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O presente estudo tem como objetivo analisar como os licenciandos lidam com temas controversos que poderiam ser discutidos com seus futuros alunos, sobretudo a metodologia a ser utilizada em sala de aula. O percurso metodológico consistiu na aplicação e análise de um questionário com questões abertas, relacionadas a quatro casos com conteúdos dilemáticos aplicados a 32 licenciandos de Ciências e Biologia, pertencentes a três Instituições de Ensino Superior do município de São Paulo. Os dados apontaram que os licenciandos conseguem perceber conflitos éticos nos casos, porém não explicitam as estratégias de como abordá-los. Para os licenciandos, o professor tem um papel central, como expositor dos temas. Assim, a formação inicial pouco tem contribuído na instrumentalização dos futuros professores no exercício de tomada de posição e o convívio com a divergência. Destaca-se a importância da Bioética na socialização do debate científico e como um valioso instrumento metodológico no ensino de Ciências.