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This thesis contains two parts. The first one is a study of the state of the art on data personalization and a proposition of a user profile model. The second one is a focus on a specific problem which is the query reformulation using profile knowledge.The goal of personalization is to facilitate the expression of the need for a particular user and to enable him to obtain relevant information when he accesses an information system. The relevance of the information is defined by a set of criteria and preferences specific to each user or community of users. These criteria describe the user's domain of interest, the quality level of the data he is looking for or the modalities of the presentation of this data. The data describing the users is often gathered in the form of profiles. In this thesis we propose a generic and extensible model of profile, which enables the classification of the profile's contents.Personalization may occur in each step of the query life cycle. The second contribution of this thesis is the study of two query reformulation approaches based on algorithms for query enrichment and query rewriting and the proposition of an advanced query reformulation approach. The three reformulation approaches are evaluated on a benchmark described in the thesis.; Cette thèse contient deux parties. La première est orientée vers l'étude de l'état de l'art sur la personnalisation et la définition d'un modèle de profil utilisateur. La seconde partie se focalise sur la reformulation de requêtes guidée par le profil utilisateur. La personnalisation a pour objectif de faciliter l'expression du besoin utilisateur et de rendre l'information sélectionnée intelligible à l'usager et exploitable. Elle se définit, entre autres, par un ensemble de préférences individuelles représentées par des couples (attribut, valeur), par des ordonnancements de critères ou par des règles sémantiques spécifiques à chaque utilisateur ou communauté d'utilisateurs. Ces modes de spécification servent à décrire le centre d'intérêt de l'utilisateur, le niveau de qualité des données qu'il désire ou des modalités de présentation de ces données. L'ensemble de ces informations est représenté dans un modèle d'utilisateur appelé souvent profil. Le premier travail de cette thèse est de proposer un modèle ouvert de profil capable d'acquérir toutes les informations décrivant l'utilisateur. La personnalisation de l'information intervient à toutes les étapes du cycle de vie d'une requête. La seconde contribution de cette thèse est l'étude de deux approches de reformulation de requêtes basées sur des techniques de réécriture et d'enrichissement existants et la proposition d'une approche de reformulation avancée qui alterne des étapes d'enrichissement et de réécriture. Les trois approches sont évaluées sur un benchmark défini dans la thèse.

We call Ontology Based DataBase (OBDB) a database that stores data together with the ontologies defining the semantics of these data. In the Semantic Web context, several OBDBs have been proposed. They are associated with languages allowing to query ontologies and data. Specially design for the persistence and querying of Web data, these OBDBs are specific to Web ontology models, they focus on conceptual ontologies and they don't take into account the relational structure of data contained in a database. In this thesis, we propose the OntoQL language to address these problems. This language has three main characteristics that distinguish it from other proposed languages: (1) the OntoQL language is independent of a given ontology model. Indeed, it is based on a core ontology models containing the constructors shared by different ontology models and this core ontology model can be extended by the OntoQL language itself, (2) the OntoQL language exploits the linguistic information that may be associated to a conceptual ontology allowing to express queries in different natural languages and (3) the OntoQL language is compatible with the SQL language and thus, it allows to exploit data at the logical level of an OBDB. Moreover, it extends this language to exploit data at the ontological level, independently of the logical representation of the data, and still to manipulate the structure of these data from this level.; Nous appelons Bases de Données à Base Ontologique (BDBO), les bases de données qui contiennent à la fois des données et des ontologies qui en décrivent la sémantique. Dans le contexte du Web Sémantique, de nombreuses BDBO associées à des langages qui permettent d'interroger les données et les ontologies qu'elles contiennent sont apparues. Conçus pour permettre la persistance et l'interrogation des données Web, ces BDBO et ces langages sont spécifiques aux modèles d'ontologies Web, ils se focalisent sur les ontologies conceptuelles et ils ne prennent pas en compte la structure relationnelle inhérente à des données contenues dans une base de données. C'est ce triple problème que vise à résoudre le langage OntoQL proposé dans cette thèse. Ce langage répond au triple problème évoqué précédemment en présentant trois caractéristiques essentielles qui le distinguent des autres langages proposés : (1) le langage OntoQL est indépendant d'un modèle d'ontologies particulier. En effet, ce langage est basé sur un noyau commun aux différents modèles d'ontologies et des instructions de ce langage permettent de l'étendre, (2) le langage OntoQL exploite la couche linguistique qui peut être associée à une ontologie conceptuelle pour permettre d'exprimer des instructions dans différentes langues naturelles et (3) le langage OntoQL est compatible avec le langage SQL, permettant ainsi d'exploiter les données au niveau logique d'une BDBO, et il étend ce langage pour permettre d'accéder aux données au niveau ontologique indépendamment de la représentation logique des données tout en permettant d'en manipuler la structure.

Parmi les techniques utilisées en fouille de données, la recherche de motifs séquentiels permet d'extraire des connaissances sur le comportement des données. Les principaux travaux de recherche autour des motifs s'intéressent à la définition d'algorithmes efficaces pour « passer à l'échelle » et manipuler un espace de recherche volumineux. Même si ces dernières années nous nous sommes également intéressés au facteur temps pour l'extraction de motifs, les travaux présentés dans ce mémoire se focalisent plus particulièrement sur de nouvelles extensions proposées aux motifs afin d'offrir des connaissances correspondant aux attentes du décideur. Tout d'abord nous proposons une représentation des données « classiques » (i.e. booléennes) en développant les définitions de motifs séquentiels que nous avons choisis comme format de description des comportements extraits. Nous répondons ensuite, au travers de l'approche ISE, à la question suivante : comment utiliser une connaissance extraite au préalable pour optimiser la phase d'extraction lorsque de nouvelles données arrivent ? Nous proposons également une représentation moins stricte des comportements et définissons les méthodes d'extraction associées (approche approximative) : SpeedyFuzzy, MiniFuzzy et TotallyFuzzy. Via une composante floue, nous montrons que de nouveaux motifs plus informatifs peuvent être extraits. Nous poursuivons l'utilisation de l'approche approximative pour prendre en compte des contraintes temporelles dans des motifs : GETC. Cette approche complète nos précédents travaux consistant à intégrer très tôt les contraintes dans le processus d'extraction et ainsi optimiser leur prise en compte : GTC.Lorsque les données manipulées deviennent plus complexes, nous montrons que les motifs s'avèrent être également une représentation adaptée. Nous nous attachons à décrire certaines de nos propositions sur deux types de données complexes : (1) pour les documents textuels, nous proposons une approche de classification supervisée SPAC et (2) pour les données multidimensionnelles, nous présentons deux nouvelles techniques permettant de prendre en compte différentes dimensions d'analyse, M2SP, et la hiérarchie disponible sur les dimensions : HYPE.

Parmi les techniques utilisées en fouille de données, la recherche de motifs séquentiels permet d'extraire des connaissances sur le comportement des données. Les principaux travaux de recherche autour des motifs s'intéressent à la définition d'algorithmes efficaces pour « passer à l'échelle » et manipuler un espace de recherche volumineux. Même si ces dernières années nous nous sommes également intéressés au facteur temps pour l'extraction de motifs, les travaux présentés dans ce mémoire se focalisent plus particulièrement sur de nouvelles extensions proposées aux motifs afin d'offrir des connaissances correspondant aux attentes du décideur. Tout d'abord nous proposons une représentation des données « classiques » (i.e. booléennes) en développant les définitions de motifs séquentiels que nous avons choisis comme format de description des comportements extraits. Nous répondons ensuite, au travers de l'approche ISE, à la question suivante : comment utiliser une connaissance extraite au préalable pour optimiser la phase d'extraction lorsque de nouvelles données arrivent ? Nous proposons également une représentation moins stricte des comportements et définissons les méthodes d'extraction associées (approche approximative) : SpeedyFuzzy, MiniFuzzy et TotallyFuzzy. Via une composante floue, nous montrons que de nouveaux motifs plus informatifs peuvent être extraits. Nous poursuivons l'utilisation de l'approche approximative pour prendre en compte des contraintes temporelles dans des motifs : GETC. Cette approche complète nos précédents travaux consistant à intégrer très tôt les contraintes dans le processus d'extraction et ainsi optimiser leur prise en compte : GTC.Lorsque les données manipulées deviennent plus complexes, nous montrons que les motifs s'avèrent être également une représentation adaptée. Nous nous attachons à décrire certaines de nos propositions sur deux types de données complexes : (1) pour les documents textuels, nous proposons une approche de classification supervisée SPAC et (2) pour les données multidimensionnelles, nous présentons deux nouvelles techniques permettant de prendre en compte différentes dimensions d'analyse, M2SP, et la hiérarchie disponible sur les dimensions : HYPE.

We call Ontology Based DataBase (OBDB) a database that stores data together with the ontologies defining the semantics of these data. In the Semantic Web context, several OBDBs have been proposed. They are associated with languages allowing to query ontologies and data. Specially design for the persistence and querying of Web data, these OBDBs are specific to Web ontology models, they focus on conceptual ontologies and they don't take into account the relational structure of data contained in a database. In this thesis, we propose the OntoQL language to address these problems. This language has three main characteristics that distinguish it from other proposed languages: (1) the OntoQL language is independent of a given ontology model. Indeed, it is based on a core ontology models containing the constructors shared by different ontology models and this core ontology model can be extended by the OntoQL language itself, (2) the OntoQL language exploits the linguistic information that may be associated to a conceptual ontology allowing to express queries in different natural languages and (3) the OntoQL language is compatible with the SQL language and thus, it allows to exploit data at the logical level of an OBDB. Moreover, it extends this language to exploit data at the ontological level, independently of the logical representation of the data, and still to manipulate the structure of these data from this level.; Nous appelons Bases de Données à Base Ontologique (BDBO), les bases de données qui contiennent à la fois des données et des ontologies qui en décrivent la sémantique. Dans le contexte du Web Sémantique, de nombreuses BDBO associées à des langages qui permettent d'interroger les données et les ontologies qu'elles contiennent sont apparues. Conçus pour permettre la persistance et l'interrogation des données Web, ces BDBO et ces langages sont spécifiques aux modèles d'ontologies Web, ils se focalisent sur les ontologies conceptuelles et ils ne prennent pas en compte la structure relationnelle inhérente à des données contenues dans une base de données. C'est ce triple problème que vise à résoudre le langage OntoQL proposé dans cette thèse. Ce langage répond au triple problème évoqué précédemment en présentant trois caractéristiques essentielles qui le distinguent des autres langages proposés : (1) le langage OntoQL est indépendant d'un modèle d'ontologies particulier. En effet, ce langage est basé sur un noyau commun aux différents modèles d'ontologies et des instructions de ce langage permettent de l'étendre, (2) le langage OntoQL exploite la couche linguistique qui peut être associée à une ontologie conceptuelle pour permettre d'exprimer des instructions dans différentes langues naturelles et (3) le langage OntoQL est compatible avec le langage SQL, permettant ainsi d'exploiter les données au niveau logique d'une BDBO, et il étend ce langage pour permettre d'accéder aux données au niveau ontologique indépendamment de la représentation logique des données tout en permettant d'en manipuler la structure.

This thesis contains two parts. The first one is a study of the state of the art on data personalization and a proposition of a user profile model. The second one is a focus on a specific problem which is the query reformulation using profile knowledge.The goal of personalization is to facilitate the expression of the need for a particular user and to enable him to obtain relevant information when he accesses an information system. The relevance of the information is defined by a set of criteria and preferences specific to each user or community of users. These criteria describe the user's domain of interest, the quality level of the data he is looking for or the modalities of the presentation of this data. The data describing the users is often gathered in the form of profiles. In this thesis we propose a generic and extensible model of profile, which enables the classification of the profile's contents.Personalization may occur in each step of the query life cycle. The second contribution of this thesis is the study of two query reformulation approaches based on algorithms for query enrichment and query rewriting and the proposition of an advanced query reformulation approach. The three reformulation approaches are evaluated on a benchmark described in the thesis., Cette thèse contient deux parties. La première est orientée vers l'étude de l'état de l'art sur la personnalisation et la définition d'un modèle de profil utilisateur. La seconde partie se focalise sur la reformulation de requêtes guidée par le profil utilisateur. La personnalisation a pour objectif de faciliter l'expression du besoin utilisateur et de rendre l'information sélectionnée intelligible à l'usager et exploitable. Elle se définit, entre autres, par un ensemble de préférences individuelles représentées par des couples (attribut, valeur), par des ordonnancements de critères ou par des règles sémantiques spécifiques à chaque utilisateur ou communauté d'utilisateurs. Ces modes de spécification servent à décrire le centre d'intérêt de l'utilisateur, le niveau de qualité des données qu'il désire ou des modalités de présentation de ces données. L'ensemble de ces informations est représenté dans un modèle d'utilisateur appelé souvent profil. Le premier travail de cette thèse est de proposer un modèle ouvert de profil capable d'acquérir toutes les informations décrivant l'utilisateur. La personnalisation de l'information intervient à toutes les étapes du cycle de vie d'une requête. La seconde contribution de cette thèse est l'étude de deux approches de reformulation de requêtes basées sur des techniques de réécriture et d'enrichissement existants et la proposition d'une approche de reformulation avancée qui alterne des étapes d'enrichissement et de réécriture. Les trois approches sont évaluées sur un benchmark défini dans la thèse.

Pattern mining is a significant field of Knowledge Discovery inDatabases. This thesis deals with the mining problem of local patternsunder constraints. We propose a new framework relying on monotoneprimitives in order to define and mine varied constraints. This broadspectrum of constraints enables users to accurately focus on the mostinteresting patterns. We provide two main approaches for automaticallymining patterns which solve the intrinsic algorithmic difficulty ofthis task. Their efficiency mainly relies on necessary conditionsapproximating the variation of contraints. Firstly, relaxing methodsenable us to re-use numerous usual algorithms. Secondly, we designpattern mining algorithms dedicated to wide or correlated datasets byexploiting the concept of equivalence classes. Finally, the use ofthese methods highlights several relevant local phenomena in realindustrial and medical applications.; La découverte de motifs est une tâche centrale pourl'extraction de connaissances dans les bases de données. Cette thèsetraite de l'extraction de motifs locaux sous contraintes. Nousapportons un éclairage nouveau avec un cadre combinant des primitivesmonotones pour définir des contraintes quelconques. La variété de cescontraintes exprime avec précision l'archétype des motifs recherchéspar l'utilisateur au sein d'une base de données. Nous proposons alorsdeux types d'approche d'extraction automatique et générique malgré lesdifficultés algorithmiques inhérentes à cette tâche. Leurs efficacitésreposent principalement sur l'usage de conditions nécessaires pourapproximer les variations de la contrainte. D'une part, des méthodesde relaxations permettent de ré-utiliser les nombreux algorithmesusuels du domaines. D'autre part, nous réalisons des méthodesd'extraction directes dédiées aux motifs ensemblistes pour les donnéeslarges ou corrélées en exploitant des classes d'équivalences. Enfin,l'utilisation de nos méthodes ont permi la découverte de phénomèneslocaux lors d'applications industrielles et médicales.

Depuis 1995, le centre de documentation du site de l'INRS (Institut National de Recherche et de Sécurité) situé à Vandoeuvre, a expérimenté différentes approches de l'infométrie et de la veille dans le but de soutenir les activités de recherches de son site. Cet article présente le cheminement, les réflexions et les difficultés qui ont marqué ce parcours. Ce parcours a permis d'acquérir de l'expérience et de susciter un intérêt pour la veille. Des projets pilotes ont été menés sur des sujets d'études tels que le stress, la génomique du mésothéliome, les risques biologiques émergeants ou les particules ultrafines. Ils ont été réalisés en collaboration avec le LORIA (Laboratoire Lorrain de Recherche en Informatique et ses Applications) et l'INIST (INstitut de l'Information Scientifique et Technique) et se sont essentiellement appuyés sur la plate-forme DILIB (Digital Library) développée par ces organismes. Parallèlement, une sensibilisation à la veille a été conduite grâce à un séminaire de réflexion interne, des stages de formation et la création d'une rubrique de communication interne dédiée à ces sujets sur l'Intranet de l'INRS. Aujourd'hui, la nécessité d'organiser et de structurer une activité de veille au sein de l'INRS s'impose en raison de la quantité accrue d'information disponible, du développement des NTIC (Nouvelles Technologies de l'Information et de la Communication) mais aussi des choix stratégiques dans l'orientation des études et des actions menées en matière de prévention des risques professionnels. Notre démarche a permis de mettre en évidence la nécessité d'homogénéiser l'accès à l'information et de structurer les informations réunies selon un modèle commun pour une exploitation collective efficace. Mais les aspects humains et relationnels se révèlent problématiques car il s'agit de convaincre et de dépasser les réticences que soulève la mise en place de nouveaux processus.

Membre du courant encyclopédique et Secrétaire perpétuel de l’Académie des Sciences, Condorcet (1743-1794) est particulièrement au fait de la question de la classification, que celle-ci s’applique au monde des idées ou à celui de la Nature. Il commente les réalisations de ses contemporains en la matière et nourrit son propos par une réflexion sur les principes de classification en tant que tels. Originale et méconnue, la classification qu’il consacre à l’histoire des progrès de l’esprit humain, dite Table de référence, est une émanation directe de cette réflexion. Elle est élaborée selon trois dimensions codées – lignes, colonnes, profondeur – devant permettre le stockage, le repérage et le traitement des données historiques. L’aspect inachevé de la Table de référence est aisément compréhensible si on la conçoit comme une construction exploratoire que Condorcet souhaiterait léguer aux générations futures. La Table de référence est aussi pour Condorcet une manifestation de la puissance de l’analyse, synonyme chez lui de calcul mathématique. Il en résulte une vision proprement mécanique de l’opération de classification, l’exposé de Condorcet annonçant, de manière explicite, l’avènement de la mécanographie et du traitement automatique de l’information. A Member of the Encyclopedists’ group and “Secrétaire perpétuel” of the French Academy of Sciences, Condorcet (1743-1794) was particularly interested in the subject of classification in the realm of human knowledge as well as in the realm of Nature. He did not only comment the works of his contemporaries on this subject, but also developed his own thinking about the principles of taxonomy. A direct product of this thinking is his original and quite unknown classification of the history of the progress of the human mind, called Table de référence. This Table was elaborated in three coded dimensions – rows, columns and depth – supposed to allow the storage, identification and processing of historical data. The fact that the Table de référence remained unfinished is easy to understand if one conceives it as an exploratory construction intended by Condorcet for future generations. The Table de référence is also in Condorcet’s view an expression of the power of analysis, which is for him synonymous with mathematical calculus. As a consequence, the process of classification is conceived as a purely mechanical operation, and makes Condorcet’s research an explicit forerunner of punched cards systems and automatic data processing.

Les recompositions territoriales en cours appellent à de nouveaux concepts, méthodes et outils pour comprendre et accompagner les transformations tant organisationnelles que cognitives, relatives aux représentations spatiales. Pour modéliser ces transformations, nous avons fait appel aux concepts d'itinéraire méthodologique, d'organisation spatiale, de niveaux d'organisation. Ils nous ont fourni les éléments de base pour la construction des démarches de recherche. Mais il s'agit également de traduire les informations produites en connaissances appropriables par les acteurs. Le détour par une analyse sémantique ou par une approche cognitive des perceptions des acteurs est alors indispensable. Cela ouvre sur de nouvelles pratiques de recherche sur l'usage des NTIC pour raisonner une meilleure interaction territoriale.

Pattern mining is a significant field of Knowledge Discovery inDatabases. This thesis deals with the mining problem of local patternsunder constraints. We propose a new framework relying on monotoneprimitives in order to define and mine varied constraints. This broadspectrum of constraints enables users to accurately focus on the mostinteresting patterns. We provide two main approaches for automaticallymining patterns which solve the intrinsic algorithmic difficulty ofthis task. Their efficiency mainly relies on necessary conditionsapproximating the variation of contraints. Firstly, relaxing methodsenable us to re-use numerous usual algorithms. Secondly, we designpattern mining algorithms dedicated to wide or correlated datasets byexploiting the concept of equivalence classes. Finally, the use ofthese methods highlights several relevant local phenomena in realindustrial and medical applications., La découverte de motifs est une tâche centrale pourl'extraction de connaissances dans les bases de données. Cette thèsetraite de l'extraction de motifs locaux sous contraintes. Nousapportons un éclairage nouveau avec un cadre combinant des primitivesmonotones pour définir des contraintes quelconques. La variété de cescontraintes exprime avec précision l'archétype des motifs recherchéspar l'utilisateur au sein d'une base de données. Nous proposons alorsdeux types d'approche d'extraction automatique et générique malgré lesdifficultés algorithmiques inhérentes à cette tâche. Leurs efficacitésreposent principalement sur l'usage de conditions nécessaires pourapproximer les variations de la contrainte. D'une part, des méthodesde relaxations permettent de ré-utiliser les nombreux algorithmesusuels du domaines. D'autre part, nous réalisons des méthodesd'extraction directes dédiées aux motifs ensemblistes pour les donnéeslarges ou corrélées en exploitant des classes d'équivalences. Enfin,l'utilisation de nos méthodes ont permi la découverte de phénomèneslocaux lors d'applications industrielles et médicales.

National audience; En France, sous l’effet de la décentralisation et de l’ouverture de l’Europe, au Canada avec les fusions municipales, mais aussi dans les pays du sud avec le désengagement des États, de nouveaux lieux de décision et d’action sont mis en scène. Différents acteurs interviennent pour gérer le territoire, acteurs locaux et institutionnels, partenaires publics et privés, représentants de l’État, élus des collectivités territoriales, professionnels ou société civile. Les secteurs d’activités concernés et les niveaux où celles-ci s’organisent sont multiples. Les activités sont donc à prendre en compte et à intégrer dans toutes leurs dimensions tant économiques que sociales, écologiques que culturelles pour l’accompagnement de l’action et la formation des acteurs. Les « territoires » sont ainsi collectivement construits, dans leur matérialité comme dans leur valeur symbolique, via des processus innovants. La participation des acteurs et la multiplicité des échelles spatio-temporelles en jeu sont les ingrédients de base des recompositions territoriales résultantes. La nature de ces recompositions est plurielle : elle est organisationnelle, dans la mesure ou il s’agit de coordonner des actions à différents niveaux et de combiner différentes logiques ; elle est aussi spatiale, car les actions génèrent de nouvelles entités spatiales de gestion (et une légitimité des acteurs correspondante) et produisent de nouvelles configurations ; elle est enfin cognitive, car de nouvelles visions du territoire émergent et les représentations des acteurs évoluent. Ces constats imposent de développer de nouveaux concepts, méthodes et outils pour accompagner ces processus dans leur diversité et leur complexité. Une convergence de recherches Depuis plusieurs années s’est structuré en France un ensemble de chercheurs, agronomes, géographes, aménageurs travaillant sur les « Modèles spatiaux pour le développement territorial ». Ces derniers se proposent d’analyser les représentations spatiales produites dans des dispositifs où chercheurs et acteurs sont confrontés à des questions de développement territorial (Lardon et al., 2001). Au-delà des premières expériences mises en commun, deux nouvelles ouvertures sont apparues nécessaires. La première concerne la prise en compte des représentations des acteurs et leur implication dans les projets. Elle ouvre sur les questions de participation et d’appropriation des approches (Debarbieux et Lardon, 2003). La seconde ouverture est liée au développement des nouvelles technologies de l’information et de la communication (NTIC) et à la mise en évidence de l’utilité de ces outils dans de nombreux domaines, y compris celui de l’action territoriale (Mainguenaud, 2002).

cote interne IRCAM: Vinet05a; National audience; L'objet de cette synthèse est de rendre compte de l’émergence de nouvelles fonctions des technologies musicales issues des recherches récentes (navigation dans les bases de données musicales, nouveaux instruments d’écoute, outils de production et instruments d'usage simplifié, extension de la notion d'instrument de musique) et de préfigurer les nouvelles pratiques, en particulier non expertes, qui en découlent.

Tandem repeats are consecutive occurrences of a DNA unit. Such structures are found in all organisms, prokaryotes as well as eukaryotes. Although their biological function is not fully understood, they have diverse practical applications. In bacteria, polymorphic tandem repeats (with varying copy numbers), are powerful tools for strain identification in bacterial epidemiology. In humans, some tandem repeats mutate at a very high rate: hypermutable minisatellites are the most unstable elements in the human genome. They can be used as biomarkers for the monitoring of genotoxic agents such as ionizing radiations. More fundamentally, they are a model to study genome instability. In this thesis, we take advantage of the release of genome sequence data in order to identify polymorphic tandem repeats. First, we developed a tandem repeats database freely accessible on the web (http://minisatellites.upsud. fr), which provides tandem repeats from complete genomes. Then, we used several approaches to identify polymorphic tandem repeats. The first one consisted in developing a strain comparison page for bacteria with several sequenced strains, which directly selects polymorphic markers for use in epidemiology. The second approach, applied to human minisatellites, sought to define polymorphism predictive criteria from the sequence of one single allele. This study also identified a hypermutable minisatellite located in a putative coding sequence. The predictive criteria were subsequently used to search for potentially polymorphic coding minisatellites in the human genome., Les répétitions en tandem sont constituées de successions de motifs d'ADN. Ces structures sont présentes dans tous les organismes, procaryotes comme eucaryotes et, même si leur rôle biologique est encore peu compris, elles ont des applications dans de nombreux domaines. Tout d'abord, chez les bactéries, les répétitions en tandem polymorphes, dont le nombre d'unités varie, se révèlent un outil puissant pour l'identification de souches à des fins épidémiologiques. Par ailleurs, certaines répétitions en tandem humaines ont la propriété de muter à des fréquences élevées : les minisatellites hypermutables sont les éléments les plus instables du génome humain. Ils peuvent être utilisés comme biomarqueurs d'exposition à des agents potentiellement mutagènes tels que les radiations ionisantes. D'un point de vue plus fondamental, ils sont également un modèle d'étude des mécanismes d'instabilité des génomes. Dans cette thèse, nous mettons à profit les données issues du séquençage afin d'identifier des répétitions en tandem polymorphes. Nous avons tout d'abord élaboré une base de données des répétitions en tandem accessible sur le web (http://minisatellites.u-psud.fr), qui fournit un accès aux répétitions en tandem de génomes entiers. Ensuite, dans le but de sélectionner les répétitions en tandem polymorphes, plusieurs stratégies ont été mises en oeuvre. D'une part, chez les bactéries pour lesquelles les séquences de plusieurs souches étaient disponibles, nous avons créé un utilitaire de comparaison de souches, afin d'identifier des marqueurs polymorphes utilisables en épidémiologie. D'autre part, une étude menée sur les minisatellites humains a permis de définir des critères prédictifs du polymorphisme à partir de la séquence d'un seul allèle de minisatellite, et a en outre mis en évidence un nouveau minisatellite hypermutable situé dans une séquence codante putative. Les critères prédictifs ont également été appliqués à l'identification de minisatellites codants potentiellement polymorphes dans le génome humain.

(Présentation PowerPoint). Colloque sur invitation.; Le tutoriel vise à faire le point sur la technologie des systèmes de gestion de bases de données centralisées et réparties pour ensuite discuter les apports potentiels de cette technologie dans le cadre des architectures clients/serveurs et du Web en particulier. Ainsi, on passera en revue la représentation et la gestion de données (fortement) structurées ainsi que celles des objets et des données non ou semi-structurés. Nous terminerons par une évaluation de l'adéquation (d'une partie) de la technologie Bases de données par rapport à de nouveaux types d'applications ou de nouvelles architectures logicielles (Client/Serveur + Web).

132 transparents. Colloque sur invitation. nationale.; National audience; Comparaison entre la représentation et la gestion de données fortement structurées (relationnel, objets) et la représentation et la gestion données non ou semi-structurées. XML: un cas particulier de modèle pour données semi-structurées.

185 transparents. Colloque sur invitation. internationale.; International audience; Indépendamment de sa génération (CODASL, Relationnelle, Objets), un Système de Gestion de Bases de Données (SGBD) offre plus de services que simplement décrire et manipuler des données. Ces services incluent le traitement et l'optimisation de requêtes, la gestion de l'intégrité et de la confidentialité des données, la gestion des transactions, celle des accès concurrents ainsi que la reprise en cas d'incident. Le but de ce tutoriel est de présenter l'évolution des SGBD en partant des concepts et de la technologie relationnels. L'architecture et les principaux acquis dans le domaine des bases de données centralisées et distribuées sont passés en revue pour faire ressortir les forces et faiblesses de la technologie relationnelle. La période post-relationnelle est ensuite parcourue selon plusieurs axes : SGBD actifs, déductufs, sémantiques et orientés objets. Le tutoriel se termine par un aperçu de la position de la technologie dans des architectures modernes (architectures client/serveur, bases de données et Web, en incluant XML et une partie de sa "galaxie"). || Independently from the generation (CODASYL, Relational, Object-Oriented) it belongs to, a DataBase Management Systems (DBMS) provides more facilities than only describing and manipulating data. These include query processing and optimization, data i

The university Hospitals of Geneva, formed since 1995 with a network of hospitable establishments, with 7'900 collaborators working on 5 geographic sites, with 2185 beds, and offering annually 175'000 hospitalizations (HC: 52'000) and 620'000 ambulatory consultations (2001). The cantonal hospital of Geneva was one of the pioneers of medical data processing in Switzerland, even in Europe. From 1976, a team of IT specialists-doctors, designed the DIOGENE system, which went through numerous developments. At present, the data base of patients DIOGENE gathers data for a little more than a million of patients, with an annual increase of the order of 45'000 new patients. From the beginning, the DIOGENE system was designed as a patient oriented system and not as an administrative system of management. Such a data base could be exploited from the statistical point of view, for example for queries of a medical type or administrative data. During the first years of use, this type of query was made in batch mode, during the ‘slack' periods. However, this type of exploitation gradually met with several obstacles and we envisaged the possibility of creating an “archival” data base with the possibility of directly interrogating an anonymised data base, by using browsers, without using the operational data bases resources. This project lives by the implementation of the data base integrated ARCHIMED system in 1993. The key concept of this application lies in the transcription of the data linked to the patients in a series of "elementary facts", which can later be manipulated in an extremely powerful way. Practically, the pre-selected data from the various operational computer systems, are filtered daily by a series of interfaces, which transforms them into elementary facts then places them in the ARCHIMED data base on an annualised base. After ten years of activity (1993-2003) the annual evolutions are the following : Increase in the neighborhood of 1,5 Gigabytes a year (5MB / j * 365 j. = 1,8 GB) 70 million entries (elementary facts) (i.c. the addition of 200 tables annually) The concept which presided over the birth of ARCHIMED was of a medical and operational order. However, the necessity of harmonizing the data resulting from several different operational systems, forced its designers to an ontological reflection leading to a structuralization meeting the concerns of a conservation of the long-term data. ARCHIMED represent therefore a prototype “historical” data base, designed at the beginning for the management of large amounts of data for long term preservation., Les Hôpitaux universitaires de Genève, forment depuis 1995 un réseau d'établissements hospitaliers, comptant près de 7'900 collaborateurs travaillant sur 5 sites géographiques, comptant 2187 lits, et offrant annuellement 45'000 hospitalisations et 730'000 consultations ambulatoires (chiffres 2001). L'hôpital cantonal de Genève a été un des pionnier de l'informatique médicale en Suisse, voire en Europe. Dès 1976, le centre d'informatique hospitalière concevait le système DIOGENE, qui allait connaître de nombreux développements. Actuellement, la base de données patients rassemble les données d'environs un million de patients, avec un accroissement annuel de l'ordre de 40'000 patients. Dès le départ, le système DIOGENE a été conçu comme un système orienté patient et non pas comme un système de gestion administratif. Cependant, une telle base de données ne pouvait pas ne pas être exploitée du point de vue statistiques, tant pour des interrogations de type médical qu'administratif. Durant les premières années d'utilisation, ce type d'interrogation s'effectuait en mode batch, durant les heures creuses de l'exploitation. Cependant, ce type d'exploitation s'est progressivement heurté à plusieurs obstacles, et l'on envisagea la possibilité de créer une base « d'archivage » qui permettrait le lancement de requêtes statistiques sophistiquées, paramétrables, et sur une base anonyme sans mobiliser les ressources de la base de données opérationnelle. Ce projet vit le jour en 1993 par la réalisation de la base de données intégrée ARCHIMED,. Le concept clé de cette application réside dans la transcription des données liées aux patients en une série de « faits élémentaires », qui peuvent être manipulés ultérieurement de manière extrêmement performante. Pratiquement, les données préalablement sélectionnées des différents systèmes informatiques opérationnels, sont déversées quotidiennement dans une application qui les transforme en faits élémentaires puis les déversent dans la base de données ARCHIMED sur une base annualisée. Après dix ans d'activité (1993-2003) les chiffres sont les suivants : 70 millions d'enregistrements (faits élémentaires) Accroissement d'environs 1,5 Gigabytes par an (5MB * 365 j. = 1,8 GB) (soit 200 tables annuelles) Le concept qui a présidé à la naissance d'ARCHIMED a été d'ordre médical et opérationnel. Cependant, la nécessité d'harmoniser les données provenant de plusieurs systèmes initiaux, a forcé ses concepteurs à une réflexion ontologique qui a amené à une structuration qui rencontre les préoccupations d'une conservation des données à long terme. ARCHIMED représente donc un prototype de ce que pourrait être une base de donnée « historique », conçue dès le départ pour maîtriser un grand nombre de données à long terme.

Looking back at a century of speech recording, the legacy is not as extensive—and nowhere as tidy—as the layman would think. Research centres seldom keep track of the recordings made by their researchers. This paper, focusing primarily on endangered languages data, argues that a network of sound libraries associated with university libraries and research centres should be set up to build and disseminate corpora, following certain quality standards. Researchers could then have access to databases that would reflect the variety of research purposes as well as the variety of the world's languages., La réflexion part d'un constat paradoxal: les bases de données sonores abritées par les centres de recherches en phonétique sont relativement peu développées. Les centres de recherche assurent rarement le suivi des documents enregistrés par leurs chercheurs. Le présent article, qui se place principalement du point de vue de la conservation des langues en danger, présente une réflexion sur le rôle que pourraient jouer des « phonothèques universitaires », centres de diffusion mais aussi de création de bases de données.

International audience; Problématique les structures de l'habitat de la petite et moyenne aristocratie en Aquitaine sont mal connues en raison du manque de sources historiques pour les périodes du Moyen Age entre le XIIe et le XIVe siècles. La maison forte souffre d'un problème d'identité en partie lié aux multiples définitions, souvent imprécises, données par les chercheurs. Les historiens de l'art ont bien approché les questions architecturales de ces habitats mais dans le département de la Gironde, malgré plusieurs inventaires, ils n'ont pas été étudiés faute d'une méthode d'analyse fine. Quelques études ont pourtant été tentées dans ce domaine entre 1984 et 1990 mais n'ont pas été assez relayées localement. Mais surtout, l'accès aux sites, qui restent souvent privés, reste difficile et rend l'étude intérieure des maisons fortes assez, rare. C'est dans ce contexte qu'une étude a été lancée en 1997 par l'UMR Ausonius dans l'optique de proposer une méthode d'analyse dédiée aux maisons fortes.

Iconographic databases conceived by scholars and research centers are precious but highly specialized working tools. These resources have long been reserved to expert uses but the development of the Internet is seen as a good way to open their access to "anyone".This thesis analyses how new publics do with resources conceived and seen from the specialists point of view. Databases are studied from three points of view: as scientific tools ; as technical artifacts; as medias and communication tools. This composite approach moves the scientific question from mere technical adjustments to theoretical and ethical questions regarding global access to commons.; Les bases de données iconographiques, qu'elles aient été constituées par des organismes chargés de la conservation du patrimoine ou par les chercheurs eux-mêmes, sont des outils de travail précieux dans le domaine de la recherche historique. Ces ressources documentaires sont longtemps restées l'apanage des spécialistes mais le développement d'Internet a permis leur ouverture à un public très large. Cette thèse étudie les conditions d'appropriation par de nouveaux publics de sources documentaires pensées au départ par et pour des spécialistes et s'intéresse particulièrement au rôle dévolu aux " Nouvelles Technologies " dans ce processus d'appropriation au travers notamment du mythe du " Plug & play ".Les bases de données iconographiques sont considérées sous trois angles : en tant que constructions savantes, en tant qu'outils techniques et en tant que propositions communicationnelles. Ceci permet de poser la problématique générale en termes d'énonciation éditoriale et de montrer l'importance des documents d'interface et de la réflexion à mener sur les ré-écritures dans le processus de mise à disposition de nouveaux publics.La seconde partie reprend les conclusions de la première, dans le contexte précis de l'ouverture sur Internet d'une base de données sur l'histoire du Nord conçue par le laboratoire IRHIS. A partir d'observations et d'expérimentations liées à la lecture d'images et menées auprès différents publics, elle propose une nouvelle approche de la consultation des bases iconographiques, plus proche de la nature des images et reposant sur le principe d'une collaboration concepteur/utilisateur.

Diplôme : Rapport de Stage

This HDR document concerns multimedia information systems. It relates various research works on multimedia database systems and video database systems. It concerns the period between 1995 and 2000., Ce document traite des systèmes d'information multimédia. Il retrace différents travaux de recherche sur les bases de données multimédias et sur les bases de données vidéo. Il concerne la période 1995-2000.

National audience; La base de données Mapgena a un double objectif : regrouper et gérer les informations utiles aux programmes d’étude du génome (cartographie, détection de QTL, analyse de populations) et ses applications ; créer des interfaces entre ces données et les outils d’analyse (crimap, linkage, qtlmap, phylip, génépop, fstat...). Elle est multi-espèce et contient des typages variés (protéines, hémotypes, gènes, microsatellites, RFLP...) ainsi que des caractères divers pour les performances. Cette base de données sous Oracle et son application développée avec l’AGL Uniface sont accessibles sur le serveur dga5 au Centre de Traitement de l’Information Génétique. A ce jour, les programmes de recherches gérés dans Mapgena sont : les programmes de détection de QTL dans plusieurs espèces (bovins laitiers, porcs, poule), le programme international de cartographie génétique chez le cheval ainsi que les données de typage dans le programme de sélection des reproducteurs chez les caprins.

Les données biologiques, en particulier les séquences d’ADN, s’accumulent extrêmement rapidement. Pour exploiter toutes ces données, une nouvelle science est née, la bioinformatique. Accéder de manière rapide et fiable aux données disponibles dans les banques internationales et analyser les données expérimentales produites à grande échelle nécessitent des outils informatiques puissants et en perpétuel développement. Assembler les séquences brutes, trouver les unités fonctionnelles des séquences génomiques, comparer les séquences entre elles, prédire les structures et les fonctions des macromolécules, comprendre les interactions entre les gènes et leurs produits en termes de réseaux métaboliques mais aussi d’évolution des espèces : toutes ces questions nécessitent l’utilisation de la bioinformatique et son développement.

To date no method of analysis of the places of life of the small rural aristocracy of the Average Age concretely as born. In Aquitaine, the study even of these sites, however in the heart of the social life, never was total the research project object. Only inventories of sites, carried out within the framework of Controls at the University Michel de Montaigne - Bordeaux 3, were carried out. Even if they are exhaustive, no model can be detected in a precise way through these documents fault of tools of research. Archaeology was not directed either in this direction, because only a site was examined for the Gironde: the habitat castral of Brion in Médoc. The habitats of rise were not studied in Aquitaine. The research tasks realized by the unit associated n°1008 with CNRS in Lorraine, Champagne and Frank-comté made it possible to better include/understand the organization of the houses fortes1. However it should be announced that the advance of the Anglo-Saxons in this field is undeniable. Many sites of strong houses were excavated. French research concentrated around the strong house under the impulse of Francoise Piponnier and of Jean-Marie Pesez as of the years 1972-1973. The publication of work on the strong houses bourguignonnes2 was followed many other studies covering several areas. Aquitaine missed besides large from all this research. The data presented at the time of the international conference of 1984 were specified within the framework of the GDR 094 animated initially by André Debord then by Francoise Piponnier and Jean-Michel Poisson. The reflexion related on the question of the medieval house and the manner of living the noble home (of XIIe in XVe century). Thus the studies were numerous and very rich person without being as complete as those carried out by the Anglo-Saxons. They however increased knowledge on the bonds between the strong houses and their close environment. The ways of life were perceived better. It is in these problems that comes to be registered our draft study by the way of corpus informatization and digitalization, online databases and online virtual reality (vrml)., A ce jour aucune méthode d'analyse des lieux de vie de la petite aristocratie rurale du Moyen Age n'a concrètement vu le jour. En Aquitaine, l'étude même de ces sites (maisons fortes et maisons nobles), pourtant au cœur de la vie sociale, n'a jamais fait l'objet d'un projet global de recherche. Seuls des inventaires de sites, réalisés dans le cadre de Maîtrises à l'Université Michel de Montaigne - Bordeaux 3, ont été réalisés. Même s'ils sont exhaustifs, aucun modèle ne peut être détecté de manière précise au travers de ces documents faute d'outils de recherche. L'archéologie n'a pas non plus été orientée dans cette direction, car seul un site fut examiné pour la Gironde : l'habitat castral de Brion dans le Médoc. Les travaux de recherches réalisés par l'unité associée n° 1008 du CNRS en Lorraine, Champagne et Franche-Comté ont permis de mieux comprendre l'organisation des maisons fortes. Cependant il faut signaler que l'avance des Anglo-saxons dans ce domaine est indéniable. De nombreux sites de maisons fortes ont été fouillés. Les recherches françaises se sont concentrées autour de la maison forte sous l'impulsion de Françoise Piponnier et de Jean-Marie Pesez dès les années 1972-1973. La publication des travaux sur les maisons fortes bourguignonnes a été suivie de nombreuses autres études couvrant plusieurs régions. L'Aquitaine fut d'ailleurs la grande absente de toutes ces recherches. Les données présentées lors du colloque international de 1984 ont été précisées dans le cadre du GDR 094 animé dans un premier temps par André Debord puis par Françoise Piponnier et Jean-Michel Poisson. La réflexion portait sur la question de la maison médiévale et sur la manière d'habiter le logis noble (du XIIe au XVe siècle). Ainsi les études ont été nombreuses et très riches sans être aussi complètes que celles réalisées par les anglo-saxons. Elles ont cependant accru les connaissances sur les liens entre les maisons fortes et leur environnement proche. Les modes de vie ont été mieux perçus. C'est dans cette problématique que vient s'inscrire notre projet d'étude sur la maison forte du Boisset (Berson, Gironde) qui tente d'apporter un outil et une méthode d'analyse à l'aide de l'informatisation des données (corpus) et des espaces en réalité virtuelle (vrml).

Le projet STREK (Développement des techniques sylvicoles pour la régénération des forêts humides exploitées de l'Est-Kalimantan) avait pour objectif de proposer des règles de gestion en vue d'une productivité durable des forêts de cette région, principaux pourvoyeurs de l'industrie du bois en Indonésie. Le projet s'est déroulé de 1989 à 1996. Dans la concession de PT INHUTANI I à Berau, deux sites d'étude, de 1 000 ha chacun, ont été choisis. Sur le premier site, exploité en 1978-1979, six parcelles de 4 ha chacune ont été installées pour appliquer des traitements sylvicoles avec deux parcelles-témoins. Sur le second site, localisé en forêt primaire jusqu'en 1991, 12 parcelles de 4 ha chacune ont été matérialisées. On a choisi trois parcelles-témoins et mis en oeuvre trois traitements d'exploitation avec trois répétitions : deux techniques d'exploitation à faible impact (EFI) avec deux limites de diamètre (> 50 et > 60 cm) et la dernière appelée «conventionnelle». Tous les arbres de diamètre ≥ 10 cm ont été mesurés, numérotés et cartographiés à l'échelle de 1:200. Une base de données portant sur 40 000 arbres a été créée où la botanique, la typologie et la pédologie sont présentes. La création de cette base de données est la première étape avant de pousser plus loin l'étude de la croissance et de la productivité des arbres., STREK is an acronym of the «Development of Silvicultural Techniques for the Regeneration of logged-over rain forests in East Kalimantan». The objectives of this project were to develop management rules leading to sustained productivity of the forests in this area, which are the main suppliers of wood industry in Indonesia. This project was scheduled over a seven-year period (1989-1996). In the Berau PT. INHUTANI I concession, two sites of 1 000 ha each were selected. On the first site, logged in 1978-1979, six plots of 4 ha each were set up. Two different silvicultural treatments were tested, with 2 control plots. On the second site, covered by primary forest until 1991, 12 plots of 4 ha each were set up. Three control plots marked out and three logging treatments with three replications were implemented: two Reduced-Impact Logging techniques (RIL) with two different diameter limits (> 50 and > 60 cm) and one called «conventional». In these plots, all trees with dbh >10 cm were measured, numbered and mapped on a scale of 1:200. A database comprising about 40 000 trees was set up with botany, typology and pedology as well as silvicultural data, which is a prerequisite to carry out further growth and yield studies., El proyecto STREK (desarrollo de técnicas silvícolas para la regeneración de los bosques húmedos explotados del Kalimantan oriental) tenía como objetivo la elaboración de reglas de gestión con miras a una productividad sostenible de los bosques de la provincia de Kalimantan oriental, principal proveedor de la industria maderera en Indonesia. Su duración fue de siete anos (1989-1996). Se escogieron dos terrenos de estudio de 1 000 ha cada uno en la concesión de PT INHUTANI I de Berau. En el primer terreno, explotado entre 1978-1979, se acondicionaron seis parcelas de 4 ha en las que se ensayaron dos tratamientos silvícolas, con dos parcelas-testigo. En el segundo terreno, cubierto por bosque primario hasta 1991, se establecieron doce parcelas de 4 ha. Se seleccionaron tres parcelas-testigo y se aplicaron tres tratamientos de explotación con tres repeticiones: dos técnicas de explotación de impacto reducido (EIR) con dos límites de diametro (> 50 y > 60 cm) y una llamada «convencional». Todos los árboles de diámetro > 10 fueron medidos, numerados y cartografiados a una escala 1:200. Se creó una base de datos de 40 000 árboles que además de las silvícolas incluye referencias botánicas, tipológicas y edafológicas. Esta base es un primer paso dentro del estudio del crecimiento y productividad de los árboles.

Article dans revue scientifique avec comité de lecture.; Cette étude s'inscrit dans le cadre des travaux sur la conception de bases de données dédiées aux applications de conception assistée par ordinateur (CAO). Elle se focalise sur l'aspect multi-expert qui stipule que les objets CAO sont manipulés par plusieurs experts et donc décrits selon différents points de vue. Ce papier montre les apports et les limites des principaux travaux qui ont enrichi l'activité de conception par la dimension "point de vue ". Il dégage des caractéristiques indispensables à la gestion des points de vue ; à notre connaissance, ces caractéristiques ne sont pas pris en compte explicitement par aucun modèle de représentation. l'approche que nous adoptons (le modèle CÈDRE) est aussi succinctement présentée.

This thesis is made of two contributions to the sudy of databases : (i) the first contribution concerns the improvement of the understanding, by means of formal study, of the tension between the functionalities of consistency and confidentiality. This tension allows us in some situations to use integrity constraints (consistency) to reveal secrets (confidentiality) and therefore perform a fraud. To begin with, the study states a general framework by giving a formal definition of the notions of secret, revelation and fraud. Then, a particular and original occurrence of the tension is formalised following a method inspired from the programming methods. This occurrence proves to be connected with Galois lattices. (ii) the second contribution concerns the specification and the implementation of an original functionality : classification of objects on the basis of their history. The study successively answers the three questions : what is the history of an object, how do we express properties on object histories, and finally how do we check them efficiently ? Expression is done by temporal logic formulas and checking relies on their successive translation to regular expression and then to finite state automaton. The implementation carried out uses this classification scheme to classify a posteriori objects of the prototype-based language NewtonScript., Cette thèse est composée de deux contributions à l'étude des bases de données : (i) la première contribution porte sur l'amélioration de la compréhension, par l'étude formelle, de la tension entre les fonctionnalités de cohérence et de confidentialité. Cette tension permet, dans certaines situations, d'utiliser les contraintes d'intégrité (cohérence) pour révéler des secrets (confidentialité) et donc réaliser des fraudes. L'étude fixe tout d'abord un cadre général de recherche en donnant une définition formelle des notions de secret, révélation et fraude. Puis, une occurrence particulière, et originale, de tension est formalisée selon une méthode inspirée des méthodes de programmation. Cette occurrence s'est avérée liée aux treillis de Galois. (ii) la deuxième contribution porte sur la spécification et l'implémentation d'une fonctionalité originale : le classement d'objets selon leur histoire. A cette fin, l'étude répond successivement aux trois questions : qu'est-ce que l'histoire d'un objet, comment exprimer des propriétés sur l'histoire des objets, et comment les vérifier efficacement ? L'expression est réalisée par des formules de logique temporelle et la méthode de vérification repose sur la traduction de ces formules en expressions régulières puis en automates d'états finis. L'implémentation réalisée utilise cette méthode de classement pour classer a posteriori des objets du langage prototypique NewtonScript.

This thesis defines an approach for exploring parallelism in object-oriented database systems outside of the context of SQL queries. We propose a technique for parallelazing transactions in a flat classical transaction model where a transaction is sequence of operations. Intra-transaction parallelism is accomplished by transforming transaction code definition in order to execute operations in parallel. Our approach for exploring parallelism inside applications first extends the intra-transaction parallelization model so that a transaction is considered as an unit of parallelization. We have then considered a nested transaction model for exploring parallelism inside applications. We developed a parallelization model for applications where we merge capabilities for parallel execution already given in nested transactions with our approach for transaction parallelization by transformation. We implemented a prototype for the intra-transaction parallelization model, using the O2 object-oriented database system. The prototype introduces parallel execution inside O2 transactions through creation and synchronization of threads inside an O2 client running an application. Our prototype runs in a monoprocessor Unix-like workstation and supports virtual parallelism. We also applied the transaction parallelization model to the NAOS Rule System. Our approach considers a set of rules of an execution cycle for parallelization. We build an execution plan for the rules of a cycle which defines sequential or parallel execution for the rules.; Cette thèse cherche à exploiter le parallélisme dans le contexte des systèmes de gestion de bases de données à objet à d'autres niveaux d'abstraction que celui d'une requête SQL, à savoir le parallélisme intra-transaction et le parallélisme intra-application. Notre approche pour parallélisation des transactions considère un modèle de transactions classiques, ou une transaction est une séquence d'opérations. Le parallélisme intra-transaction consiste à transformer le code d'une transaction pour pouvoir exécuter ses opérations en parallèle. Notre approche pour l'exploitation du parallélisme intra-application étend tout d'abord le modèle de parallélisme intra-transaction de manière à considérer la transaction comme unité de parallélisation. Deuxièmement nous avons considéré l'exploitation du parallélisme intra-application dans un contexte ou le modèle de transactions fournit des transactions emboîtées. Nous avons développé un modèle de parallélisation des applications où nous associons le parallélisme offert par le modèle des transactions emboîtées avec le parallélisme par transformation de notre approche de parallélisation des transactions. Nous avons implanté un premier prototype qui met en oeuvre le modèle de parallélisation des transactions. Pour cela, nous avons utilisé le système de bases de données à objet O2. Notre prototype introduit le parallélisme par la création et la synchronisation des activités parallèles au sein du processus client O2 qui exécute une application. Le système étant développé sur une machine monoprocesseur, les fonctions liées au parallélisme utilisent de processus légers. Nous avons appliqué ensuite notre modèle de parallélisation au système de règles NAOS. Notre approche considère l'ensemble de règles d'un cycle d'exécution, dites règles candidates, pour la parallélisation. Nous construisons un plan d'exécution pour les règles candidates d'un cycle qui détermine l'exécution séquentielle ou parallèle des règles.

Peplom PErsistent Programming Language for Object Management is described in this thesis at two levels: model definition and implementation. Peplom covers three main issues: safety, efficiency and flexibility of the application schema (types, modules, etc...). It is not a completely new language as it is syntactically based on the C/C++ language thus keeping close to standards. The state of the art, covering the combination of databases and programming languages, is composed of two parts. It first studies possible memory models to support various type systems. Second, it evaluates and compares existing object-oriented DBMS at different levels. The main design thrust of Peplom is the powerful integration of concepts. Thus, strong typing and the integration of database concepts within the programming language enhance safety. Moreover, the problem of programs structuration is tackled by introducing abstract types and modules: abstract types organize intentional data definitions while modules organize extensional data definitions. There are two phases to produce Peplom programs. The first phase consists in defining application components. A dictionary, managed by the compiler, incrementally records all these components that compose the schema. It authorizes transient inconsistencies of this schema thus offering flexibility to the programmer and allowing schema evolution. The second phase consists in producing ready-to-run applications. The produced object code supports the structural and semantic data models and runs on a low level memory manager. The performance observed on the prototype implemented is comparable to that of persistent C++ systems offering less functionality.; Cette these decrit la definition et la mise en oeuvre dun langage de programmation pour bases de donnees : le langage a objets Peplom (PErsistent Programming Language for Object Management). Lapproche adoptee a pour but doffrir une su^rete importante du langage, une implementation efficace et de la flexibilite pour le schema des definitions (types, modules, etc...). Le langage propose nest pas totalement nouveau puisquil est syntaxiquement base sur le langage C/C++ ce qui lui confere une conformite avec les standards. La these presente dans un premier temps un etat de lart en deux parties. La premiere partie sattache a etudier les systemes de types sous langle des modeles de memoire necessaires a leur implantation. La deuxieme partie analyse les SGBD a objets existants et les compare suivant un certain nombre de criteres. Le langage Peplom est ensuite decrit en insistant surtout sur leffort dintegration de concepts. Un typage fort et lintroduction orthogonale des concepts bases de donnees dans le langage de programmation lui confere une grande su^rete. Par ailleurs, Peplom apporte une solution interessante au probleme de structuration des programmes qui seffectue a deux niveaux : les types abstraits structurent les definitions des entites modelisees alors que les modules structurent les donnees manipulees. La production de programmes avec le langage Peplom seffectue en deux phases. La premiere phase consiste a saisir les definitions composant lapplication. Celles-ci sont memorisees de maniere incrementale dans un dictionnaire gere par le compilateur. Le dictionnaire autorise les incoherences transitoires de la description des programmes, offrant ainsi une grande flexibilite pour le programmeur et une bonne base pour levolution de schemas. La deuxieme phase realise la generation dapplications executables. Le generateur produit du code supportant le modele structurel et semantique des donnees. Il sappuie sur la couche systeme consistant simplement en un gestionnaire de memoire (persistante et temporaire). Les performances du prototype implante sont comparables a celles des systemes C++ persistants offrant moins de fonctionnalites.

Peplom PErsistent Programming Language for Object Management is described in this thesis at two levels: model definition and implementation. Peplom covers three main issues: safety, efficiency and flexibility of the application schema (types, modules, etc...). It is not a completely new language as it is syntactically based on the C/C++ language thus keeping close to standards. The state of the art, covering the combination of databases and programming languages, is composed of two parts. It first studies possible memory models to support various type systems. Second, it evaluates and compares existing object-oriented DBMS at different levels. The main design thrust of Peplom is the powerful integration of concepts. Thus, strong typing and the integration of database concepts within the programming language enhance safety. Moreover, the problem of programs structuration is tackled by introducing abstract types and modules: abstract types organize intentional data definitions while modules organize extensional data definitions. There are two phases to produce Peplom programs. The first phase consists in defining application components. A dictionary, managed by the compiler, incrementally records all these components that compose the schema. It authorizes transient inconsistencies of this schema thus offering flexibility to the programmer and allowing schema evolution. The second phase consists in producing ready-to-run applications. The produced object code supports the structural and semantic data models and runs on a low level memory manager. The performance observed on the prototype implemented is comparable to that of persistent C++ systems offering less functionality., Cette these decrit la definition et la mise en oeuvre dun langage de programmation pour bases de donnees : le langage a objets Peplom (PErsistent Programming Language for Object Management). Lapproche adoptee a pour but doffrir une su^rete importante du langage, une implementation efficace et de la flexibilite pour le schema des definitions (types, modules, etc...). Le langage propose nest pas totalement nouveau puisquil est syntaxiquement base sur le langage C/C++ ce qui lui confere une conformite avec les standards. La these presente dans un premier temps un etat de lart en deux parties. La premiere partie sattache a etudier les systemes de types sous langle des modeles de memoire necessaires a leur implantation. La deuxieme partie analyse les SGBD a objets existants et les compare suivant un certain nombre de criteres. Le langage Peplom est ensuite decrit en insistant surtout sur leffort dintegration de concepts. Un typage fort et lintroduction orthogonale des concepts bases de donnees dans le langage de programmation lui confere une grande su^rete. Par ailleurs, Peplom apporte une solution interessante au probleme de structuration des programmes qui seffectue a deux niveaux : les types abstraits structurent les definitions des entites modelisees alors que les modules structurent les donnees manipulees. La production de programmes avec le langage Peplom seffectue en deux phases. La premiere phase consiste a saisir les definitions composant lapplication. Celles-ci sont memorisees de maniere incrementale dans un dictionnaire gere par le compilateur. Le dictionnaire autorise les incoherences transitoires de la description des programmes, offrant ainsi une grande flexibilite pour le programmeur et une bonne base pour levolution de schemas. La deuxieme phase realise la generation dapplications executables. Le generateur produit du code supportant le modele structurel et semantique des donnees. Il sappuie sur la couche systeme consistant simplement en un gestionnaire de memoire (persistante et temporaire). Les performances du prototype implante sont comparables a celles des systemes C++ persistants offrant moins de fonctionnalites.