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OBJETIVO: Descrever a situação epidemiológica da malária na região amazônica brasileira entre 2003 e 2012. MÉTODOS: Este estudo ecológico retrospectivo utilizou dados do Sistema de Informação de Vigilância Epidemiológica e Notificação de Casos de Malária, Sistema de Internações Hospitalares e Sistema de Informações de Mortalidade. Determinaram-se o percentual de Plasmodium falciparum,o número de internações e óbitos e a letalidade por malária em cada ano. Para a infecção pelo P. falciparum, foi avaliada a distribuição dos casos por estado. Os dados de 2012 foram comparados aos de 2005, ano em que a região amazônica notificou um maior número de casos, e aos do ano anterior, 2011. RESULTADOS: Em 2012, foram registrados 241806 casos de malária, representando uma redução de 60,1% em relação a 2005 e de 9,1% em relação a 2011. Entre 2003 e 2005, houve um aumento de 48,3% no número de casos, com registro de 606 069 casos em 2005. Desde 2006, observa-se tendência à redução do número de casos, principalmente na transmissão do P. falciparum, com 155 169 casos notificados em 2005 e 35 385 casos em 2012 (redução de 77,2%). Entre 2005 e 2012, houve redução no número de internações (74,6%) e nos óbitos (54,4%) por malária. CONCLUSÕES: Apesar da redução no número de casos de malária no período analisado, o possível surgimento de parasitos resistentes às drogas e a menor frequência de casos de malária por P. falciparum indicam a necessidade de novas estratégias de vigilância, com utilização de ferramentas de diagnóstico mais sensíveis e manejo integrado de vetores, visando à ousada, mas não impossível, eliminação do P. falciparum.