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Estudio correlacional con enfoque cuantitativo que buscó establecer la asociación entre los factores intrínsecos observables de las instituciones pedagógicas con la variabilidad de la calidad de la educación media en 27 municipios no certificados del Departamento de Córdoba, Colombia. La muestra se calculó con base en un muestreo probabilístico estratificado para un total de 109 escuelas rurales y urbanas; los datos se recolectaron a través de una encuesta integrada por 34 preguntas y aplicada a rectores o directivos docentes de dichos centros educativos. La evaluación de asociaciones entre variables empleó el análisis en componentes principales (ACP) y se construyó un modelo de regresión logística ordinal con enlace logístico. Entre los factores institucionales más asociados se encuentra que existe una relación positiva entre la cantidad de alumnos por aula, el total de estudiantes que presentan las pruebas y la cifra de graduados con la suma de las aulas y el número de profesores. Se concluye que, a un nivel de significancia del 5%, el número de graduados, disponer de una biblioteca adecuada y actualizada, contar con acceso a internet y tener recursos para la población atendida con sus complementos son factores que aumentan la probabilidad de obtener una mejor categorización en las pruebas Saber 11.º.