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El presente artículo realiza una reflexión sobre los conflictos bioéticos que surgen en la relación médico paciente cuando un trabajador presenta un problema de salud que deriva en una baja laboral. Se limita a aquellos casos de origen común, es decir, cuando el problema de salud no tiene una relación directa con el trabajo. Asimismo se centra específicamente en los trabajadores por cuenta ajena cuyo régimen integra la seguridad social y reciben una prestación económica mientras dura el proceso a través de la Mutua Colaboradora con la Seguridad Social (en adelante Mutua) a la que su empresa este afiliado. Aunque el trabajador acude al médico por un problema de salud, la relación no es únicamente asistencial, sino que también incluye una valoración de la capacidad laboral, ya que en caso de verse disminuida, se emitirá un certificado de incapacidad temporal. A través de dicho certificado se activan mecanismos que ponen en marcha la participación de otros sanitarios, en éste caso de la Mutua, con el objetivo de gestionar dicho proceso. Por tanto, hablamos de una relación más amplia, compleja, que va más allá de la asistencia sanitaria, y que en ocasiones puede generar conflicto de intereses.