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Large-scale analysis of gene expression with cDNA arrays is spreading over many biological fields, including rheumatology. In this report, we wish to explain the principle and main advantages of this tool in the context of our discipline. Until 1995, analysis of gene expression was conducted for a few genes at a time but DNA chips now allow one to monitor the expression of thousands of genes in a single experiment and analyze the transcriptome, i.e. the whole of the transcripts in a given cell or tissue. Whatever the platform used (macro- or microarrays, oligo-chips), this technology rests upon the hybridization of i) a set of cDNA clones tethered to a solid support (nylon or glass) as probes, and ii) labelled cDNAs that are reverse-transcribed from bulk mRNAs extracted from a cell or tissue sample as a target. The end result is information on the relative abundance of every mRNA between two or more samples. The transcriptome analysis has two main objectives in rheumatology: i) identifying a gene expression profile that is a hallmark of a pathology and using it for a diagnostic or prognostic purpose, and ii) gathering genes with similar changes of expression, which allows one to specify the identity of novel proteins involved in a well-known intracellular cascade of regulation or even to identify new cascades. [Copyright &y& Elsevier]

Résumé: Le mot transcriptomique est aujourd’hui ce que l’on peut appeler l’arbre qui cache la forêt. Bien sûr, on peut comprendre la transcriptomique comme la discipline dans laquelle on étudie le transcriptome ; celui-ci étant l’ensemble des ARN messagers produits lors du processus de transcription d’un génome. Pourtant plusieurs éléments doivent être pris en compte dans cette définition. En premier lieu, Il faut comprendre que cette discipline a seulement 15 ans. L’analyse des ARNm était alors principalement faite par Northern Blot et PCR. Quinze ans plus tard, les techniques utilisées dans cette discipline sont très variées, allant de la PCR quantitative au séquençage systématique de tous les ARNm en passant par les puces à ADN. Dans tous les cas, elle repose sur la quantification systématique des ARNm, ce qui permet d’avoir une indication relative du taux de transcription de différents gènes dans des conditions données. Les applications en recherches fondamentales ont instantanément été évidentes, et l’utilisation de cette approche dans des applications biomédicales avec la recherche et la découverte de biomarqueurs a été extrêmement rapide, bien que ne donnant pas toujours les résultats espérés. De plus la découverte de nouveaux ARNs comme les miRNA a permis de faire évoluer la transcriptomique vers d’autres champs de recherche par des études de régulomes et des études d’expression des gènes du microbiote. [ABSTRACT FROM AUTHOR]