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Dans les espèces d’élevage, les programmes de sélection sont de plus en plus performants, et l’essor de nouveaux outils tels que l’utilisation de données de génotypages pour réaliser la sélection génomique est de nature à accélérer nettement l’évolution de ces populations. Or, il est indispensable de préserver la variabilité génétique de ces populations, d’une part parce que le progrès génétique y est corrélé, et d’autre part parce que l’augmentation brutale de la consanguinité dans les populations peut les impacter très défavorablement. Il est donc nécessaire d’assurer un suivi régulier de la variabilité génétique, pour garantir la durabilité des choix de sélection de demain, et ce aussi bien pour les populations à faible effectif que celles en sélection. Pour cela, deux types de données permettent le calcul d’indicateurs de variabilité génétique : les généalogies et les données de génotypages. Ces indicateurs permettent, par exemple, d’évaluer l’impact d’un ancêtre majeur sur la population actuelle. L’objectif du projet VARUME (VAriabilité génétique des RUMinants et des Equidés) est la mise en place d’un observatoire de la variabilité génétique des ruminants et équidés, afin de produire de façon régulière des indicateurs permettant d’apprécier la « santé génétique » des races, sur des bases communes reconnues par l’ensemble des gestionnaires., Selection programs in livestock species are becoming more and more efficient. New tools, such as molecular data used for genomic selection is accelerating how livestock breeds are evolving. Yet it is necessary to preserve the breeds’ genetic variability firstly because genetic progress is correlated to it, and any sudden increase of the inbreeding level can impact these populations in a negative way. Therefore it is necessary to regularly assess the genetic variability of both rare breeds and selected breeds in order to maintain their sustainability. Two types of data make it possible to calculate genetic variability indicators: pedigrees and genotyped data. For instance, thanks to these indicators, we can evaluate the impact of a major ancestor on the current population. The main goal of the VARUME project was to set up a genetic variability observatory for ruminant and equid breeds, in order to provide, on a regular basis, indicators that can assess the “genetic health” of the breeds, and that are agreed on by all the breed managers.

National audience

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L'échantillon génotypé comporte 910 chevaux dont 71% de Selle Français, 13% d' Anglo-Arabe et 16% de selle étranger. Les pères de 37% des chevaux sont génotypés. La moyenne des indices génétiques pour le CSO est 10.9 et l'écart type est 10.2. Sur les 54602 SNP (Single Nucleotide Polymorphism) initiaux, 44444 sont conservés selon des normes de qualité. Pour calculer les valeurs génomiques (à partir des SNP) et génétiques (à partir des parentés généalogiques), un modèle équivalent basé sur une pseudo-performance qui regroupe la performance propre et les performances des produits non génotypés corrigées pour les effets environnementaux est utilisé. L'échantillon est divisé en un échantillon d'apprentissage, pour estimer les effets des SNP et les valeurs génétiques classiques, et un échantillon de validation, pour calculer les valeurs génomiques et génétiques à partir de ces estimations sans inclure les performances. Un test préliminaire sur un échantillon de validation de 200 chevaux montre que les corrélations entre les deux types d'estimations et la performance équivalente sont proches mais en faveur de l'évaluation génomique (0.46 contre 0.44). D'autres analyses permettront de conclure.

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