323 results on '"Variação Genética"'
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2. EFEITO DO GENÓTIPO SOBRE O POTENCIAL PARA PRODUÇÃO DE GEMAS E RAÍZES ADVENTÍCIAS EM Eucalyptus grandis Hill ex Maiden IN VITRO
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Rita de Cassia Sobrosa and Maisa Pimentel Martins Corder
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micropropagação ,variação genética ,enraizamento in vitro ,Forestry ,SD1-669.5 - Abstract
RESUMO Aresposta de explantes em um sistema de cultura de tecidos depende do genótipo do material em cultura. Estudou-se a variação genética entre e dentro de famílias de polinização aberta de uma população de Eucalyptus grandis, aos 27 anos de idade, para proliferação de gemas e produção de raízes adventícias in vitro. O teste foi em blocos ao acaso, com sete tratamentos (progênies), em cinco repetições e oito explantes por parcela. As progênies apresentaram diferenças significativas quanto à formação de gemas e de raízes. Variações genéticas ocorreram entre progênies com elevada amplitude de gemas formadas. Amplas variações genéticas dentro de progênies também ocorreram para a capacidade de produção de gemas. Os efeitos do genótipo e do ambiente foram significativos na formação de gemas e de raízes. Através da seleção de famílias a produção de gemas e de raízes adventícias pode ser aumentada para otimizar a multiplicação in vitro dessa espécie.
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- 2023
3. ACTN3 GENE POLYMORPHISM AND FACTORS ASSOCIATED WITH FUNCTIONAL PERFORMANCE IN ELDERLY WOMEN ASSISTED IN PRIMARY HEALTH CARE.
- Author
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Teixeira Machado, Leandro César, Medeiros Leite, Mateus, Morato Stival, Marina, de Sousa Barbalho, Yuri Gustavo, Dinato de Lima, Filipe, Ramos de Lima, Luciano, de Oliveira Silva, Alessandro, Rodrigues da Silva, Izabel Cristina, and Schwerz Funghetto, Silvana
- Subjects
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GENETIC polymorphisms , *OLDER women , *PRIMARY health care , *DEMOGRAPHIC characteristics , *PHYSICAL activity , *GENETIC variation , *BODY mass index - Abstract
Objective: To analyze potential influences of the R/X genetic polymorphism of the ACTN3 gene, as well as of anthropometric and metabolic characteristics on the functional performance of elderly women assisted in primary health care. Method: One hundred and forty-one elderly women were assessed in terms of anthropometric, metabolic and functional aspects, in addition to clinical, cognitive and demographic characteristics. Allele and genotype frequencies of ACTN3 gene polymorphism were determined. Results: 141 elderly women (68.30 ± 6.18 years) were evaluated. No significant differences (p > 0.05) were observed between the RR and RX/XX genotypes in the elderly women's functional performance, anthropometric or metabolic characteristics. The TUG test completion time showed positive correlations with age, body mass index, waist circumference, and fat percentage (s = 0.315; p < 0.001; s = 0.238; p = 0.005; s = 0.174; p = 0.039; s = 0.207; p = 0.014), respectively. Negative correlations were found between the TUG test with absolute handgrip strength (s = -0.314; p < 0.001) and relative handgrip strength (s = -0.380; p < 0.001). Conclusion: In our study, there were no influences from ACTN3 gene polymorphisms on the functional performance of the elderly women, which is influenced by other factors. [ABSTRACT FROM AUTHOR]
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- 2023
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4. Impact of pharmacogenetics on aspirin resistance: a systematic review.
- Author
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Figueiredo da Silva, Gustavo, Mattei Lopes, Bruno, Moser, Vinicius, and Ecker Ferreira, Leslie
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- 2023
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5. Genetic, clinical and epidemiological characterization of Covid-19 patients in South Brazil.
- Author
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Dias Bierhals, Nayanna, Barreto Knod, Erika, Ferreira Weber, Augusto, de Moura Valim, Andreia Rosane, Gonçalves Possuelo, Lia, and Pollo Renner, Jane Dagmar
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EPIDEMIOLOGY , *COVID-19 pandemic , *ANGIOTENSIN converting enzyme - Abstract
Current paper characterizes the epidemiological, clinical and genetic profile of patients with Covid-19. An observational and cross-sectional study was carried out with volunteers diagnosed with Covid-19 between April 2021 and May 2021 in the municipality of Santa Cruz do Sul, Brazil; a blood sample also identified polymorphism in the ACE2 gene. 87 patients were recruited; 6.7% required hospitalization, the majority being male. Although obesity was a more frequent comorbidity, cardiovascular diseases, hypertension and diabetes were more significant when associated with hospitalizations. In the case of genetic characteristics, polymorphisms were found in the ACE2 gene among volunteers. Important research suggests male gender and co-morbidities are risk factors for the severity of Covid-19. [ABSTRACT FROM AUTHOR]
- Published
- 2022
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6. Genetic divergence between bocaiuva acrocomia aculeata (jacq.) lodd. ex mart. genotypes through fruit morphometry.
- Author
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Pereira da Silva, Valvenarg, Parabás de Oliveira, Deise, da Silva, Andressa Juliana, Costa de Arruda, Joari, Aparecido Barelli, Marco Antonio, Pereira Borges, Flávio Valadares, Felipin Azevedo, Rafhael, Monteiro Catelan, Laura Letícia, and Leal Sander, Nilo
- Subjects
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FRUIT seeds , *PALMS , *FRUIT morphology , *GERMPLASM , *HIERARCHICAL clustering (Cluster analysis) , *GENETIC variation , *GENOTYPES , *EUCLIDEAN distance , *MULTIVARIATE analysis , *ALMOND ,FRUIT genetics - Abstract
This research aimed to analyze the genetic divergence between genotypes of Acrocomia aculeata (Jacq.) Lodd. Ex Mart collected in natural vegetation in the municipality of Cáceres-Mato Grosso based on morphological characters of fruits and seeds. Bocaiuva fruits were collected at three points of natural occurrence: point 1 - Sítio Peniel dos Sonhos - Barreiro Vermelho Community (15°53'53"S, 57°30'49"W), point 2 - Chácara Boa Esperança (16°05'57"S, 57°39'03"W) point 3 - Santana Community-Morraria Region (15°55'36"S, 57°26'50"W). To estimate the genetic divergence between the bocaiuva genotypes through the morphometry of the fruits and seeds, 420 fruits of 21 genotypes were collected and the following characteristics were evaluated: Horizontal diameter of the fruit, Vertical diameter of the fruit, Total weight of the fruit, Total weight of fresh mesocarp (pulp), Horizontal diameter of almonds, Vertical diameter of almonds and Weight of fresh almond. To estimate the genetic divergence between the genotypes, the standardized Average Euclidean Distance was used as a measure of dissimilarity. Based on this matrix, the Tocher optimization clustering methods and the Hierarchical Clustering Average Between Groups (UPGMA) method were used. The criterion of Singh (1981) was also used to quantify the relative contribution of traits in the estimation of genetic divergence. All analyzes were performed using the computational resources of the Genes software. Through the results obtained, it was possible to verify the greatest dissimilarity between genotypes 3 and 8. The groupings by the Tocher method and the Hierarchical Average Grouping Between Groups (UPGMA) were partially similar in the groupings of genotypes and the characteristics of total fruit weight, followed by characteristic total weight of fresh pasta were the ones that most contributed to estimate the genetic divergence of the evaluated genotypes. The use of multivariate analyzes was efficient in estimating the genetic divergence in which the genotypes evaluated in the present research present genetic divergence and can be used in future pre-genetic improvement research. [ABSTRACT FROM AUTHOR]
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- 2022
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7. EFFECTS OF GENETIC VARIATIONS OF MLCK2, AMPD1, AND COL5A1 ON MUSCLE ENDURANCE.
- Author
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Horozoglu, Cem, Aslan, Halid Emre, Karaagac, Ali, Kucukhuseyin, Ozlem, Bilgic, Tugce, Himmetoglu, Solen, Gheybi, Arezoo, Yaylim, Ilhan, and Zeybek, Umit
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GENETIC variation ,BODY composition ,PHYSICAL fitness ,EQUILIBRIUM testing ,BROAD jump ,ADDUCTION - Abstract
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- 2022
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8. ACTN3 GENE POLYMORPHISM AND FACTORS ASSOCIATED WITH FUNCTIONAL PERFORMANCE IN ELDERLY WOMEN ASSISTED IN PRIMARY HEALTH CARE.
- Author
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Teixeira Machado, Leandro César, Medeiros Leite, Mateus, Morato Stival, Marina, Gustavo de Sousa Barbalho, Yuri, Dinato de Lima, Filipe, Ramos de Lima, Luciano, de Oliveira Silva, Alessandro, Rodrigues da Silva, Izabel Cristina, and Schwerz Funghetto, Silvana
- Subjects
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GENETIC polymorphisms , *OLDER women , *HEALTH of older women , *DEMOGRAPHIC characteristics , *PRIMARY health care , *GENETIC variation , *BODY mass index - Abstract
Objective: To analyze potential influences of the R/X genetic polymorphism of the ACTN3 gene, as well as of anthropometric and metabolic characteristics on the functional performance of elderly women assisted in primary health care. Method: One hundred and forty-one elderly women were assessed in terms of anthropometric, metabolic and functional aspects, in addition to clinical, cognitive and demographic characteristics. Allele and genotype frequencies of ACTN3 gene polymorphism were determined. Results: 141 elderly women (68.30 ± 6.18 years) were evaluated. No significant differences (p > 0.05) were observed between the RR and RX/XX genotypes in the elderly women’s functional performance, anthropometric or metabolic characteristics. The TUG test completion time showed positive correlations with age, body mass index, waist circumference, and fat percentage (s = 0.315; p < 0.001; s = 0.238; p = 0.005; s = 0.174; p = 0.039; s = 0.207; p = 0.014), respectively. Negative correlations were found between the TUG test with absolute handgrip strength (s = - 0.314; p < 0.001) and relative handgrip strength (s = - 0.380; p < 0.001). Conclusion: In our study, there were no influences from ACTN3 gene polymorphisms on the functional performance of the elderly women, which is influenced by other factors. [ABSTRACT FROM AUTHOR]
- Published
- 2022
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9. Transferability of microssatellite markers to Trichogramma pretiosum Riley, 1879 (Hymenoptera: Trichogrammatidae).
- Author
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Moreira de Araujo Junior, Luis, Bolsoni Zago, Hugo, da Silva Ferreira, Marcia Flores, Pratissoli, Dirceu, Gonçalves Pereira, Aléxia, and Pacheco Damascena, Alixelhe
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TRICHOGRAMMA , *TRICHOGRAMMATIDAE , *HYMENOPTERA , *MICROSATELLITE repeats , *BIOLOGICAL pest control , *ICHNEUMONIDAE , *BRACONIDAE - Abstract
The biological pest control has expanded in Brazil with the Trichogramma pretiosum as the main natural enemy. The microsatellite molecular markers Simple Sequence Repeat (SSR) have been the most used, as they are multiallelic, robust and reproducible, in several species. In order to optimize future processes of identification and analysis of the parasitoid's genetic diversity, twenty markers, isolated and characterized for the parasitoid wasp Trichogramma dendrolimi, were tested in 15 generations of T. pretiosum. Those markers, ten have been transferred and can be used to evaluate the genetic variation of T. pretiosum. [ABSTRACT FROM AUTHOR]
- Published
- 2022
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10. Genetic divergence of Anthurium affine germplasm using morphoagronomic and molecular descriptors.
- Author
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Maia, Clara Yohana, Soares, Nazaré Suziane, Ribeiro Castro, Ana Cecília, Alves de Queirós, João Ravelly, Souza de Aragão, Fernando Antonio, and do Nascimento Bordallo, Patricia
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- 2020
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11. Estimates of genetic selection gain in irrigated F3 rice families.
- Author
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da FONSECA, Gabriela de Magalhães, NARDINO, Maicon, da FONSECA, Marina de Magalhães, da LUZ, Viviane Koop, de MAGALHÃES JÚNIOR, Ariano Martins, de OLIVEIRA, Antonio Costa, and da MAIA, Luciano Carlos
- Subjects
RICE breeding ,RICE genetics ,RICE varieties ,RICE field irrigation ,GRAIN research ,AGRICULTURE - Abstract
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- 2020
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12. Multidrug-Resistant Tuberculosis by Strains of Beijing Family, in Patients from Lisbon, Portugal: Preliminary Report
- Author
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Fernando Maltez, Teresa Martins, Diana Póvoas, João Cabo, Helena Peres, Francisco Antunes, João Perdigão, and Isabel Portugal
- Subjects
Mycobacterium tuberculosis/genética ,Portugal ,Tuberculose Resistente a Múltiplos Medicamentos ,Variação Genética ,Medicine ,Medicine (General) ,R5-920 - Abstract
Introduction: Beijing family strains of Mycobacterium tuberculosis are associated with multidrug-resistance. Although strains of the Lisboa family are the most common among multidrug-resistant and extensively drug-resistant patients in the region, several studies have reported the presence of the Beijing family. However, the features of patients from whom they were isolated, are not yet known. Material and Methods: Retrospective study involving 104 multidrug-resistant and extensively drug-resistant strains of Mycobacterium tuberculosis, from the same number of patients, isolated and genotyped between 1993 and 2015 in Lisbon. We assessed the prevalence of strains of both families and the epidemiologic and clinical features of those infected with Beijing family strains. Results: Seventy-four strains (71.2%) belonged to the Lisboa family, 25 (24.0%) showed a unique genotypic pattern and five (4.8%) belonged to the Beijing family, the latter identified after 2009. Those infected with Beijing family strains were angolan (n = 1), ukrainian (n = 2) and portuguese (n = 2), mainly young-aged and, four of five immunocompetent and with no past history of tuberculosis. All had multidrug-resistant tuberculosis. We did not find any distinctive clinical or radiological features, neither a predominant resistance pattern. Cure rate was high (four patients). Discussion: Although the number of infected patients with Beijing strains was small, it suggests an important proportion of primary tuberculosis, a potential for transmission in the community but also a better clinical outcome when compared to other reported strains, such as W-Beijing and Lisboa. Conclusion: Although Lisboa family strains account for most of the multidrug and extensively drug-resistant tuberculosis cases in Lisbon area, Beijing strains are transmitted in the city and might change the local characteristics of the epidemics.
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- 2017
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13. Detecção da diversidade genética adaptativa e composição química em cultivares de tamareira e implicações no controle do bicudo vermelho da palmeira, Rhynchophorus ferrugineus Oliver
- Author
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N. F. Abdel-Baky, M. I. Motawei, A. A. S. Al-Nujiban, M. A. Aldeghairi, L. A. M. Al-Shuraym, M. T. M. Alharbi, A. S. Alsohim, and M. Rehan
- Subjects
principais elementos nutricionais ,cultivares resistentes à tamareira ,plant gene resistance ,date palm chemical analysis ,major nutritional elements ,análise química da tamareira ,DNA sequence ,resistência de plantas ,genetic analysis ,Rhynchophorus ferrugineus ,Phoenix dactylifera ,tamareira ,sequência de DNA ,variação genética ,genetic variation ,General Agricultural and Biological Sciences ,resistência gênica da tamareira ,date palm ,date palm resistant cultivars - Abstract
This study, about RPW and date palms, is under the scope of date palm bioecology and nutrition (nutritional ecology) which includes the integration of several areas of research such as date palm biochemistry, genetics, and RPW infestation behavior through various date palm cultivars. Date palm (Phoenix dactylifera L.; Arecaceae) production is under threat from the red palm weevil (RPW), Rhynchophorus ferrugineus Oliver. A better understanding of genetic diversity within date palm cultivars can be useful for its implementation within the insect IPM program in the future. Three indices, namely simple-sequence repeats (SSR) markers to elucidate genetic diversity, chemical components, and a natural infestation index of RPW, were used to evaluate the resistant or susceptible date palm cultivars in Qassim. Based on a field survey of RPW infestation within 79 date palm farms involving 11 cultivars at Qassim, the sensitivity and resistance cultivars were determined. The resistant date palm cultivars were Nabtat Ali, Shakrah, red Sukary, and um Kobar which had the lowest degree of RPW abundance %. Values of the essential minerals, nitrogen, phosphorus, potassium, and calcium within the date palm cultivars were also estimated. RPW abundance % was negatively correlated with the calcium content of date palm cultivars. The principal component analysis (PCA) revealed that the calcium content and RPW abundance % were highly affected by the cultivars. SSR markers of the date palm cluster tree divided genotypes into two main groups at similarity coefficients between 0.56 and 0.91. The 1st group included; Nabtet Ali, Red Sukary, Um Kobar, and Shakrah with similarity coefficients between 0.56, this group was the most resistant cultivars. Therefore, SSR markers were able to characterize and resolve genetic diversity in date palm cultivars for RPW resistance. When SSR markers coupled with higher calcium (Ca) content can efficiently replace indices in characterizing resistant date-palm genotypes with a high confidence level. Integration between date palm genetic diversity, chemical structures, and RPW infestations rates promoted the understanding of the interplay between the diversity of RPW management (short-time scale), and the resistance genes, plant nutrition, and dynamics of the diversity of RPW through domestication and diversification (long-timescale). Therefore, our results may lead to a change in RPW control strategies by switching to using safe alternative pesticide control methods (Resistant cultivars of date palm), which are underestimated and may reveal the impact of low-cost, but highly effective agricultural practices in the field of date production in the world. Understanding the genetic structure and calcium content of date palm cultivars mechanisms could help to predict date palm resistance against RPW populations in the new IPM strategy in RPW control. Resumo Este estudo, sobre RPW e tamareiras, está no âmbito da bioecologia e nutrição da tamareira (ecologia nutricional) que inclui a integração de várias áreas de pesquisa, como bioquímica da tamareira, genética e comportamento de infestação de RPW através de vários cultivares de tamareira. A produção da tamareira (Phoenix dactylifera L.; Arecaceae) está ameaçada pelo gorgulho vermelho da palmeira (RPW), Rhynchophorus ferrugineus Oliver. A compreensão mais aprofundada da diversidade genética dentro dos cultivares de tamareiras pode ser útil para sua implementação no futuro programa de MIP de insetos. Três índices, ou seja, marcadores de sequência simples (SSR) para elucidar a diversidade genética, componentes químicos e um índice de infestação natural de RPW, foram utilizados para avaliar as cultivares de tamareiras resistentes ou suscetíveis em Qassim. Com base em uma pesquisa de campo da infestação de RPW em 79 fazendas de tamareiras envolvendo 11 cultivares em Qassim, as cultivares de sensibilidade e resistência foram determinadas. As cultivares de tamareiras resistentes foram Nabtat Ali, Shakrah, red Sukary e um Kobar, que apresentaram o menor grau de abundância de RPW. Também foram estimados os valores dos minerais essenciais, nitrogênio, fósforo, potássio e cálcio nas cultivares de tamareira. A porcentagem de abundância de RPW correlacionou-se negativamente com o teor de cálcio das cultivares de tamareira. A análise de componentes principais (PCA) revelou que o teor de cálcio e a abundância de RPW % foram altamente afetados pelas cultivares. Marcadores SSR da tamareira dividiram os genótipos em dois grupos principais com coeficientes de similaridade entre 0,56 e 0,91. O 1º grupo incluiu; Nabtet Ali, Red Sukary, Um Kobar e Shakrah com coeficientes de similaridade entre 0,56, este grupo foi o de cultivares mais resistentes. Portanto, os marcadores SSR foram capazes de caracterizar e resolver a diversidade genética em cultivares de tamareiras para resistência a RPW. Quando os marcadores SSR associados ao maior teor de cálcio (Ca) podem substituir com eficiência os índices na caracterização de genótipos de tamareiras resistentes com alto nível de confiança. A integração entre diversidade genética da tamareira, estruturas químicas e taxas de infestação de RPW promoveu a compreensão da interação entre a diversidade de manejo de RPW (escala de tempo curto) e os genes de resistência, nutrição de plantas e dinâmica da diversidade de RPW por meio da domesticação e diversificação (longo prazo). Portanto, nossos resultados podem levar a uma mudança nas estratégias de controle de RPW, passando a usar métodos alternativos seguros de controle de pesticidas (cultivares resistentes de tamareira), sendo subestimados e podem revelar o impacto de práticas agrícolas de baixo custo, mas altamente eficazes no campo de produção de tâmaras no mundo. Compreender a estrutura genética e o teor de cálcio dos mecanismos dos cultivares de tamareira pode ajudar a prever a resistência da tamareira contra populações de RPW na nova estratégia de IPM no controle de RPW.
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- 2023
14. Effects of genetic polymorphism in Pit1, GH, GHR and KCN3 on milk yield and body weight of Khuzestan (Iran) water buffaloes.
- Author
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Ahmadzadeh, Meysam, Rashidi, Farzad, Najafabadi, Hamed Amirpour, Jaferian, Amir, and Eghbalsaied, Shahin
- Subjects
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WATER buffalo , *BODY weight , *GENETIC polymorphisms , *MILK yield , *RESTRICTION fragment length polymorphisms , *GENE frequency , *ANIMAL breeding - Abstract
Background: Genetic information is necessary to devise strategic plans aimed to improve the genetic merit of buffalos. Objective: To assess the effect of genetic polymorphisms in GH, Pit-1, GHR, GHRHR, and KCN3 genes on milk production and body weight of Khuzestan water buffaloes. Methods: Blood samples were collected from 60 buffaloes from the Khuzestan province, Iran. Using the PCR-RFLP technique, the amplified and digested fragments of GH/AluI, GHR/AluI, GHRHR/HaeIII, Pit1/HinfI, and KCN3/HindIII were genotyped. Results: All animals were monomorphic for GHRHR. The frequency of mutant alleles for GH, GHR, KCN3, and Pit1 was 47.5, 74.2, 49.2, and 51.7%, respectively. There were significant differences (p<0.0001) in the genotypic frequencies of GH, GHR, and Pit1 between high and low milk-yielding buffaloes. The GH (p=0.0002), GHR (p<0.0001) and Pit1 (p<0.0001) polymorphisms also had significant effects on body weight. Sequencing results revealed the presence of C496A, G495A, G498A and C1501T SNPs in the GH, and G1702T in the GHR gene of Khuzestan buffalos. Conclusion: This study highlights the importance of GH, GHR, and Pit1 on milk production and body weight of Khuzestan buffaloes. The results suggest that devising an integrated breeding plan in Khuzestan water buffalos can considerably benefit from the very high diversity in candidate genes. [ABSTRACT FROM AUTHOR]
- Published
- 2019
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15. Variabilidade genética de isolados brasileiros de Histoplasma Capsulatum
- Author
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GERLAN DA ROCHA SANTOS, ISNARA COELHO DE RESENDE DIAS, CLÁUDIO ANGELO VENTURA, and FERNANDA MACHADO FONSECA
- Subjects
histoplasma ,fator 1 de ribosilação do adp ,variação genética ,Science ,Social Sciences - Abstract
O objetivo desse trabalho foi analisar a diversidade genética de isolados de H. capsulatumno Brasil. Foram selecionadas amostras sequenciadas de H. capsulatum para os genesarf(Fator de ribosilação ADP) e ole(delta-9 fatty aciddesaturase), provenientes de diversos estados do país. Os dados foram obtidos no Centro Nacional de Informação Biotecnológica (NCBI-National Center for Biotechnology Information). Foram incluídas 79 amostras de H. capsulatum sendo que destas, 45 (57%)eram sequências do gene arfe 34 (43%)eram sequências do gene ole. Dentre as 45amostras do genearf, 29 (64,4%) eram de origem clínica,12 (26,7%) de origem ambiental e quatro (8,9%) de origem veterinária. As 34 (100%) amostras do gene ole eram de origem clínica. A análise do gene arf demonstrou que similaridade das amostras variou de 61 a 99%. Entretanto, observamos uma similaridade menor (44%) entre quatro amostras provenientes do Rio de Janeiro. De acordo com a análise filo genética, as sequências parciais do gene ole demonstraram elevados níveis similaridade, variando de 62 a 99%. Os isolados de H. capsulatum demonstraram grande semelhança entre si quando analisamos o gene ole assim como o gene arf, independente da região geográfica do país.
- Published
- 2016
16. Genetic diversity of domestic pigs in Tierralta (Colombia) using microsatellites
- Author
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Enrique Pardo, Teodora I Cavadía, and Iván Melendez
- Subjects
Hardy-Weinberg ,probabilidad de exclusión ,Sus scrofa domestica ,probabilidade de exclusão ,variação genética ,Animal culture ,SF1-1100 - Abstract
Background: according to several authors, domestic pigs come from different wild boar populations with varied geographic distribution and are grouped in the genus Sus. Pig domestication occurred gradually. The first animals were small and gathered in small numbers. Several civilizations domesticated this animal as an important source of protein. Tierralta, in Córdoba province, has a large population of domestic pigs, which are a mixture of creole and other breeds. The genetic characterization of populations is used to check the status of genetic diversity, a conclusive element in determining breeding strategies and genetic conservation programs. PCR is the most commonly used technique for studying highly polymorphic markers, such as microsatellites or SSRs. The use of microsatellites is a powerful tool in genetic studies. They have been used for characterization studies of genetic diversity, genetic relationships between populations, paternity testing, inbreeding and genetic bottlenecks. Objective: the purpose of this study was to determine the genetic diversity of domestic pigs in Tierralta (Córdoba, Colombia) using 20 microsatellites. Methods: fifty four samples were studied. Twenty microsatellites recommended by the FAO/ISAG for swine biodiversity studies were used. Results: all the microsatellites were polymorphic, and were detected between 3 (SW911) and 14 (TNFB) alleles (the average number was 6.9 alleles) and a total of 138 alleles were detected. Average expected heterozygosity was 0.5259 and the observed heterozygosity was 0.5120. PIC values ranged from 0.3212 to 0.7980 for loci SW2410 and IFNG, respectively. Conclusions: the results suggest that the analyzed population represents a group with high genetic diversity.
- Published
- 2015
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17. Variabilidade genética em progênies de Pinus caribea var. hondurensis aos 21 anos de idade. Genetic variability in progenies of Pinus caribaea var. hondurensis at 21 years of age.
- Author
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Hugo Rodrigo MACEDO, Miguel Luiz Menezes FREITAS, Osmar Vilas BOAS, and Alexandre Magno SEBBENN
- Subjects
herdabilidade ,melhoramento genético ,Pinus ,seleção genética ,variação genética ,genetic improvement ,genetic variation ,heritability ,genetic selection ,Forestry ,SD1-669.5 - Abstract
Pinus caribaea var. hondurensis é uma das espécies do gênero Pinus mais plantadas nas regiões tropicais por apresentar ótima adaptação às condições de solo e clima, ter rápido crescimento, boa forma do tronco e madeira de boa qualidade. A espécie é utilizada principalmente para serraria e produção de celulose e papel. O objetivo deste estudo foi estimar parâmetros genéticos para caracteres de crescimento em um teste de progênies de polinização aberta de Pinus caribaea var. hondurensis em Assis, Estado de São Paulo. O teste foi instalado em maio de 1987, na Floresta Estadual de Assis, no delineamento experimental látice triplo 4 x 5, com 17 tratamentos (16 progênies e uma testemunha experimental), quatro repetições e parcelas de dez plantas em linha, no espaçamento de 3 x 3 m. Foram medidos os caracteres altura total de plantas ‒ ALT e o diâmetro à altura do peito ‒ DAP aos 21 anos de idade. A análise de variância detectou diferenças significativas a 5% de probabilidade entre progênies para a variável altura. O coeficiente de variação genético para altura de plantas foi de 18,4%, e 9,2% para o DAP. A estimativa do coeficiente de herdabilidade para a média de progênies foi de 0,30 para a altura e 0,02 para o DAP, maiores do que as obtidas para herdabilidade dentro de progênies e em nível de plantas individuais. Para estabelecer um pomar de sementes por mudas, sugere-se adotar o caráter altura e uma intensidade de seleção de 6%, o que corresponde a selecionar os 32 melhores indivíduos. Isso resultou em um ganho genético de 2,8% para a ALT e no tamanho efetivo populacional ( Ne ) de 15 indivíduos não parentes e não endogâmicos. A correlação genética entre os caracteres altura e DAP foi baixa e não significativa, sugerindo pequenas possibilidades de seleção indireta entre os caracteres. Pinus caribaea var. hondurensis is the most common species of the genus Pinus planted in tropical regions of Brazil, due its adaptation to soil and climate conditions, fast growth, good trunk form and quality of the wood. The species is mainly used for sawmill and pulp and paper industry. The aim of this study was to estimate genetic parameters for growth traits in a open-pollinated progeny test established in the Floresta Estadual de Assis, state of São Paulo. The test was implanted in May 1987, using a 4 x 5 triple lattice design with 17 treatments (16 progenies and a control), four replications and ten plants in row per plot, spaced 3 x 3 m. The total tree height ‒ ALT and the diameter at breast height ‒ DBH were measured at 21 years of age. The analysis of variance detected significant difference among progenies for tree height. The coefficients of genetic variation were 18.4% for tree height and 9.2% for DBH. The estimates of heritability coefficient for progeny means were 0.30 for height and 0.02 for DBH, higher than the estimates obtained at individual plant level and within progenies. To establish a seedling seed orchard, it is suggested to consider the trait height and a selection intensity of 6%, which corresponds to the selection of the best 32 individuals. This procedure resulted a genetic gain of 2.8% for ALT and a population effective size ( ) of 15 unrelated and not inbred individuals. The genetic correlation between traits ALT and DBH was low and not significant, suggesting small chances of indirect selection between traits.
- Published
- 2015
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18. Investigation of Copy Number Variation in Children with Conotruncal Heart Defects
- Author
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Carla Marques Rondon Campos, Evelin Aline Zanardo, Roberta Lelis Dutra, Leslie Domenici Kulikowski, and Chong Ae Kim
- Subjects
Cardiopatias Congênitas ,Variação Genética ,DNA ,Tronco Arterial ,Comunicação Interventricular ,Diseases of the circulatory (Cardiovascular) system ,RC666-701 - Abstract
Background: Congenital heart defects (CHD) are the most prevalent group of structural abnormalities at birth and one of the main causes of infant morbidity and mortality. Studies have shown a contribution of the copy number variation in the genesis of cardiac malformations. Objectives: Investigate gene copy number variation (CNV) in children with conotruncal heart defect. Methods: Multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA) was performed in 39 patients with conotruncal heart defect. Clinical and laboratory assessments were conducted in all patients. The parents of the probands who presented abnormal findings were also investigated. Results: Gene copy number variation was detected in 7/39 patients: 22q11.2 deletion, 22q11.2 duplication, 15q11.2 duplication, 20p12.2 duplication, 19p deletion, 15q and 8p23.2 duplication with 10p12.31 duplication. The clinical characteristics were consistent with those reported in the literature associated with the encountered microdeletion/microduplication. None of these changes was inherited from the parents. Conclusions: Our results demonstrate that the technique of MLPA is useful in the investigation of microdeletions and microduplications in conotruncal congenital heart defects. Early diagnosis of the copy number variation in patients with congenital heart defect assists in the prevention of morbidity and decreased mortality in these patients.
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- 2015
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19. POLIMORFISMO DO GENE ACTN3 E OS FATORES ASSOCIADOS AO DESEMPENHO FUNCIONAL DE IDOSAS ATENDIDAS NA ATENÇÃO PRIMÁRIA EM SAÚDE
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Machado, Leandro César Teixeira, Leite, Mateus Medeiros, Stival, Marina Morato, Barbalho, Yuri Gustavo de Sousa, Lima, Filipe Dinato de, Lima, Luciano Ramos de, Silva, Alessandro de Oliveira, Silva, Izabel Cristina Rodrigues da, and Funghetto, Silvana Schwerz
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Desempenho funcional ,Aging ,Envelhecimento ,Força muscular ,Muscle strength ,Genetic variation ,Variação genética ,Functional performance - Abstract
Objective: To analyze potential influences of the R/X genetic polymorphism of the ACTN3 gene, as well as of anthropometric and metabolic characteristics on the functional performance of elderly women assisted in primary health care. Method: One hundred and forty-one elderly women were assessed in terms of anthropometric, metabolic and functional aspects, in addition to clinical, cognitive and demographic characteristics. Allele and genotype frequencies of ACTN3 gene polymorphism were determined. Results: 141 elderly women (68.30 ± 6.18 years) were evaluated. No significant differences (p > 0.05) were observed between the RR and RX/XX genotypes in the elderly women’s functional performance, anthropometric or metabolic characteristics. The TUG test completion time showed positive correlations with age, body mass index, waist circumference, and fat percentage (s = 0.315; p < 0.001; s = 0.238; p = 0.005; s = 0.174; p = 0.039; s = 0.207; p = 0.014), respectively. Negative correlations were found between the TUG test with absolute handgrip strength (s = - 0.314; p < 0.001) and relative handgrip strength (s = - 0.380; p < 0.001). Conclusion: In our study, there were no influences from ACTN3 gene polymorphisms on the functional performance of the elderly women, which is influenced by other factors. RESUMO Objetivo: analisar as potenciais influências do polimorfismo genético R/X do gene ACTN3 e das características antropométricas e metabólicas no desempenho funcional de mulheres idosas atendidas na atenção primária em saúde. Método: Cento e quarenta e uma idosas foram avaliadas em relação as características antropométricas, metabólicas, funcionais, aspectos clínicos, cognitivos e demográficos. Foram determinadas as frequências de alelos e genótipos do polimorfismo do gene ACTN3. Resultados: 141 idosas (68,30 ± 6,18 anos) foram avaliadas. Não foram observadas diferenças significativas (p > 0,05) entre os genótipos RR e RX/XX no desempenho funcional, características antropométricas ou metabólicas das idosas. O tempo de realização do TUG apresentou correlações positivas com idade, índice de massa corporal, circunferência da cintura e percentual de gordura (s = 0,315; p < 0,001; s = 0,238; p = 0,005; s = 0,174; p = 0,039; s = 0,207; p = 0,014) respectivamente. Correlações negativas foram observadas entre o TUG com força de preensão manual absoluta (s = - 0,314; p < 0,001) e relativa (s = - 0,380; p < 0,001). Conclusão: Em nosso estudo, não foram observadas influências dos polimorfismos do gene ACTN3 no desempenho funcional das idosas, sendo este, influenciado por outros fatores.
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- 2022
20. O mosaico genético além das populações europeias
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Marla Mendes de Aquino, Eduardo Martin Tarazona Santos, Victor Octavio Borda Pua, Maria Bernadete Lovato, Michel Satya Naslavsky, Carlos Eduardo Guerra Amorim, and Maria Luiza Petz Erler
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Genética Populacional ,Variação Genética ,population genetics ,genetic diversity ,neglected populations - Abstract
CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior The inclusion of human diversity in genetic studies contributes not only to a better understanding of our history but also to solving biomedical issues such as disease susceptibility, response to medical treatments and elucidation of complex traits. Geneticists have known for more than a decade that focusing on people of European ancestry exacerbates health disparities, and genetic advances can not be applied to those who need it most. Thus, this thesis presents works that contribute to changing this scenario, seeking to increase the visibility of the genetic richness that exists beyond populations of European ancestry. Here, I present research findings that include admixed and non-admixed populations with diverse ancestries, from South American natives to Africans and Asians. The first chapter is a mini-review of the history of humanity on the American continent, told by the genetics of modern and ancient populations, from the arrival of the first humans to the process of admixture, where we also present complementary discussions about the updates of the discoveries made since the publication of this article in 2020. In chapter 2, we present an article published by my group that solves important questions in the Andean and Amazon genetic history, through methods of population genetics. In chapter 3, I devote myself to the methods of scanning these adaptive signatures and create a multi-methodological pipeline for the study of natural selection to minimize the chance of obtaining false positives. Chapter 4 is an important addition to genetically neglected populations and would be a complementary part of our chapter 1, where we applied advances with polygenic risk scores to admixed populations such as the Brazilian. Exploring the diversity of human genetics is not only important for neglected populations, but it is also essential to increase the capacity to make new discoveries. Thus, in the attachments, we present five articles exemplifying how the genomic mosaic of non-European populations is a rich source of information from different perspectives, including medical, historical and evolutionary aspects. The work presented here shows in different ways how the effort to generate data from underrepresented populations makes important contributions to science. A inclusão da diversidade humana nos estudos genéticos contribui não apenas para a melhor compreensão da nossa história, mas tambem para resolver questões biomédicas, como suscetibilidade a doenças, resposta a tratamentos médicos e elucidação de fenótipos complexos. Geneticistas sabem há mais de uma década, que o foco em pessoas de ancestralidade europeia agrava as disparidades de acesso a saúde por parte das populações globais, e os avanços genéticos não são levados a quem mais precisa. Assim, esta tese apresenta trabalhos que contribuem para mudar esse cenário, buscando aumentar a visibilidade da riqueza genética que existe além das populações de ancestralidade europeia. Aqui, apresento resultados de pesquisas que incluem populações miscigenadas e não-miscigenadas com ancestralidades diversas, desde nativos sulamericanos, até africanos e asiáticos. O primeiro capítulo é uma mini revisão da história da humanidade no continente americano, contada pela genética de populações atuais e antigas, desde a chegada dos primeiros seres humanos até o processo de miscigenação, onde tambem apresento discussões complementares sobre às atualizações das descobertas feitas desde a publicação desse artigo em 2020. No capitulo 2, apresento um artigo publicado pelo meu grupo que resolve questões importantes da história genética andina e amazônica, por meio de métodos de genética de populações. No capitulo 3 me aprofundo nos métodos de varredura dessas assinaturas adaptativas e crio um pipeline de estudo de seleção natural multi-metodológico para diminuir ao maximo a chance de se obter falsos-positivos. O Capitulo 4 é uma adição importante para às populações geneticamente negligenciadas e seria uma parte complementar ao nosso capitulo 1, onde eu aplico os avanços com scores poligenicos de riscos às populaçoes miscigenadas, como a Brasileira. Explorar a diversidade da genética humana não é importante apenas para as populações negligenciadas, mas também é essencial para aumentar a capacidade de fazer novas descobertas. Assim, apresento nos anexos, cinco artigos exemplificando como o mosaico genômico de populações não europeias é uma rica fonte de informações de diferentes perspectivas, incluindo aspectos médicos, históricos e evolutivos. O trabalho aqui apresentado mostra de diversas formas como o esforço de geração de dados a partir de populações sub-representadas traz importantes contribuições para a ciência.
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- 2022
21. Mitochondrial D-loop sequence variation among Central Javanese Duck in Indonesia.
- Author
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Susanti, R., Iswari, Retno Sri, Fibriana, Fidia, and Sari, Retno Ika
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Copyright of Acta Scientiarum: Animal Sciences is the property of Universidade Estadual de Maringa and its content may not be copied or emailed to multiple sites or posted to a listserv without the copyright holder's express written permission. However, users may print, download, or email articles for individual use. This abstract may be abridged. No warranty is given about the accuracy of the copy. Users should refer to the original published version of the material for the full abstract. (Copyright applies to all Abstracts.)
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- 2017
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22. Genetic diversity between native and improved Cattleya walkeriana Gardner famous clones.
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Tambarussi, Evandro Vagner, Veasey, Elizabeth Ann, Menezes, Lou, Ibañes, Bruna, Lombardi, Kátia Cylene, and Vencovsky, Roland
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- *
PLANT product biotechnology , *CATTLEYAS , *PLANT hybridization , *ALLELES in plants , *PLANT genetics - Abstract
The aim of this study was to evaluate the genetic diversity among native plants and some individuals obtained from crosses with unknown genealogy of C. walkeriana as well as C. loddigesii and C. nobilior and to advance towards solving the question of the genetic purity of the "Orchidglade" clone. Eight microsatellite loci were used to evaluate the genetic diversity between individuals of C. walkeriana. Microsatellites were not efficient in determining the genetic diversity between C. walkeriana groups (native and improved). The difficulty in determining the genetic distance between the different genotypes can be attributed to the complex mating system of the species and to a weak genetic barrier that facilitates the development of hybrids. Our analysis revealed smaller genetic distances between the "Orchidglade", "Equilab", "Kenny" and "Pedentive" clones and the species C. loddigesii and C. nobilior. Native C. walkeriana plants were genetically more distant from the C. loddigesii and C. nobilior species. [ABSTRACT FROM AUTHOR]
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- 2017
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23. DNA barcode regions for differentiating Cattleya walkeriana and C. loddigesii.
- Author
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Rivera-Jiménez, Hernando, Rossini, Bruno César, Tambarussi, Evandro Vagner, Veasey, Elizabeth Ann, Ibanes, Bruna, and Marino, Celso Luis
- Abstract
Copyright of Acta Scientiarum: Biological Sciences is the property of Universidade Estadual de Maringa and its content may not be copied or emailed to multiple sites or posted to a listserv without the copyright holder's express written permission. However, users may print, download, or email articles for individual use. This abstract may be abridged. No warranty is given about the accuracy of the copy. Users should refer to the original published version of the material for the full abstract. (Copyright applies to all Abstracts.)
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- 2017
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24. Assessment of genetic diversity in the Russian olive (Elaeagnus angustifolia) based on ISSR genetic markers Avaliação da diversidade genética em Oliva Russa (Elaeagnus angustifolia) com base em marcadores genéticos ISSR
- Author
-
Leila Sadat Asadiar, Fatemeh Rahmani, and Abbas Siami
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Dendrograma ,Oliva russa ,Variação genética ,Marcador molecular ,Dendrogram ,Russian olive ,Genetic variation ,Molecular marker ,Agriculture (General) ,S1-972 - Abstract
Elaeagnus is a Eurasian tree with 77 species worldwide. In this study, ISSR markers were used to establish the level of genetic relationships and polymorphism across nine genotypes of Elaeagnus angustifolia collected from 9 different regions of West Azarbaijan province. The ISSR analysis with 11 anchored primers also generated 116 scorable loci, of which 92 were polymorphic (79.3%). The estimated Jaccard similarity coefficient ranged from 0.44 to 0.76 for the ISSR markers. Cluster analysis was carried out, based on the Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Averages (UPGMA) and the dendrogram drawn with the help of the NTSYSpc 2.02 software. The analysis revealed 5 main clusters for the ISSR data. According to our results, there is a relatively high genetic distance across E. angustifolia genotypes in the West Azarbaijan province of Iran. Furthermore, it could be inferred that ISSR markers are suitable tools for the evaluation of genetic diversity and relationships within the Elaeagnus genus.A Elaeagnus é uma árvore da Eurásia com 77 espécies em todo o mundo. Neste estudo, marcadores ISSR foram usados para estabelecer o nível de relações genéticas e polimorfismo entre nove genótipos de Elaeagnus angustifolia, coletados em 9 diferentes regiões da província do Azerbaijão Ocidental. A análise ISSR, com 11 primers ancorados, também gerou 116 loci contáveis, dos quais 92 polimórficos (79,3%). O coeficiente de similaridade de Jaccard estimado, variou de 0,44 a 0,76 para os marcadores ISSR. A análise de agrupamento foi realizada com base no Método não-ponderado de pares não-agrupados, com médias aritméticas (UPGMA), e a dendrograma elaborada com a ajuda do software NTSYSpc 2.02. A análise revelou cinco grupos principais para os dados ISSR. De acordo com nossos resultados, há uma distância genética relativamente alta entre genótipos de E. angustifolia na província de Azarbaijan Ocidental no Iran. Além disso, pode-se inferir que os marcadores ISSR são ferramentas adequadas para a avaliação da diversidade genética e as relações dentro do gênero Elaeagnus.
- Published
- 2013
25. SELECTION OF FISÁLIS POPULATIONS FOR HIBRIDIZATIONS, BASED ON FRUIT TRAITS
- Author
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NICOLE TREVISANI, RODOLFO SCHMIT, MATTHEUS BECK, ALTAMIR FREDERICO GUIDOLIN, and JEFFERSON LUÍS MEIRELLES COIMBRA
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Physalis peruviana L. ,Variação genética ,Seleção ,Plant culture ,SB1-1110 - Abstract
ABSTRACT The objective of this study was to characterize the genetic variability in fisális populations and select promising parents based on fruit traits. The experimental design consisted of randomized blocks, with six populations. Five plants per treatment were sampled. The evaluated traits were fruit weight, capsule weight, 1000- seed weight and fruit diameter. The data were subjected to multivariate analysis of variance with error specification between and within (p
- Published
- 2016
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26. Genetic variability of conilon coffee population from cultivar ?ES8152? based on morphoagronomic variables
- Author
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SENRA, J. F. B., SILVA, J. A. da, FERRAO, M. A. G., ESPOSTI, M. D. D., MILHEIROS, I. S., FASSARELLA, K. M., JOÃO FELIPE BRITES SENRA, INSTITUTO CAPIXABA DE PESQUISA ASSISTÊNCIA TÉCNICA E EXTENSÃO RURAL, JOSIMAR ALEIXO DA SILVA, INSTITUTO CAPIXABA DE PESQUISA ASSISTÊNCIA TÉCNICA E EXTENSÃO RURAL, MARIA AMELIA GAVA FERRAO, CNPCa, MARLON DUTRA DEGLI ESPOSTI, INSTITUTO CAPIXABA DE PESQUISA ASSISTÊNCIA TÉCNICA E EXTENSÃO RURAL, IDALINA STURIÃO MILHEIROS, INSTITUTO CAPIXABA DE PESQUISA ASSISTÊNCIA TÉCNICA E EXTENSÃO RURAL, and KAMILA MACHADO FASSARELLA, INSTITUTO CAPIXABA DE PESQUISA ASSISTÊNCIA TÉCNICA E EXTENSÃO RURAL.
- Subjects
Coffea Canephora ,Genotype ,Variação Genética ,Plant selection guides ,Variedade ,Plant breeding - Abstract
This study aimed to analyze the genetic variability of Coffea canephora population with 190 genotypes from cultivar ?ES8152?, based on morphoagronomic characteristics and vegetation index, to identify the most important characteristics for genetic divergence and compare them with commercial clones. The experiment was installed, in 2019, at the Bananal do Norte Experimental Farm/INCAPER, Cachoeiro de Itapemirim, ES, Brazil. The experiment was carried out in Federer?s augmented block design with three blocks, four common treatments (commercial clones A1, LB1, V8 and V12) and 190 regular treatments, genotypes from the seed production field of the conilon coffee cultivar ?ES8152?. At 24 months of age 14 morphoagronomic characteristics and vegetation index were evaluated. Descriptive analysis of the data, the estimation of the Standardized Euclidean Distance (ED) followed by the grouping by the methods of Tocher, UPGMA and principal coordinates, in addition to the relative importance of the characters estimated by the Singh methodology were performed. The most distant genotypes were 62 and 83 (ED=2.620) and the closest were 42 and 160 (ED=0.208). Genotype 83 stood out as the most distant among the others. The optimization and hierarchical groupings allowed the identification of genotypes 15, 81, 107 and 184 as similar to commercial clones. The discard analysis of variables recommended the elimination of the vegetation index and average internode length of the next diversity analysis. Principal coordinate analysis found phenotypic similarity of the genotypes 30, 81, 115, 141 and 163 with the clone V12, of the genotype 119 with the clone A1 and genotype 17 with clone LB1. The study, of morphoagronomic characters, allowed to detection the genetic diversity existing in the materials evaluated, indicating those with phenotypic similarity with the commercial clones, being possible the early identification of promising genotypes, agronomically superior, to start a breeding program for clonal selection, recurrent selection and controlled crosses to maximize heterosis. Made available in DSpace on 2022-08-25T13:20:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Genetic-variability-of-conilon-coffee-population-from-cultivar.pdf: 1369713 bytes, checksum: d7b694376348a17e814b8f5f6eaab3ae (MD5) Previous issue date: 2022
- Published
- 2022
27. Effects of genetic variations of MLCK2, AMPD1, and COL5A1 on muscle endurance
- Author
-
Cem Horozoglu, Halid Emre Aslan, Ali Karaagac, Ozlem Kucukhuseyin, Tugce Bilgic, Solen Himmetoglu, Arezoo Gheybi, Ilhan Yaylim, Umit Zeybek, and Tıp Fakültesi
- Subjects
Performance atlética ,Skeletal Muscle ,Skeletal muscle ,Genetic Variation ,Physical Therapy, Sports Therapy and Rehabilitation ,Variación genética ,Athletic Performance ,Rendimiento atlético ,Variação genética ,Músculo esquelético ,Athletic performance ,Orthopedics and Sports Medicine ,Genetic variation ,human activities - Abstract
Introduction: Although potential relationships with genetic variants of MLCK2, AMPD1 and COL5A1 have been detected in molecular studies evaluating sports performance from the genetic perspective, there are limited data in terms of muscle endurance and physical fitness. Materials and Methods: This study aimed to evaluate these variants in terms of lower limb muscle endurance and physical fitness in thirty-three soccer players. Genotypes were determined by High Resolution Melting (HRM) analysis in qPCR after genomic DNA was isolated from buccal swab samples from the participants. Measurements of lower limb muscle endurance, the dynamic leap and balance test (DLBT), and the standing broad jump test (SBJ) were taken for all the participants. Results: Greater height (p = 0.006), higher DLBT (p = 0.016) and SBJ (p = 0.033) scores, as well as greater left hip adduction (p
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- 2022
28. Genetic diversity of dengue virus serotypes 1 and 2 in the State of Paraná, Brazil, based on a fragment of the capsid/premembrane junction region
- Author
-
Ana Caroline Dalla Bona, Adriana Lacerda Twerdochlib, and Mário Antônio Navarro-Silva
- Subjects
Infecção simultânea ,RT-PCR ,Flavivirus ,Variação genética ,Arctic medicine. Tropical medicine ,RC955-962 - Abstract
INTRODUCTION: The precise identification of the genetic variants of the dengue virus is important to understand its dispersion and virulence patterns and to identify the strains responsible for epidemic outbreaks. This study investigated the genetic variants of the capsid-premembrane junction region fragment in the dengue virus serotypes 1 and 2 (DENV1-2). METHODS: Samples from 11 municipalities in the State of Paraná, Brazil, were provided by the Central Laboratory of Paraná. They were isolated from the cell culture line C6/36 (Aedes albopictus) and were positive for indirect immunofluorescence. Ribonucleic acid (RNA) extracted from these samples was submitted to the reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) and nested PCR. RESULTS: RT-PCR revealed that 4 of the samples were co-infected with both serotypes. The isolated DENV-1 sequences were 95-100% similar to the sequences of other serotype 1 strains deposited in GenBank. Similarly, the isolated DENV-2 sequences were 98-100% similar to other serotype 2 sequences in GenBank. According to our neighbor-joining tree, all strains obtained in this study belonged to genotype V of DENV-1. The DENV-2 strains, by contrast, belonged to the American/Asian genotypes. CONCLUSIONS: The monitoring of circulating strains is an important tool to detect the migration of virus subtypes involved in dengue epidemics.
- Published
- 2012
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29. Clinical variability in dystrophic epidermolysis bullosa and findings with scanning electron microscopy Variabilidade clínica em epidermólise bolhosa distrófica e achados de microscopia eletrônica de varredura
- Author
-
Hiram Larangeira de Almeida Jr, Luciane Maria Alves Monteiro, Fernanda Mendes Goetze, Ricardo Marques e Silva, and Nara Moreira Rocha
- Subjects
Dermatopatias vesiculobolhosas ,Epidermólise bolhosa distrófica ,Microscopia eletrônica de varredura ,Unhas ,Variação genética ,Epidermolysis bullosa dystrophica ,Genetic variation ,Microscopy, electron, scanning ,Nails ,Skin diseases ,vesiculobullous ,Dermatology ,RL1-803 - Abstract
In dystrophic epidermolysis bullosa, the genetic defect of anchoring fibrils leads to cleavage beneath the basement membrane and its consequent loss. A 46 year-old female patient presented blisters with a pretibial distribution associated with nail dystrophy. Her two children had hyponychia and anonychia, which affected all toe nails and the thumb, forefinger and middle finger. DNA sequencing identified in exon 75 of COL7A1 gene a pathologic mutation: c.6235G>A (p.Gly2079Arg). Immunomapping of a blister demonstrated collagen IV (basal membrane) in the blister roof and collagen VII in its floor, confirming dystrophic epidermolysis bullosa. Scanning electron microscopy of an inverted blister showed net-forming collagen attached to the blister roof . The variability found in this family has already been reported and confirms, on a clinical basis, the nail subtype as a dystrophic variant.Na epidermólise bolhosa distrófica, o defeito genético das fibrilas de ancoragem leva à clivagem abaixo da membrana basal com sua consequente perda. Uma paciente de 46 anos apresentava bolhas pré-tibiais associadas à distrofia ungueal. Seus dois filhos apresentavam hipo e anoníquia, afetando todas as unhas dos pododáctilos e dos primeiros, segundos e terceiros quirodáctilos. O sequenciamento de DNA identificou no exon 75 do gene COL7A1 uma mutação patológica: c.6235G>A (p.Gly2079Arg). O imunomapeamento identificou o colágeno IV no teto e colágeno VII no assoalho de uma bolha , confirmando o diagnóstico de epidermólise bolhosa distrófica. A microscopia eletrônica de varredura de um teto invertido de bolha demonstrou rede de colágeno aderida ao mesmo. A variabilidade clínica encontrada nessa família já foi escrita e confirma, que o subtipo ungueal das epidermólises bolhosas é uma forma distrófica.
- Published
- 2012
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30. Você conhece esta síndrome?
- Author
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Gleison Vieira Duarte and Rosângela Cunha
- Subjects
Pacientes oligossintomáticos ,Paquioníquia congênita ,Queratina-17 ,Variação genética ,Dermatology ,RL1-803 - Abstract
A paquioníquia congênita é uma rara genodermatose da ceratinização, primeiramente descrita em 1906 por Jadassohn e Lewandowsky. Além de pouco conhecida, a variabilidade fenotípica e as formas oligossintomáticas dificultam o diagnóstico. Relatamos uma família com três gerações afetadas, até recentemente sem diagnóstico. A busca ativa por casos familiares em pacientes com quadro suspeito e a identificação de manifestações peculiares de seus subtipos, como esteatocistoma múltiplo, permitem diagnóstico clínico precoce. Além disso, oportunizam a orientação familiar e de prognóstico ao portador.
- Published
- 2011
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31. Avaliação de genótipos de mamoeiro com uso de descritores agronômicos e estimação de parâmetros genéticos
- Author
-
Nágela Lazare Pereira Dias, Eder Jorge de Oliveira, and Jorge Luiz Loyola Dantas
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Carica papaya ,desenvolvimento de variedades ,melhoramento genético ,seleção de parentais ,variação genética ,Agriculture (General) ,S1-972 - Abstract
O objetivo deste trabalho foi avaliar descritores quantitativos e estimar parâmetros genéticos em genótipos de mamoeiro (Carica papaya). Foi instalado um experimento em blocos aumentados, para a avaliação de 27 genótipos, entre cultivares, variedades melhoradas e variedades locais, com o uso de 30 descritores relacionados à planta, folhas, flores, frutos e sementes. Após diversos ciclos de melhoramento, os genótipos ainda mostravam ampla variabilidade quanto aos descritores avaliados. A maior parte da variação fenotípica ocorreu em razão da variância genotípica. A herdabilidade variou de 60,48 a 99,05% e, em 80% dos casos, foi superior a 80,46%. A razão entre o coeficiente de variação genético e o ambiental foi maior do que a unidade para 63% das características. Há diferenças agronômicas suficientes para uso dos genótipos "per se" ou como parentais em programas de melhoramento, em razão de agregarem variação genética, qualidade de frutos e tipo agronômico.
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- 2011
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32. First insights into the genetic diversity of Mycobacterium tuberculosis strains in Salvador, Bahia State, Brazil Primeiro ensaio sobre diversidade genética das cepas de Mycobacterium tuberculosis em Salvador, Bahia, Brasil
- Author
-
Aída Cristina do Nascimento Silva, Lucilaine Ferrazoli, Vera Simonsen, Joice Neves Reis, Susan Martins Pereira, Theomira Mauadie de Azevedo Carmo, Eduardo Luiz Andrade Mota, and Mitermayer Galvão Reis
- Subjects
Tuberculose ,Epidemiologia Molecular ,Variação Genética ,Mycobacterium tuberculosis ,Tuberculosis ,Molecular Epidemiology ,Genetic Variation ,Medicine ,Public aspects of medicine ,RA1-1270 - Abstract
This study constitutes a first attempt to describe the genetic population structure of Mycobacterium tuberculosis circulating in Salvador, Bahia State, Brazil. A total of 56 confirmed cases of pulmonary tuberculosis, identified between March and June 2008, were analyzed using restriction fragment length polymorphism (IS6110-RFLP). The study population was characterized by a predominance of males (71.43%) over 30 years of age (68.75%). Forty-one isolates were found to belong to a single pattern (73.2%), while 15 (26.7%) were found in group patterns, forming six clusters. The higher level of diversity observed is much more suggestive of endogenous reactivation than recent transmission.Este é o primeiro estudo realizado na Bahia, Brasil, visando à descrição da estrutura da população genética circulante do Mycobacterium tuberculosis na cidade de Salvador. Um total de 56 casos confirmados de tuberculose pulmonar, identificados entre março e junho de 2008, foi analisado pelo método Restriction Fragment Lenght Polymorphism (IS6110-RFLP). A população de estudo foi caracterizada como a maioria do sexo masculino (71,43 %), idade acima de 30 anos (68,75%). Quarenta e um isolados (73,21%) com padrão único, enquanto 15 (26,75%) apresentaram padrões agrupáveis, formando seis clusters. A alta taxa de diversidade das cepas de M. tuberculosis observada é mais sugestiva de reativação endógena do que transmissão recente.
- Published
- 2011
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33. Variação genética, herdabilidades e ganhos na seleção para caracteres de crescimento e forma em teste de progênies de polinização aberta de Eucalyptus cloeziana. Genetic variation, heritability and genetic gains for growth and stem form traits in open-pollinated progenies test of Eucalyptus cloeziana.
- Author
-
Christian Luiz Ferreira BERTI, Miguel Luiz Menezes FREITAS, Antônio Carlos Scatena ZANATTO, Eurípedes MORAIS, Mario Luiz Teixeira de MORAES, and Alexandre Magno SEBBENN
- Subjects
coancestria ,Eucalyptus ,melhoramento florestal ,parâmetros genéticos ,tamanho efetivo ,variação genética ,coancestry ,tree breeding ,genetic parameters ,effective population size ,genetic variation. ,Forestry ,SD1-669.5 - Abstract
O objetivo deste estudo foi estimar parâmetros genéticos para caracteres de crescimento e forma em um teste de progênies de Eucalyptus cloeziana, com 24 anos de idade, estabelecido em Luiz Antônio, SP. O teste foi instalado com sementes de polinização aberta provenientes de 35 árvores matrizes oriundas de Helenvale e Cardwell St. Forest, Austrália. O delineamento experimental utilizado foi o de blocos ao acaso, com parcela composta por apenas uma planta, com 100 repetições. O ensaio foi mensurado aos 24 anos de idade para diâmetro à altura do peito - DAP, altura total, volume e forma. Foram detectadas diferenças significativas entre progênies para todos os caracteres avaliados. Foram detectados altos coeficientes de variação genética e herdabilidades para todos os caracteres estudados, o que demonstra um forte controle genético na herança destes e a possibilidade de se obter altos ganhos com a seleção massal e individual entre e dentro de progênies. Os ganhos esperados para plantios com 24 anos de idade, realizados em locais com as mesmas características ambientais de Luiz Antônio e com sementes coletadas após a seleção no teste de progênies, foram estimados em 42,92% para DAP, 16,82% para altura e 20,35% para forma.The aim of this study was to estimate genetic parameters for growth and stem form traits in a progenies test of Eucalyptus cloeziana, at 24 years of age, established in Luiz Antônio, SP. The trial was installed with open-pollinated seeds from 35 seed-trees from Helenvale and Cardwell St. Forest provenances, Australia. The trial was installed in a randomized block design, with single tree plots and 100 replications. The trial was measured at 24 years of age for diameter at breast height - DBH, total height, volume and stem form. Significant differences among progenies were obtained for all traits. High genetic coefficients of variation and heritabilities were detected for all traits, showing a strong genetic control in the traits and the possibility to obtain genetic gains by massal selection among and within progenies. The expected genetic gains for stands with 24 years of age, growing in sites with the same environmental characteristics of Luiz Antônio and with seeds collected after selection in the progeny test were estimated in 42.91% for DBH, 16.82% for height and 20.35% for stem form.
- Published
- 2011
34. Variabilidade entre procedências de paricá Schizolobium parahyba var amazonicum (Huber ex Ducke) Barneby plantadas no município de Colares - Pará Variability among Schizolobium parahyba var. amazonicum (Huber ex Ducke) Barneby provenances planted in the municipality of Colares - PA
- Author
-
Selma Toyoko Ohashi, Jorge Alberto Gazel Yared, and João Tomé de Farias Neto
- Subjects
variação genética ,procedência ,melhoramento genético ,reflorestamento ,Shizolobium amazonicum ,genetic variation ,provenance ,genetic improvement ,reforestation ,Science (General) ,Q1-390 - Abstract
O estudo envolveu quatro procedências de paricá (Schizolobium parahyba var. amazonicum) plantadas no município de Colares-PA, seguindo um delineamento experimental em blocos ao acaso com cinco repetições. As características estudadas foram: sobrevivência, altura da planta, diâmetro a 1,30m do solo (DAP), altura e diâmetro da copa, percentagem de plantas atacadas e tipo de casca. A avaliação foi efetuada aos três anos de idade. Foram encontradas diferenças entre procedências para a sobrevivência e crescimento em altura da planta e DAP, não tendo sido encontradas diferenças para as características de altura da copa, diâmetro da copa, percentagem de plantas atacadas e tipo de casca. A procedência de maior sobrevivência foi Belterra que diferiu das demais ao nível de 5% de significância. Para o crescimento em Altura da planta e DAP, as procedências Belterra, Ji-Paraná e Alta Floresta foram estatisticamente iguais entre si, diferindo de Brasiléia que apresentou o menor desenvolvimento. As procedência Belterra, Alta Floresta e Ji-Paraná podem ser recomendadas para o uso em programas de reflorestamento e sistemas agroflorestais para esta região. O coeficiente de correlação de Spearman indicou alta associação entre as variáveis de produção e a latitude, indicando que as procedências de latitudes mais baixas tendem a ter um maior desenvolvimento, entretanto, devido este estudo ter envolvido somente uma pequena amostra dentro da ampla área de distribuição da espécie, é aconselhável ampliar o trabalho de prospecção e coleta para melhor explorar a variabilidade no programa de melhoramento genético com a espécie.The study involved four three-year-old provenances of Schizolobium parahyba var. amazonicum planted in the municipality of Colares-Pará, following an experimental design of randomized blocks with five replications. The studied characteristics were: survival, plant height, diameter at 1.30 m from the ground (DAP), height and diameter of the tree crown, percentage of attacked plants and type of bark. Differences among origins for the survival and growth in height of plant and DAP had been found, however, no differences were found for crown height characteristics, crown diameter, percentage plants of attacked plants and bark type. The provenance with the highest survival was Belterra. For plant growth in height and DAP, the provenances Belterra, Ji-Paraná and Alta Floresta were statistically similar, differing from Brasiléia that presented the lowest development. The provenances Belterra, Alta Floresta and Ji-Paraná can be recommended for reforestation programs and agroforestry systems for this region. The Spearman correlation coefficient indicated a strong association among the production variables and the latitude, indicating that the provenances from lower latitudes tend to have a higher development. However, due to this study had involved only a small sample inside of the ample area of distribution of the species, it is advisable to extend the prospection and collecting activities for better explore the variability in the program of genetic improvement of the species.
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- 2010
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35. Diversidade genética do vírus da imunodeficiência humana tipo 1 (HIV-1) em mulheres infectadas de uma cidade do nordeste do Brasil Genetic diversity of human immunodeficiency virus type-1 (HIV-1) in infected women from a northeast city of Brazil
- Author
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Edson de Souza Santos, Adriano Fernando Araújo, Bernardo Galvão-Castro, and Luiz Carlos Junior Alcantara
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HIV-1 ,Variação genética ,Genótipo ,Resistência a medicamentos ,Evolução clínica ,Genetic variation ,Genotype ,Drug resistance ,Clinical evolution ,Gynecology and obstetrics ,RG1-991 - Abstract
OBJETIVO: descrever a diversidade genética dos isolados de HIV-1 de mulheres soropositivas acompanhadas em um centro de referência. MÉTODOS: estudo transversal, no qual foram incluídas 96 mulheres com dois testes sorológicos ELISA e um teste confirmatório Western Blot. Das amostras de sangue periférico, foram determinadas a carga viral pelo kit b-DNA e a contagem de linfócitos T CD4 e T CD8 pela citometria de fluxo excalibur. A extração e purificação do DNA pró-viral foi realizada pela reação em cadeia da polimerase (PCR), utilizando o kit QIAamp Blood (Qiagen Inc., Chatsworth, CA, USA). O sequenciamento da região pol foi realizado em 52 isolados com o (3100 Genetic Analyzer, Applied Biosystems Inc., Foster City, CA) e a genotipagem foi investigada pela ferramenta Rega (Rega Subtyping Tool). O padrão de resistência aos antirretrovirais (ARV) foi inferido pelo algoritmo do banco de dados Stanford HIV Resistance. Os estágios clínicos das participantes foram definidos como A, B ou C segundo os critérios do Center for Diseases Control (CDC). Para a análise estatística dos dados, foram utilizados os testes do χ2 para as variáveis categóricas e o teste t de Student para as variáveis numéricas. RESULTADOS: a média de idade da amostra, o tempo médio de doença e de tratamento foram: 33,7; 3,8 e 2,5 anos, respectivamente. A média da carga viral foi log10 2,3 cópias/mL; a dos linfócitos T CD4 e T CD8 foi 494,9 células/µL e 1126,4 células/µL. Sobre o estágio clínico, 30 mulheres estavam no estádio A, 47 no B e 19 no C. O sequenciamento dos 52 isolados encontrou 33 do subtipo B, quatro do F, um do C e 14 do recombinante BF. A análise da resistência aos ARV mostrou 39 (75,0%) isolados susceptíveis, 13 (25,0%) resistentes aos inibidores da transcriptase reversa (INTR) e três (5,7%) aos inibidores da protease (IP). CONCLUSÕES: Houve grande diversidade do HIV-1 e elevado percentual de isolados resistentes aos ARV na amostra estudada.PURPOSE: to describe the genetic diversity of HIV-1 isolates from serum positive women followed up at a reference center. METHODS: transversal study, including 96 women with two ELISA serological tests and a Western Blot confirmatory test. The viral charge was determined by the b-DNA kit, and the counting of T CD4 and T CD8 lymphocytes, by the Excalibur flow cytometry, from the samples of peripheral blood. The extraction and purification of pro-viral DNA was performed by the polymerase (PCR) chain reaction, using the QIAamp Blood kit (Qiagen Inc., Chatsworth, CA, U.S.A.). Sequencing of the pol region was done in 52 isolates with the 3100 Genetic Analyzer (Applied Biosystems Inc., Foster City, CA), and the genotyping was assessed by the Rega Subtyping Tool. The resistance pattern to anti-retrovirals (ARV) was inferred by the algorithm from the Stanford HIV Resistance data bank. Participants' clinical stages were defined as A, B or C, according to the criteria established by the Center for Diseases Control (CDC). For statistical analysis, the χ2 test was used for the categorical variables and the Student's t test, for the numerical variables. RESULTS: The average age of the sample, the disease and treatment average duration were respectively: 33.7 years old, 3.8 and 2.5 years. The viral charge average was log10 2.3 copies/mL; the T CD4 e T CD8 lymphocytes, 494.9 cells/µL and 1126.4 cells/µL. Concerning the clinical stage, 30 women were in stage A, 47 in B and 19 in C. Sequencing from the 52 isolates found 33 of B subtype, 4 of F, 1 of C and 14 of BF recombinant. The analysis of resistance to ARV has shown 39 (75.0%) susceptible isolates, 13 (25.0%) resistant to reversal transcriptase inhibitors (RTIN), and 3 (5.7%) resistant to protease inhibitor (PI). CONCLUSIONS: There has been a large variety of HIV-1 and a high percentage of isolates resistant to ARV in the studied sample.
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- 2009
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36. Caracterização física de frutos do pequizeiro nativos da chapada do Araripe-CE Physical characteristics of pequi fruits from chapada do Araripe-CE
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Maria Elisabeth Barros de Oliveira, Nonete Barbosa Guerra, Aline de Holanda Nunes Maia, Ricardo Elesbão Alves, Daniele da Silva Xavier, and Nádia Maria dos Santos Matos
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Caryocar coriaceum ,frutas nativas ,variação genética ,melhoramento de plantas ,native fruits ,genetic variation ,breeding programs ,Plant culture ,SB1-1110 - Abstract
O trabalho teve como objetivo a caracterização física de frutos de pequizeiros (Caryocar coriaceum Wittm.) nativos da Chapada do Araripe, sul do Estado do Ceará, a fim de quantificar a variabilidade entre as plantas e identificar materiais de interesse agroindustrial e para melhoramento genético. Frutos de 35 plantas foram caracterizados através de 24 parâmetros físicos no fruto inteiro, casca, amêndoa, polpa e semente. Os resultados (média de 25 frutos) foram avaliados via estatísticas descritivas (medidas de tendência central e variabilidade dos dados) e métodos de análise multivariada (análise de agrupamento e análise de componentes principais). os frutos provenientes das plantas 01; 02; 03; 05; 07; 14; 22 e 26 apresentaram as melhores características para processamento. A análise de agrupamento resultou na identificação de cinco grupos de plantas com características fenotípicas similares. os resultados mostraram a existência de considerável variabilidade na espécie.The study aimed to characterize physically pequi fruits (Caryocar coriaceum Wittm.) of native trees from Chapada do Araripe, situated south of the state of Ceará, in order to quantify the variability among plants and identify genotypes to food industry and breeding programs. Fruits of 35 plants were characterized for 24 physical parameters in the whole fruit, rind, almonds, pulp and seeds. The results (average of 25 fruits) were evaluated via descriptive statistics (measures of central trend and data variability) and methods of multivariate analysis (cluster analysis and main component analysis). The fruits from the plants numbers: 01, 02, 03, 05, 07; 14, 22 and 26 showed the best characteristics for processing. The cluster analysis resulted in the identification of five groups of plants with similar phenotypic characteristics. The results showed that there is considerable variability in the specie.
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- 2009
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37. Seleção em progênies de maracujazeiro-amarelo com base em índices multivariados Selection on yellow passion fruit progenies by multivariate indices
- Author
-
Eder Jorge de Oliveira, Vanderlei da Silva Santos, Diego Souza de Lima, Marlos Dourado Machado, Rangel Sales Lucena, Tiago Borges Nunes Motta, and Milene da Silva Castellen
- Subjects
Passiflora edulis ,meios-irmãos ,melhoramento genético ,variação genética ,half-sib ,genetic breeding ,genetic variation ,Agriculture (General) ,S1-972 - Abstract
O objetivo deste trabalho foi avaliar os ganhos genéticos, preditos por meio de diferentes índices de seleção, em seis caracteres relacionados ao fruto, em 16 progênies de meios-irmãos de maracujá-amarelo. Foram utilizados: o índice clássico de Smith & Hazel (IC) e a distância genótipo-ideótipo de Cruz (IDGI), ambos com três pesos econômicos; o índice de ganhos desejados de Pesek & Baker (IGD); o índice livre de pesos e parâmetros de Elston (ILPP); e a seleção direta (SD). Observaram-se altas correlações genotípicas, de maior magnitude do que as fenotípicas, para algumas características, o que indica a existência de genes pleiotrópicos. Foram selecionadas cerca de 14% das plantas, para intercruzamento e formação de novo ciclo de seleção. Os critérios de seleção foram divergentes, inclusive para o mesmo índice de seleção com diferentes pesos econômicos, o que revela alta divergência das progênies estudadas. A SD permitiu a obtenção de ganhos preditos desejáveis para todos os caracteres, porém em magnitudes inferiores a outros índices. Embora o IC tenha possibilitado a obtenção de maiores ganhos genéticos em relação ao peso e ao número de frutos por planta, houve ganho negativo para alguns caracteres. O IDGI foi superior na predição de maiores ganhos genéticos, de forma equilibrada para todos os caracteres, enquanto o ILPP mostrou o pior desempenho.The objective of this work was to evaluate the genetic gains predicted through different selection indices in 16 half-sib progenies of yellow passion fruit, using six fruit characteristics. The selection criteria used were: the classical index of Smith & Hazel (CI) and the genotype-ideotype distance of Cruz (GID), both with three economic weights; the desired gain index of Pesek & Baker (DGI); the weight-free index of Elston (WFI); and the direct selection (DS). High genotypic correlations, of greater magnitude than the phenotypic ones, were found for some characteristics, which indicates the presence of pleiotropic genes. About 14% of the plants were selected for intercrossing and formation of a new cycle of selection. The selection criteria used were very different from each other, even for the same selection index with different economic weights, which shows the high progenies divergence. Desirable genetic gains were obtained with DS, but with lower magnitude than other indices. Although the CI was the criterion that showed the highest genetic gains for weight and number of fruits per plant, there were negative gains for some characteristics. The GDI was the best criterion to perform a greater predicted and balanced genetic gains for all the characteristics, while the WFI showed the worse performance.
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- 2008
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38. Diferenciação genética entre procedências de açaizeiro por marcadores RAPD e SSR Genetic differentiation in provenances of açaí tree by RAPD and SSR markers
- Author
-
Maria do Socorro Padilha de Oliveira and Kaesel Jackson Damasceno e Silva
- Subjects
Amazônia ,germoplasma ,Euterpe ,palmeira ,variação genética ,Amazon ,Germplasm ,Palm ,Genetic variation ,Plant culture ,SB1-1110 - Abstract
Diferenciação genética refere-se à distribuição da variabilidade entre e dentro de populações, procedências ou outros tipos de agrupamentos. Seu conhecimento é importante para estabelecer estratégias de coleta, conservação e manejo de germoplasma de qualquer espécie. Neste trabalho, avaliou-se a diferenciação genética entre procedências de açaizeiro que compõem a coleção da Embrapa Amazônia Oriental, por meio de marcadores RAPD e SSR. Para tanto, foram utilizados DNAs de 107 acessos, representantes de 17 regiões geográficas diferentes e utilizados em PCR com 28 primers RAPD e sete primers SSR. Os dados foram submetidos à análise de variância molecular (AMOVA) com estrutura hierárquica desbalanceada. Altos níveis de diferenciação genética foram registrados entre procedências, com 0,301 para o marcador dominante e 0,242 para o co-dominante. Para os dois marcadores, a AMOVA apresentou grande variabilidade dentro das procedências (acima de 69%). O pequeno tamanho amostral das procedências do Maranhão pode ter contribuído para a diferenciação significativa entre procedências. Os dados obtidos por esses marcadores foram concordantes quanto à distribuição da variação genética entre e dentro de procedências dessa palmeira.Genetic differentiation refers to the distribution of the variability among and within populations, provenances or other grouping types. This knowledge is important to establish collection strategies, conservation and germplasm management of any species. In this work, the genetic differentiation was evaluated among provenances of açaí tree from Embrapa Eastern Amazon germplasm collection using RAPD and SSR markers. DNAs of 107 accessions, representing 17 different geographic regions were used in PCR reactions with 28 RAPD primers and seven SSR primers. The obtained data was submitted to analyses of molecular variance (AMOVA) with unbalanced hierarchical structure. High levels of genetic differentiation were registered among provenances, with 0.301 for the dominant marker (RAPD) and 0.242 for the codominante (SSR). For the two markers, AMOVA showed a great variability within the provenances (above 69%). The small sampling size of Maranhão provenances might have contributed to the significant differentiation among these provenances. The data obtained by these markers were in agreement with in what concerns the distribution of the genetic variation among and within the provenances of this palm tree.
- Published
- 2008
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39. Métodos de estimação do coeficiente de endogamia em uma população diplóide com alelos múltiplos Methods of estimation of the inbreeding coefficient in a diploid population with multiple alleles
- Author
-
Joel Augusto Muniz, Mariele Santana Camargo, Daniel Furtado Ferreira, and Ruben Delly Veiga
- Subjects
Freqüência alélica ,simulação ,variação genética ,Gene frequencies ,simulation ,genetic variation ,Agriculture (General) ,S1-972 - Abstract
Com o presente trabalho, objetivou-se avaliar as propriedades de três estimadores do coeficiente de endogamia, F, em uma população diplóide com alelos múltiplos, por meio de dados de frequências alélicas de amostras de indíviduos, obtidas em populações simuladas, por meio do SAS. Foram avaliados o estimador de F, obtido pela média das estimativas nas análises de cada alelo, o estimador considerando a análise conjunta envolvendo todos os alelos, bem como aquele por meio de análise multivariada com os três alelos proposto por Long (1986). Os resultados encontrados para a média e variância dos estimadores, a partir de 1000 estimativas de F, calculadas para cada tamanho de amostra, mostraram que os três estimadores são tendenciosos. Entretanto, de maneira geral, observou-se que o estimador considerando a análise de variância conjunta foi menos tendencioso e apresentou menor variância, quando o coeficiente de endogamia na população era alto, enquanto que para populações com endogamia baixa a variância do estimador considerando a análise multivariada foi menor.The present work evaluted the properties of three estimators of the inbreeding coefficient, F, in a diploid population with multiple alleles, using data of gene frequencies in individuals from random samples, obtained in simulate populations, through the SAS. Were evaluted the estimator of F, obtained by single and joint univariate analysis and the estimator of F obtained by multivariate analysis as proposed by Long (1986). The analysis of the means and variances of the estimators, obtained of 1000 estimates of F, calculated for each sample size, it demonstrated that the three estimators is bias. However, it was observed that the estimator obtained of univariate analysis it was less biased and it presented smaller variance, when the inbreeding coefficient in the population was elevated, while for populations with low inbreeding, the variance of, the estimator obtained by the multivariate analysis it was smaller.
- Published
- 2008
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40. Classification of Coffea canephora clones in botanical varieties by discriminant analysis of the k-nearest neighbors
- Author
-
Marciléia Santos Souza, Fabio Ferreira, Leilane Nicolino Lamarão de Oliveira, Maria Teresa Gomes Lopes, Rodrigo Barros Rocha, MARCILÉIA SANTOS SOUZA, Universidade Federal do Amazonas (UFAM), FÁBIO MEDEIROS FERREIRA, Universidade Federal do Amazonas (UFAM), RODRIGO BARROS ROCHA, CPAF-RO, MARIA TERESA GOMES LOPES, Universidade Federal do Amazonas (UFAM), and LEILANE NICOLINO LAMARÃO OLIVEIRA, Prefeitura Municipal de Urucurituba, Secretaria de Meio Ambiente, Urucurituba, Amazonas.
- Subjects
Agriculture (General) ,Clone ,Population ,Conilon ,Ouro Preto do Oeste (RO) ,Quantitative trait locus ,Melhoramento Genético Vegetal ,Coffea canephora ,Plant breeding ,k-nearest neighbors algorithm ,S1-972 ,quantitative trait ,Crossing ,Robusta ,Campo Experimental ,Genetic variation ,education ,Hybrid ,Coffea Canephora ,education.field_of_study ,Genetic diversity ,Rondônia ,General Veterinary ,biology ,Cruzamento Vegetal ,Quantitative traits ,genetic diversity ,biology.organism_classification ,Linear discriminant analysis ,Genetic divergence ,Horticulture ,Variação Genética ,Café Robusta ,Embrapa Rondônia ,Café ,General Agricultural and Biological Sciences ,Amazônia Ocidental ,Western Amazon ,TP248.13-248.65 ,Demonstration farms ,Biotechnology - Abstract
A strategy for genetic improvement of coffee Coffea canephora plants is to aggregate through artificial crossings the characteristics of the Conilon botanical variety, such as shorter height and drought resistance, with the higher average grain size and resistance to pests and diseases of the Robusta variety. Efficiently separating the clones into these two groups with the aid of appropriate analytical procedures makes field tasks easier for professionals and, thus, allows the systematic production of intervarietal hybrids. This study verifies if the non-parametric discriminant analyzes of the k-nearest neighbors (k-NN) and k-average neighbors (k-AN) would be able to correctly classify 130 coffee clones in their botanical varieties previously designated as Conilon, Robusta and Intervarietal Hybrids populations from ten quantitative agronomic characteristics, including the processed coffee beans yield, considering the existing population genetic divergence. These characteristics were found to be good discriminatory variables and the discriminant analyzes k-NN and k-AN, based on the principle of similarity by neighborhood, classified the clones with high hit rates. The k-AN discriminant analysis was able to better discriminate intervarietal hybrids from the group clones Conilon. The results correctly reflected the genetic diversity between the botanical varieties and intervarietal hybrids of Coffea canephora, allowing us to conclude that these classification methods can assist breeders in the main task of discriminating Conilon from Robusta clones. Made available in DSpace on 2021-12-14T02:09:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 cpafro-18640.pdf: 492291 bytes, checksum: 9d24b63c74eb0c2c56426cfb41674d9d (MD5) Previous issue date: 2021
- Published
- 2021
41. Genome-wide structural variations in Brazilian Senepol cattle, a tropically adapted taurine breed
- Author
-
Fernando Baldi, Elisa Peripolli, Rafaela Kava, Raysildo Barbosa Lôbo, Angélica Simone Cravo Pereira, Marcos Vinícius Antunes de Lemos, Mariana Piatto Berton, Nedenia Bonvino Stafuzza, Universidade Estadual Paulista (UNESP), National Association of Breeders and Researchers (ANCP), Instituto de Zootecnia (IZ), and Universidade de São Paulo (USP)
- Subjects
Genetics ,education.field_of_study ,Genetic diversity ,Autosome ,Copy number variants ,General Veterinary ,ved/biology ,VARIAÇÃO GENÉTICA ,Taurine cattle ,ved/biology.organism_classification_rank.species ,Population ,Biology ,Runs of Homozygosity ,Runs of homozygosity ,Genome ,Effective population size ,Linkage disequilibrium ,Animal Science and Zoology ,Copy-number variation ,education - Abstract
Made available in DSpace on 2022-04-29T08:45:58Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2021-11-01 This study aimed to identify structural variations in the form of runs of homozygosity (ROH) and copy number variants (CNVs) in the genome of the Brazilian Senepol cattle and to better explore the potential biological functions of the genes located within such regions. A total of 140 animals were genotyped with the GeneSeek® Genomic Profiler™ Bovine 50 K. Autosomal ROH and CNVs were detected after appropriated quality control. A total of 5,531 ROH were identified, with an average number of 40.37 per animal and an average length of 5.09 Mb. BTA1 had the greatest number of ROH per chromosome (n = 458), while BTA20 displayed the greatest fraction of the chromosome covered with ROH (22.06%). A total of 181 CNVs were identified, with an average length size of 184.67 kb, with values ranging from 26.61 to 334.48 kb. A total of 16 CNV regions (CNVRs) were seen distributed among eleven autosomes, and the largest number of CNVRs (n = 4) was described on BTA12. Autozygosity islands were identified using an outlier approach, and none of them overlapped with CNVRs. Our study revealed that the limited genetic basis together with the narrow number of imported animals to disseminate the breed might have strongly contributed to the low effective population size and the high genomic autozygosity proportion described in this population. The functional enrichment analysis revealed several significant terms (p
- Published
- 2021
42. Divergência genética entre acessos e cultivares de mamoneira por meio de estatística multivariada Genetic divergence on castor bean accesses and cultivars through multivariate analysis
- Author
-
Mauro Nóbrega da Costa, Walter Esfrain Pereira, Riselane de Lucena Alcântara Bruno, Eleusio Curvelo Freire, Márcia Barreto de Medeiros Nóbrega, Máira Milani, and Ademar Pereira de Oliveira
- Subjects
Ricinus communis ,variação genética ,agrupamento ,análise multivariada ,genetic variation ,cluster ,multivariate analysis ,Agriculture (General) ,S1-972 - Abstract
O objetivo deste trabalho foi avaliar a divergência genética entre acessos e cultivares de mamoneira (Ricinus communis L.) e utilizá-la como critério na escolha de genitores que viabilizem, a partir de hibridações, a formação de populações segregantes. Os tratamentos foram representados pelos acessos BRA 4871, BRA 2968, BRA 5550 e BRA 7722 Papo-de-gia, e as cultivares BRS 188 Paraguaçu, BRS 149 Nordestina, IAC-80, Mirante-10 e Pernambucana Melhorada. As características analisadas foram: início do florescimento (FR), número de racemos por planta (NRP), comprimento efetivo do racemo primário (CR), altura de planta (AP), potencial produtivo (PP) e teor de óleo nas sementes (TO). A divergência genética foi estimada por meio de estatística multivariada, com base em variáveis canônicas e análise de agrupamento, tendo-se empregado a distância euclidiana média. Houve a formação de dois grupos: o grupo I formado por oito genótipos e o grupo II por apenas um genótipo, a cultivar Mirante-10. Apesar de a cultivar Mirante-10 ter sido a mais divergente, não deve ser recomendada para hibridação, por sua baixa média de desempenho. As demais cultivares também apresentam restrições para hibridação, por serem bastante similares. As variáveis que mais contribuíram para a divergência genética foram FR, AP, TO e CR.This work aimed to evaluate genetic divergence among castor bean (Ricinus communis L.) cultivars, in order to enable the choice of parents which make the formation of segregating populations possible. Accesses BRA 4871, BRA 2968, BRA 5550 and BRA 7722 Papo-de-gia, and cultivars BRS 188 Paraguaçu, BRS 149 Nordestina, IAC-80, Mirante-10 and Pernambucana Melhorada were evaluated. Characteristics analyzed were: days to flowering, number of racemes per plant, length of pistillate region of main raceme, plant height, potential yield, and seed oil content. The genetic divergence among accesses and cultivars was studied by multivariate analysis techniques, with canonical variables and cluster analysis, making use of mean euclidean distance. Two groups were formed: group I, formed by eight genotypes; and group II, formed by one genotype, cultivar Mirante-10. In spite of being the more divergent, cultivar Mirante-10 should not be recommended for hybridization due to its low medium performance. The other cultivars also presented restrictions, as they were quite similar. The variables that more contributed to the genetic divergence were: days to flowering, length of pistillate region of main raceme, plant height, and seed oil content.
- Published
- 2006
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43. Divergência genética em café conilon Genetic divergence in conilon coffee
- Author
-
Aymbiré Francisco Almeida da Fonseca, Tocio Sediyama, Cosme Damião Cruz, Ney Sussumu Sakaiyama, Maria Amélia Gava Ferrão, Romário Gava Ferrão, and Scheilla Marina Bragança
- Subjects
Coffea canephora ,genitores ,hibridação ,variação genética ,análises multivariadas ,parents ,hybridization ,genetic variation ,multivariate analysis ,Agriculture (General) ,S1-972 - Abstract
O objetivo deste trabalho foi avaliar a divergência genética entre 32 clones de café conilon (Coffea canephora Pierre ex Frohener) componentes de três variedades clonais melhoradas, com vistas à identificação dos mais dissimilares, para o estabelecimento de programas de cruzamentos dirigidos. A divergência genética foi avaliada por procedimentos multivariados: distância generalizada de Mahalanobis, método de agrupamento de otimização de Tocher e técnica de variáveis canônicas. Sete caracteres foram avaliados em experimento conduzido em Marilândia, ES. Os genótipos ES 92, ES 25 e ES 22 são os mais divergentes, sendo os dois últimos os mais indicados para cruzamento com os demais, tendo em vista aliarem divergência genética a um bom desempenho produtivo.The objective of this work was to evaluate the genetic divergence between 32 clones of three clonal varieties of conilon coffee, to identify the most dissimilar for the establishment of programs of directed crosses. Genetic divergence was evaluated by multivariate procedures: generalized Mahalanobis distance, the grouping optimization method of Tocher and the technique of canonical variables. Seven characteristics were evaluated in one trial conducted in Marilândia, ES, Brazil. Genotypes ES 92, ES 25 and ES 22 are the most divergent; the last two are the most appropriate for crossing and to obtain hybrids of improved performance by using genetic divergence for good productive performance.
- Published
- 2006
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44. Analysis of preharvest sprouting in three Brazilian wheat populations Análise da germinação pré-colheita em três populações brasileiras de trigo
- Author
-
Manoel Carlos Bassoi, John Flintham, and Carlos Roberto Riede
- Subjects
Triticum aestivum ,dormência ,cor de grão ,genes ,variação genética ,dormancy ,grain colour ,genetic variation ,Agriculture (General) ,S1-972 - Abstract
The objective of this work was to evaluate the possibility of obtaining recombinant inbred wheat lines more resistant to preharvest sprouting, independently of colour genes, in three red-grained Brazilian wheat populations. The results showed statistical significance among lines within all populations, which presented a normal distribution and transgressive segregation for preharvest sprouting. The normal distribution of the lines from all red-grained populations suggests that sprouting, excluding the genes expressing seed coat pigmentation, is, probably, controlled by many genes. These findings also indicate that it may be possible to improve resistance to preharvest sprouting, independently of the colour genes.O objetivo deste trabalho foi avaliar a possibilidade de obtenção de linhas recombinantes homozigotas de trigo mais resistentes à germinação pré-colheita independentemente dos genes de cor, em três populações brasileiras de grãos vermelhos. Os resultados mostraram significância estatística entre linhas, em todas as populações, distribuição normal e segregação transgressiva. A distribuição normal apresentada por todas as populações com grãos vermelhos sugere que a germinação pré-colheita, excluindo-se os genes responsáveis pela pigmentação dos grãos, é, provavelmente, controlada por muitos genes. Os resultados indicam, também, que é possível aumentar a resistência à germinação pré-colheita, independentemente dos genes de cor.
- Published
- 2006
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45. Variabilidade genética em algumas criações comerciais brasileiras de escargots (Helix aspersa, Müller, 1774) Genetic variation at eight isoenzyme loci in subpopulations of the edible snail (Helix aspersa, Müller, 1774)
- Author
-
B.F. Vasconcellos and E.P.B. Contel
- Subjects
escargot ,isoenzima ,variação genética ,distância genética ,edible snail ,isoenzymes ,genetic variation ,genetic distance ,Animal culture ,SF1-1100 - Abstract
Descreveram-se os marcadores isoenzimáticos e estimou-se a variabilidade genética de 20 subpopulações brasileiras de escargots (Helix aspersa). O estudo dos oito locos foi feito por eletroforese em gel de amido, em amostras com 30 indivíduos cada, obtidas em criatórios dos estados de Santa Catarina, São Paulo e Rio de Janeiro (uma, duas e 17 amostras, respectivamente). Observou-se polimorfismo nos locos das enzimas LAP, 6-PGD, PEP 2, PEP 1 e MDH, com três alelos nos três primeiros locos e dois nos demais. Os locos da ME, da SOD e da PGI apresentaram-se monomórficos. As freqüências gênicas de sete amostras ajustaram-se ao modelo de Hardy-Weinberg (PIn order to assess genetic variability in subpopulations of Helix aspersa, eight isoenzyme loci in 30 individuals in each of 20 subpopulations, obtained from breeders in Santa Catarina (1), São Paulo(2) and Rio de Janeiro (17) states of Brazil, were examined. Polymorphic loci included LAP, 6-PGD, PEP 2, PEP 1 and MDH, with three alelles at each of the first three loci and two at each of the others. The ME, SOD and PGI loci were monomorphic. Gene frequencies in 7 of 20 subpopulations were consistent with the Hardy-Wienberg equilibrium (P
- Published
- 2006
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46. Diversidade genética de Chenopodium ambrosioides da região cacaueira da Bahia com base em marcadores RAPD Genetic diversity based on RAPD markers of Chenopodium ambrosioides from the cocoa region of Bahia State, Brazil
- Author
-
Simone Gualberto Santos and Ronan Xavier Corrêa
- Subjects
variação genética ,marcadores moleculares ,mastruz ,coeficientes de similaridade ,análise de agrupamento ,planta medicinal ,genetic variation ,molecular markers ,wormseed ,similarity coefficient ,cluster analysis ,medicinal herb ,Agriculture (General) ,S1-972 - Abstract
Chenopodium ambrosioides L., conhecida no Brasil por suas propriedades medicinais e usada principalmente para o controle de verminoses intestinais, é pouco estudada quanto à diversidade genética. O objetivo deste trabalho foi avaliar a diversidade genética de 16 indivíduos de C. ambrosioides, provenientes de diferentes municípios da região cacaueira da Bahia, pela técnica de RAPD (DNA polimórfico amplificado ao acaso). Apenas 6,9% das 216 bandas RAPD amplificadas foram polimórficas e a análise de agrupamento evidenciou que não há formação de grupos por área de coleta. Portanto, há pequena variabilidade entre os materiais e esta variabilidade encontra-se distribuída entre as regiões amostradas.Chenopodium ambrosioides L. is known in many parts of Brazil for its medicinal properties, mainly used to control intestinal worms. Its genetic diversity is little studied. The objective of this work was to evaluate the genetic variability of 16 accessions of C. ambrosioides from the cocoa region of Bahia State, Brazil, by the RAPD technique (Random Amplified Polymorphic DNA). Only 6.9% of the 216 amplified RAPD bands were polymorphic and the pattern of dispersion of individuals showed no clustering related to sample site. Therefore, there is low variability among accessions and it is distributed among the accessions from the entire sampled region.
- Published
- 2006
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47. Teste de procedências de Pinus caribaea var. hondurensis aos 32 anos de idade em Bebedouro–SP. Pinus caribaea var. hondurensis provenances test at 32 years, in Bebedouro–SP.
- Author
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Miguel Luiz Menezes FREITAS, Antonio Carlos Scatena ZANATTO, Eurípedes MORAIS, Saulo Vannucci LEMOS, Alessandro Chagas FERNANDES, and Alexandre Magno SEBBENN
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Pinus caribaea var. hondurensis ,teste de procedências ,variação genética ,seleção ,genetic variation ,selection ,Forestry ,SD1-669.5 - Abstract
O objetivo deste trabalho foi estudar avariação genética entre procedências de Pinuscaribaea var. hondurensis, visando à seleção depopulações adaptadas e produtivas para a região deBebedouro–SP. Assim, foi implantado, em 1973,na Floresta Estadual de Bebedouro, um testeenvolvendo dez procedências de P. caribaea var.hondurensis da América Central e duas testemunhas,sendo uma de P. caribaea var. bahamensis e umade P. caribaea var. caribaea. O delineamentoexperimental utilizado foi o blocos ao acaso,com cinco repetições e parcelas quadradas com49 plantas. Aos 32 anos de idade (2005), o ensaiofoi avaliado para os caracteres DAP e forma dofuste. A análise de variância detectou diferençasentre as procedências de P. caribaea var. hondurensispara o caráter DAP, sugerindo a possibilidade deganhos na seleção entre procedências. A procedênciade melhor crescimento em DAP foi a Rio Coco,e a pior foi a Santa Clara, ambas da Nicarágua.Para o caráter forma do fuste, não foramdetectadas diferenças significativas entre asprocedências de P. caribaea var. hondurensis e nementre esta espécie e as testemunhas. A estimativada correlação linear entre a temperatura de origemdas procedências e o caráter forma do fuste indicaa possibilidade de a temperatura de origem dasprocedências estar influenciando na forma dasárvores em Bebedouro.The aim of this work was to study thegenetic variation among Pinus caribaea var.hondurensis provenances, tend to selected adaptedand productive populations to Bebedouro region,São Paulo State. Thus, in 1973 was implanted inBebedouro State Forest, a trial involving tenP. caribaea var. bahamensis provenances and twocontrols: P. caribaea var. bahamensis and P. caribaeavar. caribaea. The trial was implanted in a randomizedblock design with five replications and 49 trees perplots. The trial was evaluated at 32 years old(2005) to DBH and stem form. The variance analysisdetected differences among P. caribaea var.hondurensis provenances to DBH trait, suggestingthe possibility of genetic gains with provenanceselection. The best provenance for DBH growthwas Rio Coco and the worst was Santa Clara,both from Nicaragua. To stem form do not wasdetected significant differences among provenances.The correlation estimate between temperature ofthe origin of provenances and stem form traitindicate the possibility of the temperature of theprovenance origin to be inflowing the trees stemform at Bebedouro.
- Published
- 2005
48. Variabilidade genética e especialização pelo hospedeiro entre as populações brasileiras de Ceratocystis fimbriata s.l
- Author
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Fernandes, Fernando Montezano and Alfenas, Acelino Couto
- Subjects
Mapeamento cromossômico ,Fitopatologia ,Ceratocystis fimbriata ,Eletroforese em gel campo pulsado ,Genômica ,Variação genética - Abstract
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior Ceratocystis fimbriata é um dos mais importantes patógenos de plantas lenhosas em todo o mundo. Os fungos colonizam o tecido vascular, causando manchas na madeira e morte de galhos ou plantas inteiras. Devido à grande variedade de hospedeiros, é possível que populações adaptadas de C. fimbriata tenham sido selecionadas para hospedeiros específicos e que haja alta variabilidade genética e fisiológica dentro da população do patógeno. O conhecimento dos fatores fisiológicos que determinam a gama de hospedeiros e a especificidade do hospedeiro são aspectos importantes para o manejo da doença. Portanto, os objetivos deste estudo foram: (i) determinar a especialização fisiológica de 11 isolados em oito hospesdeiros; (ii) investigar o cariótipo de isolados do complexo de espécies de C. fimbriata de diferentes plantas hospedeiras e origens geográficas no Brasil e; (iii) avaliar a variabilidade genética de isolados cariotipados utilizando o marcador molecular retrotransposon-microssatélite amplificado polimorfismo (REMAP). Além disso, a identidade dos isolados foi confirmada por meio de filogenia multilocus usando sequências de DNA de genes de mating type, TEF-1α e β-tubulina. Com base nos resultados da inoculação de 11 isolados em oito hospedeiros, foi encontrada uma grande variação na agressividade. Os isolados utilizados neste estudo foram mais agressivos em seus respectivos hospedeiros. Alguns hospedeiros, entretanto, eram suscetíveis a isolados de outros hospedeiros. Considerando o comprimento da lesão do xilema causada pelos isolados de C. fimbriata, as plantas de F. carica foram as mais suscetíveis aos isolados testados, seguido por M. indica. Apenas os isolados de T. cacao e C. guianensis se mostraram especializados por seus hospedeiros. Foi encontrado polimorfismo no número e tamanho dos cromossomos, indicando a existência de diferenças genômicas entre os isolados e a ocorrência de rearranjos cromossômicos no complexo de espécies. O número de cromossomos variou de seis a oito e os tamanhos mínimos estimados dos cromossomos foram estimados entre 2,7 e 6,0 Mbp. Pequenos cromossomos polimórficos foram observados em todos os isolados, levantando a hipótese de que eles poderiam ser cromossomos supranumerários. Como a variação cromossômica pode ser causada por elementos transponíveis (TEs), também avaliamos a variabilidade dos mesmos isolados usando o marcador molecular retrotransposon-microssatélite amplificado polimorfismo (REMAP). A análise REMAP dos isolados cariotipados revelou variabilidade genética e isolados do mesmo hospedeiro tendem a se agrupar em um mesmo cluster. A análise baseada nos perfis de microssatélites (SSR) de C. fimbriata mostrou uma separação dos isolados de acordo com o hospedeiro. Palavras-chave: Rearranjos cromossômicos. Arquitetura genômica. PFGE. Murcha de Ceratocystis. Inoculações cruzadas. Variabilidade fisiológica. Ceratocystis fimbriata is one of the most important woody plant pathogens worldwide. The fungi colonize the vascular tissue, causing stains on the wood and death of branches or whole plants. Due the wide range of hosts, it is possible that adapted populations of C. fimbriata have been selected to specific hosts and that there is high genetic and physiological variability within the pathogen population. The knowledge of physiological factors that determine host range and host specificity are important aspects for disease management. Therefore, the aims of this study were: (i) determine the specializing for their hosts of 11 isolates on eight hosts; (ii) to investigate the karyotype of isolates of the C. fimbriata species complex from different host plants and geographical origins in Brazil and; (iii) assessed the variability genetic of karyotyped isolates using retrotransposon-microsatellite amplified polymorphism (REMAP). In addition, the identity of the isolates was confirmed conducting multilocus phylogeny using DNA sequences of mating type genes, TEF-1α, and β-tubulin. The analysis based on the C. fimbriata microsatellite (SSR) profiles showed a separation of isolates according to the host. Based on the results of inoculation of 11 isolates on eight hosts, a wide variation in aggressiveness was found. The isolates that were used in this study were more aggressive in their respective hosts. Some hosts, however, were susceptible to isolates from other hosts. Considering the length of xylem lesion caused by C. fimbriata isolates, F. carica was the most susceptible to the isolates tested, followed by M. indica. Only T. cacao and C. guianensis isolates proved to be specialized by their hosts. Polymorphism in chromosome number and size was found, indicating the existence of genomic differences among isolates and occurrence of chromosomal rearrangements in the species complex. The number of chromosomes varied from six to eight and the estimated minimum chromosome sizes were estimated to be between 2.7 to 6.0 Mbp. Small polymorphic chromosomes were observed in all isolates, raising the hypothesis that they could be supernumerary chromosomes. Because chromosomal variation can be caused by transposable elements (TEs), we also assessed the variability of the same isolates using retrotransposon-microsatellite amplified polymorphism (REMAP) molecular marker. REMAP analysis of karyotyped isolates revealed genetic variability and isolates from the same host tend to group in a same cluster.Keywords: Chromosomal rearrangements. Genomic architecture. PFGE. Ceratocystis wilt. Cross-inoculations. Physiological variability.
- Published
- 2021
49. Uma nova raça altamente agressiva de Austropuccinia psidii infecta um genótipo de eucalipto amplamente plantado e resistente à Ferrugem das Mirtáceas no Brasil
- Author
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Almeida, Rosiane Fátima de and Alfenas, Acelino Couto
- Subjects
Fitopatologia ,Eucalipto - Doenças e pragas ,Puccinia psidii ,Variação genética - Abstract
CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico A Ferrugem das Mirtáceas (RM), causada por Austropuccinia psidii, é uma das doenças mais importantes que afetam as plantações de eucalipto (Eucalyptus spp.) no Brasil. Ao longo dos anos, a seleção e o plantio de clones resistentes a MR tem sido a principal estratégia para o manejo da doença. Em maio de 2013, árvores jovens do clone híbrido GG100 (E. grandis x E. urophylla) - amplamente plantado no Brasil e previamente classificado como resistente à MR - foram infectadas por A. psidii em Minas Gerais, Brasil. Neste estudo, inoculações artificiais de um conjunto de clones de eucalipto com reações diferenciais às raças de A. psidii foi usado para descobrir uma nova raça de A. psidii (raça 5) que foi altamente agressiva na maioria dos clones de eucalipto testados. Além disso, apenas esta nova raça infectou com sucesso o genótipo 847, que foi anteriormente classificado como resistente às quatro raças de A. psidii anteriormente conhecidas. Nossos resultados demonstram que esta nova raça de A. psidii é altamente agressiva e capaz de infectar um grande número de genótipos de eucalipto em comparação com as raças 1, 2, 3 e 4 de A. psidii anteriormente conhecidas. Palavras-chave: Puccinia psidii. Variabilidade fisiológica. Eucalyptus. Myrtle rust (MR) caused by Austropuccinia psidii is one of the most important diseases affecting eucalypt (Eucalyptus spp.) plantations in Brazil. Over the years, selection and planting of MR-resistant clones has been the primary strategy for MR management. In May 2013, young trees of the GG100 hybrid (E. grandis E. urophylla) clone – widely planted in Brazil and previously classified as resistant to MR – were infected by A. psidii in Minas Gerais, Brazil. In this study, artificial inoculations of a eucalypt clone set with differential reactions to A. psidii races were used to discover a new race of A. psidii (race 5) that was highly aggressive on the majority of eucalypt clones tested. In addition, only this new race successfully infected eucalypt 847 genotype, which was formerly classified as resistant to the four previously known races of A. psidii. Our findings demonstrate that this new A. psidii race is highly aggressive and capable of infecting a larger number of eucalypt genotypes compared to the previously known A. psidii races 1, 2, 3, and 4. Keywords: Puccinia psidii. Physiological variability. Eucalyptus.
- Published
- 2021
50. Estrutura genética e sistema de acasalamento de Piper hispidinervum
- Author
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Lúcia Helena de Oliveira Wadt and Paulo Yoshio Kageyama
- Subjects
pimenta ,RAPD ,variação genética ,cruzamento ,Agriculture (General) ,S1-972 - Abstract
A pimenta-longa (Piper hispidinervum C. DC.) arbusto encontrado em áreas antropizadas no Estado do Acre, possui expressiva importância econômica decorrente da presença de safrol em seu óleo essencial. O objetivo deste trabalho foi avaliar a estrutura genética e o sistema de acasalamento dessa espécie, utilizando marcadores RAPD (polimorfismo de DNA amplificado ao acaso). A diversidade genética entre e dentro de populações naturais foi avaliada em 13 populações do Vale do Rio Acre, distribuídas nas Regiões do Baixo e Alto Acre. A taxa preferencial de cruzamento foi estimada em 25 famílias de polinização livre de uma população do Município de Assis Brasil, Acre. A espécie apresentou diversidade genética estruturada no espaço segundo um padrão de isolamento por distância. A maior parte da variabilidade genética foi encontrada dentro das populações, porém a diferenciação entre populações, como um todo, foi alta (qP = 0,28). O agrupamento das populações, pela distância genética (fST) entre elas, mostrou dois grupos distintos, os quais representam as regiões do Alto Acre e Baixo Acre. A AMOVA mostrou que 20,61% da variabilidade total está entre essas duas regiões. A taxa de cruzamento multilocos foi estimada em 1,033, evidenciando que a espécie é alógama. A estimativa do coeficiente de endogamia F não diferiu de zero e os cruzamentos ocorreram preferencialmente entre indivíduos não-aparentados.
- Published
- 2004
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