1. Identification of chromosomes in Thinopyrum intermedium and wheat Th. intermedium amphiploids based on multiplex oligonucleotide probes
- Author
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Cui, Yu, Zhang, Yanping, Qi, Juan, Wang, Honggang, Wang, Richard R.-C., Bao, Yinguang, and Li, Xingfeng
- Subjects
Wheat -- Genetic aspects -- Research ,Genetic research -- Genetic aspects ,Diploidy -- Research -- Genetic aspects ,Botanical research -- Research -- Genetic aspects ,Chromosomes -- Identification and classification -- Research -- Genetic aspects ,Oligonucleotides -- Genetic aspects -- Research - Abstract
Synthesized oligonucleotides (oligos) can be used as effective probes similar to plasmid clones for chromosome identification in fluorescence in situ hybridization (FISH) analysis, making oligo FISH a simpler and more efficient molecular cytogenetic technique for studying plants. In this study, multiplex oligonucleotide probes, including pSc119.2-1, pAs1-4, [(GAA).sub.10], [(AAC).sub.6], and pTa71, were combined and used in FISH to identify chromosomes in common wheat, Thinopyrum intermedium, and a wheat--Th. intermedium amphiploid TE256-1. In comparison with general FISH probes, signals generated by the multiplex probes were more abundant, colorful, and characteristic. Combining the results of genomic in situ hybridization (GISH) with FISH, Th. intermedium chromosomes and alien chromosomes in TE256-1 could be classified and identified more precisely, especially the J- and [J.sup.s]-genome chromosomes. Moreover, based on the FISH results using multiplex probes, more structural variations inwheat chromosomesofTE256-1 were detected. The results indicated that multiplex oligo probes would haveawide rangeofapplication prospects in the creation and identification of wheat--Th. intermedium germplasms. Key words: Thinopyrum intermedium, in situ hybridization, multiplex probes, chromosome variation. Des oligonucléotides synthétisés (oligos) peuvent servir de sondes efficaces, tout comme des clones plasmidiques, pour l'identification de chromosomes en hybridation in situ en fluorescence (FISH). De tels oligos sont plus simples et efficaces pour réaliser l'analyse cytogénétique moléculaire chez les plantes. Dans ce travail, des sondes oligonucléotidiques en multiplexe, incluant le pSc119.2-1, pAs1-4, [(GAA).sub.10], [(AAC).sub.6] et pTa71, ont été employées conjointement pour des analyses FISH visant à identifier les chromosomes chez le blé tendre, le Thinopyrum intermedium et un ampiploïde blé--Th. intermedium (TE256-1). En comparaison aux sondes généralement employées, les signaux produits par les sondes multiplexes étaient plus abondants, colorés et distinctifs. En combinant les résultats d'analyses d'hybridation génomique in situ (GISH) et FISH, il était possible de classifier et d'identifier plus précisément les chromosomes du Th. intermedium (en soi et au sein de TE256-1), particulièrement ceux des génomes J et [J.sup.s]. De plus, sur la base des analyses FISH avec sondes en multiplexe, davantage de variations structurales chez les chromosomes du blé au sein de TE256-1 ont été détectées. Ces résultats indiquent que des sondes d'oligonucléotides en multiplexe offrent une plus grande gamme d'applications en vue de la création et de la caractérisation des ressources génétiques blé--Th. intermedium. [Traduit par la Rédaction] Mots-clés : Thinopyrum intermedium, hybridation in situ, sondes en multiplexe, variation chromosomique., Introduction Fluorescence in situ hybridization (FISH) is a common method for distinguishing and identifying chromosomes, analyzing chromosome constitution, and detecting chromosome variations in cytogenetic studies of wheat (Guo et al. [...]
- Published
- 2018
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