1. Genome scan for nonadditive heterotic trait loci reveals mainly underdominant effects in Saccharomyces cerevisiae
- Author
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Laiba, Efrat, Glikaite, Ilana, Levy, Yael, Pasternak, Zohar, and Fridman, Eyal
- Subjects
Nucleotide sequencing -- Methods ,Quantitative trait loci -- Observations ,Brewer's yeast -- Genetic aspects ,DNA sequencing -- Methods ,Biological sciences - Abstract
The overdominant model of heterosis explains the superior phenotype of hybrids by synergistic allelic interaction within heterozygous loci. To map such genetic variation in yeast, we used a population doubling time dataset of Saccharomyces cerevisiae 16 x 16 diallel and searched for major contributing heterotic trait loci (HTL). Heterosis was observed for the majority of hybrids, as they surpassed their best parent growth rate. However, most of the local heterozygous loci identified by genome scan were surprisingly underdominant, i.e., reduced growth. We speculated that in these loci adverse effects on growth resulted from incompatible allelic interactions. To test this assumption, we eliminated these allelic interactions by creating hybrids with local hemizygosity for the underdominant HTLs, as well as for control random loci. Growth of hybrids was indeed elevated for most hemizygous to HTL genes but not for control genes, hence validating the results of our genome scan. Assessing the consequences of local heterozygosity by reciprocal hemizygosity and allele replacement assays revealed the influence of genetic background on the underdominant effects of HTLs. Overall, this genome-wide study on a multi-parental hybrid population provides a strong argument against single gene overdominance as a major contributor to heterosis, and favors the dominance complementation model. Keywords: heterosis, Saccharomyces cerevisiae, nonadditive inheritance, genome-wide association, underdominance. Le modele de surdominance pour l'heterosis explique le phenotype superieur des hybrides comme etant le resultat d'interactions alleliques synergiques au sein de locus heterozygotes. Pour cartographier une telle variation genetique chez la levure, les auteurs ont utilise un jeu de donnees sur le temps de doublement au sein d'une population de Saccharomyces cerevisiae issue d'un diallele 16 x 16. Les auteurs ont ensuite recherche des locus majeurs contribuant a l'heterosis (HTL pour << heterotic trait loci >>). L'heterosis a ete observee pour la majorite des hybrides, puisqu'ils presentaient un taux de croissance superieur a leurs parents. Cependant, la plupart des locus heterozygotes locaux identifies lors d'un balayage genomique presentaient, etonnamment, de la sous-dominance puisqu'ils etaient associes aune croissance reduite. Les auteurs ont specule que, chez ces locus, des effets negatifs sur la croissance seraient le resultat d'interactions alleliques incompatibles. Pour verifier cette hypothese, ces interactions alleliques ont ete eliminees en creant des hybrides hemizygotes pour les HTL sous-dominants, de meme que pour des locus aleatoires comme temoins. La croissance des hybrides s'est en effet averee plus rapide pour la plupart des hybrides hemizygotes pour les genes HTL, mais pas pour les temoins, validant ainsi les resultats du balayage genomique. L'evaluation des consequences d'une heterozygotie locale via le recours a l'hemizygotie reciproque et au remplacement allelique a revele l'influence du fond genetique sur les effets de sous-dominance des HTL. Globalement, cette etude pan-genomique sur une population d'hybrides multiparentaux fournit des evidences fortes a l'encontre de la surdominance de genes individuels comme processus majeur contribuant a l'heterosis et vient plutot appuyer le modele de complementation de la dominance. [Traduit par la Redaction] Mots-cles : heterosis, Saccharomyces cerevisiae, heredite nonadditive, association pan-genomique, sous-dominance., Introduction The genetic basis of heterosis, or hybrid vigor, a phenomenon where the performance of a hybrid surpass those of its inbred parents, is still under debate (Crow 2008; Charlesworth [...]
- Published
- 2016
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