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A monocultura do milho é uma prática comum em algumas regiões do Brasil, sendo responsável pelo incremento dos danos causados pelas doenças. O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito de diferentes sistemas de produção de milho contrastantes quanto ao investimento em manejo sobre a incidência de podridões do colmo, grãos ardidos e produtividade de grãos. Foram testados quatro sistemas: S1 (baixo nível de manejo), S2 (médio), S3 (alto) e S4 (proposto para maximizar o produtividade). Os níveis de manejo diferiram quanto à densidade de semeadura, espaçamento entre linhas, quantidade de fertilizantes e uso da irrigação. Em cada sistema, foram utilizadas três genótipos de milho: BRS Planalto (variedade de polinização aberta), Traktor (híbrido duplo) e P32R21 (híbrido simples). Os experimentos foram conduzidos nas safras 2002/03 e 2003/04, em área de plantio direto e monocultura, sob sucessão de cobertura morta de aveia preta+ervilhaca. O delineamento experimental foi em blocos casualizados, com parcelas subdivididas e quatro repetições. Nas duas safras agrícolas, a variedade Planalto apresentou maior incidência de podridões do colmo do que os híbridos em todos os sistemas de manejo. O fungo Colletotrichum graminicola foi o principal patógeno associado às podridões do colmo. A produtividade de grãos oscilou entre 3.986 a 13.489kg ha-1 em 2003 e entre 1.787 a 13.849kg ha-1 em 2004, variando conforme o genótipo e o sistema de produção. As maiores produtividades foram obtidas em S4 com a utilização do híbrido simples P32R21. A incidência de grãos ardidos nas duas safras foi baixa, não atingindo em nenhum tratamento o valor de 6% considerado no desconto. O fungo Fusarium verticillioides foi o principal patógeno associado aos grãos ardidos. Por outro lado, C. graminicola não foi detectado nos grãos ardidos, demonstrando que sua alta incidência nos colmos não significa sua presença nos grãos. Não foi possível identificar um sistema de manejo que reduzisse a incidência de podridões do colmo e grãos ardidos na cultura do milho.