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L’agriculture française, agronomiquement et économiquement très performante, est responsable d’importantes pertes d’azote vers l’hydrosphère et l’atmosphère, provoquant de graves problèmes environnementaux. À partir de l’analyse de la base de données SitraM sur les transports de marchandises entre départements et avec l’étranger, un bilan des échanges de denrées agricoles, exprimés en flux d’azote protéique contenu, a été établi pour sept groupes de produits agricoles. Les 95 départements français ont été regroupés en 33 territoires agricoles, définis selon leur proximité géographique et la similitude de leur système de production. Les résultats montrent l’ampleur de la mobilité commerciale des denrées agricoles. Les échanges entre territoires et avec l’étranger en 2006 représentent 1,6 fois la production agricole nationale. Globalement, la France apparaît comme exportatrice nette de protéines avec l’étranger, important 284 kilotonne d’azote par an (ktN/an) d’aliments pour bétail et exportant 390 ktN/an principalement sous forme de céréales. L’analyse révèle l’extrême spécialisation de la plupart des territoires, soit vers les grandes cultures, soit vers l’élevage, et fait apparaître cinq grands ensembles de territoires en fonction de l’ampleur et de la destination de leurs échanges commerciaux dominants. La maîtrise du cycle de l’azote et de ses perturbations ne saurait faire l’économie d’une prise en compte des flux commerciaux de denrées agricoles.