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Objetivo. Este estudo teve como objetivo estimar a prevalência da doença de Chagas (DC) crônica (DCC) na população brasileira, em mulheres e em mulheres em idade fértil. Métodos. Foi realizada uma metanálise da literatura para extrair dados de prevalência de DCC na população brasileira, em mulheres e em mulheres em idade fértil, em municípios do Brasil, no período 2010–2022. Indicadores relacionados com a DCC disponíveis nos sistemas de informação em saúde foram selecionados em escala municipal. A modelagem estatística dos dados extraídos da metanálise em função daqueles obtidos dos sistemas de informação foi aplicada a modelos lineares, lineares generalizados e aditivos. Resultados. Foram selecionados os cinco modelos mais adequados de um total de 549 modelos testados para obtenção de um modelo de consenso (R2 ajustado = 54%). O preditor mais importante foi o cadastro autorreferido de DCC do sistema de informação da Atenção Primária à Saúde. Dos 5 570 munícipios brasileiros, a prevalência foi estimada como zero em 1 792 (32%); nos 3 778 municípios restantes, a prevalência média da doença foi estimada em 3,25% (± 2,9%). O número de portadores de DCC foi estimado na população brasileira (~3,7 milhões), mulheres (~2,1 milhões) e mulheres em idade fértil (~590 mil). A taxa de reprodução da doença foi calculada em 1,0336. Todas as estimativas se referem ao intervalo 2015–2016. Conclusões. As prevalências estimadas de DCC, especialmente entre mulheres em idade fértil, evidenciam o desafio da transmissão vertical em municípios brasileiros. Estas estimativas são comparadas aos padrões de projeções matemáticas, sugerindo sua incorporação ao Pacto Nacional para a Eliminação da Transmissão Vertical da DC.