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Introduction Le diabete neonatal (DN) est une forme rare de diabete non autoimmun (~1/180 000 naissances), qui est tres heterogene dans ses presentations cliniques et etiologies genetiques. Le diagnostic moleculaire permet de definir un traitement optimal et un suivi adapte des patients et de leur famille. Les techniques (pan) genomiques incluant le sequencage de nouvelle generation (NGS) representent un nouveau paradigme dans ce contexte. Patients et methodes Vingt patients avec diabete non auto-immun d’une cohorte multicentrique (dont 12 diagnostiques avant 6 mois, et 7 de type syndromique) et 24 patients d’origine egyptienne (diagnostic Resultats Deux mutations homozygotes non repertoriees ont ete identifiees chez deux patients avec DN, nes de parents consanguins (porteurs de la mutation a l’etat heterozygote): RFX6- (Regulatory Factor X-6) -p.V506G, associee a un retard de croissance intra-uterin (RCIU), une hypoplasie du pancreas et des anomalies du developpement intestinal ; et NEUROG3- (Neurogenin-3) -p.Q4*, associee a un RCIU, une hypoplasie de la vesicule biliaire et une dysplasie neurointestinale. Par ailleurs, trois nouvelles mutations, deleteres et probablement causales, ont ete identifiees chez trois patients d’origine egyptienne: GCK- (Glucokinase) -p.S151P (homozygote), ABCC8/SUR1-p.Q19E (heterozygote) et GATA6- (GATA-binding protein-6) -p.P91S (heterozygote). Conclusion Une exploration (pan) genomique combinant plusieurs approches de NGS est un pre-requis pour le diagnostic etiologique des differentes formes de DN. La variabilite des âges au diagnostic et des manifestations cliniques, notamment dans la cohorte egyptienne, est en faveur d’une heterogeneite genetique qui reste a evaluer au niveau de l’exome (ou genome) entier. Declaration d’interet Les auteurs declarent ne pas avoir d’interet direct ou indirect (financier ou en nature) avec un organisme prive, industriel ou commercial en relation avec le sujet presente.

Introduction Le diabete MODY (Maturity-Onset Diabetes of the Young) est une forme monogenique autosomale-dominante de diabete non auto-immun diagnostique avant 25 ans. Le MODY est caracterise par un deficit primaire de la secretion d’insuline. Ses causes genetiques sont heterogenes et ∼30 % des cas restent non-elucides (MODY-X). Nous avons utilise le sequencage de l’exome entier (SEE) dans une large famille MODY-X pour identifier une nouvelle etiologie du MODY. Materiels et methodes Un SEE a ete realise chez quatre membres d’une famille MODY-X incluant le cas index (diabetique a 17 ans), son pere diabetique (diagnostique a 20 ans), sa mere non-diabetique et son cousin germain diabetique (diagnostique a 13 ans). Apres capture des exons (Agilent SureSelect-50 Mb), les librairies exomiques ont ete sequencees en utilisant deux lignes du sequenceur GAIIx (Illumina) avec une couverture moyenne d’au moins 100×. Les mutations potentiellement causales ont ete testees dans la famille (au total, 8 diabetiques et 18 non-diabetiques sur quatre generations) et chez 406 controles normoglycemiques, par une puce a ADN (BeadXpress-Illumina). Resultats Apres le SEE du quartet et l’identification des variants genetiques (∼50 000 par individu), nous avons elimine les variants presents dans la base publique dbSNP130 et chez la mere non-diabetique, et avons cible les variants co-segregeant avec le diabete au sein du quartet. Les 153 mutations restantes ont ete testees dans la famille etendue et chez 406 controles. Une seule mutation non synonyme co-segregeait avec le diabete et n’etait pas presente chez les controles : la mutation p. E227K du gene KCNJ11, deja referencee chez des patients avec diabete neonatal transitoire. Conclusion En l’absence de diabete neonatal dans la famille (diagnostic > 13 ans), ce resultat elargit le spectre des phenotypes associes aux mutations du canal potassique ATP-dependant, et suggere que le sequencage du gene KCNJ11 doit etre propose en routine dans l’exploration des formes familiales de DT2 a debut precoce.

Objectif Des mutations homozygotes dans le gene LEPR causent une obesite severe et precoce. Cependant, la prevalence de ces mutations dans des populations consanguines reste totalement inconnue. Ceci est en partie explique par le fait que LEPR est de grande taille, et donc son sequencage Sanger est long et onereux. Nous avons ici teste un sequencage de nouvelle generation base sur de multiples PCR realisees en une seule etape, afin d’etablir un diagnostic moleculaire rapide et economique des formes monogeniques d’obesite. Materiels et methodes Nous avons etudie 39 enfants pakistanais presentant une obesite severe et issus de familles consanguines. Ces enfants avaient prealablement ete testes negativement pour la presence de mutations dans les genes LEP et MC4R (la cohorte initiale integrant 62 probants). L’ADN de chaque patient a ete analyse par de multiples PCR realisees dans des microgouttes lipidiques (RainDance), en combinaison avec un sequencage de nouvelle generation (Illumina), ciblant les parties codantes de 26 genes connus d’obesite monogenique. Les concentrations plasmatiques de leptine ont ete mesurees par ELISA. Resultats Notre analyse a revele deux nouvelles mutations homozygotes dans LEPR : une mutation situee dans un site d’epissage en amont du 15 e exon (c.2396–1G > T) et une mutation non-sens dans le 10 e exon (c.1675G > A/p. Trp558 * ). Nous avons montre que les deux porteurs presentaient des niveaux eleves de leptine et avaient des phenotypes tres comparables aux porteurs de mutations du gene de la leptine. Nous n’avons identifie aucune autre mutation potentiellement causale chez les autres probants (que ce soit dans LEPR ou les autres genes du panel). Conclusion Les deux porteurs de mutations dans LEPR , ici rapportees pour la premiere fois, constituent 3 % de la cohorte d’enfants pakistanais severement obeses (compares a 17 % et 3 %, pour les porteurs de mutations homozygotes dans LEP et MC4R , respectivement).

Objectif Nous avons recemment prouve l’interet du sequencage de l’exome pour la caracterisation moleculaire du diabete neonatal (Bonnefond et al, PLoS One, 2010). Cependant, l’utilisation de sondes d’hybridation implique necessairement des trous de capture, limitant la precision du diagnostic. Nous avons cherche a developper une approche haut-debit pour le diagnostic moleculaire de maladies genetiques, moins chere et plus rapide, mais avec la fiabilite d’un sequencage Sanger. Pour la tester, nous avons voulu re-identifier les mutations causales connues chez 45 patients atteints de formes monogeniques de diabete ou d’obesite. Materiels et methodes Nous avons cree un panel de 970 paires d’oligos ciblant les 43 genes connus de susceptibilite aux formes monogeniques de diabete ou d’obesite. L’ADN genomique de 45 patients a ete sonique et melange aux reactifs de PCR. L’appareil RDT-1000 (Raindance) a genere des microgouttelettes lipidiques (contenant les fragments d’ADN et le melange PCR) et les a fusionnees avec d’autres microgouttelettes contenant les oligos. Puis, les 970 zones ciblees ont ete amplifiees par PCR. Enfin, les librairies obtenues ont ete sequencees par HiSeq2000 (Illumina), avec une couverture moyenne > 100X. Resultats Cette nouvelle technique a permis de sequencer parfaitement plus de 99 % des sequences ciblees. Les mutations causales de 42 patients ont ete confirmees. Cela inclut des mutations faux sens, non-sens, situees au niveau de sites d’epissage et des deletions [1 a 5pb]. Trois patients n’ont pu etre confirmes, ce qui est possiblement du a des problemes de detection d’insertion/deletion par les algorithmes utilises. De facon surprenante, deux patients sont en fait porteurs de plusieurs mutations potentiellement causales. Discussion La technologie Raindance combinee au sequencage de nouvelle generation est une technique prometteuse pour le diagnostic genetique des maladies metaboliques. Elle pourrait remplacer a terme le sequencage Sanger, beaucoup plus lent et 10 fois plus couteux.