Se presenta información taxonómica sobre 348 especies animales, con datos biológicos, biogeográficos y ecológicos. Se describe el karst guipuzcoano y su evolución geológica y climática durante el Mesozoico y Cenozoico. Se describen los principales biotopos, synusia y biocenosis de las cuevas guipuzcoanas y se discute el proceso de colonización y especiación en las mismas. 83 taxones son troglófilos y 101 taxones son trogoblios. Estos últimos pertenecen a 18 órdenes de invertebrados (Limicolae, Basommatophora, Stylommatophora, Pseudoscorpionida, Opiliones, Araneida, Cyclopoida, Harpacticoida, Bathynellacea, Isopoda, Amphipoda, Glomerida, Craspedosomida, Iulida, Lithobiomorpha, Collembola, Diplura y Coleoptera). 11 géneros y 95 especies son formas endémicas exclusivas del País Vasco. Un alto porcentaje son relictos derivados de faunas de tipo tropical y subtropical que poblaron la región durante el Terciario. Se postula la existencia de una región biogeográfica vasca, cuyo núcleo central comprende Guipúzcoa, la zona N y NE de Vizcaya, SW de Laburdi (Labourd), y NW de Navarra. Se señalan las afinidades de esta fauna con la de la zona norpirenaica francesa. Se revisan diversos conceptos utilizados en Bioespeleología y se discute la evolución de la fauna cavernícola, incorporando la información guipuzcoana y la relativa a cavernícolas tropicales no-relictuales. El trabajo sintetiza el estado actual del conocimiento sobre la fauna que habita en el karst y cavernas de Guipúzcoa.