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A Brassica rapa collection of 239 accessions, based on two core collections representing different morphotypes from different geographical origins, is presented and its use for association mapping is illustrated for flowering time. We analyzed phenotypic variation of leaf and seed pod traits, plant architecture, and flowering time using data collected from three field experiments and evaluated the genetic diversity with a set of SSR markers. The Wageningen University and Research Centre (WUR) and the Vavilov Research Institute of Plant Industry (VIR) core collections had similar representations of most morphotypes, as illustrated by the phenotypic and genetic variation within these groups. The analysis of population structure revealed five subgroups in the collection, whereas previous studies of the WUR core collection indicated four subgroups; the fifth group identified consisted mainly of oil accessions from the VIR core collection, winter oils from Pakistan, and a number of other types. A very small group of summer oils is described, that is not related to other oil accessions. A candidate gene approach was chosen for association mapping of flowering time with a BrFLC1 biallelic CAPS marker and a BrFLC2 multiallelic SSR marker. The two markers were significantly associated with flowering time, but their effects were confined to certain morphotypes and (or) alleles. Based on these results, we discuss the optimal design for an association mapping population and the need to fix the heterogeneous accessions to facilitate phenotyping and genotyping. Key words: Brassica rapa, morphotypes, structure, alleles, association mapping, doubled haploids. Une collection de 239 accessions du Brassica rapa composee de deux collections nuckeaires representant les differents types morphologiques de diverses origines geographiques est deecrite et son utilisation en analyse d'association est illustree avec la date de floraison. Les auteurs ont analyse; la variation pheenotypique pour des caracteres de la feuille et de la silique, la forme de la plante et la date de floraison en utilisant les donneees recueillies lors de trois experiences au champ et evaluee la diversite genetique avec un jeu de marqueurs SSR. Les collections nuckeaires de Wageningen (WUR) et de Vavilov (VIR) comptaient des nombres comparables de la plupart des types morphologiques, tel qu'illustre par la variation pheenotypique et genetique au sein de ces groupes. L'analyse de la structure de la population a reveke l'existence de cinq sous-groupes au sein de la collection, tandis que les etudes anterieures de la collection WUR avaient suggere la presencedequatresous-groupes. Lecinquieme groupe identifie etait compose principalement d'accessions oleagineuses de la collection VIR, d'oleagineux d'automne du Pakistan et de quelques autres types. Un tres petit groupe d'oleagineux de printemps, sans lien avec les autres accessions d'oleagineux, est deecrit. Une approche faisant appel a des genes candidats a ete choisie pour l'analyse d'association avec la date de floraison. Un marqueur CAPS biallelique pour le gene BrFLC1 et un marqueur SSR multiallelique pour le gene BrFLC2 ont ete employes. Les deux marqueurs etaient significativement assockesa la date de floraison, mais leurs effets etaient limitesa certains types morphologiques ou alleles. Surla basedeces resultats, les auteurs discutent de la composition optimale d'une population pour l'analyse d'association et de la necessite de fixer les accessions heterogenes pour faciliter le phenotypage et le geenotypage. Mots-cles : Brassica rapa, types morphologiques, structure, alleles, analyse d'association, haploides doubles. [Traduit par la Redaction], Introduction The genus Brassica has a long history of world wide cultivation, and cultivated Brassica species comprises a large and diverse group of important vegetable, oil, fodder, and condiment crops. [...]

Chromosomal recombination maps were constructed for three genomes of lily (Lilium) using GISH analyses. For this purpose, the backcross (BC) progenies of two diploid (2n = 2x = 24) interspecific hybrids of lily, viz. Longiflorum x Asiatic (LA) and Oriental x Asiatic (OA), were used. Mostly the BC progenies of LA hybrids consisted of both triploid (2n = 3x = 36) and diploid (2n = 2x = 24) with some aneuploid genotypes and those of OA hybrids consisted of triploid (2n = 3x = 36) and some aneuploid genotypes. In all cases, it was possible to identify the homoeologous recombinant chromosomes as well as accurately count the number of crossover points, which are called 'recombination sites'. Recombination sites were estimated in the BC progeny of 71 LA and 41 OA genotypes. In the case of BC progenies of LA hybrids, 248 recombination sites were cytologically localized on 12 different chromosomes of each genome (i.e., L and A). Similarly, 116 recombinant sites were localized on the 12 chromosomes each from the BC progenies of OA hybrids (O and A genomes). Cytological maps were constructed on the basis of the percentages of distances (micrometres) of the recombination sites from the centromeres. Since an Asiatic parent was involved in both hybrids, viz. LA and OA, two maps were constructed for the A genome that were indicated as Asiatic (L) and Asiatic (O). The other two maps were Longiflorum (A) and Oriental (A). Remarkably, the recombination sites were highly unevenly distributed among the different chromosomes of all four maps. Because the recombination sites can be unequivocally identified through GISH, they serve as reliable landmarks and pave the way for assigning molecular markers or desirable genes to chromosomes of Lilium and also monitor introgression of alien segments. Key words: cytological maps, 2n gametes, genomic in situ hybridization (GISH), interspecific hybrids, Lilium, recombination sites. Des cartes de recombinaison chromosomique ont ete produites pour les trois genomes du lys (Lilium) au moyen d'analyses GISH. Pour y arriver, les progenitures retrocroisees (BC) de deux hybrides interspecifiques du lys (2n = 2x = 24), i.e. Longiflorum x Asiatic (LA) et Oriental x Asiatic (OA) ont ete employees. Pour la plupart les descendants BC des hybrides LA etaient triploides (2n = 3x = 36) ou diploides (2n = 2x = 24) en plus des quelques genotypes aneuploides alors que ceux des hybrides OA etaient triploides (2n = 3x = 36) avec quelques genotypes aneuploides. Dans tous les cas, il a ete possible d'identifier les chromosomes homeologues recombinants et de compter precisement le nombre d'enjambements, lesquels sont appeles des sites de recombinaison. Le nombre de sites de recombinaison a ete estime chez les progenitures BC des 71 genotypes LA et des 41 genotypes OA. En ce qui a trait aux progenitures BC des hybrides LA, 248 sites de recombinaison ont ete localises par examen cytologique sur les 12 chromosomes de chacun des genomes (L et A). De maniere semblable, 116 sites de recombinaison ont ete situes sur les 12 chromosomes de chaque genome (O et A) au sein des progenitures BC des hybrides OA. Des cartes cytologiques ont ete produites sur la base du pourcentage des distances (micrometres) separant les sites de recombinaison et les centromeres. Puisqu'un parent Asiatic etait implique dans les deux hybrides, LA et OA, deux cartes ont ete construites pour le genome A et celles-ci ont ete nommees Asiatic (L) et Asiatic (O). Les deux autres cartes ont ete nommees Longiflorum (A) et Oriental (A). Remarquablement, les sites de recombinaison etaient repartis tres inegalement sur les differents chromosomes sur les quatre cartes. Comme les sites de recombinaison sont identifiables sans equivoque par analyse GISH, ils peuvent servir de reperes et ouvrent la voie a l'assignation de marqueurs moleculaires ou de genes a des chromosomes chez le genre Lilium ainsi qu'au suivi de l'introgression de segments etrangers. Mots-cles : cartes cytologiques, gametes 2n, hybridation genomique in situ (GISH), hybrides interspecifiques, Lilium, sites de recombinaison., Introduction Cytological maps represent the location and order of markers along the chromosomes in relation to structures such as centromeres, telomeres, secondary constrictions (if any), and knobs among others. Such [...]