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Las enfermedades de origen viral presentan un reto para la agricultura mexicana, ya que hasta el momento no es posible erradicar a los virus por su difícil control. En el cultivo de tomate de cáscara (Physalis spp.) las pérdidas de rendimiento por enfermedades virales pueden ser de hasta el 80 %. Una opción ante esta problemática es el mejoramiento genético mediante la incorporación de tolerancia o resistencia al ataque de virus. El objetivo de este estudio fue determinar la compatibilidad de cruzas entre poblaciones silvestres resistentes a virus y cultivadas susceptibles, estimar los efectos de aptitud combinatoria general y específica, los efectos maternos y recíprocos, y estudiar su heterosis. Se utilizó un diseño de cruzas dialélicas entre poblaciones silvestres y cultivadas, mismas que fueron evaluadas en campo con y sin inoculación de una mezcla de los cinco virus que atacan al cultivo (AMV, CMV, TEV, TMV y TSWV). Todas las cruzas mostraron compatibilidad, debido a que las poblaciones son de la misma especie. Los efectos maternos fueron los más importantes, por lo que es recomendable usar como hembra a las poblaciones cultivadas y como macho a las silvestres para la incorporación de resistencia a virus. De las poblaciones silvestres, el progenitor 170 BNGEN es el más apropiado para incorporar resistencia a virus en variedades cultivadas. Se estimaron valores significativos de heterosis con respecto al progenitor medio para rendimiento y tamaño de fruto, por lo que los efectos no aditivos son importantes en la determinación de estas características. Las poblaciones silvestres y las cruzas en las que participaron mantuvieron su rendimiento y tamaño de fruto aún en presencia de virus, lo que abre la posibilidad de generar variedades de tomate de cáscara tolerantes a virus.