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Copyright of Journal of Medical Mycology / Journal de Mycologie Médicale is the property of Elsevier B.V. and its content may not be copied or emailed to multiple sites or posted to a listserv without the copyright holder's express written permission. However, users may print, download, or email articles for individual use. This abstract may be abridged. No warranty is given about the accuracy of the copy. Users should refer to the original published version of the material for the full abstract. (Copyright applies to all Abstracts.)

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Pneumocystis jirovecii ( P. jirovecii ) est un champignon atypique et transmissible à fort tropisme pulmonaire. La prévalence de P. jirovecii chez les patients atteints de mucoviscidose a été évaluée en Allemagne à 7,4 %, en Espagne à 21,6 % et au Brésil à 38,2 %. En revanche, les données concernant la prévalence de P. jirovecii chez les patients atteints de mucoviscidose en France restent parcellaires en particulier en Bretagne, région où la prévalence de la mucoviscidose est élevée. L’objectif de ce travail a été de déterminer la prévalence de la colonisation de P. jirovecii en Bretagne chez les patients mucoviscidosiques suivis dans les CRCM de Rennes et de Brest-Roscoff. Les expectorations de 86 patients (178 prélèvements) suivis à Rennes et 76 patients (146 prélèvements) suivis à Brest-Roscoff ont été analysées rétrospectivement. La détection de P. jirovecii a été réalisée à l’aide d’une PCR en temps réel ciblant le gène codant pour l’ARN de la grande sous-unité du ribosome de la mitochondrie. P. jirovecii a été détecté chez 3/86 patients (3,5 %) suivis à Rennes et 1/76 patients (1,3 %) suivis à Brest-Roscoff, soit une prévalence globale de 2,5 %. Ces résultats portant sur 2 centres bretons montrent que la prévalence de P. jirovecii chez les patients atteints de mucoviscidose en Bretagne est faible en comparaison de celle observée en Allemagne, en Espagne et au Brésil. Cette étude constitue l’étape préalable indispensable pour déterminer les facteurs de risque d’acquisition du champignon chez les patients mucoviscidosiques et expliquer ces différences de prévalence. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Introduction Les patients colonisés par Pneumocystis ont été récemment identifiés comme des sources potentielles d’acquisition nosocomiale de Pneumocystis (Le Gal et al., 2012). Nous avons aussi démontré récemment une excrétion aérienne de Pneumocystis par des rats immunocompétents infectés par Pneumocystis . Dans le cadre d’une étude multicentrique prospective, nous avons recherché la diffusion de l’ADN de P. jirovecii dans des échantillons d’air prélevés dans les chambres de patients colonisés par Pneumocystis . Méthodes Des patients présentant des prélèvements respiratoires avec une qPCR P. jirovecii positive mais pas de détection microscopique et un diagnostic alternatif retenu ont été inclus prospectivement dans les hôpitaux universitaires de Lille et Paris-Saint-Louis. Pour chaque patient inclus, deux échantillons d’air ont été prélevés à l’aide de l’impacteur Coriolis μ (Bertin Technologies) dans la chambre du patient à une distance de 1 m du patient et dans le couloir devant la porte de la chambre à une distance de 5 m du patient. L’extraction d’ADN a été effectuée à l’aide du QIAamp DNA mini kit (Qiagen) et une PCR en temps réel ciblant le gène mitochondrial de la grande sous-unité de l’ARNr ( mtLSU rRNA ) a été réalisée. Pour les prélèvements respiratoires et aériens positifs, un génotypage a été effectué sur le gène mtLSU rRNA . Résultats Dix-sept patients ont été inclus. La qPCR était positive dans le seul prélèvement d’air à 1 m pour 3 patients (17,6 %). Pour ces 3 patients, les génotypes mtLSU 1 et 2 ont été identifiés dans les prélèvements respiratoires de 2 et 1 patients, respectivement, et les génotypes étaient identiques pour le prélèvement respiratoire et le prélèvement d’air correspondant. La qPCR était négative dans le prélèvement d’air à 1 m pour les 14 patients restants et dans le prélèvement d’air à 5 m pour les 17 patients. Conclusion Cette étude montre l’existence d’une diffusion d’ADN de P. jirovecii dans l’air environnant de patients colonisés par Pneumocystis et apporte ainsi des arguments complémentaires en faveur du rôle des sujets colonisés dans la transmission de Pneumocystis . [ABSTRACT FROM AUTHOR]

La transmission aérienne de P. jirovecii a été suspectée en raison de la survenue de cas groupés de pneumonie à Pneumocystis (PPC) en milieu hospitalier au cours des cinquante dernières années. Nous avons récemment apporté des données originales sur le rôle des patients atteints de PPC mais également des patients colonisés par P. jirovecii en tant que sources infectieuses potentielles dans le cadre d’infections nosocomiales. Parallèlement, P. jirovecii a été détecté et quantifié en milieu hospitalier dans l’air environnant des patients atteints de PPC. Ces données sont compatibles avec l’hypothèse que le champignon peut être exhalé par les patients infectés. Néanmoins, la détection de P. jirovecii dans l’environnement des patients colonisés n’a pas encore été étudiée. Notre objectif a été de détecter, quantifier et caractériser P. jirovecii dans l’air environnant des patients colonisés. Dix patients colonisés et 4 patients atteints de PPC suivis au CHU de Brest ont été inclus dans l’étude. Deux échantillons d’air ont été recueillis à 1 m et 5 m de chaque patient avec le Coriolis ® μ air sampler (Bertin, France). P. jirovecii a été détecté dans l’air et les échantillons pulmonaires par une qPCR ciblant le gène mtLSUrRNA . Le génotypage a été effectué sur le même gène. P. jirovecii a été détecté à 1 m dans 5 des 10 échantillons d’air des patients colonisés et dans 2 des 4 échantillons d’air des patients PPC. P. jirovecii a été détecté à 5 m dans 5 des 10 échantillons d’air des patients colonisés et dans 3 des 4 échantillons d’air des patients PPC. Les quantités d’ADN de P. jirovecii détectées dans les échantillons d’air des patients colonisés sont inférieures à celles détectées dans les échantillons d’air des patients PPC. Le génotypage de P. jirovecii a été possible pour 4 paires d’échantillons d’air – échantillons pulmonaires chez les patients colonisés, avec correspondance complète des génotypes dans 3 paires. Ces résultats apportent des données originales concernant la diffusion de P. jirovecii à partir de patients colonisés et des données supplémentaires concernant cette diffusion par des patients atteints de PPC. Nos observations soulignent le risque de transmission nosocomiale de P. jirovecii par voie aérienne à partir de patients porteurs du champignon, quelle que soit la présentation de leur infection (PPC ou colonisation). [ABSTRACT FROM AUTHOR]

La primo-infection à Pneumocystis jirovecii ( P. jirovecii ) survient avec une incidence élevée chez le nourrisson sans déficit immunitaire pendant les deux premières années de vie. Néanmoins, les données sur les caractéristiques génotypiques de P. jirovecii dans cette population de patients demeurent parcellaires. Dans ce contexte, l’objectif de ce travail a été d’identifier les génotypes multilocus (MLG) de P. jirovecii chez 26 nourrissons immunocompétents développant une primo-infection. Ces génotypes ont été comparés à ceux identifiés de façon contemporaine chez 10 patients adultes immunodéprimés développant une pneumonie à Pneumocystis (PPC), ces deux populations étant suivies au sein du CHRU de Brest. Des extraits d’ADN de P. jirovecii provenant de ces deux populations ont été amplifiés puis séquencés sur 3 loci, le gène codant pour l’ARN de la grande sous-unité du ribosome de la mitochondrie (mtLSU rRNA), le cytochrome b (CYB) et la superoxyde dismutase (SOD). Les séquences obtenues ont été alignées et comparées aux séquences de référence. Dix-sept MLG différents ont été identifiés ; 9 chez les enfants développant une primo-infection et 8 chez les adultes développant une PPC. Le génotypage multilocus a permis de répartir les patients en deux groupes selon leur âge et la présentation clinique. En effet aucun des MLG identifiés dans un des 2 groupes n’a été identifié dans l’autre groupe. Ces résultats suggèrent que : – les enfants et les adultes sont infectés par des souches de P. jirovecii différentes ; – les cycles d’acquisition et de transmission de P. jirovecii dans ces deux populations pourraient être indépendants. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Introduction Depuis quelques années, la quantification de Pneumocystis jirovecii ( P. jirovecii ) par PCR quantitative (qPCR) dans des échantillons de lavage broncho-alvéolaire (LBA) et l’application de valeurs seuils d’interprétation à cette quantification ont aidé à différencier les diagnostics de pneumonie à Pneumocystis (PPC) et de colonisation pulmonaire. Ainsi, un nombre de copies d’ADN de P. jirovecii situé au-dessous de la valeur seuil inférieure permettrait d’exclure le diagnostic de PPC avec une sensibilité de 100 % tandis qu’un nombre de copies situé au-dessus de la valeur seuil supérieure permettrait de retenir ce diagnostic avec une spécificité de 100 %. Le LBA, considéré comme prélèvement de référence pour détecter P. jirovecii , présente pourtant des contre-indications à sa réalisation. Notre objectif a été de définir et d’évaluer des seuils d’interprétation pour des échantillons recueillis de manière moins invasive. Matériels et méthodes Les patients inclus rétrospectivement ont été classés en trois groupes : le groupe « PPC prouvée » incluait les patients chez lesquels l’examen direct du LBA était positif ; le groupe « colonisation » incluait les patients chez lesquels l’examen direct du LBA était négatif et qui avaient présenté une évolution clinique favorable en l’absence de traitement anti- Pneumocystis ; le groupe « diagnostic indéterminé » incluait les patients chez lesquels l’examen direct du LBA était négatif mais qui présentaient des symptômes compatibles avec une PPC ayant motivé l’instauration d’un traitement anti- Pneumocystis . La charge fongique a été déterminée par qPCR dans les couples d’échantillons LBA/non-LBA recueillis chez ces patients. Une corrélation entre la charge fongique des LBA et celle des non-LBA a été recherchée à l’aide du test de Spearman. Résultats Vingt-sept couples d’échantillons ont été analysés. Ils avaient été prélevés chez 23 patients dont huit présentaient une PPC (huit LBA et neuf non-LBA), sept n’avaient pas de diagnostic déterminé (sept LBA et 10 non-LBA) et huit étaient colonisés (huit LBA et huit non-LBA). Une corrélation entre la charge fongique des LBA et celle des non-LBA a été mise en évidence (R2 = 0,6 ; p = 2,4 × 10 −5 , test de Spearman). Cette corrélation a permis de calculer les seuils pour les non-LBA à partir de ceux préalablement définis par le laboratoire pour les LBA (seuils inférieur et supérieur de 1,6 × 103 et 2 × 104 copies/μL). En appliquant les valeurs ainsi obtenues (4,4 × 102 et 3,5 × 103 copies/μL), nous obtenons une sensibilité de 100 % au seuil inférieur et une spécificité de 100 % au seuil supérieur pour le diagnostic de PPC dans les échantillons non-LBA. Conclusion Ces données permettent d’envisager la possibilité de poser le diagnostic de PPC pour un patient chez qui la réalisation d’un LBA serait contre-indiquée. Ces seuils d’interprétation ne sont toutefois qu’une aide pour le biologiste et le dialogue clinico-biologique reste indispensable. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Introduction Le β (1,3)-D-glucane est un polysaccharide et composant majeur de la paroi de nombreux champignons. Son dosage dans le sérum est un outil complémentaire au diagnostic des infections fongiques invasives. Il repose sur une méthode colorimétrique. Ainsi, la lipémie, l’ictère ou l’hémolyse d’un échantillon sont sources d’interférence analytique et peuvent générer des résultats faussement positifs ou négatifs. Le fournisseur recommande alors de diluer l’échantillon avant dosage afin d’atténuer la coloration des sérums due à la présence de molécules de surcharge. Les buts de notre étude ont été d’objectiver l’impact de l’aspect du sérum sur le dosage du glucane et de définir un protocole applicable au laboratoire pour les échantillons ictériques, lipémiques et hémolysés. Matériel et méthodes Trente-neuf échantillons sériques ont été analysés. Il s’agissait de 8 échantillons d’aspect clair, 11 échantillons lipémiques, 8 échantillons ictériques et 12 échantillons hémolysés. Le dosage a été réalisé à l’aide du kit Fungitell ® selon les recommandations du fabricant (Associates of Cape Cod, Inc., East Falmouth, MA, États-Unis). Le matériel utilisé était « glucan-free ». Chaque échantillon clair a été testé pur et dilué au 1/2,5, 1/5 et 1/10. Les autres échantillons ont été testés pur et dilué au 1/10. Les dosages ont été réalisés en duplicate. Résultats Le taux de glucane des échantillons clairs était stable avant et après dilution, quel que soit le facteur de dilution utilisé (coefficient de variation moyen = 14,3 %). La dilution au 1/10 a été choisie pour la suite de l’étude. Le taux de glucane des 11 échantillons lipémiques et des 8 échantillons ictériques (100 %) était augmenté après dilution, avec un coefficient d’augmentation moyen de 113,4 % et 109,5 % respectivement. Le taux de glucane de 7 des 12 échantillons hémolysés (58 %) était aussi augmenté après dilution, avec un coefficient d’augmentation moyen de 195,3 % alors qu’il diminuait pour les 5 restants (42 %) avec un coefficient de diminution moyen de 40,7 %. Conclusion Ce travail a montré une augmentation des taux de glucane après dilution des échantillons lipémiques ou ictériques suggérant qu’un dosage réalisé sur échantillon non dilué peut être à l’origine de résultats faussement négatifs. En revanche, la comparaison des résultats obtenus sur échantillons hémolysés avant et après dilution a montré des résultats discordants entre échantillons, ne permettant pas d’en déduire l’impact de l’hémolyse sur le résultat. Cette démarche est aujourd’hui appliquée au laboratoire dans la mesure ou tout dosage de glucane sur échantillon lipémique ou ictérique est réalisé après dilution systématique au 1/10 alors que l’analyse n’est pas effectuée sur échantillon hémolyse. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

L’humidité est un des défauts les plus fréquents de l’habitat et génère une prolifération des moisissures dont les effets allergiques, infectieux et toxiques sur la santé sont documentés. Cependant les données françaises relatives au recensement et à la concentration des moisissures dans l’habitat restent limitées. L’étude « FongiPic » a pour objectifs de caractériser la contamination fongique dans les logements de patients allergiques en Picardie. Au cours de cette étude prospective, une enquête environnementale a été réalisée dans 32 logements de patients présentant des manifestations allergiques respiratoires pour lesquelles un lien avec l’environnement domestique était suspecté et dans 25 logements contrôles. Cette enquête a comporté l’évaluation de la concentration en CO 2 , de l’humidité relative et de la température ainsi que l’identification et la détermination de la concentration fongique totale dans des prélèvements d’air collectés avec le Coriolis m (Bertin Technologies) à l’extérieur et à l’intérieur du logement. La concentration a été estimée par le dénombrement des colonies en culture, par une technique de PCR quantitative et par le dosage du β-1,3-D-glucane. Une analyse statistique a été réalisée. La concentration en CO 2 est significativement plus élevée dans les logements de patients allergiques que dans les logements contrôles (816 vs 575 ppm ; p < 0,05). Dix-neuf et 17 genres fongiques ont été identifiés dans les logements de patients allergiques et les logements contrôles respectivement. Les genres les plus fréquents sont Aspergillus , Penicillium et Cladosporium , sans qu’il n’y ait de différence significative de leur fréquence d’isolement entre les deux groupes. En revanche, Aspergillus versicolor est plus fréquent dans les logements de patients allergiques que dans les logements contrôles (25/32 vs 11/25 logements, p < 0,05). Il n’y a pas de différence significative de la concentration fongique totale. Parmi les moisissures identifiées, A. versicolor et Wallemia sebi présentent des concentrations significativement plus élevées dans les logements de patients allergiques (45 vs 16,5 UFC/m 3 pour A. versicolor et 18 vs 0,5 UFC/m 3 pour W. sebi ). Cette étude apporte les premiers éléments sur l’exposition aux moisissures domestiques des patients allergiques en Picardie. [ABSTRACT FROM AUTHOR]