Hélène Touzet, Daniel Gautheret, Christine Gaspin, Benjamin Grenier-Boley, Marie-Josée Cros, Jérôme Mariette, Antoine de Monte, Philippe Bardou, Touzet, Helene, Gaspin, Christine, Unité de Biométrie et Intelligence Artificielle (ancêtre de MIAT) [UBIA], Laboratoire d'Informatique Fondamentale de Lille [LIFL], Système d'Information des GENomes des Animaux d'Elevage [SIGENAE], Institut de génétique et microbiologie [Orsay] [IGM], Unité de Biométrie et Intelligence Artificielle (UBIA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Bioinformatics and Sequence Analysis (BONSAI), Laboratoire d'Informatique Fondamentale de Lille (LIFL), Université de Lille, Sciences et Technologies-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Lille, Sciences Humaines et Sociales-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lille, Sciences et Technologies-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Lille, Sciences Humaines et Sociales-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Lille - Nord Europe, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Système d'Information des GENomes des Animaux d'Elevage (SIGENAE), Institut de génétique et microbiologie [Orsay] (IGM), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), This work was supported by the French 'Groupement d'Intérêt Scientifique Infrastructure, Biologie, Santé Agronomie.', Université de Lille, Sciences et Technologies-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Lille, Sciences Humaines et Sociales-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), This work was supported by the French 'Groupement d'Interet Scientifique Infrastructure, Biologie, Sante Agronomie.', and Unité de Biométrie et Intelligence Artificielle (ancêtre de MIAT) (UBIA)
The annotation of noncoding RNA genes remains a major bottleneck in genome sequencing projects. Most genome sequences released today still come with sets of tRNAs and rRNAs as the only annotated RNA elements, ignoring hundreds of other RNA families. We have developed a web environment that is dedicated to noncoding RNA (ncRNA) prediction, annotation, and analysis and allows users to run a variety of tools in an integrated and flexible manner. This environment offers complementary ncRNA gene finders and a set of tools for the comparison, visualization, editing, and export of ncRNA candidates. Predictions can be filtered according to a large set of characteristics. Based on this environment, we created a public website located at http://RNAspace.org. It accepts genomic sequences up to 5 Mb, which permits for an online annotation of a complete bacterial genome or a small eukaryotic chromosome. The project is hosted as a Source Forge project (http://rnaspace.sourceforge.net/).