرارة المنخفضة في فصل الشّتاء، و ذلك باعتماد نظام التّسمين الغير مكثّف. بيّنت النتائج أنّ مجموعة سمك البلطي التي وقع استزراعها مباشرة وسط البحيرة قد تمكنت من تجنب الظروف البيئية الشتوية الصعبة باعتمادها إستراتيجية السبات. لذا تمكنت من العيش وأظهرت مؤشّرات نمو جيدة إثر تحسن الأحوال البيئية (T>20°C) مع تحقيق تكاثرها بصفة طبيعية. Published Oreochromis niloticus

La saline de Sfax constitue le meilleur site pour l’exploitation et la production d’Artemia en Tunisie. La production de cystes est exploitée chaque année pour être utilisée dans l’alimentation des larves de poissons. Cette production est estimée à 30 kg de cystes poids sec. Toutefois, lors de nos campagnes de récolte, nous avons enregistré de grandes pertes de cystes occasionnées par les vents emportant les cystes qui seront mélangés avec le sable. Afin de minimiser les pertes et optimiser la production naturelle de la saline, nous avons jugé utile, d’installer des barrages dans les coins des bassins à Artemia pour s’opposer à l’action du vent. Par ailleurs, nous avons fait un suivi mensuel de l’abondance des cystes récoltés et de quelques paramètres physico-chimiques influençant directement la production des cystes dans les salines. Les résultats obtenus ont montré qu’une exploitation optimisée à l’aide des barrages installés dans les coins des bassins les plus productifs nous a permis de doubler la production de la saline en passant de 30 kg à 60,3 kg de cystes poids sec par an. Les conditions hydrologiques ont été définies par une température de l’eau de l’ordre de 30°C, une salinité comprise entre 150 et 200 ‰ et une concentration en oxygène comprise entre 1 et 2 mg/l favorisent la production des cystes par les femelles d’Artemia. The salt work of Sfax constitutes the best site for exploitation and production of Artemia in Tunisia. Cysts are yearly exploited and used to feed fish larvae. Density was estimated about 30 kg (dry weight). However, we have recorded high biomass of cysts which were lost by the wind action. That’s why we have decided to make some gates in the basins corners in the opposite direction of the wind to optimize the natural salt cyst production. In addition, we carried monthly on sampling Artemia cysts in relation with some physical and chemical parameters as considered essential in cyst production in salt works. Results showed that the optimized production obtained with installed barriers in the corners of the most productive basins allowed about to double Artemia production of the salt work from 30 kg to 60.3 kg per year. Water temperature 30 °C, a salinity ranged between 150 and 200 ‰ and a dissolved oxygen rate ranged between 1 and 2 mg/l are favourable conditions for inducing cyst production by Artemia females. تمثل ملاحة صفاقس أفضل موقع لاستغلال وإنتاج الأرتيميا في تونس. وفي كل عام يتم استغلال كميات من كيسات البيض واستعمالها لتغذية يرقات الأسماك، وتقدر هذه الكمية بحوالي 30 كغ ( وزن جاف). بيد أننا لاحظنا خلال مواسم الجمع أن هناك خسائر هامة من كيسات البيض ويرجع سبب ذلك لهبوب الرياح التي تحملها وتمزجها مع الرمل. ولهذا رأينا من المستحسن إقامة سدود في زوايا الملاحة حتى نقلل من الخسائر وبالتالي نحسن من إنتاجها. وقد قمنا من ناحية أخرى بمتابعة شهرية لكميات كيسات البيض المستغلة وبعض العوامل الفيزيا- كيميائية والتي تعتبر مفاتيح لإنتاج كيسات البيض في الملاحات. وقد بينت النتائج المتحصل عليها أن الإنتاج بواسطة السدود المقامة في الأحواض الأكثر إنتاجية قد تضاعف مرتين بحيث أصبحت الكمية تقدر بـ 60.3 كغ في السنة ( وزن جاف) بعد أن كانت 30 كغ. و قد تبين أيضا أن درجة الحرارة بحوالي 30 درجة مائوية وملوحة بين 150 و 200 غ/كغ ونسبة تركيز أكسيجين تتراوح بين 1 و 2 مغ/ل تمكن من زيادة إنتاج إناث الأرتيميا من كيسات البيض. Published

Le potentiel de grossissement de la palourde Ruditapes decussatus (L. 1758), élevée dans des poches de filet de 1 m2 de surface, a été évalué sur l’estran de Zarat (golfe de Gabès) pour la période de juillet 2006 à novembre 2007. Dans une première expérience, trois niveaux de la marée, représentant des chenaux de drainage de l’eau, existants entre la ligne de marée haute et celle de marée basse, ont été comparés sur une durée de 16 mois. Chacun des niveaux a été représenté par un triplicata de sacs de 150 individus. Dans une seconde expérience, trois densités de mise en charge différentes ont été comparées sur une durée de 17 mois. Pour cela, deux sacs de 100 individus chacun et deux autres de 200 individus chacun ont été alignés à l’expérience précédente, dans le niveau adjacent de la ligne de marée haute. A partir d’une population naturelle de juvéniles, initialement calibrée et caractérisée par une longueur antéro-postérieure moyenne de 28,4 ± 0,1 mm et de poids moyen frais de 4,71 ± 0,01g, les meilleures croissances en longueur de 36,85 ± 0,5 mm et en poids de 10,57 ± 0,5 g ont été enregistrées respectivement pour les densités 100 et 200 individus / m2. Toutefois, aucune différence significative de croissance (P > 0,05) n’a été détectée aussi bien pour les différents niveaux de la marrée que pour les différentes densités testées. Par ailleurs, une bonne croissance a été enregistrée durant la première année de l’élevage durant laquelle des taux de croissance maximums ont été observés au printemps. La fin de cette phase est marquée par l’atteinte de la taille réglementaire d’exploitation de la palourde (35 mm). Au-delà de cette période, une phase d’arrêt de croissance a été observée jusqu’à la fin des expériences. Les résultats de cette étude ont montré la possibilité d’élever la palourde Ruditapes decussatus dans les chenaux de drainage de l’eau sur l’estran de Zarat. Les endroits où la pratique de la collecte est inhabituelle, en raison de la faible densité naturelle, offrent un potentiel d’élevage important et ceci avec une mise en charge d’élevage de 200 individus / m2. Ainsi la quantité récupérée après l’opération du tri de la pêche et dont la taille est inférieure au seuil autorisé pour l’exploitation peut être valorisée à ces endroits. The growth potential of clam Ruditapes decussatus (L. 1758), grown in 1 m2 mesh bags on the Zarat Estuary (Gulf of Gabès) was assessed from July 2006 to November 2007 In the first experience, three intertidal levels were compared during 16 months. Each level was represented by a triplicate of bags containing 150 individuals. In a second experience, three different densities were compared during 17 months. Hence, two bags of 100 individuals each and two other ones of 200 individuals each were aligned to the first experience on the level in the adjacent line of high tide. From an initial calibrated clam population characterized by a 28,4 ± 0,1 mm shell length and 4,71 ± 0,01g total wet weight, the best growth in length of 36,85 ± 0,5 mm and wet weight of 10,57 ± 0,5 g were recorded for the densities of 100 and 200 individuals / m2, respectively. However, no significant (P> 0.05) effect of the different intertidal levels as well as of different tested densities on growth was detected at the end of the experiments. A significant growth occurred during the first year in all areas during which highest growth rates were observed in spring (April - May). At the end of this phase, clams reached the authorized exploited size (35mm). After this period, a phase of stopping growth was observed until the end of the experiments. The results of this study showed the possibility of the clam Ruditapes decussatus culture in the Zarat estuary. Otherwise, areas not focalized by fishing offer an important potential for culture. Samples reared at different densities suggested that R. decussatus could be cultivated at 200 individual / m2. Thus the quantity recovered from the sort of fishing and whose size is lower than the authorized exploitation could be improved. وقع تقييم إمكانية تربية القفالة Ruditapes decussatus (L., 1758) في أكياس ذات مساحة 1م2 بمنطقة المد والجزر بالزارات (خليج قابس) بداية من جويلية 2006 إلي نوفمبر7 200. في دراسة أولى، وعلى مدى 16 شهر، تمت مقارنة 3 مستويات متمثلة في سواقي صرف المياه المتواجدة بين خطّي المد الأعلى والأسفل. تم وضع 3 أكياس في كل موقع، يعد كل واحد منها 150 صدفة. وفي تجربة ثانية، وبالتوازي مع الأولى، وقعت في الساقية المتواجدة تحت خط المد الأعلى مقارنة ثلاثة كثافات مختلفة على مدى 17 شهر. وذلك بإضافة كيسين يحتوي كل واحد منهما على 100 صدفة واثنين آخرين على 200 لكل كيس. انطلاقا من مجموعة متماثلة حيث معدل طول الصدفة 28,4 ± 0,1 مم ومعدل وزن 4,7 ± 0,01غ تحصلنا بعد النمو على أقصى معدل طول 36,85 ±0,5 مم و أقصي معدل وزن 10,57 ± 0,5 غ على التوالي بالكثافات 100 صدفة / م2 و200 صدفة / م2. لكن لم نسجل تفاوتا ملحوظا قي معدلات الطول والوزن بين المستويات وكذلك بين الكثافات. من ناحية أخرى كان النمو واضحا خلال السنة الأولى من التجربة حيث سجلنا أعلى نسب في الربيع. وتميزت نهاية هذه المرحلة ببلوغ طول الصدفة للحجم المحدد للاستغلال (35 مم). بينما سجلنا بعد ذلك فترة توقف النمو إلي نهاية التجارب. هكذا بينت نتائج هذه الدراسة إمكانية تربية القفالة Ruditapes decussatusفي مجاري صرف المياه بمنطقة المد والجزر بالزارات. وبالتالي تعتبر السواقي الغير المعنية بالصيد، لضعف الكثافة فيها، مواقع هامة للتربية في كثافة 200 صدفة / م2. كذلك يمكن تثمين كمية القفالة المسترجعة من عملية فرز المحصول والتي لم يصل حجمها الطول المحدد للاستغلال. Published Ruditapes decussatus

Les données du Réseau National de Surveillance Phytoplanctonique ont été examinées dans le golfe de Gabes durant la période 1995-2005. Un intérêt particulier a été attribué au phénomène de bloom phytoplanctonique. En outre, nous avons examiné plus spécifiquement les variations spatio-temporelles des espèces responsables et les relations avec la variabilité des conditions abiotiques, essentiellement la température, la salinité et le pH. Les résultats ont montré que la période allant d’août à janvier, avec des pics en septembre et janvier, semble être propice à des efflorescences algales. Les dinoflagellés sont responsables de 89% des cas ; l’espèce Karenia selliformis détient à elle seule 64% des occurrences de ce phénomène. Les blooms de K. selliformis, bien que relativement fréquents dans des zones spécifiques, ne montrent pas de différence de concentrations significative selon les zones d’échantillonnage. Ceci nous amène à suggérer que les blooms de cette espèce auraient plusieurs foyers. Cette espèce fluctue aussi indépendamment des années et des mois, mais elle montre une nette exigence pour des salinités supérieures à 42 g/l. Ce paramètre pourrait être utilisé comme marqueur pour prévoir l’apparition de K. selliformis dans le golfe de Gabes, à l’encontre des autres espèces qui ne présentent pas de spécificité pour aucun facteur abiotique. المراقبة : بدأ برنامج مراقبة الطّحالب المجهريّة السّامة في مناطق إنتاج القوقعيات في خليج قابس في مارس 1995. من أهداف هذه المُراقبة إحصاء هذه الكائنّات وتصنيفها وتحديد الوضعيّات البيولوجيّة الخاصّة بها مثل التكيّس، التكاثر والتسمّم. مكنّتنا عشر سنوات من المُراقبة من الحصول على بنك من المعلومات يحتوي كلّ تلك الملاحظات إضافة إلى بعض العوامل البيئيّة. قمنا في هذه الدراسة بفحص التنوع المكاني والزماني للأنواع المسؤولة على التكاثر و مدى تفاعلها مع العوامل البيئية وخاصة درجة الحرارة والملوحة ودرجة الحموضة. أظهرت هذه النتائج أن الطحالب تتكاثر في الفترة المتراوحة من أوت إلى جانفي و أن فصيلة الدينوفلاجلي مسؤولة عن 89 ٪ من مجموع حالات التكاثر بحيث تملك نوعية Karenia selliformis وحدها 64 ٪ من حدوث هذه الظاهرة. و تظهر selliformis Karenia في كل مناطق أخذ العينات و ذلك بنسب متفاوتة من جهة إلى اخرى. هذا التكاثر يتغير أيضا حسب الأشهر و السنوات كما يتأثر أيضا بدرجة الملوحة التي تفوق 42 ‰. هذا العامل يمكن أن يستخدم كعلامة للتنبؤ بتكاثر Karenia selliformis في خليج قابس ، بعكس الأنواع الأخرى التي ليست لها أي خصوصية لأي عامل البيئي. The data of the National Phytoplankton Monitoring Program are examined in the Gulf of Gabes during the period 1995-2005. A particular interest is assigned to the blooms events. We particularly examine the spatial and temporal variations of the responsible species and the relationships with the variability of temperature, salinity and pH. The results show that the period from August to January, with peaks in September and January, seems to be favourable to algal blooms. The dinoflagellates are responsible of 89% of the recorded blooms with the species Karenia selliformis representing 64% of the occurrences. Blooms of K. selliformis, although relatively frequent in a specific zone, their concentrations do not show statistically significant variations among sampled zones. This leads to suggest that blooms of this species would be initiated in different zones in the Gulf of Gabes. K. selliformis fluctuates also independently of years and months, but it shows a specific requirement for salinity (higher than 42 g/l). This parameter can be used as a marker to predict the appearance of K. selliformis in the Gulf of Gabes. The others phytoplankton species do not have any specific requirements for the studied abiotic variables. Published

Les données du Réseau National de Surveillance Phytoplanctonique ont été examinées dans le golfe de Gabes durant la période 1995-2005. Un intérêt particulier a été attribué au phénomène de bloom phytoplanctonique. En outre, nous avons examiné plus spécifiquement les variations spatio-temporelles des espèces responsables et les relations avec la variabilité des conditions abiotiques, essentiellement la température, la salinité et le pH. Les résultats ont montré que la période allant d’août à janvier, avec des pics en septembre et janvier, semble être propice à des efflorescences algales. Les dinoflagellés sont responsables de 89% des cas ; l’espèce Karenia selliformis détient à elle seule 64% des occurrences de ce phénomène. Les blooms de K. selliformis, bien que relativement fréquents dans des zones spécifiques, ne montrent pas de différence de concentrations significative selon les zones d’échantillonnage. Ceci nous amène à suggérer que les blooms de cette espèce auraient plusieurs foyers. Cette espèce fluctue aussi indépendamment des années et des mois, mais elle montre une nette exigence pour des salinités supérieures à 42 g/l. Ce paramètre pourrait être utilisé comme marqueur pour prévoir l’apparition de K. selliformis dans le golfe de Gabes, à l’encontre des autres espèces qui ne présentent pas de spécificité pour aucun facteur abiotique. بدأ برنامج مراقبة الطّحالب المجهريّة السّامة في مناطق إنتاج القوقعيات في خليج قابس في مارس 1995. من أهداف هذه المُراقبة إحصاء هذه الكائنّات وتصنيفها وتحديد الوضعيّات البيولوجيّة الخاصّة بها مثل التكيّس، التكاثر والتسمّم. مكنّتنا عشر سنوات من المُراقبة من الحصول على بنك من المعلومات يحتوي كلّ تلك الملاحظات إضافة إلى بعض العوامل البيئيّة. قمنا في هذه الدراسة بفحص التنوع المكاني والزماني للأنواع المسؤولة على التكاثر و مدى تفاعلها مع العوامل البيئية وخاصة درجة الحرارة والملوحة ودرجة الحموضة. أظهرت هذه النتائج أن الطحالب تتكاثر في الفترة المتراوحة من أوت إلى جانفي و أن فصيلة الدينوفلاجلي مسؤولة عن 89 ٪ من مجموع حالات التكاثر بحيث تملك نوعية Karenia selliformis وحدها 64 ٪ من حدوث هذه الظاهرة. و تظهر selliformis Karenia في كل مناطق أخذ العينات و ذلك بنسب متفاوتة من جهة إلى اخرى. هذا التكاثر يتغير أيضا حسب الأشهر و السنوات كما يتأثر أيضا بدرجة الملوحة التي تفوق 42 ‰. هذا العامل يمكن أن يستخدم كعلامة للتنبؤ بتكاثر Karenia selliformis في خليج قابس ، بعكس الأنواع الأخرى التي ليست لها أي خصوصية لأي عامل البيئي. The data of the National Phytoplankton Monitoring Program are examined in the Gulf of Gabes during the period 1995-2005. A particular interest is assigned to the blooms events. We particularly examine the spatial and temporal variations of the responsible species and the relationships with the variability of temperature, salinity and pH. The results show that the period from August to January, with peaks in September and January, seems to be favourable to algal blooms. The dinoflagellates are responsible of 89% of the recorded blooms with the species Karenia selliformis representing 64% of the occurrences. Blooms of K. selliformis, although relatively frequent in a specific zone, their concentrations do not show statistically significant variations among sampled zones. This leads to suggest that blooms of this species would be initiated in different zones in the Gulf of Gabes. K. selliformis fluctuates also independently of years and months, but it shows a specific requirement for salinity (higher than 42 g/l). This parameter can be used as a marker to predict the appearance of K. selliformis in the Gulf of Gabes. The others phytoplankton species do not have any specific requirements for the studied abiotic variables. Published

Cinquième groupe de travail IMROP/FAO Le cinquième groupe de travail destiné à l’évaluation des stocks et l’aménagement des pêcheries de la zone économique exclusive mauritanienne s’est réuni à l’Institut Mauritanien de Recherches Océanographiques et des Pêches (IMROP) du 9 au 17 décembre 2002. Les objectifs de ce groupe de travail étaient d’actualiser les résultats des groupes de travail précédents, en utilisant les nouvelles informations disponibles ; d’établir un diagnostic des différents stocks et pêcheries afin de définir les potentiels de capture ainsi que les caractéristiques de l’effort permissible et d’évaluer l’impact des mesures d’aménagement actuellement en vigueur et identifier les perspectives à venir. Les résultats obtenus ont contribué à la formulation de recommandations visant, tout d’abord la mise en place de plans d’aménagement cohérents, et ensuite à définir les impératifs de recherche de l’IMROP. FAO Published Environnement marin, Evaluation des stocks, Poissons démersaux, Poissons pélagiques, Céphalopodes, Crustacés, Pêche industrielle, Pêche artisanale, Aspects socio-économiques, Aménagement des Pêcheries

An analysis of small mammal remains from the modern channel alluvium of the Dnieper River is presented. The taphocoenosis (death assemblage) is mixed, i.e. it contains remains of different geological age. Micromammahan analysis has accordingly been undertaken separately for the different age groups. The relative ages of these groups have been estimated on the basis of the degree of bone fossilisation observed. Three stages of fossilisation were distinguished If, IIf and IIIf in order of increasing degree of fossilisation.The relative ages of the differently fossilised groups have been further confirmed by morphometrical and morphotypical data Using the evolutionary level of the voles present within the samples, their geological ages have been established as Eemian and Early Weichsehan (Illf), Middle and Late Weichsehan (Ilf) and Holocene (If). The sedimentary body in which the remains are contained (the channel alluvium of the Dnieper river modern floodplain) is known to have been formed during the Holocene. However, the main part of matenal is attributable to the Late Pleistocene (IIIlf and IIf), suggesting reworking from the older deposits of the Second and First terraces above the modern floodplain. This formation process is probably typical for the majority of mixed alluvial taphocoenoses In these assemblages, even if only a few remains are of advanced morphology and seem to be of younger geological age and most of the remains are of archaic aspect, it is the age of the youngest elements of the mixed fauna that reflect the age of the alluvium whereas the more archaic (older) remains should be considered as redeposited. The taphocoenosis under investigation turned out to be especially suitable matenal for the study of morphotypical variability because of the abundance of voles remains. Analysis of water vole remains from the Dnieper modern alluvium and of Holocene Arvicola terrestris from different climatic zones of Eastern Europe has shown that the morphotypical composition of species populations can fluctuate according to different environmental conditions. This phenomenon can lead to biostratigraphical misinterpretations of morphotypical data if the significant periodical climatic changes that occurred during the Pleistocene are not taken properly into account., Cet article présente une étude des restes des petits mammifères des alluvions du lit fluvial actuel du Dniepr. L'obtention d'une information pertinente à partir de cette taphocénose mixte est rendue possible grâce à l'existence d'une relation entre le degré de fossilisation des os et leur âge géologique relatif. II existe ainsi trois stades de fossilisation selon l'âge géologique des restes. Les âges des groupes de fossiles déterminés sur la base des indices du niveau d'évolution des Arvicolidés sont rapportés à l'Eémien et au Weichselien ancien, au Weichselien moyen et récent et à l'Holocène. Quoique les fossiles holocènes soient les plus proches de la période de formation des alluvions, les fossiles les plus anciens (première moitié du Pléistocène supérieur) dominent dans la structure de cette taphocénose. Il est évident qu'ils ont été redéposés dans l'actuelle plaine d'inondation à partir de terrasses du Pléistocène récent (Ie, IIe, et peut-être IIIe). Cela permet d'espérer trouver de petits mammifères dans les dépôts de ces terrasses qui jusqu'à présent n'ont pratiquement pas fourni de caractérisation microthériologique. II est à supposer que la composition des associations et les mécanismes de leur formation sont communs à la plupart des taphocénoses mixtes. Ainsi dans leur étude il faut attacher une grande attention à la partie la plus jeune de l'ensemble général des fossiles, la plus avancée du point de vue d'évolution. C'est elle qui sera synchrone au moment de la formation de la séquence alluviale , les fossiles plus anciens seront considérés comme redéposés même s'ils dominent quantitativement. En outre, l'analyse morphotypique des fossiles de Arvicola terrestris de la taphocénose des alluvions actuelles du Dniepr et l'étude des Arvicola récents des diverses zones climatiques de l'Europe orientale démontrent la possibilité de certaines fluctuations des indices du niveau d'évolution chez les Arvicolidae sous l'influence des changements de l'environnement. Ce phénomène doit ainsi influer sérieusement sur la précision de la date des sédiments, sur la base des indices du niveau d'évolution des Arvicolidae., Popova L.V. The micromammal fauna of the Dnieper modern channel alluvium: taphonomic and biostratigraphic implications [ La faune des petits mammifères des alluvions du lit fluvial actuel du Dniepr : implications taphonomiques et biostratigraphiques.]. In: Quaternaire, vol. 15, n°1-2, 2004. Fluvial Archives Group. Clermond-Ferrant 2002. pp. 233-242.

Four seasonal compaigns providing a sampling of 15 stations each followed during half a tide cycle, i.e. 120 water samples permit the definition of the main hydrobiological features of Marennes-Oleron Bay: salinity and turbidity, phytoplanktonic biomasses, ATP concentrations. The authors suggest that a new way of adapted sampling to their objectives, will work out in the future by sampling during tidal cycles but as frequently as possible., Les grandes caractéristiques hydrobiologiques du bassin de Marennes-Oléron sont définies par quatre campagnes saisonnières de 120 prélèvements chacune effectuée-, en 15 stations en demi-cycle de marée. Les salinités y fluctuent de 10 '/rr. et ce secteur peut donc être assimilé à un vaste estuaire contrôlé principalement par les apports fluviaux de la Charente. La turbidité reste élevée souvent supérieure à 100 mg.I"', les teneurs en oxygène dissous montrent un déficit en amont de la Charente et de la Seudre de 4 mg.L1 tandis que les sels nutritifs sont apportés par la Charente pour les nitrates, phosphates et silicates. Ces derniers suivent les courbes de dilution théorique excepté lors des poussées phytoplanctoniques et lors des crues hivernales. Lors de ces crues, les nitrates semblent soit apportés par la Gironde, soit dus à une minéralisation organique. Au même moment, les phosphates pourraient être absorbés sur les particules et être piégés dans les sédiments. Les biomasses phytoplanctoniques exprimées par les teneurs en chlorophylle a sont supésieures à 30 f^-g.1 ' en amont des estuaires au printemps avec des teneurs en phéopigmenls pouvants dépasser 200 IUJ.1 . par contre, dans le bassin, les teneurs ne dépassent guère 10 fig.l ''. Les concentrations en ATP montrent que peu de phytoplancton est physiologiquement actif en particulier dans les estuaires, tandis que les dosages de protéines permettent de quantifier la part des apports allochtone - par rapport à la production autochtone des estuaires. Line analyse factorielle des correspondances définit le schéma général hydrobiologique du bassin estuarien en précisant que 'e rôle de la Charente ne se limite pas à l'apport en sels minéraux azotés et phosphatés, mais aussi à l'apport d'une biomasse phytoplanctonique d'eau douce en voie de dégénérescence. Les auteurs proposent qu'une nouvelle stratégie d'échantillonnage, mieux adaptée aux objectifs recherchés, soit suivie ultérieurement en assurant des prélèvements en cycle de marée mais avec une périodicité la plus élevée possible.

Ce document édité par Erwan Josse, est le rapport d'un Groupe de travail organisé par le CNROP en collaboration avec l'AtlantNIRO, la CEAMP, LE CRODT,l'IFREMER, l'Institut Océanographique de Monaco,l'ISPM,l'ISSTH et l'Université de Washington CNROP, FAO, ORSTOM Published Description, Aménagement, Evaluation, Ressources halieutiques

In vitro nitrate reduction in hydrocarbon-polluted marine sediments has been studied by flow-through system. By analysing the rate of nitrate comsumption as a function of nitrate concentration the authors determined the Michaelis-Menten kinetics parameters. (km = 330 mu M; vax = 2.0 mu M/g super(-1)/h super(-1). The authors found a value of 60 mu M/m super(-2)/h super(-1) for the rate of in vitro nitrate consumption derived from the above kinetic parameters and from the nitrate concentration in the sediment. In parallel a value of 67.4 mu M/m super(-2)/h super(-1) was found for the rate of nitrate consumption under in situ conditions. The great similarity between both results would favor the in vitro technique as a valid and more convenient one., La réduction du nitrate dans un sédiment marin pollué parles hydrocarbures a été étudiée m vitro par un système à flux continu. L'évolution de l'activité en fonction des concentrations variables en nitrate a permis d'établir les constantes cinétiques Km (330 /JM) et v m a x (2,0 //M. g-1, h"1) pour ce type de sédiment. Parallèlement, des mesures ont été entreprises dans le milieu naturel. Les vitesses de réduction du nitrate à partir des paramètres cinétiques déterminés in vitro et celles établies in situ sont respectivement égales à 60//M. m"2, h-1 et 67,4/jM. m"2, h-1. La correlation qui existe entre ces valeurs démontre la validité de la technique mise en oeuvre au laboratoire.

Josse E. et Garcia S. sont les éditeurs scientifiques de ce rapport projet CP/RAF/215/USA Assistance au projet COPACE Published