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1. Editorial: Risk of Dietary Hazardous Substances and Impact on Human Microbiota: Possible Role in Several Dysbiosis Phenotypes

Author

Margarita Aguilera, Bruno Lamas, Els Van Pamel, Mangesh Bhide, Eric Houdeau, Ana Rivas, University of Granada [Granada], Endocrinologie & Toxicologie de la Barrière Intestinale (ToxAlim-ENTeRisk), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Flanders Research Institute for Agriculture, Fisheries and Food, Belgium, and University of Veterinary Medicine and Pharmacy [Košice, Slovakia]

Subjects
Microbiology (medical), 030309 nutrition & dietetics, [SDV]Life Sciences [q-bio], 030209 endocrinology & metabolism, Microbiology, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Hazardous waste, medicine, microbiota, xenobiotics, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 2. Zero hunger, Genetics, 0303 health sciences, business.industry, Human microbiome, dysbiosis, medicine.disease, Phenotype, QR1-502, 3. Good health, Editorial, endocrine disruptors, probiotics, business, Dysbiosis
Abstract

International audience

Published
2021

2. Hydrostatic Pressure Helps to Cultivate an Original Anaerobic Bacterium From the Atlantis Massif Subseafloor (IODP Expedition 357): Petrocella atlantisensis gen. nov. sp. nov

Author

Bénédicte Ménez, Marianne Quéméneur, Céline Vandecasteele, Emna Zeghal, Anne Postec, Eléonore Frouin, Marc Garel, Gaël Erauso, Bernard Ollivier, Christian Tamburini, Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), MEB, Laboratoire de microbiologie des environnements extrêmophiles (LM2E), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique (GeT-PlaGe), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de Physique du Globe de Paris (IPGP), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université de La Réunion (UR)-Institut de Physique du Globe de Paris (IPG Paris)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Brest (UBO)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Brest (UBO)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), GeT PlaGe, Genotoul, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-IPG PARIS-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université de La Réunion (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de La Réunion (UR)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-IPG PARIS-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3)

Subjects
Microbiology (medical), Firmicutes, Microorganism, Hydrostatic pressure, lcsh:QR1-502, oceanic crust, serpentinization, Atlantis Massif, 7. Clean energy, Microbiology, anaerobic culture, lcsh:Microbiology, 03 medical and health sciences, Botany, Primary nutritional groups, 14. Life underwater, [SDU.STU.OC]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Oceanography, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, biology, 030306 microbiology, Chemistry, 16S ribosomal RNA, biology.organism_classification, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, 13. Climate action, Halotolerance, hydrostatic pressure, Fermentation, Proteobacteria, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, subseafloor
Abstract

International audience; Rock-hosted subseafloor habitats are very challenging for life, and current knowledge about microorganisms inhabiting such lithic environments is still limited. This study explored the cultivable microbial diversity in anaerobic enrichment cultures from cores recovered during the International Ocean Discovery Program (IODP) Expedition 357 from the Atlantis Massif (Mid-Atlantic Ridge, 30°N). 16S rRNA gene survey of enrichment cultures grown at 10–25°C and pH 8.5 showed that Firmicutes and Proteobacteria were generally dominant. However, cultivable microbial diversity significantly differed depending on incubation at atmospheric pressure (0.1 MPa), or hydrostatic pressures (HP) mimicking the in situ pressure conditions (8.2 or 14.0 MPa). An original, strictly anaerobic bacterium designated 70B-AT was isolated from core M0070C-3R1 (1150 meter below sea level; 3.5 m below seafloor) only from cultures performed at 14.0 MPa. This strain named Petrocella atlantisensis is a novel species of a new genus within the newly described family Vallitaleaceae (order Clostridiales, phylum Firmicutes). It is a mesophilic, moderately halotolerant and piezophilic chemoorganotroph, able to grow by fermentation of carbohydrates and proteinaceous compounds. Its 3.5 Mb genome contains numerous genes for ABC transporters of sugars and amino acids, and pathways for fermentation of mono- and di-saccharides and amino acids were identified. Genes encoding multimeric [FeFe] hydrogenases and a Rnf complex form the basis to explain hydrogen and energy production in strain 70B-AT. This study outlines the importance of using hydrostatic pressure in culture experiments for isolation and characterization of autochthonous piezophilic microorganisms from subseafloor rocks.

Published
2019

3. Factors Involved in the Persistence of a Shiga Toxin-Producing Escherichia coli O157:H7 Strain in Bovine Feces and Gastro-Intestinal Content

Author

Alexandra Durand, Hubert Brugère, Monique Kérourédan, Delphine Bibbal, Yolande Bertin, Grégory Jubelin, Marine Bertoni, Pauline Auffret, Evelyne Forano, Audrey Segura, Microbiologie Environnement Digestif Santé (MEDIS), INRA Clermont-Ferrand-Theix-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Innovations Thérapeutiques et Résistances (InTheRes), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Institut National de Police Scientifique, Partenaires INRAE, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Institut de Recherche en Santé Digestive (IRSD ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CASDAR 73 (Compte d'Affectation Speciale Developpement Agricole et Rural) France Agrimer EDP 74 0914000451, Interbev (Interprofession betail et viande), INRA-Region Auvergne fellowship 23000731, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and ProdInra, Migration

Subjects
0301 basic medicine, Microbiology (medical), bovin, [SDV]Life Sciences [q-bio], 030106 microbiology, Fimbria, lcsh:QR1-502, EHEC, Escherichia coli, O157:H7, STEC, biofilms, persistence, stress response, medicine.disease_cause, Microbiology, lcsh:Microbiology, Pilus, 03 medical and health sciences, e coli 0157 h7, medicine, fecès, Feces, Original Research, persistance, 2. Zero hunger, biology, Biofilm, biology.organism_classification, shiga toxine, [SDV] Life Sciences [q-bio], Bacterial adhesin, H7 [O157], Antitoxin, Bacteria
Abstract

International audience; Healthy cattle are the primary reservoir for O157:H7 Shiga toxin-producing E coil responsible for human food-borne infections. Because farm environment acts as a source of cattle contamination, it is important to better understand the factors controlling the persistence of E. coil O157:H7 outside the bovine gut. The E. coil O157:H7 strain MC2, identified as a persistent strain in French farms, possessed the characteristics required to cause human infections and genetic markers associated with clinical O157:H7 isolates. Therefore, the capacity of E. coil MC2 to survive during its transit through the bovine gastro-intestinal tract (GIT) and to respond to stresses potentially encountered in extra intestinal environments was analyzed. E. coil MC2 survived in rumen fluids, grew in the content of posterior digestive compartments and survived in bovine feces at 151 degrees C predicting a successful transit of the bacteria along the bovine GIT and its persistence outside the bovine intestine. E coli MC2 possessed the genetic information encoding 14 adherence systems including adhesins with properties related to colonization of the bovine intestine (F9 fimbriae, EhaA and EspP autotransporters, HOP pilus, FdeC adhesin) reflecting the capacity of the bacteria to colonize different segments of the bovine GIT. E coil MC2 was also a strong biofilm producer when incubated in fecal samples at low temperature and had a greater ability to form biofilms than the bovine commensal E. coil strain BG1. Furthermore, in contrast to BG1, E. coli MC2 responded to temperature stresses by inducing the genes cspA and htrA during its survival in bovine feces at 15 degrees C. E coil MC2 also activated genes that are part of the GhoT/GhoS, HicA/HicB and EcnB/EcnA toxin/antitoxin systems involved in the response of E. coil to nutrient starvation and chemical stresses. In summary, the large number of colonization factors known to bind to intestinal epithelium and to biotic or abiotic surfaces, the capacity to produce biofilms and to activate stress fitness genes in bovine feces could explain the persistence of E. coil MC2 in the farm environment.

Published
2018

4. FPR2: A Novel Promising Target for the Treatment of Influenza

Author

Marie-Christine Alessi, Béatrice Riteau, Mustapha Si-Tahar, Nicolas Cenac, Fibrinolyse et Pathologie Vasculaire, Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Nutrition, obésité et risque thrombotique (NORT), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre de Physiopathologie Toulouse Purpan (CPTP), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre d'Etude des Pathologies Respiratoires, Transgénèse et Archivage d'Animaux Modèles - Centre d'Imagerie du Petit Animal (TAAM-CIPA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-13-BSV3-0011, Fondation de France 00066467, Association Gregory Le Marchal RF20160501641, Institut de Recherche en Santé Digestive (IRSD ), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre d’Etude des Pathologies Respiratoires (CEPR), UMR 1100 (CEPR), Université de Tours (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Fondation de France (Grant 00066467), Foundation pour la Mucoviscidose, Association Gregory Le Marchal (Grant No RF20160501641), SATT-Sud Est, ANR-13-BSV3-0011,HemoFlu,Rôle de l'hémostase dans les infections influenza(2013), brea, deborah, Blanc 2013 - Rôle de l'hémostase dans les infections influenza - - HemoFlu2013 - ANR-13-BSV3-0011 - Blanc 2013 - VALID, Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Centre de Physiopathologie Toulouse Purpan ex IFR 30 et IFR 150 (CPTP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Transgenèse et archivage d'animaux modèles (TAAM), and Goletto, Marie-Hélène

Subjects
0301 basic medicine, FPR2, Microbiology (medical), grippe, Mini Review, [SDV]Life Sciences [q-bio], réponse immunitaire, lcsh:QR1-502, formyl peptide receptor, influenza, human, inflammation mediators, antiviral agents, Biology, Microbiology, lcsh:Microbiology, Virus, Pathogenesis, 03 medical and health sciences, Immune system, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, pathogénèse, Receptor, [SDV.MP.VIR] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, [SDV.MHEP] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, 030102 biochemistry & molecular biology, Host (biology), Virology, Transmembrane protein, 3. Good health, [SDV] Life Sciences [q-bio], 030104 developmental biology, Viral replication, [SDV.SP.PHARMA] Life Sciences [q-bio]/Pharmaceutical sciences/Pharmacology, Immunology, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, [SDV.SP.PHARMA]Life Sciences [q-bio]/Pharmaceutical sciences/Pharmacology, [SDV.MHEP.MI] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, Annexin A1
Abstract

International audience; The Formyl-peptide receptor-2 (FPR2) is a seven transmembrane G protein-coupled receptor, which plays an important role in sensing of bacteria and modulation of immune responses. FPR2 is also used by viruses for their own profit. Annexin A1, one of the multiple ligands of FPR2, is incorporated in the budding virus membrane of influenza A viruses (IAV). Thereby, once IAV infect a host cell, FPR2 is activated. FPR2-signaling leads to an increase in viral replication, a dysregulation of the host immune response and a severe disease. Conversely, experiments using FPR2 antagonists in a preclinical model of IAV infections in mice showed that blocking FPR2 protects animals from lethal infections. Thus, FPR2 represents a very attractive host target against influenza. In this review we will give an overview on the pathogenesis of influenza with a focus on the role of FPR2 and we will discuss the advantages of using FPR2 antagonists to treat the flu.

Published
2017
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5. RNA-seq de novo Assembly Reveals Differential Gene Expression in Glossina palpalis gambiensis Infected with Trypanosoma brucei gambiense vs. Non-Infected and Self-Cured Flies

Author

Bernadette Tchicaya, Stéphanie Rialle, Christophe Klopp, Luc Abate, Illiassou Hamidou Soumana, Ibouniyamine Nabihoudine, Sophie Ravel, Hugues Parrinello, Anne Geiger, Interactions hôtes-vecteurs-parasites-environnement dans les maladies tropicales négligées dues aux trypanosomatides (UMR INTERTRYP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université de Bordeaux (UB), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut de Génomique Fonctionnelle (IGF), Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Génomique Fonctionnelle - Montpellier GenomiX (IGF MGX), Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Université de Bordeaux (UB)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Université de Montpellier (UM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Université de Montpellier (UM), Transmission-Interactions-Adaptations hôtes/vecteurs/pathogènes (MIVEGEC-TRIAD), Evolution des Systèmes Vectoriels (ESV), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - 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Subjects
Microbiology (medical), Transposable element, [SDV]Life Sciences [q-bio], human African trypanosomiasis, Trypanosoma brucei gambiense, lcsh:QR1-502, RNA-Seq, Biology, de novo assembly, Microbiology, lcsh:Microbiology, Transcriptome, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Gene expression, [SDV.MP.PAR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology, ORFS, Gene, 030304 developmental biology, Original Research, in vivo metatranscriptomics, Genetics, 0303 health sciences, Glossina palpalis gambiensis, fungi, Tsetse fly, biology.organism_classification, de nova assembly, RNA-seq, Trypanosome brucei gambiense, HUMAN AFRICAN TRYPANOSOMIASIS, STERILE INSECT TECHNIQUE, INNATE IMMUNE-RESPONSES, TSETSE-FLY MIDGUT, MORSITANS-MORSITANS, SLEEPING SICKNESS, SODALIS-GLOSSINIDIUS, DIPTERA, TRANSFERRIN, SEQUENCE, Virology, [SDV] Life Sciences [q-bio], Gene expression profiling, Public Health, [SDV.MP.PAR] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology, 030217 neurology & neurosurgery
Abstract

International audience; Trypanosoma brucei gambiense (Tbg), causing the sleeping sickness chronic form, completes its developmental cycle within the tsetse fly vector Glossina palpalis gambiensis (Gpg) before its transmission to humans. Within the framework of an anti-vector disease control strategy, a global gene expression profiling of trypanosome infected (susceptible), non-infected, and self-cured (refractory) tsetse flies was performed, on their midguts, to determine differential genes expression resulting from in vivo trypanosomes, tsetse flies (and their microbiome) interactions. An RNAseq de novo assembly was achieved. The assembled transcripts were mapped to reference sequences for functional annotation. Twenty-four percent of the 16,936 contigs could not be annotated, possibly representing untranslated mRNA regions, or Gpg- or Tbg-specific ORFs. The remaining contigs were classified into 65 functional groups. Only a few transposable elements were present in the Gpg midgut transcriptome, which may represent active transpositions and play regulatory roles. One thousand three hundred and seventy three genes differentially expressed (DEGs) between stimulated and non-stimulated flies were identified at day-3 post-feeding; 52 and 1025 between infected and self-cured flies at 10 and 20 days post-feeding, respectively. The possible roles of several DEGs regarding fly susceptibility and refractoriness are discussed. The results provide new means to decipher fly infection mechanisms, crucial to develop anti-vector control strategies.

Published
2015

Catalog

Books, media, physical & digital resources
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