1. 13Check_RNA: a tool to evaluate 13C chemical shift assignments of RNA
- Author
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Myriam Villegas, Igal Szleifer, Jorge A. Vila, Osvaldo A. Martin, and Alejandro A. Icazatti
- Subjects
0301 basic medicine ,Statistics and Probability ,Sequence analysis ,Computer science ,Biochemistry ,Ciencias Biológicas ,purl.org/becyt/ford/1 [https] ,03 medical and health sciences ,purl.org/becyt/ford/1.6 [https] ,Molecular Biology ,computer.programming_language ,Carbon Isotopes ,Information retrieval ,Sequence Analysis, RNA ,Computational Biology ,RNA ,Chemical shifts ,Python (programming language) ,Biofísica ,Computer Science Applications ,Computational Mathematics ,030104 developmental biology ,Computational Theory and Mathematics ,computer ,Software ,CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS ,Macromolecule - Abstract
Motivation: Chemical shifts (CS) are an important source of structural information of macromolecules such as RNA. In addition to the scarce availability of CS for RNA, the observed values are prone to errors due to a wrong re-calibration or miss assignments. Different groups have dedicated their efforts to correct CS systematic errors on RNA. Despite this, there are not automated and freely available algorithms for evaluating the referencing of RNA 13 C CS before their deposition to the BMRB or re-reference already deposited CS with systematic errors. Results: Based on an existent method we have implemented an open source python module to correct 13 C CS (from here on 13 C exp ) systematic errors of RNAs and then return the results in 3 formats including the nmrstar one. Fil: Icazatti Zuñiga, Alejandro Ariel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - San Luis. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi". Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Ciencias Físico, Matemáticas y Naturales. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi"; Argentina Fil: Martín, Osvaldo Antonio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - San Luis. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi". Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Ciencias Físico, Matemáticas y Naturales. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi"; Argentina Fil: Villegas, María Paula. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - San Luis. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi". Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Ciencias Físico, Matemáticas y Naturales. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi"; Argentina Fil: Szleifer, Igal. Northwestern University; Estados Unidos Fil: Vila, Jorge Alberto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - San Luis. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi". Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Ciencias Físico, Matemáticas y Naturales. Instituto de Matemática Aplicada de San Luis "Prof. Ezio Marchi"; Argentina
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- 2018
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