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Three populations, two from Colombia and one from Brazil, of Rotylenchulus reniformis associated with banana and plantain, were characterized using morphological, morphometric, and molecular methods. Morphometric data from these populations were similar to type and reference populations of R. reniformis. Partial sequences of both D2-D3 rDNA and mitochondrial cytochrome oxidase subunit I (COI) regions had a strong affinity (99% similarity) to previously published sequences of R. reniformis. Phylogenetic analyses (maximum likelihood and Bayesian inference) suggested that the Colombian populations of R. reniformis corresponded to the previously described Type A of the species. This is the definitive first report in Colombia of R. reniformis associated with banana and plantain crops.

Bidens pilosa L., native to South America and commonly used for medicinal purposes, has been understudied at molecular and genomic levels and in its relationship with soil microorganisms. In this study, restriction site-associated DNA markers (RADseq) techniques were implemented to analyze genetic diversity and population structure, and metabarcoding to examine microbial composition in soils from Palmira, Sibundoy, and Bogotá, Colombia. A total of 2,984,123 loci and 3485 single nucleotide polymorphisms (SNPs) were identified, revealing a genetic variation of 12% between populations and 88% within individuals, and distributing the population into three main genetic groups, FST = 0.115 (p < 0.001) and FIT = 0.013 (p > 0.05). In the soil analysis, significant correlations were found between effective cation exchange capacity (ECEC) and apparent density, soil texture, and levels of Mg and Fe, as well as negative correlations between ECEC and Mg, and Mg, Fe, and Ca. Proteobacteria and Ascomycota emerged as the predominant bacterial and fungal phyla, respectively. Analyses of alpha, beta, and multifactorial diversity highlight the influence of ecological and environmental factors on these microbial communities, revealing specific patterns of clustering and association between bacteria and fungi in the studied locations. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Medicinal plants maintain structures and diversities of bacteria, fungi, and arbuscular mycorrhizal fungi (AMF) that can interact to promote growth and therapeutic properties. Therefore, the purpose of this research was to evaluate the microbiome of Lippia alba and Petiveria alliacea, species known for their high potential for medicinal benefits in Colombia. To achieve this, rhizosphere soils and roots were sampled from five departments in Colombia: Boyacá, Cundinamarca, Tolima, Putumayo, and Valle del Cauca. The results revealed that the dominant bacterial groups in both plants were primarily Proteobacteria, Acidobacteriota, and Actinobacteriota, with the first phylum showing the highest number of differentially abundant genera between the sampling points. In fungi, Ascomycota tended to dominate in most of the sampled locations, while Mortierellomycota was particularly abundant in roots of P. alliacea in Valle. Furthermore, the study of AMF indicated differentiation in the colonization for both plants, with the genera Glomus and Paraglomus being predominant. Differences in the Shannon diversity index were recorded between sampling types within these sampling points, possibly influenced by local and environmental factors. Our findings reveal that the microbiomes of both medicinal plants exhibit distinct community assemblies, which could be a significant factor for their future therapeutic use. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Simple Summary: Three production systems with different management strategies were evaluated for soil bacterial diversity. Soil samples were taken from agroecological, organic, and conventional agricultural production systems, and physicochemical and metabarcoding analyses were carried out to evaluate if bacterial diversity was directly influenced by the management type. Differences in soil bacterial communities were not found to depend directly on the management, likely due to the non-aggressive practices used in all three systems. Rather, the differences can be attributed mainly to the use of different fertilizers rich in nitrogen and phosphorus and the use of pesticides. Soils play important roles in the proper functioning of agroecosystems. Using molecular characterization methods such as metabarcoding, soils from eight farms (57 samples) belonging to three production system types—agroecological (two farms with twenty-two sampling points), organic (three farms with twenty-one sampling points), and conventional (three farms with fourteen sampling points)—were compared from the rural villages of El Arenillo and El Mesón in Palmira, Colombia. Amplification and sequencing of the hypervariable V4 region of the 16S rRNA gene was performed using next-generation sequencing (Illumina MiSeq) to estimate the bacterial composition and the alpha and beta diversity present. Across all soil samples, we found 2 domains (Archaea and Bacteria), 56 phylum, 190 classes, 386 orders, 632 families, and 1101 genera to be present. The most abundant phyla in the three systems were Proteobacteria, (agroecological 28%, organic 30%, and conventional 27%), Acidobacteria (agroecological 22%, organic 21%, and conventional 24%), and Verrucomicrobia (agroecological 10%, organic 6%, and conventional 13%). We found 41 nitrogen-fixing and phosphate-dissolving genera which promote growth and pathogens. Alpha and beta diversity indices were very similar across the three agricultural production systems, as reflected by shared amplicon sequence variants (ASVs) among them, likely due to the proximity of the sampling sites and recent management changes. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

With the increasing negative impacts on worldwide food production caused by pests, the recovery of native entomopathogenic nematodes (EPNs) is relevant, since they are adapted to local environments, entomofauna, and significant virulence. Therefore, the present study was designed to recover and understand the phylogenetic diversity of EPNs and their associated bacterial endosymbionts, from banana and plantain crops, as alternatives for the control of weevil species. An extensive sampling of western Colombia covered 325 ha, yielding the recovery of three EPNs' isolates (0.49% of the samples). The molecular characterization included four mitochondrial and nuclear loci, which, after merging with the sequences of 48 species, confirmed the presence of Steinernema carpocapsae, the first report of S. costaricense in South America, and monophyly in most of the Steinernema clades. The tree topologies were consistent for the nuclear loci but not for mitochondrial, probably due to the high nucleotide substitution rate, deficit in the number of species available for these loci, and incomplete lineage sorting. The endosymbiotic bacteria associated with S. carpocapsae were identified as Xenorhabdus nematophila. However, the S. costaricense bacterial symbiont presented a genetic similarity to X. koppenhoeferi and X. khoisanae, which are still uncertain in their classification. The identification of S. costaricense in South America indicates the wide range distribution of this species in the Americas and its ability to persist in different soil types. For the first time, EPN isolation and phylogenetic characterization are directed to plantain and banana crops. Leveraging EPNs' diversity promises novel applications for crop protection, while the genetic resources from the bacterial endosymbionts may provide metabolites with a wide spectrum of uses, either for agricultural or medicinal purposes. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Physalis peruviana L. (uchuva), de la familia Solanaceae, es una de las frutas más importantes en términos de exportaciones para Colombia debido a sus propiedades nutricionales y medicinales. En nuestro país la caracterización morfológica y evaluación de los bancos de germoplasma ha comenzado a implementarse. El objetivo de la presente investigación es la caracterización morfológica mediante descriptores discriminantes de 29 Introducciones de uchuva representativas de la colección de trabajo de la Universidad Nacional de Colombia sede Palmira. El trabajo se realizó en la Reserva Natural "La Albecia", vereda Regaderos, corregimiento de Auji, Municipio de El Cerrito - Valle del Cauca, a una altura de 1945 msnm, temperatura de 18-20°C, humedad relativa 70-80% y precipitación anual de 900-1200 mm. El ensayo se desarrolló en tres fases. En la primera se escogieron 29 introducciones representativas de la colección de trabajo de uchuva (CTU). En la segunda se estableció el ensayo bajo un diseño experimental de bloques completos al azar (BCA) y en la ültima fase se recopiló la información mediante descriptores cuantitativos y cualitativos previamente seleccionados. Se obtuvo un dendrograma a partir del análisis de conglomerado de varianza mínima de Ward, que determinó cinco grupos para las variables cualitativas. El tercer grupo explica el mayor grado de similitud entre las 29 introducciones evaluadas, con un porcentaje del 27.58. La mayor variabilidad estuvo relacionada con los caracteres del fruto: peso con y sin cáliz, grados Brix y diámetros polares y ecuatoriales.

El síndrome de estrés porcino (PSS) es una enfermedad hereditaria monogénica recesiva relacionada con el gen receptor ryanodina (Ryr1). Utilizando PCR-SSCP y PCR-RFLP se tipificaron genéticamente 14 individuos de cerdos comerciales con el rasgo sindactilia (Casco de Mula-CM), 21 San Pedreños -SP y 100 Zungos- ZN. Las razas CM y SP tuvieron las mismas frecuencias alélicas (F(H) = 0.79 y F(h) = 0.21), mientras que en los cerdos ZN no se encontró el alelo recesivo (h). La heterocigosidad (He) fue de 0.28% para los cerdos CM y 0.23% para los SP. La He para la muestra poblacional fue de 0.066.The Porcine Stress Syndrome is a hereditary monogenic recessive disease related with Ryanodine Receptor gen (Ryr1). Using PCR-SSCP and PCR-RFLP 14 animals of commercial breed with Mule foot characteristic (CM), 21 San Pedreño breed (SP) and 100 Zungo breed (ZN) were genotipificated. Allelic frequency for CM and SP was the same (F(H) = 0.79 y F(h) = 0.21), while in ZN there was no evidence of recessive allele (h). Heterocigosity (He) was 0.28% for CM and 0.23% for SP. He value for population sample was 0.066.

Se revisó el uso e importancia, ventajas, desventajas y características de la técnica Microsatélites Amplificados al Azar (RAM) en uchuva Physalis peruviana, mora Rubus spp, guayaba Psidium guajava y heliconias Heliconia spp. En mora se diferenciaron las especies R. glaucus, R. robustus y R. urticifolius, se detectaron duplicados y se encontró alta variabilidad genética en R. glaucus, la especie más importante. En uchuva se encontró alta diversidad y dos accesiones de fruto rojo que se diferenciaron genéticamente de las amarillas y una región geográfica con alta variabilidad. En guayaba los cebadores fueron altamente polimórficos y se encontró alta variabilidad en el Valle del Cauca. En heliconias y especies relacionadas se diferenciaron las familias del orden Zingiberales, algunos subgéneros y variaciones en la especie. La técnica es de bajo costo, utiliza un cebador, no requiere información previa, es altamente polimórfica y diferencia especies en los taxones evaluados.

El síndrome de estrés porcino (PSS) es una enfermedad hereditaria monogénica recesiva relacionada con el gen receptor ryanodina (Ryr1). Utilizando PCR-SSCP y PCR-RFLP se tipificaron genéticamente 14 individuos de cerdos comerciales con el rasgo sindactilia (Casco de Mula-CM), 21 San Pedreños -SP y 100 Zungos- ZN. Las razas CM y SP tuvieron las mismas frecuencias alélicas (F(H) = 0.79 y F(h) = 0.21), mientras que en los cerdos ZN no se encontró el alelo recesivo (h). La heterocigosidad (He) fue de 0.28% para los cerdos CM y 0.23% para los SP. La He para la muestra poblacional fue de 0.066.

Se colectaron picudos de Cosmopolites y Metamasius en municipios del Valle del Cauca, Caldas y Quindío. Se obtuvieron cultivos monospóricos con diluciones de 10-10 y 10-11. Los aislamientos fueron almacenados a -80°C con glicerol al 10% y el ADN a –20°C. Los marcadores moleculares RAM generaron 82 fragmentos de los cuales 67% fueron polimórficos con una heterocigocidad de 0.24, que indica diversidad media a alta. A un índice de similitud 0.84 se formaron 5 grupos: uno con 11 aislamientos y 4 con un solo aislamiento. En el gran grupo se detectó un duplicado y se encontró diversidad del hongo en los sitios muestreados. No se encontró relación entre aislamientos sobre Cosmopolites y Metamasius o zona geográfica en la formación de grupos genéticos.

En el estudio se desarrolló una metodología de transformación genética mediante Agrobacterium tumefaciens en cultivares colombianos de caña de azúcar. La transformación se evaluó mediante la expresión del gen GUS. Callos embriogénicos y explantes meristemáticos de los genotipos CC85-92, CC84-75 y CC87-505 se transformaron usando tres cepas (AGL-1, LBA4404 y EHA105) con el plásmido pCambia 1305.2 y dos (EHA105 y LBA4404) con pCambia 2301. Se usó el medio de infiltración (IM) con acetosiringona y se evaluó el tiempo de cocultivo y la densidad óptica de la bacteria al momento de la inducción. Los genotipos mostraron respuesta diferencial con las combinaciones cepa-plásmido: obtuvieron mayor expresión del gen GUS cuando el genotipo CC85-92 se transformó con la cepa AGL-1-pCambia 1305.2. CC84-75 y CC87-505 mostraron mayor expresión cuando se transformaron con la cepa EHA105-pCambia 1305.2. Mayor eficiencia en la expresión se obtuvo cuando la bacteria se indujo en IM después de siete días de cocultivo y cuando la densidad óptica de la bacteria fue de 0.2600nm al momento de la inducción. Se demostró superioridad de los explantes en la eficiencia de transformación.

24 accessions of Cape gooseberry Physalis peruviana L. from The National University of Colombia campus Palmira's work collection were characterized using 27 morphologic descriptors (10 qualitative and 17 quantitative). Two different analyses were made, the multiple correspondence analyses (ACM) and the ascendant hierarchy classification for qualitative variables and the principal component analysis (ACP) for quantitative variables. The results showed that 65.64% of variability was explained with three axes in the ACM. The first axe with 38.53% contained the variables colour of petals, anthers, berry ripped and seeds. The hierarchy classification generated three groups. The two first axes in ACP analysis explained 32.04% and 17.02% of the variation. Besides, the highest variability was supported by different characteristics such as fruit weight, transversal and longitudinal size of fruit, dry and wet seed weight, seeds number and soluble solids content and also the hierarchy classification showed five groups. Furthermore, it was possible to establish five materials with potential to be processed, traded and improved because of the high weight fruit, low number of seeds and high Brix grades.Key words: Qualitative and quantitative descriptors; Multiple Correspondence Analysis (ACM); Principal Components Analysis (ACP).Se caracterizaron 24 accesiones de uchuva Physalis peruviana L. de la colección de trabajo de la Universidad Nacional de Colombia sede Palmira, mediante 27 descriptores morfológicos (10 cualitativos y 17 cuantitativos). Se analizó la correspondencia múltiple (ACM) y clasificación jerárquica ascendente para variables cualitativas y de componentes principales (ACP) para variables cuantitativas. En el ACM tres ejes explicaron el 65.64% de la variabilidad; el primero con 38.53% reunió las variables color de máculas, color de anteras, color de la baya madura y color de semilla y la clasificación jerárquica generó tres grupos. Los dos primeros ejes del ACP explicaron 32.04% y 17.02% de la variación. El mayor aporte a la variabilidad fue dado por peso del fruto, tamaño transversal y longitudinal del fruto, peso de semilla húmeda y seca, número de semillas y contenido de sólidos solubles. La clasificación jerárquica determinó la conformación de cinco grupos. Se identificaron 5 materiales con potencialidades para el procesamiento, mercado y programas de mejoramiento por poseer alto peso del fruto, bajo número de semillas y valor alto de grados Brix.Palabras claves: Descriptores cualitativos y cuantitativos; Análisis de Correspondencia Múltiple (ACM); Análisis de Componentes Principales (ACP).

The objectives of the study were to determine the time of pollen and stigma ripening and to establish the kind of pollination in Physalis. This research was conducted in the Botana Farm at the University of Nariño, Colombia (2820 m a s l, 13 ° C, pluvial precipitation of 800 mm / year and relative humidity of 82%). P. peruviana took 37 days to anthesis, which took place between 7:00 and 10:00 am. In 85% of the flowers the first anther dehiscent was the day after the opening of the flower. The pollen grains showed 97% of viability to 35 days. Pollen matured before anthesis and stigma was receptive before the opening of the flower. Both, pollen and the pistil matured to 35 days of development, two days before anthesis; receptivity of the pistil was filed two days prior to anthesis, a phenomenon that restricts the self. The absence of vectors influenced pollination of P. peruviana. In emasculate flowers and subjected to self-pollination is introduced low fruit and seed formation, there was a differential response in pollination among samples inside the greenhouse. P. peruviana showed mixed pollination with 54% of cross-pollination.Key words: Physalis peruviana; anthesis; self-pollination; cross-pollination.Los objetivos del trabajo fueron determinar la época de maduración del polen y del estigma y establecer el tipo de polinización de la uchuva en condiciones de invernadero con cinco genotipos de uchuva. La investigación se realizó en la Granja Botana de la Universidad de Nariño (2.820 msnm, 13°C, precipitación de 800 mm/año y humedad relativa de 82%). P. peruviana tomó 37 días para la apertura floral, la cual se efectuó entre las 7:00 a.m. y las 10:00 a.m. En el 85% de las flores la primera antera fue dehiscente al día siguiente de la apertura floral. Los granos de polen tuvieron 97% de viabilidad a los 35 días. El polen maduró antes de la antesis y el estigma fue receptivo antes de la apertura de la flor. Tanto el polen como el pistilo maduraron a los 35 días de desarrollo, dos días antes de la apertura floral; la receptividad del pistilo se presentó dos días antes de la antesis, fenómeno que restringe la autopolinización. En invernadero, la ausencia de vectores influyó en la polinización de P. peruviana. En flores emasculadas y sometidas a libre polinización se presentó baja formación de frutos y semillas, existió respuesta diferencial a la polinización dentro del invernadero entre las muestras evaluadas. P. peruviana presentó polinización mixta con 54% de polinización cruzada.Palabras claves: Physalis peruviana; antesis; apertura floral; autopolinización; polinización cruzada.

The RAM's technique (Random Amplified Microsatellites) was used to assess the genetic diversity of 43 accesions of Cape gooseberry collected in six regions of Colombia (Nariño, Valle del Cauca, Cauca, Caldas, Quindío and Cundinamarca), property of the National University of Colombia at Palmira's campus collection. This analysis was based on the data from 42 polymorphic loci generated with seven primers. The results showed high genetic distance among accessions from Valle del Cauca and low genetic distance among accessions from Nariño, Cauca, Quindío, Caldas and Cundinamarca departments.Key words: Solanaceae; Polymorphic loci; primers; RAM.La técnica RAM (Random Amplified Microsatellites) se usó para el análisis de diversidad genética de 43 accesiones de uchuva recolectadas en seis regiones de Colombia (Nariño, Valle del Cauca, Cauca, Caldas, Quindío y Cundinamarca), pertenecientes a la colección establecida en la Universidad Nacional de Colombia sede Palmira. El análisis se realizó sobre 42 loci polimórficos obtenidos con siete cebadores, encontrándose baja diversidad para las introducciones de Nariño, Cauca, Quindío, Caldas y Cundinamarca. La población del Valle del Cauca reunió la mayor diversidad de los materiales recolectados.Palabras claves: Solanaceae; loci polimórficos; cebadores; RAM.

Physalis peruviana L. is a promissory fruit specie for the Andean Colombian zone, however, it has not been a priority genetic resource for conservation. In this study a working collection of 222 accessions collected in the states of Nariño, Valle del Cauca, Cauca, Caldas, Quindío and Cundinamarca of Colombia was established and registered in a computational data base. It represent the variability present of native and spontaneous varieties. Seeds of the collected materials are available in cold room in the Experimental Centre of The National University of Colombia campus Palmira. This collection contributes to the conservation and genetic diversity studies in this specie, besides for implementing selection and breeding programs..Key words: Physalis peruviana ; Solanaceae; genetic diversity; germplasm bank.Physalis peruviana L. es una especie frutícola promisoria para la zona andina colombiana; sin embargo, no ha sido un recurso genético prioritario de conservación. En el estudio se estableció una colección de trabajo registrada en una base de datos computarizada de 222 accesiones recolectadas en los departamentos de Nariño, Valle del Cauca, Cauca, Caldas, Quindío y Cundinamarca que representan la variabilidad existente de cultivariedades nativas y espontáneas. Las semillas del material recolectado se encuentran en el cuarto frío del Centro Experimental de la Universidad Nacional de Colombia sede Palmira. Esta colección contribuye a la conservación y al estudio de la diversidad de esta especie y a la disponibilidad de una base genética para futuros programas de selección y mejoramiento genético.Palabras claves: Physalis peruviana; Solanaceae; diversidad genética; Banco de germoplasma.

The research focused on fine aroma cocoa is a priority for Ecuador. The objective of this work was to identify stable, high-yielding accessions. The genetic base was based on 2222 cocoa accessions from the germplasm bank of the Tenguel Aroma Cocoa Center - Ecuador. An index was applied for selecting 150 accessions based on yield and health status. A descriptive analysis, principal component analysis by the factor extraction method between the meteorological parameters and the variables evaluated, was used. A multiple regression and stability analysis was also performed using the method of Eberhart & Russell (1966) modified by considering the years as the different environments and multivariate principal component analysis. Variables related to high CV % yield ranged from 93 to 112 %. The highest yields were observed in 2003, 2004 and 2005. The flowering intensity was influenced by rainfall, temperature and relative humidity and thus by the yield of the accessions. The predictor variables for yield were healthy pods, diseased pods and flowering intensity with a correlation of 0.95, 0.33 and 0.07, respectively, and an R2 = 0.899. The following were selected for their stability and average yield per tree 2.1 kg tree-1: L17H38, L33H45, L53H4, L49H4, L41H70, L49H4, L21H56, L13H11, L30H1, L30H46, L42H80, L30H45 and L32H72. The characteristics of the selected accessions constitute a contribution to cocoa breeding programs in Ecuador and other cocoa-producing regions. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Se evaluó la presencia del virus de la leucosis bovina (VLB) en 360 muestras de ADN de oc%o razas bovinas criollas: Blanco (re)inegro (B(N), -asanare/o (-AS), -oste/o con -uernos (---), -%ino Santandereano (-%S), -a4uete/o (-8T), Hartón del Valle (HV), Romosinuano (RS) y San Martinero (SM), dos Razas SintBticas -olombianas: Lucerna (LD-) y VelEs4uez (VGL) y dos razas HorEneas: Bra%- mEn (B) y Holstein (H)J Para la detección del proKvirus se amplificó una región del gen env viral, me- diante P-R anidadaJ La presencia del VLB Hue mayor en la raza HV seguido por -%S (M3J3O y 60O respectivamente), VGL y LD- tuvieron el mismo porcenta)e (Q0O), en -AS, --- y -8T la presencia del virus fue de 26.7%, 23.3% y 16.7% respectivamente; no se encontró el virus en BON, SM y RS. En las razas foráneas la presencia fue de 83.3% para H y 6.7% para B. Se encontró dependencia altamente significativa entre la presencia del VLB y la raza, el sexo y región de origen de la muestraJ Gl prome- dio de presencia en las razas criollas Hue menor 4ue en las HorEneas, menor en los mac%os 4ue en las síembras y en la región norte 4ue en el suroccidente y el centro del pais

Con el objeto de estudiar la diversidad genética del árbol forrajero nacederoTrichanthera gigantea (Humb.Bonpl.) Nees, existente en la colección nacional de la Fundación Centro para la Investigación en SistemasSostenibles de Producción Agropecuaria (CIPAV) se utilizaron cinco cebadores RAMs en 38 accesionesprocedentes de once departamentos de Colombia y dos estados de Venezuela. Se obtuvieron 71 bandasusadas para estimar los parámetros de diversidad genética. Se adaptó un protocolo de extracción deADN para la especie y se estableció un banco de ADN de las accesiones en la Universidad Nacionalde Colombia sede Palmira, para la realización de trabajos futuros. Los resultados indicaron que lacolección nacional de nacedero presenta heterogeneidad en sus accesiones, alta diversidad genética yno se encontró relación entre los grupos genéticos formados mediante el análisis molecular y las zonasgeográficas de origen.

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