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97 results on '"Burgun, A."'

1. Mortality and vigour based indicators for an early diagnosis of vineyard decline

Author

Anne Merot, Guillaume Coulouma, Nathalie Smits, Elsa Robelot, Christian Gary, Lucia Guerin Dubrana, Jouanel Poulmarch, Xavier Burgun, Anne Pellegrino, and Marc Fermaud

Subjects
Agriculture (General), S1-972, Plant culture, SB1-1110
Abstract

Similar to the forestry industry, the winegrowing sector has experienced a grapevine decline phenomenon over the last twenty years, so that decline is now considered an increasingly widespread problem in many vineyards across the world (De la Fuente et al., 2016). In this work, the relationships between yield, mortality and vegetative vigour were investigated, in both temporal and spatial terms, to identify early diagnosis indicators of vine decline.

Published
2023
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6. Chapitre 9 - ITEM 18 Santé numérique

Author

Bouaud, J., Bouzille, G., Burgun, A., Chazard, E., Cossin, S., Cuggia, M., Darmoni, S., Dezetrée, A., Dhalluin, T., Dufour, J.-C., Ficheur, G., Lerner, I., Moreau-Gaudry, A., Neuraz, A., Quantin, C., Rance, B., Riou, C., Seroussi, B., Staccini, P., Sylvestre, E., Tsopra, R., and Viprey, M.

Published
2022
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12. [Basis and perspectives of artificial intelligence in radiation therapy]

Author

A, Burgun

Subjects
Deep Learning, Artificial Intelligence, Image Processing, Computer-Assisted, Radiation Oncology, Humans, Neural Networks, Computer, Precision Medicine, Algorithms
Abstract

Artificial intelligence is a highly polysemic term. In computer science, with the objective of being able to solve totally new problems in new contexts, artificial intelligence includes connectionism (neural networks) for learning and logics for reasoning. Artificial intelligence algorithms mimic tasks normally requiring human intelligence, like deduction, induction, and abduction. All apply to radiation oncology. Combined with radiomics, neural networks have obtained good results in image classification, natural language processing, phenotyping based on electronic health records, and adaptive radiation therapy. General adversial networks have been tested to generate synthetic data. Logics based systems have been developed for providing formal domain ontologies, supporting clinical decision and checking consistency of the systems. Artificial intelligence must integrate both deep learning and logic approaches to perform complex tasks and go beyond the so-called narrow artificial intelligence that is tailored to perform some highly specialized task. Combined together with mechanistic models, artificial intelligence has the potential to provide new tools such as digital twins for precision oncology.

Published
2019

13. L’entrepôt de données cliniques comme nouvel acteur du codage partagé : l’exemple de la dénutrition à l’hôpital européen Georges-Pompidou, Paris, France

Author

Jérôme Gariepy, Anita Burgun, Gilles Chatellier, Marie Simon, Vincent Looten, Virginie Villey, Centre de Recherche des Cordeliers (CRC (UMR_S_1138 / U1138)), École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] (HEGP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO), Métabolisme et physiologie rénale (CRC - UMR_S 1138), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-École pratique des hautes études (EPHE), École pratique des hautes études (EPHE)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP), and École pratique des hautes études (EPHE)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)

Subjects
Epidemiology, [SHS.INFO]Humanities and Social Sciences/Library and information sciences, Public Health, Environmental and Occupational Health, [SHS.ECO]Humanities and Social Sciences/Economics and Finance, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

Introduction L’organisation des unites de codage PMSI en France influence la qualite des donnees medico-administratives. Les deux principales organisations hospitalieres du codage sont le codage centralise, opere par une equipe de specialistes PMSI, et le codage decentralise opere par les praticiens en charge des patients et complete par l’equipe du DIM qui assure l’optimisation. Une troisieme voie d’organisation consiste a proposer un codage partage : chaque acteur de l’hopital participe a son niveau au codage de ses activites : le chirurgien code les actes, le dieteticien code la denutrition, etc. L’objectif de cette etude est d’etudier la place que peut avoir un entrepot de donnees cliniques dans le cas du codage de la denutrition. Methodes Nous avons inclus tous les patients hospitalises entre janvier et juin 2017 a l’hopital europeen Georges-Pompidou pour une duree de quatre jours et plus, ayant un niveau de severite de GHM inferieur a 3. Nous avons selectionne ces patients en se basant sur les criteres clinico-biologiques issus de la definition de la denutrition de l’ANAES de 2003 : – % de perte de poids a un mois et a six mois ; – indice de masse ponderale (IMC) ; – prealbuminemie et albuminemie. Les patients decedes dans le mois suivant la date de debut de sejour, les sejours avec GHM en T ou en Z et les sejours deja codes ont ete exclus. Resultats Au total, 347 sejours respectaient les criteres d’inclusion. La valorisation avant recodage etait de 1 632 685€. Le codage de 180 sejours a ete corrige dont 143 sejours avec un rajout de code de denutrition. Le gain du recodage est de 358 331€ en sus de la valorisation initiale ( + 22 %). Cette requete s’execute sur l’entrepot de donnees en 20 min. Discussion/Conclusion Le codage partage a l’avantage d’assurer un equilibre entre un codage de qualite et une charge de travail repartie entre les differentes equipes. Les entrepots de donnees seront un appoint fort, sans recours obligatoire a des methodes d’analyses avancees.

Published
2019
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14. Description des courriels des patients pris en charge à l’Hôpital Européen Georges Pompidou, Paris, France

Author

Looten, Vincent, Neuraz, Antoine, Garcelon, Nicolas, Burgun, Anita, Chatellier, Gilles, Rance, Bastien, Centre de Recherche des Cordeliers (CRC (UMR_S_1138 / U1138)), École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] (HEGP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO), Imagine - Institut des maladies génétiques (IMAGINE - U1163), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), École pratique des hautes études (EPHE)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)

Subjects
[SHS.INFO]Humanities and Social Sciences/Library and information sciences, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2019

15. Les auteurs

Author

Dramé, M., Epstein, J., Noëlle, H., Agrinier, N., Astagneau, P., Auquier, P., Bahrami, S., Bastuji-Garin, S., Bellier, A., Berbis, J., Bongard, V., Bouaud, J., Bouchard, F., Boussat, B., Bouzille, G., Burgun, A., Chazard, E., Claudot, F., Cossin, S., Cuggia, M., Dananché, C., Darmoni, S., Dauchet, L., Deboscker, S., Dechartres, A., Delbos, L., Delva, F., de Souza, S., Dezetrée, A., Dhalluin, T., Duclos, A., Dufour, J.-C., Ferrières, J., Ficheur, G., François, P., Gauthier, V., Gignon, M., Grammatico-Guillon, L., Halley des Fontaines, V., Josseran, L., Kivits, J., Labarère, J., Lacour, B., Lasset, C., Lavigne, T., Le Douarin, Y.-M., Le Faou, A.-L., Leclère, B., Lerner, I., Migeot, V., Moreau-Gaudry, A., Moret, L., Neuraz, A., Pihouee, L., Quantin, C., Rance, B., Richard, F., Riou, C., Rollier, S., Seigneurin, A., Seroussi, B., Simon-Tillaux, N., Staccini, P., Sylvestre, E., Tsopra, R., Vanhems, P., Velten, M., Vidal-Trécan, G., Viel, J.-F., and Viprey, M.

Published
2022
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16. [Clinical photography by smartphone in plastic surgery and protection of personal data: Development of a secured platform and application on 979 patients]

Author

J, Djian, A G, Lellouch, C, Botter, J, Levy, A, Burgun, M, Hivelin, and L, Lantieri

Subjects
Surgeons, Surveys and Questionnaires, Hospital Information Systems, Photography, Humans, France, Prospective Studies, Smartphone, Practice Patterns, Physicians', Plastic Surgery Procedures, Mobile Applications, Computer Security, Confidentiality
Abstract

The clinical photography in plastic and reconstructive surgery has known a numerical breakthrough. The storage of online data, massive means of analysis such as facial recognitions algorithms poses a serious issue when it comes to the protection of personal data. We will assess a platform's benefits in connection with the computerized medical record, which will allow keeping the photos filed and centralized in a smart and secure manner.We interviewed 300 plastic surgeons about the role of smartphone in their clinical practice. Concomitantly, we developed an innovative platform called SurgeonOut of 86 French plastic surgeons surveyed, 81% say that they could not go on with their daily practice today without their smartphone. Photographs taken were stored in their smartphones (50%) or synced with virtual storage (25.6%). A majority (80.2%) would use a dedicated secured smartphone application. Our application allowed us to photograph 979 patients, or 2345 sequences and 8112 photographs, with an average of 2.28 sequences per patient.Thanks to its ergonomics and security, this platform can be set up in a hospital ward and beyond.

Published
2018

17. Conception de systèmes viticoles innovants à bas intrants phytosanitaires pour répondre aux attentes du plan Ecophyto : synthèse des premiers résultats et perspectives

Author

Raphaël METRAL, Laurent Deliere, David Lafond, Anita Burgun, Christel Chevrier, Eric Serrano, Marie Thiollet-Scholtus, Jacques Wery, Fonctionnement et conduite des systèmes de culture tropicaux et méditerranéens (UMR SYSTEM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre International de Hautes Etudes Agronomiques Méditerranéennes - Institut Agronomique Méditerranéen de Montpellier (CIHEAM-IAMM), Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Unité Mixte de Recherche en Santé Végétale (INRA/ENITA) (UMRSV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV), Institut Français de la Vigne et du Vin (IFV), Chambre Régionale d'Agriculture d'Occitanie (CRA Occitanie), IFV Pôle Sud-Ouest, Agro-Systèmes Territoires Ressources Mirecourt (ASTER Mirecourt), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Unité Mixte de Recherche en Santé Végétale (INRA/ENITA) (UMR SAVE), Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre International de Hautes Etudes Agronomiques Méditerranéennes - Institut Agronomique Méditerranéen de Montpellier (CIHEAM-IAMM), and Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)

Subjects
[SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences
Abstract

Conception de systèmes viticoles innovants à bas intrants phytosanitaires pour répondre aux attentes du plan Ecophyto : synthèse des premiers résultats et perspectives

Published
2017

21. [Artificial intelligence applied to radiation oncology]

Author

J-E, Bibault, A, Burgun, and P, Giraud

Subjects
Radiotherapy, Artificial Intelligence, Radiation Oncology, Humans
Abstract

Performing randomised comparative clinical trials in radiation oncology remains a challenge when new treatment modalities become available. One of the most recent examples is the lack of phase III trials demonstrating the superiority of intensity-modulated radiation therapy in most of its current indications. A new paradigm is developing that consists in the mining of large databases to answer clinical or translational issues. Beyond national databases (such as SEER or NCDB), that often lack the necessary level of details on the population studied or the treatments performed, electronic health records can be used to create detailed phenotypic profiles of any patients. In parallel, the Record-and-Verify Systems used in radiation oncology precisely document the planned and performed treatments. Artificial Intelligence and machine learning algorithms can be used to incrementally analyse these data in order to generate hypothesis to better personalize treatments. This review discusses how these methods have already been used in previous studies.

Published
2016

22. Réseau DEPHY EXPE : Synthèse des résultats à mi-parcours à l’échelle nationale - filière Viticulture

Author

Laurent Deliere, Marie Rougier, Emeric Emonet, Emeric Pillet, Xavier Burgun, David Lafond, Héloïse Mahé, Raphaël METRAL, Eric Serrano, Marie Thiollet-Scholtus, Unité Mixte de Recherche en Santé Végétale (INRA/ENITA) (UMR SAVE), Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Assemblée Permanente des Chambres d'Agriculture (APCA), Institut Français de la Vigne et du Vin (IFV), Fonctionnement et conduite des systèmes de culture tropicaux et méditerranéens (UMR SYSTEM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre International de Hautes Etudes Agronomiques Méditerranéennes - Institut Agronomique Méditerranéen de Montpellier (CIHEAM-IAMM), Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), IFV Pôle Sud-Ouest, Agro-Systèmes Territoires Ressources Mirecourt (ASTER Mirecourt), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Cellule d’Animation Nationale DEPHY Ecophyto, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV), Unité Mixte de Recherche en Santé Végétale (INRA/ENITA) (UMRSV), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre International de Hautes Etudes Agronomiques Méditerranéennes - Institut Agronomique Méditerranéen de Montpellier (CIHEAM-IAMM), Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Financement : ECOPHYTO - Agence Française de la Biodiversité, and Commanditaire : Cellule d’Animation Nationale DEPHY Ecophyto

Subjects
[SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences
Abstract

70 pages; Action majeure du plan Ecophyto, le dispositif DEPHY s’inscrit dans le projet agroécologique pour l’agriculture française. Il a pour finalité d'éprouver, valoriser et déployer les techniques et systèmes agricoles réduisant l’usage des produits phytosanitaires tout en promouvant des techniques économiquement, environnementalement et socialement performantes.Le dispositif repose sur un réseau national couvrant l'ensemble des filières de production et mobilisant toutes les parties prenantes de la recherche, du développement et du transfert en agriculture. Plus de 250 organisations professionnelles sont ainsi partenaires, soit du réseau FERME, soit du réseau EXPE, soit de l’ensemble du dispositif DEPHY.

Published
2016

27. Prédiction de la dynamique thermique d’un bain d’huile moteur en vue de son conditionnement pour mieux évaluer l’impact du lubrifiant sur la consommation

Author

Burgun, Christophe, Lacour, Stéphanie, Delacroix, Alain, Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Laboratoire Génie des Procédés pour l'Environnement, l'Energie et la Santé (LGP2ES), and Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)

Subjects
[SPI]Engineering Sciences [physics], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience; no abstract

Published
2012

28. Comparaison inter-espèces de voies métaboliques par mesure de similarité sémantique: Application au métabolisme des lipides chez le poulet, la souris et l'homme

Author

Bettembourg, Charles, Dameron, Olivier, Burgun, Anita, Diot, Christian, Génétique Animale (GARen), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Rennes, U936, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), CentraleSupélec-Télécom Bretagne-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Rennes, Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract

National audience; La connaissance et la maîtrise du métabolisme des lipides chez les animaux de rente sont des préoccupations majeures en agronomie. Elles représentent également un enjeu majeur de santé humaine compte-tenu des pathologies associées à ce métabolisme, dont l’obésité. Si le métabolisme des lipides, et par extension l’ensemble des métabolismes sont relativement bien conservés dans les espèces supérieures, qualifier et quantifier les similarités et différences s’avère néanmoins nécessaire, au-delà de la simple comparaison. Notre objectif est donc de développer une nouvelle méthode, basée sur les connaissances présentes dans les bases de données, pour automatiser la comparaison qualitative et quantitative de voies métaboliques de différentes espèces. Dus à leurs faibles niveaux de cohérence, de complétude, de compatibilité, voire d’accessibilité, plusieurs bases de données sont utilisées pour définir au mieux les voies métaboliques. D’un point de vue qualitatif, les étapes communes et spécifiques aux espèces sont alors définies. Les similarités et différences sont ensuite quantifiées en utilisant les lois d’inférence de Gene Ontology et les annotations associées aux gènes impliqués dans ces voies métaboliques. Les similarités sémantiques sont alors mesurées par notre nouvelle méthode, basée sur celle de Wang et implémentée dans l’outil GO2SIM. Cette méthode, en cours de développement, sera validée par différentes approches. La première vise à l’appliquer à des données simulées et parfaitement définies afin d’identifier les écarts à l’attendu et d’ajuster la méthode. Ensuite, à l’aide de l’outil GO2PUB (http://go2pub.genouest.org, Bettembourg et al.), les résultats pourront être confrontés aux données de la littérature. Enfin, sur quelques voies bien annotées et connues, les résultats obtenus automatiquement avec notre méthode pourront être comparés à ceux obtenus d’une expertise humaine. Au final, les voies métaboliques pourront être comparées entre différentes espèces, leurs différences et spécificités étant quantifiées, ouvrant ainsi le champ à une annotation fonctionnelle plus experte des résultats expérimentaux, et à meilleure intégration des données.

Published
2011

29. [The directory of French biological resources centres/biobanks]

Author

Jadeau, Fanny, Barthelaix, Annick, Burgun, Anita, Deleval, Charles, Garcelon, Nicolas, Gelé, Patrick, Libersa, Christian, Savonnet, Marinette, Tabone, Eric, Combet, Christophe, Institut de biologie et chimie des protéines [Lyon] (IBCP), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Modélisation Conceptuelle des Connaissances Biomédicales, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), CIC CHU ( Lille)/inserm, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille, Droit et Santé, Laboratoire d'Informatique Médicale (LIM), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Laboratoire Electronique, Informatique et Image [UMR6306] (Le2i), Université de Bourgogne (UB)-École Nationale Supérieure d'Arts et Métiers (ENSAM), Arts et Métiers Sciences et Technologies, HESAM Université (HESAM)-HESAM Université (HESAM)-Arts et Métiers Sciences et Technologies, HESAM Université (HESAM)-HESAM Université (HESAM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Arts et Métiers (ENSAM), HESAM Université (HESAM)-HESAM Université (HESAM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon, Institut de biologie et chimie des protéines [Lyon] ( IBCP ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université de Lille, Droit et Santé, Laboratoire d'Informatique Médicale ( LIM ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ), Laboratoire Electronique, Informatique et Image ( Le2i ), Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions ( BF2I ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ), Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Rennes (UR), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Arts et Métiers Sciences et Technologies, and HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
Internet, MESH : Certification, Certification, MESH: Biological Specimen Banks, Annual Reports as Topic, MESH : Biological Specimen Banks, MESH: Certification, MESH: France, MESH: Internet, MESH : Annual Reports as Topic, [SDV.IB]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, [ SDV.IB ] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, France, MESH : Internet, MESH : France, MESH: Annual Reports as Topic, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Biological Specimen Banks
Abstract

International audience

Published
2011
Full Text
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30. Comparaison inter-espèces de voies métaboliques par mesure de similarité sémantique

Author

Bettembourg, Charles, Dameron, Olivier, Burgun, Anita, Diot, Christian, and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio]
Abstract

La connaissance et la maîtrise du métabolisme des lipides chez les animaux de rente sont des préoccupations majeures en agronomie. Elles représentent également un enjeu majeur de santé humaine compte-tenu des pathologies associées à ce métabolisme, dont l’obésité. Si le métabolisme des lipides, et par extension l’ensemble des métabolismes sont relativement bien conservés dans les espèces supérieures, qualifier et quantifier les similarités et différences s’avère néanmoins nécessaire, au-delà de la simple comparaison. Notre objectif est donc de développer une nouvelle méthode, basée sur les connaissances présentes dans les bases de données, pour automatiser la comparaison qualitative et quantitative de voies métaboliques de différentes espèces. Dus à leurs faibles niveaux de cohérence, de complétude, de compatibilité, voire d’accessibilité, plusieurs bases de données sont utilisées pour définir au mieux les voies métaboliques. D’un point de vue qualitatif, les étapes communes et spécifiques aux espèces sont alors définies. Les similarités et différences sont ensuite quantifiées en utilisant les lois d’inférence de Gene Ontology et les annotations associées aux gènes impliqués dans ces voies métaboliques. Les similarités sémantiques sont alors mesurées par notre nouvelle méthode, basée sur celle de Wang et implémentée dans l’outil GO2SIM. Cette méthode, en cours de développement, sera validée par différentes approches. La première vise à l’appliquer à des données simulées et parfaitement définies afin d’identifier les écarts à l’attendu et d’ajuster la méthode. Ensuite, à l’aide de l’outil GO2PUB (http://go2pub.genouest.org, Bettembourg et al.), les résultats pourront être confrontés aux données de la littérature. Enfin, sur quelques voies bien annotées et connues, les résultats obtenus automatiquement avec notre méthode pourront être comparés à ceux obtenus d’une expertise humaine. Au final, les voies métaboliques pourront être comparées entre différentes espèces, leurs différences et spécificités étant quantifiées, ouvrant ainsi le champ à une annotation fonctionnelle plus experte des résultats expérimentaux, et à meilleure intégration des données.

Published
2011

32. Ruptured leiomasomas

Author

F, WORINGER and BURGUN

Subjects
Leiomyoma, Neoplasms, Humans
Published
2010

34. Malignant cheek melanoma

Author

F, WORINGER and BURGUN

Subjects
Head and Neck Neoplasms, Face, Neoplasms, Humans, Melanoma
Published
2010

35. Méthodes de mapping situées aux niveaux instance et schéma pour l'intégration de sources de données hétérogènes

Author

Mougin, Fleur, Chabalier, Julie, Bodenreider, Olivier, Burgun, Anita, Modélisation Conceptuelle des Connaissances Biomédicales, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-IFR140, National Library of Medicine (NLM), Francky Trichet, PRIR (Région Bretagne), ACI 045507, programme intramural de recherche des NIH (NLM), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), National Institutes of Health [Bethesda] (NIH)-National Center for Biotechnology Information (NCBI), Mougin, Fleur, and Université de Rennes (UR)

Subjects
[INFO.INFO-AI] Computer Science [cs]/Artificial Intelligence [cs.AI], hétérogénéité sémantique, système d'intégration, représentation des connaissances, mapping de schémas, bioinformatique, [INFO.INFO-AI]Computer Science [cs]/Artificial Intelligence [cs.AI]
Abstract

National audience; Un des obstacles principaux à l'intégration de sources de données est l'hétérogénéité des schémas des sources et en particulier la disparité des éléments de données (EDs) associés. Dans ce cadre, nous proposons des approches visant à intégrer les EDs de onze sources biomédicales. Tout d'abord, au niveau schéma, nous cherchons à mettre en correspondance les EDs avec des concepts d'une ressource terminologique biomédicale de référence : l'UMLS. En pratique, nous réalisons un mapping direct et un mapping via une ressource externe, WordNet. Nous proposons ensuite des méthodes au niveau instance en exploitant les valeurs associées aux EDs au sein des sources. Nous montrons en quoi le niveau instance permet de compléter les mappings obtenus au niveau schéma et nous soulignons son aspect essentiel pour considérer la sémantique des EDs.

Published
2007

36. [Vertebral trabecular network analysis on CT images]

Author

J, Lasbleiz, A, Burgun, F, Marin, Y, Rolland, and R, Duvauferrier

Subjects
Adult, Aged, 80 and over, Male, Lumbar Vertebrae, Age Factors, Middle Aged, Spine, Sex Factors, Bone Density, Image Processing, Computer-Assisted, Humans, Osteoporosis, Spinal Fractures, Female, Tomography, X-Ray Computed, Aged
Abstract

Comparing texture analysis, density measurement and visual quantification of trabecular network on spine CT images, to better evaluate bone architecture in osteoporosis.Seventeen patients, aged 19 to 84 years, were included. One patient presented osteoporotic fractures. High resolution computed tomographic (HR-CT) images of the third lumbar vertebra were acquired using a Somatom 4 plus CT (Siemens) in a strict axial orientation with FOV of 12 cm and slice thickness of 1 mm. The size of the Region Of Interest was 1,6 cm(2). Three analyses were performed on this ROI: Density (in Hounsfield Unity), texture analysis (run length) and features inspired from bone histomorphometry (Bone Volume/Tissue Volume).Density measurement, run length methods and BV/TV provided consistent results with regards to age. Indeed density, run length and BV/TV results were lower for older patients with more advanced bone trabeculra alterations.Only BV/TV and run length parameters seemed to show additional information on trabecular network architecture. The contribution of these two measurements to diagnose and classify osteoporosis will be the goal of a clinical study.

Published
2005

37. UMLF: construction d'un lexique médical francophone unifié

Author

Pierre Zweigenbaum, Robert Baud, Anita Burgun, Fiammetta Namer, Eric Jarousse, Natalia Grabar, Patrick Ruch, Franck Le Duff, Benoît Thirion, Darmoni, Stéfan J., Laboratoire d'Informatique pour la Mécanique et les Sciences de l'Ingénieur (LIMSI), Université Paris Saclay (COmUE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université - UFR d'Ingénierie (UFR 919), Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris-Saclay-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), Service d'informatique médicale (SIM), Hôpitaux de Genève, Laboratoire d'Informatique Médicale (LIM), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Analyse et Traitement Informatique de la Langue Française (ATILF), Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ingenierie des connaissances en santé, IFR58-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), L@STICS, CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Université de Rennes (UR), Direction des systèmes d'information (DSI), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Sorbonne Université - UFR d'Ingénierie (UFR 919), Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Saclay (COmUE), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Université Paris-Saclay-Sorbonne Université - UFR d'Ingénierie (UFR 919), Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Saclay (COmUE), Namer, Fiammetta, Laboratoire d'Informatique pour la Mécanique et les Sciences de l'Ingénieur ( LIMSI ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Service d'informatique médicale ( SIM ), Laboratoire d'Informatique Médicale ( LIM ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ), Analyse et Traitement Informatique de la Langue Française ( ATILF ), Université de Lorraine ( UL ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), and IFR58-Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM )

Subjects
lexicologie, morphologie flexionnelle, traitement automatique des langues, domaines techniques, [ SHS.LANGUE ] Humanities and Social Sciences/Linguistics, français, vocabulaire contrôlé, [SHS.LANGUE]Humanities and Social Sciences/Linguistics, médecine, [SHS.LANGUE] Humanities and Social Sciences/Linguistics, lexique médical, base de données lexicales
Published
2003

38. [Gas embolism and flexible Ecoflac type bag]

Author

G, Freys, G, Burgun, V, L'Haridon, J C, Otteni, and T, Pottecher

Subjects
Pressure, Embolism, Air, Humans, Child, Infusions, Intravenous, Risk Assessment, Drug Packaging
Abstract

Gas embolism at the end of infusion is a well known hazard, that should have disappeared with the use of flexible bags. However, some cases have been reported after pressure infusion. This experimental study evaluates the risk for gas embolism with Ecoflac type flexible bags. These bags are safe under normal pressure infusion conditions with a pneumatic sleeve, because of their texture and pliability; indeed, only minimal air volumes could be expelled, without any risk even in children. However, to be on the safe side, the manufacturer recommends to expel any residual air before pressure administration. This recommendation applies to any bag containing residual air, and since many people are not aware of this, it is rarely put into practice.

Published
2002

39. L'ermite et le paysan au pays des oiseaux sans peur

Author

F. Burgun

Subjects
General Medicine
Abstract

БУРГУ H Ф., Отшельник и крестьянин в краю непуганных птиц Автор обращается к первому произведению М. Пришвина «В краю непуганных птиц » (1907) с тем, чтобы описать мир старообрядцев Русского Севера, в частности живших в районе Выжского озера. Для этого мира характерны образы отшельника и крестьянина. Мир выжского крестьянина состоит из трех концентрических сфер : дом и семья, община и природа (поля и леса). Ээти три сферы органически близки друг другу : они проникнуты единым ритмом и единым пониманием красоты., L'article s'appuie sur la première œuvre de M. M. Prišvin Au pays des oiseaux sans peur [1907] pour retracer les principales caractéristiques du monde des vieux-croyants de la Russie du Nord, en particulier du lac de Vyg. Ce monde s'articule autour de deux figures centrales que sont l'ermite et le paysan, eux-mêmes à la source de deux modalités de la vie spirituelle : érémitisme et cénobitisme. L'auteur indique comment le monde du paysan du Vyg s'organise selon trois sphères concentriques : la maison familiale, la communauté villageoise, la nature (champs et forêts). Ces trois sphères organiquement liées sont unies par une même conception de la beauté, un même rite, un même rythme., Burgun F. L'ermite et le paysan au pays des oiseaux sans peur. In: Cahiers slaves, n°6, 2002. Les études régionales en Russie (1890-1990). Origines, crise, renaissance. pp. 127-141.

Published
2002

40. [Analysis of medical catalog terms using the MAOUSSC model: application to Gyncecology-Obstetrics]

Author

J, Levêque, A, Burgun, F, Foucher, J M, Lévêque, J Y, Grall, and P, Le Beux

Subjects
Economics, Medical, Obstetrics, Gynecology, Research, Terminology as Topic, Feasibility Studies, Humans, Computer Simulation, Female
Abstract

The Model of Assistance and Orientation of a User within a System of Coding (MAOUSSC) used to describe activity in human medicine was used to analyse French medical nomenclature in Gynecology and Obstetrics.French medical nomenclature for gynecology and obstetrics was translated with the multiaxial model (MAOUSSC) to allow critical analysis.All the 119 medical acts in the French nomenclature involving the female genital tract and obstetrics could be translated with the model. 24% of the acts were imprecise, ambiguous or implicit: the nature of the procedure was not explicit in 7 cases, the surgical route was not given in 86 and the surgical instrumentation not named in 75. Activities involving numerous medical specialties and ambulatory activity can be described with the MOUSSC model.The MAOUSSC model is still in the experimental stage. It is however easy to implement, has a high potential for describing various medical acts and is suitable for the description of gynecological and obstetrical activity both in terms of economical and medical efficacy.

Published
1999

41. Le dit du preux paysan d'après les écrivains ruralistes de l'école de Vologda

Author

F Burgun

Subjects
General Medicine
Abstract

Сказание о крестьянском богатыре в творчестве писателей-деревенщиков вологодской школы. Писатели-деревенщики 1960-1970-х годов — прямые продолжатели народной устной традиции. Воспитанные на сказаниях, былинах и народных песнях, писатели «вологодской школы » (А. Яшин, Ф. Абрамов, В. Белов) используют свои знания фольклора для создания образа крестьянина. Смиренный лесник, борец в силу необходимости, а не по призванию, он отстаивает братство между людьми. Он не даст русской земле осиротеть., The story of the valiant peasant in the works of ruralist writers of the Vologda school. Writers-«ruralists» of the 1960-1970s are direct descendants of the popular oral tradition of the story telling. Authors of the «Vologda school» (A. Jašin, F. Abramov, V. Belov) have created a new peasant type who is, in many ways, represents their alter ego. A humble forester, pugnacious by necessity, his greatest passion is the brotherhood of men. He is the one who will always look after his land., Le dit du Preux paysan d'après les écrivains ruralistes de l'école de Vologda. Les écrivains «ruralistes» des années 1960-1970 sont les continuateurs directs de la littérature orale. Nourris de ses contes, bylines et chansons, les auteurs de ľ «école de Vologda» (A. Jašin, F. Abramov, V. Belov) ont peint un paysan qui leur emprunte ses traits, lesquels le distinguent du héros de nos chansons de gestes. Cet humble défricheur de forêts, batailleur par nécessite et non par goût a pour passion la fraternité. Il est celui qui empêche la terre russe de devenir orpheline, Burgun F. Le dit du preux paysan d'après les écrivains ruralistes de l'école de Vologda. In: Cahiers slaves, n°2, 1999. La civilisation traditionnelle dans la Russie du Nord. pp. 169-182.

Published
1999

42. Gas embolism and flexible Ecoflac® type bag.

Author

Freys, G., Burgun, G., L’Haridon, V., Otteni, J.C., and Pottecher, T.

Subjects
*EMBOLISMS, *BAGS
Abstract

Gas embolism at the end of infusion is a well known hazard, that should have disappeared with the use of flexible bags. However, some cases have been reported after pressure infusion. This experimental study evaluates the risk for gas embolism with Ecoflac® type flexible bags. These bags are safe under normal pressure infusion conditions with a pneumatic sleeve, because of their texture and pliability ; indeed, only minimal air volumes could be expelled, without any risk even in children. However, to be on the safe side, the manufacturer recommends to expel any residual air before pressure administration. This recommendation applies to any bag containing residual air, and since many people are not aware of this, it is rarely put into practice. [Copyright &y& Elsevier]

Published
2002
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43. LES ENSEIGNEMENTS QUE L'ON PEUT TIRER DE LA LÉPRE A STRASBOURG AU MOYEN ÂGE.

Author

Woringer, F. and Burgun, R.

Abstract

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Published
1967
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46. [The Stuart factor. Apropos of a case of congenital deficiency]

Author

E, Schneegans, G, Mayer, P, Burgun, J, Lévy-Silagy, V, Kalogjera, M L, Wiesel, J D, Peter, and J, Pautler

Subjects
Male, Infant, Newborn, Humans, Infant, In Vitro Techniques, Factor X Deficiency, Hypoprothrombinemias, Pedigree
Published
1976

48. [The avoidable neonatal injuries during delivery (author's transl)]

Author

R, Renaud, M, Zahi, B, Jacquetin, and P, Burgun

Subjects
Cesarean Section, Pregnancy, Birth Injuries, Infant, Newborn, Humans, Female, Prenatal Care, Delivery, Obstetric, Fetal Hypoxia, Fetal Monitoring, Fetal Distress, Obstetric Labor Complications
Abstract

The authors describe their approach which was designed to meet three imperatives, namely: --to prevent severe foetal distress, --to detect severe foetal distress by systematic use of the cardiotocography, --to avoid unnecessary interventions by supervising the metabolic state of the mother and the foetus which makes it possible to distinguish foetal acidosis by hypoxia necessitating rapid intervention from foetal acidosis of maternal origin for which extraction is not generally necessary. Their action has made it possible to reduce the number of caesarian during labour which achieving extremely low perinatal mortality and morbidity rates.

Published
1978

49. [Toxicity of oxygen on lung tissue in the new born]

Author

E, Schneegans, P, Burgun, R, Korn, F, Guckert, and G, Cajuste

Subjects
Male, Oxygen, Respiratory Distress Syndrome, Newborn, Dose-Response Relationship, Drug, Hyaline Membrane Disease, Infant, Newborn, Oxygen Inhalation Therapy, Humans, Female, Carbon Dioxide, Lung, Bronchopulmonary Dysplasia
Published
1977

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