En esta investigación se evaluó la variación espacial y temporal de los ensamblajes fitoplanctónicos y zooplanctónicos, diariamente y durante un ciclo semanal, en seis estaciones de muestreo en la ciénaga de Ayapel (Córdoba, Colombia), tomando muestras integradas de la columna de agua. Ambos ensamblajes presentaron diferencias espaciales y una alta homogeneidad temporal. El fitoplancton estuvo dominado por cianobacterias principalmente Cylindropermopsis raciborskii y Planktolyngbya limnetica, y el zooplancton por rotíferos del género Brachionus.This research was intended to spatially and temporally evaluate phytoplankton and zooplankton assemblages on a daily basis during a weekly cycle, in six sampling stations at Ayapel swamp in Córdoba (Colombia), taking integrated samples of the water column. Both assemblages showed spatial differences and a high temporal homogeneity. Phytoplankton was dominated by cyanobacteria, specifically Cylindropermopsis raciborskii and Planktolyngbya limnetica; and zooplankton was dominated by Brachionus-genus rotifers..