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Introducción: Trypanosoma cruzi (T. cruzi), esta clasificado en seis linajes mediante marcadores moleculares de tipificación, que son fácilmente amplificados por técnicas de biología molecular. El objetivo del trabajo fue identificar y ubicar geográficamente a los aislados de T. cruzi que infectan naturalmente a los triatominas de los municipios del Estado de Hidalgo a través de la técnica de PCR, que amplifica fragmentos de la región intergénica del gen mini-exón. Método: Se recolectaron 170 muestras de insectos hematófagos en 14 municipios del Estado de Hidalgo, México. El diagnóstico de laboratorio en las muestras de heces y de tejido digestivo de los triatominos, se realizó de manera convencional por microscopia óptica y por la técnica de PCR para determinar la presencia o ausencia de T. cruzi y para la identificación del linaje correspondiente del parásito.Resultados: Se identificaron tres taxones de triatominos: Triatoma dimidiata (87/170), Triatoma mexicana (14/170) y Triatoma gerstaeckeri (7/170). En el 36.47% (62/170) de los especímenes colectados la especie no pudo ser identificada y se clasificaron únicamente como T. spp. Se determinó la presencia del parásito en el 1.76% de los vectores analizados por el método parasitoscópico y en el 11.17% por el método de biología molecular. El total de los parásitos analizados corresponde al biotipo TcI de T. cruzi. En el ecotopo peridoméstico, se encontró la mayor abundancia de triatominos (80.58%) y el mayor porcentaje (10.58%) de infección por T. cruzi.Conclusiones: El vector más importante encontrado en la región en estudio fue Triatoma dimidiata seguido de T. mexicana y T. gerstaekeri y el biotipo con el que están mayormente infectados es el TcI. Los triatominos encontrados se distribuían principalmente en hábitats peridomésticos en los municipios estudiados. Los resultados indican la existencia de riesgo de infección para los habitantes de esas regiones endémicas del Estado de Hidalgo, México.