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Les estimations des densités de grands singes dans la nature ne sont généralement possibles que par des méthodes indirectes. Une des méthodes les plus courantes consiste à estimer les densités des nids qui sont ensuite converties en densités d'individus. Cette conversion entre densité des nids et nombre d’individus nécessite deux paramètres : le taux de création et le taux de dégradation des nids. Le taux de création des nids est le nombre de nids créés par un individu de l’espèce étudiée par jour; il est caractéristique de l'espèce et varie avec les saisons. Le taux de dégradation de nids est le nombre total de jours qu'un nid d’une espèce peut être visible dans la nature. Il s’agit donc de la « durée de vie » des nids. Ce taux diffère non seulement entre espèces mais aussi entre saisons et surtout entre sites, selon le type de construction, le type d’habitat et l’espèce d’arbre support. Son estimation doit donc être réalisée sur la zone d’étude pour être fiable et ne peut être tirée de la bibliographie au risque de biaiser fortement les résultats des tailles de population. Cette étude a porté sur la détermination de la durée de vie de nids de bonobo dans la Réserve de faune de Lomako-Yokokala (RFLY) par la méthode de Marked Nest Count (MNC). Au total, 465 nids de bonobos ont été marqués et suivis régulièrement entre novembre 2011 et avril 2012. Nous avons utilisé deux méthodes différentes d’estimation de la longévité des nids dont l’une a été développée spécifiquement dans le cadre de cette étude en se basant sur des modèles de type Capture-Marquage-Recapture. Les estimations sont de 86 jours avec les méthodes de type Capture-Marquage-Recapture et de 79 jours avec la méthode usuelle des chaînes de Markov. Dans les deux cas les intervalles de confiance des estimations sont relativement larges et ne devraient pas être négligées dans l’estimation des tailles de population comme c’est fréquemment le cas.

Construction of new Linear Transport Infrastructure LTI (roads, motorways, railways) leads to habitat destruction and may constitute areas of risk (mortality) and/or restrict the movement of species in surrounding habitats. Amphibians are strongly affected by these effects. Recent projects have implemented impact mitigation measures to improve the ecological transparency of these structures using the sequence “Avoid Reduce Compensate (ARC)”. During the construction of a new High Speed Railway “Bretagne–Pays de la Loire HSR” in North-West France inaugurated in 2017, measures under the ARC sequence have been implemented. This thesis aims to evaluate measures of the ARC sequence that would allow amphibian communities to carry out the movements needed for population functioning (seasonal migration and dispersal). It was carried out as part of the HSR environmental observatory (CIFRE EPHE-EGIS contract in partnership with EIFFAGE). The thesis is based on two approaches: (1) monitoring of movements by Capture-Marking-Recapture conducted in five areas including reduction measures (installation of a tunnel under the high-speed line) and compensation measures (creation of new ponds) for three newt species (marbled newt Triturus marmoratus, great crested newt Triturus cristatus and alpine newt Ichthyosaura alpestris). The recaptures of individually marked animals reveal exchanges between ponds located on either side of the high-speed line (use of tunnels) and colonisation of new breeding sites. (2) Homing experiments to study tunnel crossing behaviour. RFID antennas placed in three tunnels (1x1m) and of variable length (from 18.5 to 40 m) made it possible to detect the movements of individuals tagged with PIT-tags (spiny toad Bufo spinosus, I. alpestris, T. marmoratus, T. cristatus, water frogs of the Pelophylax lessonae - P. kl. esculentus system), agile frog Rana dalmatina and fire salamander Salamandra salamandra). A great inter-individual and specific variability of movements is observed, and varies according to the length of the tunnels. Acoustic enrichment (Broadcasting of amphibian calls in the tunnel) improves the movements (rate and speed crossing, distances travelled) of Pelophylax and T. cristatus. The thesis shows the need for a significant effort (number of marked animals) to show the presence of (rare) exchanges between breeding sites, and the use of tunnels and ponds as mitigation measures. The development of a method for evaluating movements in tunnels (RFID marks and antennas) will make it possible to test different factors (lengths, substrates, etc.) to improve their use and effectiveness. Acoustic enrichment appears to be a promising method to complement the implementation of small wildlife passages.; La construction de nouvelles Infrastructures Linéaires de Transports ILTs (routes, autoroutes, voies ferrées) amène une destruction d’habitats et peut constituer des zones de risques (mortalité) et/ou restreindre les déplacements des espèces dans les habitats environnants. Les amphibiens sont fortement touchés par ces effets. Les réalisations récentes nécessitent de mettre en œuvre des mesures de réduction d’impact visant à améliorer la transparence écologique de ces infrastructures à l’aide de la séquence « Éviter-Réduire-Compenser (ERC) ». Lors de la construction d’une nouvelle Ligne à Grande Vitesse « la LGV Bretagne – Pays de la Loire » dans l’ouest de la France inaugurée en 2017, des mesures relevant de la séquence ERC ont été mises en place. Cette thèse vise à évaluer les mesures de la séquence ERC qui permettraient aux communautés d’amphibiens de réaliser les mouvements nécessaires au bon fonctionnement des populations (migration saisonnière et dispersion). Elle a été réalisée dans le cadre de l’observatoire environnemental de la LGV (contrat CIFRE EPHE-EGIS en partenariat avec EIFFAGE). La thèse repose sur deux approches : (1) des suivis de déplacements par Capture-Marquage-Recapture effectués dans cinq secteurs incluant des mesures de réduction (installation de tunnel sous la LGV) et de compensation (création de nouvelles mares) pour trois espèces de tritons (Triton marbré Triturus marmoratus, Triton crêté Triturus cristatus et Triton alpestre Ichthyosaura alpestris). Les recaptures des animaux marqués individuellement révèlent des échanges entre des mares situées de part et d’autre de la LGV (fréquentation des tunnels) ainsi que la colonisation des nouveaux sites de reproduction. (2) Des expériences de « homing » pour étudier le comportement de franchissement des tunnels ; des antennes RFID placées dans trois tunnels (1 x1 m) et de longueur variable (de 18,5 à 40 m) ont permis de détecter les mouvements des individus marqués avec des PIT-tags (Crapaud épineux Bufo spinosus, I. alpestris, T. marmoratus, T. cristatus, grenouilles vertes du système Pelophylax lessonae - P. kl. esculentus), Grenouille agile Rana dalmatina et Salamandre tachetée Salamandra salamandra). Une grande variabilité interindividuelle et spécifique des mouvements est observée, qui varie en fonction de la longueur des tunnels. L’enrichissement sonore (émission de chants d’amphibiens anoures dans le tunnel) améliore les mouvements des Pelophylax et des T. cristatus (taux et vitesse de franchissement, distances parcourues). La thèse montre la nécessité d’un effort important (effectif d’animaux marqués) pour mettre en évidence la présence d’échanges (rares) entre sites de reproduction, et l’utilisation des tunnels et des mares comme mesures d’atténuation. La mise au point d’une méthode d’évaluation des mouvements dans les tunnels (puce RFID et antennes fixes) permettra de tester différents facteurs (longueurs, substrats, etc.) pour améliorer leur utilisation et leur efficacité. L’enrichissement sonore apparaît comme une méthode prometteuse pour accompagner la mise en œuvre de passages à petite faune.

The effect of flooding on the genetic structure of small mammal populations and their behavioural response remains unstudied. The Harvest mouse (Micromys minutus) is an interesting study model because several traits of its biology suggest that it should be well adapted to this type of disturbance. The purpose of this thesis is to identify the genetic structure of a population of Harvest mouse on a landscape scale, to determine the ability of animals to move and disperse, and to assess the effect of floods on their movements and on the genetic structure of populations. The study combines direct field approaches (CMR, radiotracking, camera traps) with inferences from genetic analyses on a large number of individuals, using nine new polymorphic microsatellites described for this species. The Harvest mouse forms a unique population at the landscape scale, with very little isolation by distance due to large gene flows. Its dispersal abilities are high. During the floods, the Harvest mouse stays in the reedbed without any apparent leak. Floods have an effect on gene flows that is different, depending on the refuge possibilities provided by habitats. These outcomes show that the Harvest mouse is a flood-friendly species. More generally, it should be considered as a wetland flagship species.; L’effet des inondations sur la structure génétique des populations de petits mammifères et sur leur réponse comportementale demeure encore peu étudié. Le Rat des moissons (Micromys minutus) est un modèle d’étude intéressant parce que plusieurs traits de sa biologie suggèrent qu’il doit être bien adapté à ce type de perturbation. Cette thèse a pour objectifs d’identifier la structure génétique d’une population de Rats des moissons à l’échelle d’un paysage, de déterminer les capacités de déplacements et de dispersion des animaux, et d’évaluer l’effet des inondations sur leurs déplacements et sur la structure génétique des populations. L’étude combine des approches directes sur le terrain (CMR, radiopistage, pièges-photos) avec des inférences issues d’analyses génétiques sur un grand nombre d’individus, grâce à neuf nouveaux microsatellites polymorphes décrits pour cette espèce. Le Rat des moissons forme une population unique à l’échelle du paysage considéré, avec un très faible isolement par la distance dû à des flux de gènes importants. Ses capacités de dispersions sont élevées. Pendant les inondations, les animaux restent dans la roselière sans mouvement de fuite apparent. Les inondations ont un effet sur les flux géniques qui est différent selon les possibilités de refuge fournies par les habitats. Ces résultats montrent que le Rat des moissons est une espèce adaptée aux inondations. Plus généralement, il mérite d’être considéré comme une espèce porte-drapeau des zones humides.

The effect of flooding on the genetic structure of small mammal populations and their dispersal remains unstudied. The Harvest mouse (Micromys minutus) is an interesting study model because several traits of its biology suggest that it should be well adapted to this type of disturbance.The purpose of this thesis is to identify the genetic structure of a population of Harvest mouse on a landscape scale, to determine the ability of animals to move and disperse, and to assess the effect of floods on their movements and on the genetic structure of populations.The study combines direct field approaches (CMR, radiotracking, camera traps) with inferences from genetic analyses on a large number of individuals, using nine new polymorphic microsatellites described for this species.The Harvest mouse forms a unique population at the landscape scale, with little isolation by distance due to large gene flows. Its dispersal abilities are rather high. During the floods, the Harvest mouse stays in the reedbed without any apparent leak movement. Floods have an effect on gene flows that is different, depending on the refuge possibilities provided by habitats.These outcomes show that the Harvest mouse seems to be a flood-friendly species. More generally, it should be considered as a wetland flagship species., L’effet des inondations sur la structure génétique des populations de petits mammifères et sur leur dispersion demeure encore peu étudié. Le Rat des moissons (Micromys minutus) est un modèle d’étude intéressant parce que plusieurs traits de sa biologie suggèrent qu’il doit être bien adapté à ce type de perturbation. Cette thèse a pour objectifs d’identifier la structure génétique d’une population de Rats des moissons à l’échelle d’un paysage, de déterminer les capacités de déplacements et de dispersion des animaux, et d’évaluer l’effet des inondations sur leurs déplacements et sur la structure génétique des populations.L’étude combine des approches directes sur le terrain (CMR, radiopistage, pièges-photos) avec des inférences issues d’analyses génétiques sur un grand nombre d’individus, grâce à neuf nouveaux microsatellites polymorphes décrits pour cette espèce.Le Rat des moissons forme une population unique à l’échelle du paysage considéré, avec un faible isolement par la distance dû à des flux de gènes importants. Ses capacités de dispersions sont assez élevées. Pendant les inondations, les animaux restent dans la roselière sans mouvement de fuite apparent. L’effet des inondations sur les flux géniques diffère selon les possibilités de refuge fournies par les habitats.Ces résultats montrent que le Rat des moissons semble être une espèce adaptée aux inondations, qui mérite d’être considérée comme une espèce porte-drapeau des zones humides.

The Comoros Islands are known for their important biodiversity with a high endemism rate for each taxonomic group. This natural richness face huge anthropogenic pressures due to a high rate of habitat loss and fragmentation estimated to be the highest in the word. Wild endemic mammals are the most threatened fauna in these islands. These species are often characterized by small population sizes making them highly vulnerable to disturbances. Indeed, small population size makes populations prone to allee effect, genetic drift or inbreeding depression, which subsequently conducts to a decrease of species’ evolutionary potential, thus diminishing their long term viability. In order to understand the effect of habitat disturbance on the Comoros Islands natural fauna, I studied two endemic and highly threatened flying fox species (Pteropus livingstonii with a population size estimated of 1300 individuals and P.seychellensis comorensis whose population is estimated to few thousands of individuals). For that, I combined different approaches including spatial distribution and ecological niche modeling, as well as population demography and socio-economic approaches. This integrated approach is crucial to identify the different causes of mammals’ population loss and propose relevant conservation measures. In a first part of this thesis, I show the results of the spatial distribution modeling and habitat selection of the two flying fox species as well as their geographic distribution ranges using Species Distribution Modelling (SDM) and Ensemble of Small Models approach specifically adapted to rare and threatened species. This first part allowed me to assess which ecological variables and anthropogenic pressures are determinant for the distribution of both species as well to characterize the degree of threat of the two species. In the second part of this thesis, I studied the genetic diversity and genetic population structure of both species among the four islands of Comoros with the aim to look for possible gene flow breaks between sub-populations but also to uncover which species face a high risk of extinction. This study highlights that these two phylogenetic and morphologically related species show different genetic structures among islands. In a third part, I explored the feasibility and costs of a non-invasive genetic monitoring protocol to obtain accurate population size, demographic parameters and develop a long-term monitoring of P. livingstonii. Due to the sensitivity of this species to capture and handling but also because of its rareness, a direct monitoring using classical capture-recapture method was not possible. This study showed that this approach is realistic but involves a high cost that seems to be unsuitable with the budgets available for conservation of the species in the Comoros Islands. In a fourth part of my thesis, I characterized the anthropogenic pressures that impacts both species using a socio-economic characterization of these islands (forest exploitation and hunting pressures among others) by using semi-structured interviews and a Q-methodology approach. This allows me to understand the relationship of local communities with the local biodiversity as well as to interpret the ongoing natural habitat evolution and to predict its future. In the last chapter (fifth), I combined the results of all the different but complementary approaches used along the thesis with the aim to propose a management plan appropriate for these two species.; L’archipel des Comores héberge une diversité biologique exceptionnelle avec un taux d’endémisme élevé au sein de chaque groupe taxonomique. Cette richesse fait cependant face aux effets alarmants de la perte d’habitats naturels et de leur fragmentation causées par les pressions anthropiques mal planifiées. Les mammifères sauvages sont parmi la faune la plus touchée par la perte d’habitats dans ces îles. Ces espèces sont souvent caractérisées par des tailles de populations faibles qui les rendent sensibles aux perturbations. De plus, ces petites tailles de populations peuvent amplifier les menaces à travers des mécanismes de consanguinités et/ou d’effet Allee, ce qui conduit à la réduction de leur potentiel évolutive et de leur viabilité dans le long terme. Pour mieux appréhender l’effet des actions anthropiques sur la faune des Comores, j’ai étudié deux Mégachiroptères endémiques et menacées d’extinction des Comores (Pteropus livingstonii dont la taille de la population est estimée à 1300 individus et P. seychellensis comorensis dont la taille de la population est estimée à plusieurs milliers d’individus). Je me suis appuyé sur des approches génétiques, d’écologie spatiale, de démographie mais aussi sur une étude socio-économique. Une telle approche intégrée est cruciale pour identifier les causes des déclins et proposer des mesures de conservation efficaces. Dans le premier volet de ma thèse, j’ai modélisé l’utilisation de l’espace par les deux espèces ainsi que leur distribution géographique à travers des modèles de niches, plus spécifiquement la méthode de « Species Distribution Modeling » à travers l’approche « Ensemble of Small Models » spécifiquement adaptés aux espèces rares. Ce premier axe m’a permis de déterminer quelles sont les variables écologiques et/ou les pressions anthropiques qui déterminent la distribution des deux espèces dans l’archipel. Cela m’a permis aussi de caractériser le degré de menace subi par ces deux espèces. Dans le deuxième volet de ma thèse, j’ai étudié la diversité génétique et la structuration des populations des deux espèces entre les quatre îles des Comores afin de détecter d’éventuels ruptures des flux géniques entre les différentes populations d’une même espèce et d’identifier les populations à risque d’extinction. Cette étude montre que les deux espèces, pourtant proches phylogénétiquement et morphologiquement, ne présentent pas du tout le même patron de structuration des populations. Dans un troisième volet, j’ai exploré la faisabilité et le coût de la mise en place d’un éventuel suivi individuel à long terme des paramètres démographiques des populations de P. livingstonii à travers un échantillonnage non-invasif combiné à l’approche capture-marquage-recapture (NIGS-CMR). En effet, la sensibilité à la capture et le degré de menace sur cette espèce ne permettent pas d’adopter les méthodes traditionnelles de suivi basées sur la capture physique et le marquage des individus. Cet axe montre que l’approche NIGS-CMR est réaliste mais induit des coûts qui paraissent peu compatibles avec les budgets disponibles pour le moment pour la conservation et le suivi de cette espèce aux Comores. Enfin, dans un quatrième volet, j’ai caractérisé les pressions anthropiques subies par ces populations en lien avec les caractéristiques socio-économiques de l’archipel (exploitation des forêts, pressions de chasse…) et cela à travers des interviews classiques et d’un dispositif original d’étude sociologique (Q-sort). Ces approches permettent de mieux comprendre quelles représentations ont les populations locales de ces espèces afin de mieux interpréter l’évolution de la forêt naturelle et prédire son avenir. Dans une dernière partie je mets en regard les résultats des différentes approches complémentaires pour discuter d’un plan de gestion et de conservation approprié pour ces espèces à fortes valeurs patrimoniales.

Investigating the links between environmental variability and life history traits, dispersal and breeding decisions is critical challenge for ecologists. I have examined this issue in anuran, the yellow-bellied toad (Bombina variegata). In the first part of my thesis, I have examined the influence of spatio-temporal variation of the environment on the covariation patterns between life history traits, dispersal and behavioral types at inter-population scale. I have investigated how the level of breeding habitat stochasticity may regulate the position of B. variegata populations along the slow-fast continuum and may promote dispersal syndromes among populations. Then I have analyzed the consequence of such dispersal syndromes on population genetic differentiation. In the second part of my thesis, I have focused on the role of the environmental canalization in the life history strategy of B. variegata and I have evaluated how various forms of weather variation (mean and extreme events) could affect the dynamics of different populations. In each studied populations, I have quantified the impacts of weather variation on various demographic parameters as survival, recruitment and breeding probabilities. In the third part of my thesis, I have investigated female mate choice in B. variegata by successively examining good genes and compatible gene hypotheses, and then by evaluating the role of breeding habitat quality and availability on mating decisions, Examiner les liens existant entre la variabilité environnementale, les traits d'histoire de vie, la dispersion et les décisions d'accouplement est un enjeu central en Ecologie et en Evolution. J'ai exploré ces questions chez un amphibien, le sonneur à ventre jaune (Bombina variegata). Dans le premier volet de ma thèse, je me suis intéressé à l'influence des variations spatiotemporelles de l'environnement sur les patrons de covariation entre les traits d'histoire de vie, la dispersion et les types comportementaux à l'échelle inter-populationnelle. J'ai examiné comment le degré de stochasticité interannuel de l'habitat de reproduction régule le positionnement des populations le long du slow-fast continuum et génère des syndromes de dispersion parmi les populations. J'ai ensuite analysé les conséquences de ces syndromes sur les patrons de différenciation génétique au sein des populations. Dans le second volet de ma thèse, je me suis intéressé au rôle de la canalisation environnementale dans la stratégie d'histoire de vie de B. variegata et j'ai évalué comment diverses formes de variations météorologiques pouvaient affecter la dynamique de différentes populations. Dans chacune d'elles, j'ai mesuré l'impact de facteurs météorologiques sur des paramètres démographiques tels que la survie, le recrutement et les probabilités de reproduction. Dans le troisième et dernier volet de ma thèse, je me suis intéressé au choix d'accouplement des femelles, en examinant successivement les hypothèses de bons gènes et de gènes compatibles puis en me focalisant sur le rôle de la qualité et de la disponibilité des sites de reproduction sur les décisions d'accouplement des femelles