1. RNA sequencing on Amomum villosum Lour. induced by MeJA identifies the genes of WRKY and terpene synthases involved in terpene biosynthesis
- Author
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He, Xueying, Wang, Huan, Yang, Jinfen, Deng, Ke, and Wang, Teng
- Subjects
Observations ,Genetic aspects ,Methods ,Biosynthesis -- Observations ,Medicinal plants -- Genetic aspects ,RNA sequencing -- Methods - Abstract
Introduction Amomi Fructus (Sha ren) is an important traditional Chinese medicine that displays diverse medicinal functions such as dissipating dampness, warming the spleen, and preventing miscarriage, among other properties embodied [...], Amomum villosum Lour. is an important Chinese medicinal plant that has diverse medicinal functions, and mainly contains volatile terpenes. This study aims to explore the WRKY transcription factors (TFs) and terpene synthase (TPS) unigenes that might be involved in terpene biosynthesis in A. villosum, and thus providing some new information on the regulation of terpenes in plants. RNA sequencing of A. villosum induced by methyl jasmonate (MeJA) revealed that the WRKY family was the second largest TF family in the transcriptome. Thirty-six complete WRKY domain sequences were expressed in response to MeJA. Further, six WRKY unigenes were highly correlated with eight deduced TPS unigenes. Ultimately, we combined the terpene abundance with the expression of candidate WRKY TFs and TPS unigenes to presume a possible model wherein AvWRKY61, AvWRKY28, and AvWRKY40 might coordinately trans-activate the AvNeoD promoter. We propose an approach to further investigate TF unigenes that might be involved in terpenoid biosynthesis, and identified four unigenes for further analyses. Key words: RNA sequencing, WRKY transcription factors, terpene synthases, Amomum villosum Lour. L'Amomum villosum Lour. est une plante medicinale chinoise qui a plusieurs usages medicinaux et contient principalement des terpenes volatils. Cette etude visait a explorer les genes codant pour des facteurs de transcription (TF) WRKY ainsi que pour les terpenes synthases (TPS), lesquels sont potentiellement impliques dans la synthese des terpenes chez l'A. villosum,envue d'apporter un eclairage nouveau sur la regulation des terpenes chez les plantes. Le sequencage des ARN exprimes lorsque l'A. villosum est traite au methyljasmonate (MeJA) a revele que la famille des WRKY etait la seconde plus grande famille de TF au sein du transcriptome. Trente-six sequences presentant un domaine WRKY complet etaient exprimes en reponse au MeJA. De plus, six unigenes WRKY etaient fortement correles avec huit unigenes de TPS predits. Ultimement, les auteurs ont combine les donnees sur l abondance des terpenes et celles sur l'expression des WRKY et genes TPS candidats pour elaborer un modele possible ou AvWRKY61, AvWRKY28 et AvWRKY40 coordonneraient ensemble la trans-activation du promoteur AvNeoD. Les auteurs proposent une approche pour etudier plus en profondeur les genes codant pour des TF qui sont possiblement impliques dans la synthese des terpenoides et ils ont identifie quatre genes candidats meritant des analyses ulterieures. [Traduit par la Redaction] Mots-cles : sequencage de l'ARN, facteurs de transcription WRKY, terpenes synthases, Amomum villosum Lour.
- Published
- 2018
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