1. Sequencing and characterization of lncRNAs in the breast muscle of Gushi and Arbor Acres chickens
- Author
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Ren, Tuanhui, Li, Zhuanjian, Zhou, Yu, Liu, Xuelian, Han, Ruili, Wang, Yongcai, Yan, FengBin, Sun, GuiRong, Li, Hong, and Kang, Xiangtao
- Subjects
RNA sequencing -- Methods ,Chickens -- Genetic aspects ,Biological sciences - Abstract
Chicken muscle quality is one of the most important factors determining the economic value of poultry, and muscle development and growth are affected by genetics, environment, and nutrition. However, little is known about the molecular regulatory mechanisms of long non-coding RNAs (lncRNAs) in chicken skeletal muscle development. Our study aimed to better understand muscle development in chickens and thereby improve meat quality. In this study, Ribo-Zero RNA-Seq was used to investigate differences in the expression profiles of muscle development related genes and associated pathways between Gushi (GS) and Arbor Acres (AA) chickens. We identified two muscle tissue specific expression lncRNAs. In addition, the target genes of these lncRNAs were significantly enriched in certain biological processes and molecular functions, as demonstrated by Gene Ontology (GO) analysis, and these target genes participate in five signaling pathway, as revealed by an analysis of the Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) database. Taken together, these data suggest that different lncRNAs might be involved in regulating chicken muscle development and growth and provide new insight into the molecular mechanisms of lncRNAs. Key words: lncRNA, RNA-Seq, chicken, muscle development. La qualité du muscle chez le poulet est un des facteurs les plus importants pour déterminer la valeur économique de la volaille, et le développement et la croissance musculaires sont affectés par la génétique, l'environnement et la nutrition. Cependant, peu de choses sont connues au sujet des mécanismes de régulation moléculaire opérant via des longs ARN non-codants (lncRNA) lors du développement des muscles squelettiques chez le poulet. Cette étude visait à mieux comprendre le développement musculaire chez les poulets et d'ainsi améliorer la qualité de la viande. Dans ce travail, une approche RNA-Seq Ribo-Zero a été employée pour étudier les différences dans les profils d'expression des gènes liés au développement et sentiers associés chez les poulets Gushi (GS) et Arbor Acres (AA). Les auteurs ont identifié deux lncRNA dont l'expression était spécifique aux tissus musculaires. De plus, les gènes ciblés par ces lncRNA étaient significativement enrichis pour certains processus biologiques et fonctions moléculaires, tel que démontré par une analyse ontologique GO, et ces gènes ciblés participent à cinq sentiers de signalisation sur la base d'une analyse de la base de données KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes). Ensemble, ces données suggèrent que différents lncRNA seraient impliqués dans la régulation du développement et de la croissance musculaires chez le poulet, et elles apportent un éclairage sur les mécanismes moléculaires des lncRNA. [Traduit par la Rédaction] Mots-clés : lncRNA, RNA-Seq, poulet, développement du muscle., Introduction In recent decades, poultry research has made significant progress in genetic improvement and feedstuff optimization. Due to its high protein, low calorie, and low cholesterol content, chicken meat has [...]
- Published
- 2018
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