Search

The discovery and development of new drugs begins with detecting the target of action of the drug which is then continued with the discovery of compounds and prediction of performance based on their chemical structure using the in silico method. The purpose of this study was to determine whether curcumin, genistein, lactacystin, phloretin, and quercetin compounds have the potential to be developed into medicinal compounds that have activity as RNA polymerase inhibitors. The research method used was to determine the physicochemical properties of the test compounds, then predict pharmacological activity using the way2drug.com server, then prepare macromolecular structures using the BIOVIA Discovery Study Visualizer 2021 software. Then validate and simulate the docking method using MGL Tools 1.5.7 software. which is equipped with Autodock Tools 4.4. Then proceed with toxicity prediction using the PreAdmet server. The results obtained from this study are that the compound quercetin has the potential to be developed into a drug as an RNA polymerase inhibitor with a bond free energy value (ΔG) of -5.62 kcal/mol and an inhibition constant (Ki) of 76.40 M. This value is still higher than the natural ligand (rifampicin) with the value of free bond energy (ΔG) in the natural ligand of -10.33 kcal/mol and the value of the inhibition constant (Ki) of 26.63 nM. However, this value is good enough to bind to the receptor and this value has a fairly good inhibitory activity as an MTB RNA Polymerase inhibitor. Abstrak. Penemuan dan pengembangan obat baru dimulai dengan mendeteksi target kerja dari obat yang kemudian dialnjutkan dengan penemuan senyawa dan prediksi kinerja berdasarkan struktur kimianya menggunakan metode in silico. Tujuan dari penelitian ini yaitu untuk mengetahui apakah senyawa curcumin, genistein, lactacystin, phloretin, dan quercetin berpotensi untuk dikembangkan menjadi senyawa obat yang memliki aktivitas sebagai inhibitor RNA Polimerase. Metode penelitian yang dilakukan yaitu penentuan sifat fisikokimia senyawa uji, kemudian prediksi aktivitas farmakologi menggunakan server way2drug.com, selanjutnya dilakukan preparasi struktur makromolekul menggunakan perangkat lunak BIOVIA Discovery Studi Visualizer 2021. Kemudian dilakukan validasi dan simulasi metode docking menggunakan perangkat lunak MGL Tools 1.5.7 yang dilengkapi dengan Autodock Tools 4.4. Kemudian dilanjutkan dengan prediksi toksisitas menggunakan server PreAdmet. Hasil yang diperoleh dari penelitian ini yaitu senyawa quercetin memiliki potensi untuk dikembangkan menjadi obat sebagai inhibitor RNA Polimerase dengan nilai energi bebas ikatan (ΔG) sebesar -5.62 kcal/mol dan nilai konstanta inhibisi (Ki) sebesar 76.40 µM. Nilai tersebut masih lebih tinggi dibandingkan dengan ligan alami (rifampisin) dengan nilai energi bebas ikatan (ΔG) pada ligan alami sebesar -10.33 kcal/mol dan nilai konstanta inhibisi (Ki) sebesar 26,63 nM. Tetapi nilai tersebut sudah cukup baik untuk berikatan dengan reseptor dan nilai tersebut memiliki aktivitas penghambatan yang cukup baik sebagai inhibitor RNA Polimerase MTB.

A product containing pork cannot be consumed by Muslims. A surface plasmon resonance (SPR) biosensor using a silver nanoparticle base was developed to analyze the hemoglobin content of porcine in silico using the molecular docking method. The variation of the thin layer system on the SPR by adding a layer of silver nanoparticles can increase the selectivity and sensitivity of the SPR biosensor. The surface of silver nanoparticles has a high sensitivity plasmon resonance spectra, so it can be used as a detector. The smaller the gibbs free bond energy (∆G), the stronger the bond stability between silver nanoparticles (AgNPs) with porcine and bovine hemoglobin protein receptors. Silver nanoparticles with an amount of 10 Ag had the lowest Gibbs free binding energy values for the two receptor proteins, -2.04 kcal/mol in porcine hemoglobin protein and -2.18 Kcal/mol in bovine. In order to function as sensors in SPR biosensors, silver nanoparticles must be more sensitive to porcine hemoglobin protein than bovine hemoglobin (∆G porcine

Antioxidants is substances can help protect the body from free radical attacks and radical compounds that can inhibit or slow down damage due to the oxidation process. One of the natural ingredients that has a lot of antioxidant content that is quite high is coffee. The antioxidant content has been widely used for cosmetic preparations with the purpose of providing local protection to the skin. This study purpose to determine what antioxidant bioactive compounds are contained in coffee using what antioxidant test method is used and what dosage forms can be made from coffee (Cofea sp.). The Systematic Literature Review (SLR) method is used with data used in the form of national journals obtained from the screening results of 15 journals from the google schoolar portal. From the results of research, antioxidant compounds known in coffee are flavonoids, tannins, saponins, and steroids, alkaloids, triterpenoids, steroids, phenols, polyphenols and phenolic compounds, namely chlorogenic acid with the antioxidant test method used is the DPPH method (2,2-diphenyl-1- picrilhydrazyl). Obtained some dosage forms of this review are gel body scrub, cream, hand soap, foot cleansing spray, air freshener, therapeutic aroma, lipbalm and peel off gel mask. Keywords: Antioxidants, Coffee, Compounds, Dosage Abstrak. Antioksidan merupakan salah satu substansi yang dapat membantu melindungi tubuh dari serangan radikal bebas maupun senyawa radikal yang dapat menghambat atau perlambatan kerusakan akibat proses oksidasi. Salah satu bahan alam yang memiliki banyak kandungan antioksidan yang cukup tinggi yaitu kopi. Kandungan antioksidan telah banyak digunakan untuk sediaan kosmetik dengan tujuan memberikan perlindungan lokal pada kulit. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui senyawa bioaktif antioksidan apakah yang terdapat dalam kopi dengan menggunakan metode uji antioksidan apa yang digunakan dan bentuk sediaan apa saja yang dapat dibuat dari kopi (Cofea sp.). Digunakan metode Systematic Literature Review (SLR) dengan data yang digunakan berupa jurnal nasional yang diperoleh dari hasil screening sejumlah 15 jurnal dari portal google schoolar. Dari hasil penelitian senyawa antioksidan yang diketahui pada kopi adalah flavonoid, tannin, saponin, steroida, alkaloid, triterpenoid, fenol, polifenol dan senyawa fenolik yaitu asam klorogenat dengan metode uji antioksidan yang digunakan adalah metode DPPH (2,2-difenil-1- pikrilhidrazil). Diperoleh juga beberapa bentuk sediaan berupa scrub, gel scrub badan, krim, sabun cuci tangan, foot sanitizer spray, pengharum ruangan, aroma terapi, lipbalm dan masker gel peel off.

Capsule shells are generally made of gelatin from pigs or cows (Lestari et al., 2021). Gelatin is a protein derivative from collagen fibers found in skin, bone, and cartilage (Arima & Fithriyah, 2015). Gelatin contains the amino acids glycine, hydroxyproline, and proline which can affect gel formation. Glycine contains 26%, hydroxyproline 14%, and proline contains 16% (Febriana et al., 2021). According to research conducted by (Maryawan et al., 2020) in conducting safety studies between hydroxyproline compounds against NMDA receptors tested in silico, the affinity for the receptor is very strong so it has a low safety risk. So that from this study used peptide bonds derived from gelatin, namely glycine-proline, and glycine-proline-hydroxyproline (Santoso et al., 2015). This study was conducted to observe the interaction between glycine-proline, glycine-proline-hydroxyproline compounds on the NMDA receptor (N- methyl-D-aspartate) using the in silico test method, and to investigate the model of the relationship between glycine-proline-hydroxyproline and NMDA receptors. (N-methyl- D-aspartate) on the binding site.This research was carried out in several stages, namely modeling the structure of the test compound, searching for the structure of the NMDA receptor, simulating the docking between the receptor and the test compound, and analyzing the results of the docking. Based on the results of the study, it was shown that glycine-proline-hydroxyproline had a low safety risk against the binding free energy NMDA receptor (∆G) which was -117.542 kJ/mol. Abstrak. Cangkang kapsul pada umumnya terbuat dari bahan gelatin yang berasal dari babi atau pun sapi (Lestari et al., 2021). Gelatin adalah derivat protein dari serat kolagen yang terdapat pada kulit, tulang, dan tulang rawan (Arima & Fithriyah, 2015). Didalam gelatin terdapat asam amino glisin, hidrorksiprolin, dan prolin yang dapat mempengaruhi terbentuknya gel. Glisin mengandung 26%, hidroksiprolin 14%, dan prolin mengandung 16% (Febriana et al., 2021). Menurut penelitian yang telah dilakukan oleh (Maryawan et al., 2020) dalam melakukan studi keamanan antara senyawa hidroksiprolin terhadap reseptor NMDA yang diujikan secara in silico, afinitas terhadap reseptor sangat kuat sehingga memiliki resiko keamanan yang rendah. Sehingga dari penelitian ini digunakan ikatan peptida yang berasal dari gelatin yakni glisin-prolin, dan glisin-prolin- hidroksiprolin (Santoso et al., 2015). Penelitian ini dilakukan untuk mengamati adanya interaksi antara senyawa glisin-prolin, glisin-prolin-hidroksiprolin terhadap reseptor NMDA (N-metil-D- aspartat) dengan menggunakan metode uji in silico, serta menyelidiki model hubungan antara glisin-prolin-hidroksiprolin dengan reseptor NMDA (N-metil-D- aspartat) pada sisi pengikatan. Penelitian ini dilakukan dilakukan beberapa tahap yaitu pemodelan struktur senyawa uji, pencarian struktur NMDA, simulasi docking antara reseptor dan senyawa uji, dan analisis hasil docking. Berdasarkan hasil penelitian, menunjukkan bahwa glisin-prolin- hidroksiprolin memiliki resiko keamanan yang rendah terhadap reseptor NMDA energi ikatan (∆G) yaitu -117,542 kj/mol.

Colorectal cancer is cancer that grows in the colon (large intestine) or in the lower colon that is connected to the rectum. Colorectal anticancer compounds are found in the garlic plant (Allium sativum L.) which contains organosulfur compounds. The COX-2 receptor is a receptor that plays an important role in anticancer activity. The purposa of this study was to prove based on in-silico study whether the organosulfur compounds cloud be used as a colorectal anticancer candidate. The identification of the physicochemical properties of organosulfur compounds was carried out using ChemBioDraw 2D software. The organosulfur compound was optimized using Gauss View software version 5.0.8 and Gaussian version 09. Then proceed to the docking simulation to COX-2 receptor which has been separated from its natural ligand validation of molecular docking system was carried out using MGL Tools version 1.5.6 software which has been equipped with Autodock Tools version 4.2. The result showed that S-Allylmercaptoglutathione compound had a better affinity than the other six organosulfur compounds to COX-2. The S-Allylmercaptoglutathione compound obtained a bond free energi value of -7,53 kcal/mol and the value of the inhibition constant (Ki) was 3,01 µM. According toxicity test results, S-Allylmercaptoglutathione has a high potential for toxicity, with a low risk of exposure and does not cause carcinogenicity or mutagenicity. The S-Allylmercaptoglutathione compound is not better than its natural ligand S58. Where the natural ligand S58 has a free energy value of -10,73 kcal/mol and an inhibition constant (Ki) of 0,0137 µM. It can be concluded that the S-Allylmercaptoglutathione test compound cannot be used as a colorectal anticancer candidate, because it does not have anticancer activity. Abstrak. Kanker Kolorektal merupakan kanker yang pertumbuhannya terjadi di kolon (usus besar) atau di usus besar bagian bawah yang terhubung ke rektum (anus). Senyawa antikanker kolorektal ditemukan dalam tanaman bawang putih (Allium sativum L.) yang mengandung senyawa organosulfur. Reseptor COX-2 adalah reseptor yang berperan penting dalam antikanker kolorektal. Tujuan dilakukannya penelitian ini untuk membuktikan secara in-silico ­senyawa organosulfur dapat dijadikan sebagai kandidat antikanker kolorektal. Pada penelitian ini dilakukan identifikasi sifat fisikokimia pada senyawa organosulfur menggunakan software ChemBioDraw 2D. Senyawa organosulfur dilakukan optimasi menggunakan software Gauss View versi 5.0.8 dan Gaussian versi 09. Kemudian dilanjutkan ke tahap simulasi docking senyawa uji organosulfur terhadap reseptor COX-2 yang telah dipisahkan dengan ligan alaminya dan telah di validasi menggunakan software MGL Tools versi 1.5.6 yang telah dilengkapi dengan Autodock Tools versi 4.2. Berdasarkan hasil penelitian, hasil docking senyawa S-Allylmercaptoglutathione memiliki afinitas lebih baik dibandingkan dengan keenam senyawa organosulfur lainnya. Senyawa S-Allylmercaptoglutathione diperoleh nilai energi bebas ikatan yaitu -7,53 kcal/mol dan nilai konstanta inhibisi (Ki) 3,01 µM. Hasil prediksi toksisitas S-Allylmercaptoglutathione memiliki potensi toksisitas yang tinggi, dengan risiko paparan yang rendah serta tidak menyebabkan karsinogenik atau mutagenisitas. Senyawa S-Allylmercaptoglutathione tidak lebih baik dibandingkan ligan alaminya. Dimana ligan Alami S58 memiliki nilai energi bebas ikatan yaitu -10,73 kcal/mol dan nilai konstanta inhibisi (Ki) 0,0137 µM. Maka dapat disimpulkan bahwa senyawa uji S-Allylmercaptoglutathione tidak dapat dijadikan sebagai kandidat antikanker kolorektal, karena tidak memiliki aktivitas antikanker.

Melanogenesis is the production of the pigment melanin, which is produced by cells called melanocytes. The enzyme that plays an important role in the melanin synthesis pathway is tyrosinase. Flavonoid compounds can prevent the process of melanogenesis because it contains antioxidants. Identification of flavonoids showed that grapefruit (Ctrus maxima) contains flavonoid compounds acacetin and tangeretin, rutin, eriocitrin, hespiridine, and naringenin. The purpose of this study was to test the activity of flavonoid derived compounds in grapefruit (Citrus maxima) as an antimelanogenesis candidate with tyrosinase receptors in silico. In this research, identification of physicochemical properties of flavonoid derivative test compounds using ChemBioDraw 2D software was carried out. The test compounds for flavonoid derivatives were optimized using the Gauss View software version 5.0.8 and Gaussian version 09. Then proceed to the docking simulation stage for the flavonoid derivative test compounds to the tyrosinase receptor which has been separated from its natural ligand and has been validated using the MGL Tools 1.5.6 software. has been equipped with Autodock Tools version 4.2. Based on the research results, the docking result of acacetin compound has a good affinity value compared to other compounds, namely -5.96 kcal/mol. Predicted results of acacetin toxicity have a high toxicity potential, are within the exposure threshold with a low risk of exposure and cannot cause carcinogenicity or mutagenicity. Abstrak. Melanogenesis merupakan produksi dari pigmen melanin yang diproduksi oleh sel yang disebut dengan melanosit. Enzim yang berperan penting pada jalur sintesis melanin adalah tyrosinase. Senyawa flavonoid dapat mencegah terjadinya proses melanogenesis karena terkandung antioksidan didalamnya. Identifikasi flavonoid menunjukkan dalam Jeruk bali (Citrus maxima) mengandung senyawa flavonoid acacetin dan tangeretin, rutin, eriocitrin, hespiridin, dan naringenin. Tujuan dilakukannya penelitian ini untuk menguji aktivitas senyawa turunan flavonoid pada Jeruk bali (Citrus maxima) sebagai kandidat antimelanogenesis dengan reseptor tyrosinase seacara in silico. Pada penelitian ini dilakukan identifikasi sifat fisikokimia pada senyawa uji turunan flavonoid menggunakan software ChemBioDraw 2D. Senyawa uji turunan flavonoid dilakukan optimasi menggunakan software Gauss View versi 5.0.8 dan Gaussian versi 09. Kemudian dilanjutkan ke tahap simulasi docking senyawa uji turunan flavonoid terhadap reseptor tyrosinase yang telah dipisahkan dengan ligan alaminya dan telah di validasi menggunakan software MGL Tools 1.5.6 yang telah dilengkapi dengan Autodock Tools versi 4.2. Berdasarkan hasil penelitan, hasil docking dar senyawa acacetin memiliki nilai afinitas yang baik dibandingkan dengan senyawa yang lain yaitu -5,96kcal/mol. Hasil prediksi toksisitas acacetin memiliki potensi toksisitas yang tinggi, berada dalam ambang batas paparan dengan resiko paparan yang masih rendah serta tidak dapat menyebabkan karsinogenik atau mutagenisitas.

Human Immunodeficiency Virus (HIV) type 1 is an HIV virus that most often attacks the human body's immunity and is easy to mutate. A total of 37.9 million people according to the World Health Organization (WHO) were infected in 2018 with high levels of mortility and morbidity. Drug search research continues to be carried out, one of which is research on HIV protease which is an enzyme that has a role in the process of cutting polyprotein chains on the gag and gag-pol sides as the formation of new viroin. Myricetin is a flavonoid compound from the chives plant (Allium tuberosum). Compound design research has been carried out, molecular tethering using Autodock software obtained the best bond-free energy value in myricetin compounds of -8.10 kcal / mol compared to curcumin compounds of -9.60 kcal / mol, previously validated to calibrate the docking method, rmsd value obtained was 1.14Å, analysis of docking results using Biovia Discovery Studio Visualizer 2021, toxicity test using the preADME website in silico against Flavonoid derivative compounds, based on toxicity tests obtained the results of myricetin with mutagenicity against ames test, are negative against the carcinogenicity of mice or rats and are toxic to algae plants. Abstrak. Human Immunodefisiensi Virus (HIV) tipe 1 adalah virus HIV yang paling sering menyerang kekebalan tubuh manusia dan mudah untuk bermutasi. Sebanyak 37,9 juta orang menurut World Health Organization (WHO) terinfeksi pada tahun 2018 dengan tingkat mortilitas dan morbiditas yang tinggi. Penelitian pencarian obat terus dilakukan salah satunya penelitian terhadap protease HIV yang merupakan enzim yang memiliki peran pada proses pemotongan rantai poliprotein pada sisi gag dan gag-pol sebagai pembentukan viroin yang baru. Myricetin merupakan senyawa flavonoid dari tumbuhan kucai (Allium tuberosum). Telah dilakukan penelitian desain senyawa, penambatan molekular menggunakan software Autodock diperoleh nilai energi bebas ikatan terbaik pada senyawa myricetin sebesar -8,10 kcal/mol dibandingkan dengan senyawa kurkumin sebesar -9,60 kcal/mol, sebelumnya dilakukan validasi untuk mengkalibrasi metode docking, nilai RMSD yang diperoleh sebesar 1,14Å, analisis hasil docking menggunakan Biovia Discovery Studio Visualizer 2021, uji toksisitas menggunakan website preADME secara in silico terhadap senyawa turunan flavonoid, berdasarkan uji toksisitas diperoleh hasil myricetin bersitas mutagen terhadap ames test, bersifat negatif terhadap karsinogenitas mencit atau tikus dan bersifat toksik terhadap tumbuhan algae.

Alzheimer’s is a neurodegenerative disease characterized by a gradual decline in cognitive function and it leads cause of dementia in the world. To prevent cognitive function decline in patients with Alzheimer’s disease, Asiaticoside compounds in Centella asiatica can be used as an alternative to provide neuroprotective effects. Acetylcholinesterase (AChE) is an important target in pathogenesis of Alzheimer’s disease. This enzyme plays a role in break down acetylcholine as a neurotransmitter. The purpose of this study was to determine the activity of Asiaticoside H and I in inhibiting acetylcholinesterase (AChE) through an in silico approach. In this study, identification of the physicochemical properties of Asiaticoside compounds was carried out using the SwissADME website. Furthermore, Asiaticoside compounds was optimized using Gaussian version 09®. Then a molecular docking simulation of Asiaticoside compounds towards the acetylcholinesterase (AChE) was carried out using MGL Tools version 1.5.6 which has been equipped with Autodock Tools version 4.2. The toxicity prediction of Asiaticoside compounds was carried out using Toxtree version 3.1.0 and Pre-ADMET. Docking simulation results showed that the compound with the lowest binding energy is Asiaticoside E and the best inhibitory activity towards acetylcholinesterase receptor is Asiaticoside D. It can be concluded that the new compounds of Asiaticoside namely Asiaticoside H and I had potential as acetylcholinesterase inhibitors. However, the two new compounds has lower activity and interactions compared to other Asiaticoside derivates. Abstrak. Alzheimer merupakan salah satu penyakit neurodegeneratif yang ditandai dengan penurunan fungsi kognitif secara bertahap dan menjadi penyebab utama demensia di dunia. Untuk mencegah penurunan fungsi kognitif pada penderita penyakit Alzheimer, senyawa Asiatikosida pada tanaman pegagan (Centella asiatica) dapat dijadikan alternatif untuk memberikan efek neuroprotektif. Asetilkolinesterase (AChE) merupakan target penting dalam patogenesis penyakit Alzheimer. Enzim ini berperan memecah asetilkolin sebagai neurotransmitter. Tujuan dilakukannya penelitian ini yaitu untuk mengetahui aktivitas dari senyawa Asiatikosida H dan I dalam menghambat asetilkolinesterase (AChE) melalui pendekatan in silico. Pada penelitian ini dilakukan identifikasi sifat fisikokimia pada senyawa Asiatikosida menggunakan website SwissADME. Selanjutnya senyawa Asiatikosida dilakukan optimasi menggunakan Gaussian 09®. Simulasi molecular docking senyawa uji Asiatikosida terhadap reseptor asetilkolinesterase (AChE) dilakukan dengan menggunakan software MGL Tools 1.5.6 yang telah dilengkapi dengan Autodock Tools versi 4.2. Uji toksisitas dilakukan menggunakan software Toxtree versi 3.1.0 dan website Pre-ADMET. Hasil simulasi docking menunjukkan bahwa senyawa dengan nilai energi bebas ikatan terendah adalah Asiatikosida E dan aktivitas penghambatan pada reseptor asetilkolinesterase (AChE) yang paling baik adalah Asiatikosida D. Hasil penelitian menunjukkan bahwa senyawa Asiatikosida H dan I berpotensi untuk dijadikan sebagai inhibitor asetilkolinesterase, namun aktivitas dan interaksi yang dihasilkan lebih rendah dibandingkan dengan turunan senyawa Asiatikosida yang lainnya.

Diabetes mellitus is a metabolic disorder disease characterized by hyperglycemia. Diabetes mellitus can cause complications that can lead to death. Aldose reductace is an enzyme involved in the pathogenesis of diabetes complications. Betanin compounds and their derivatives contained in red beet plants can be an alternative in preventing diabetes complications. The purpose of this study was to examine the activity of betanin and its derivatives against aldose reductase in the prevention of diabetes complications using In Silico method. In this study, identification of the physicochemical properties structure of betanin and its derivatives using the Swiss ADME website. After that, optimization was carried out using the Gauss View software version 5.0.8 and Gaussian version 09. Next, a docking simulation of the test compound was carried out on the aldose reductase receptor which had previously been separated with a comparison ligand and validated using the MGL Tools 1.5.6 software which was equipped with the Autodock Tools version. 4.2. The results showed that the compound 15-decarboxy-betanin was the test compound that had the most potential in preventing diabetes complications. However, when viewed from the interaction results, 17-decarboxy-betanin and 2,17-bidecarboxy-betanin compounds can also have the potential to prevent diabetes complications. So it is recommended to conduct research with the structure of the test compound engineered with the QSAR approach to increase its interaction and further research with molecular dynamics to add a function of time to the interaction. Abstrak. Diabetes melitus merupakan suatu penyakit gangguan metabolisme yang ditandai dengan hiperglikemia. Diabetes melitus dapat menimbulkan komplikasi yang dapat menyebabkan kematian. Aldose reduktase merupakan enzim yang terlibat dalam patogenesis komplikasi diabetes. Senyawa betanin dan turunannya yang terdapat pada tanaman bit merah dapat menjadi alternatif dalam mencegah komplikasi diabetes. Tujuan penelitian ini yaitu untuk melihat aktivitas senyawa betanin dan turunannya terhadap aldose reduktase dalam pencegahan komplikasi diabetes secara In Silico. Penelitian ini dilakukan dengan identifikasi sifat fisikokimia struktur senyawa betanin dan turunannya menggunakan website SwissADME. Setelah itu dilakukan optimasi dengan menggunakan software Gauss View versi 5.0.8 dan Gaussian versi 09. Selanjutnya dilakukan simulasi docking senyawa uji terhadap reseptor aldose reduktase yang sebelumnya sudah dipisahkan dengan ligan pembanding dan divalidasi menggunakan software MGL Tools 1.5.6 yang dilengkapi dengan Autodock Tools versi 4.2. Hasil penelitian menunjukan bahwa senyawa 15-decarboxy-betanin merupakan senyawa uji yang paling berpotensi dalam mencegah komplikasi diabetes. Tetapi jika dilihat dari hasil interaksi yang terjadi senyawa 17-decarboxy-betanin, dan 2,17-bidecarboxy-betanin juga dapat berpotensi dalam pencegahan komplikasi diabetes. Sehingga disarankan untuk melakukan penelitian dengan struktur senyawa uji yang direkayasa dengan pendekatan QSAR untuk meningkatkan interaksinya dan dilakukan penelitian lebih lanjut dengan dinamika molekular untuk menambah fungsi waktu pada interaksinya.

The discovery and development of new drugs starts from the selection of drug work targets, then continues with the determination of compounds and performance predictions based on their chemical structure using in silico, followed by pre-clinical testing in vitro and in vivo, as well as clinical trials in humans to see the drug's response to the body. This study aims to determine whether the compounds apigenin, curcumin, fisetin, naringenin and silibinin can be developed into new drugs using in silico tests. The method used in this study was an in silico test using docking. Testing begins with the determination of the physicochemical properties of the test compound, it is known that 4 compounds other than silibinin meet the requirements of the Lipinski Rule of Five. Then the preparation process of the molecular structure on the website rscb.org obtained results in accordance with the RMSD value of the PI3-Ks receptor of 0.67A, where the smaller the RMSD value, the closer the position is to the natural ligand. Then continued with the docking simulation between the PI3-Ks receptor and the test compound, the docking results are that in apigenin compounds there are 11 non-bond interactions, in curcumin compounds there are 8 non-bond interactions, in fisetin compounds there are 15 non-bond interactions, in naringenin compounds there are 7 non-bond interactions and in silibinin compounds there are 9 on-bond interactions. Then tested for toxicity, which has a moderate / medium risk, so it needs to be considered if it is going to be used as a new drug. Abstrak. Penemuan dan pengembangan obat baru dimulai dari seleksi target kerja obat, kemudian dilanjutkan dengan penentuan senyawa dan prediksi kinerja berdasarkan stuktur kimianya menggunakan in silico, dilanjutkan dengan pengujian pra klinis secara in vitro dan in vivo, serta uji klinis pada manusia untuk melihat respon obat terhadap tubuh. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui apakah senyawa apigenin, curcumin, fisetin, naringenin dan silibinin dapat dikembangkan menjadi obat baru menggunakan uji in silico. Metode yang digunakan pada penelitian ini yaitu uji in silico menggunakan docking. Pengujian diawali dengan penentuan sifat fisikokimia senyawa uji diketahui bahwa 4 senyawa selain silibinin memenuhi syarat Lipinski Rule of Five. Kemudian dilakukan proses preparasi struktur molekul pada website rscb.org didapatkan hasil yang sesuai dengan nilai RMSD reseptor PI3-Ks sebesar 0.67A, dimana semakin kecil nilai RMSD maka semakin dekat posisinya dengan ligan alaminya. Lalu dilanjutkan dengan simulasi docking antara reseptor PI3-Ks dengan senyawa uji, hasil docking yaitu pada senyawa apigenin terdapat 11 interaksi non-bond, pada senyawa curcumin terdapat 8 interaksi non-bond, pada senyawa fisetin terdapat 15 interaksi non-bond, pada senyawa naringenin terdapat 7 interaksi non-bond dan pada senyawa silibinin terdapat 9 interaksi on-bond. Kemudian diuji toksisitasnya yakni memiliki resiko sedang/menengah, sehingga perlu dipertimbangkan jika akan dijadikan obat baru.

Diabetes Mellitus (DM) is a group of metabolic diseases characterized by a disturbance in insulin function that causes an increase in blood glucose levels (hyperglycemia). The -glucosidase receptor is a receptor that plays a role in the treatment of diabetes mellitus. This study aims to test the activity of compounds amritoside C, amritoside D, amritoside D tetraacetate, tinosponone, tinosporaside in brotowali (Tinospora cordifolia) in silico approach and to find out which compounds have the most potential as antidiabetic. The research was conducted by identifying the physicochemical properties of the test compounds using the swissADME server. After that, geometry optimization was carried out using Gaussian 09. Macromolecular preparation was carried out using the BIOVIA Discovery Studio 2021 software. Furthermore, the validation of the docking method and simulation of the molecular docking method used MGLTools 1.5.6 software with AutoDock Tools 4.2. The molecular docking results were then visualized using the BIOVIA Discovery Studio 2021 software. The toxicity test of the test compounds used Toxtree version 3.1.0 and through the PreADMET website. Based on the value of the free bond energy (ΔG) of Amritoside C compound which is -8.78 kcal/mol and the value of inhibition constant is 0.36 micromolar (µM), Amritoside D compound is -8.85 kcal/mol and the value of inhibition constant is 0.32 micromolar. (µM), Amritoside D Tetraacetate compound was -8.07 kcal/mol and the value of inhibition constant was 1.21 micromolar (µM), Tinosponone compound was -6.57 kcal/mol and the inhibition constant was 15.4 micromolar (µM), Tinosporaside compound is -9.04 kcal/mol and the value of inhibition constant (Ki) is 0.23 micromolar (µM), natural ligand is -6.16 kcal/mol and the value of inhibition constant is 30.28 micromolar (µM). The conclusion of this study is that the tinosporaside compound has the best affinity among the four other test compounds and a natural ligand (acarbose) which is -9.04 kcal/mol and the value of the inhibition constant (Ki) is 0.23 micromolar (µM), indicating that Tinosporaside has the potential to be used as as a candidate for type 2 antidiabetic compounds through the mechanism of -glucosidase inhibition. Abstrak. Diabetes Mellitus (DM) adalah suatu kelompok penyakit metabolik yang ditandai dengan adanya gangguan pada fungsi insulin yang menyebabkan meningkatnya kadar glukosa dalam darah (Hiperglikemia). Reseptor α-glucosidase adalah reseptor yang berperan dalam pengobatan diabetes mellitus. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan pengujian aktivitas senyawa amritoside C, amritoside D, amritoside D tetraacetate, tinosponone, tinosporaside pada brotowali (Tinospora Cordifolia) pendekatan secara in silico serta mengetahui senyawa yang paling berpotensi sebagai antidiabetes. Penelitian dilakukan dengan mengidentifikasi sifat fisikokimia senyawa uji menggunakan sever swissADME. Setelah itu dilakukan optimasi geometri menggunakan Gaussian 09. Preparasi makromolekul dilakukan menggunakan software BIOVIA Discovery Studio 2021. Selanjutnya, validasi metode docking dan simulasi metode molecular docking menggunakan software MGLTools 1.5.6 dengan AutoDock Tools 4.2. Hasil molecular docking kemudian divisualisasi dengan menggunakan software BIOVIA Discovery Studio 2021. Uji toksisitas senyawa uji menggunakan Toxtree versi 3.1.0 dan melalui website PreADMET. Berdasarkan nilai energi bebas ikatan (ΔG) senyawa Amritoside C sebesar -8,78 kkal/mol dan nilai konstanta inhibisi 0,36 mikromolar (µM), senyawa Amritoside D sebesar -8,85 kkal/mol dan nilai konstanta inhibisi 0,32 mikromolar (µM), senyawa Amritoside D Tetraacetate sebesar -8,07 kkal/mol dan nilai konstanta inhibisi 1,21 mikromolar (µM), senyawa Tinosponone sebesar -6,57 kkal/mol dan nilai konstanta inhibisi 15,4 mikromolar (µM), senyawa Tinosporaside sebesar -9,04 kkal/mol dan nilai konstanta inhibisi (Ki) 0,23 mikromolar (µM), ligan alami sebesar -6,16 kkal/mol dan nilai konstanta inhibisi 30,28 mikromolar (µM). Kesimpulan penelitian ini senyawa tinosporaside memiliki afinitas paling baik diantara keempat senyawa uji lainnya dan ligan alami (acarbose) yaitu sebesar -9,04 kkal/mol dan nilai konstanta inhibisi (Ki) 0,23 mikromolar (µM), menunjukan senyawa Tinosporaside berpotensi untuk dijadikan sebagai kandidat senyawa antidiabetes tipe 2 melalui mekanisme penghambatan α-glucosidase.

The anticancer activity of vanilloid compounds in red ginger is thought to have an interaction with the Epidermal Growth Factor Receptor (EGFR) Exon 20 which affects the growth of lung cancer cells. The purpose of this study was to observe the interaction of vanilloid compounds with EGFR Exon 20 and to predict the activity, absorption, distribution and toxicity of vanilloid compounds. All test compounds were optimized by Gauss View software version 5.0.8 and Gaussian version 09, then molecular docking simulations were carried out as well as absorption, distribution and toxicity predictions. Of the 7 vanilloid compounds that were docked, hexahydrocurcumin showed potential as an anticancer compound. Hexahydrocurcumin is declared to meet the requirements of the Lipinski Rule of Five, which means it has good bioavailability. Prediction of absorption and distribution includes the percentage values of Human Intestinal Absorption (HIA), human colon adenocarcinoma (Caco-2), and Plasma Binding Protein (PPB). Toxicity test showed that hexahydrocurcumin compound was mutagenic but not carcinogenic. The molecular docking simulation results showed that the hexahydrocurcumin compound had a better affinity for EGFR Exon 20 compared to other vanilloid compounds. Visualization results showed that hexahydrocurcumin compounds had interactions with amino acid residues Lys129, Leu83, Thr165, Ile10, Asp145, Asp86, Gln31, Phe80, Gln85 and Ala144. The results showed that the hexahydrocurcumin compound had anti-lung cancer candidate activity to EGFR Exon 20 receptor. Abstrak. Aktivitas antikanker senyawa vanilloid pada jahe merah diduga memiliki interaksi dengan Epidermal Growth Factor Receptor (EGFR) Exon 20 yang berperaruh terhadap pertumbuhan sel kanker paru. Tujuan penelitian ini adalah untuk melihat interaksi senyawa vanilloid terhadap EGFR Exon 20 dan mendapatkan prediksi aktivitas, absorpsi, distribusi serta toksisitas senyawa vanilloid. Semua senyawa uji dioptimasi dengan software Gauss View versi 5.0.8 dan Gaussian versi 09 kemudian dilakukan simulasi molecular docking serta prediksi absorpsi, distribusi dan toksisitasnya. Dari 7 senyawa vanilloid yang di dockingkan, hexahydrocurcumin menunjukan potensi sebagai senyawa untuk antikanker. Hexahydrocurcumin dinyatakan memenuhi aturan Lipinski’s Rule of Five yang berarti memiliki bioavailabilitas yang baik. Prediksi absorpsi dan distribusi meliputi nilai persentase Human Intestinal Absorption (HIA), human colon adenocarcinoma (Caco-2), dan Protein Plasma Binding. Pengujian toksisitas menunjukkan bahwa senyawa hexahydrocurcumin bersifat mutagenik namun tidak karsinogenik. Hasil simulasi molecular docking menunjukkan bahwa senyawa hexahydrocurcumin memiliki afinitas yang lebih baik terhadap EGFR Exon 20 dibandingkan dengan senyawa vanilloid lainnya. Hasil visualisasi menunjukkan bahwa senyawa hexahydrocurcumin memiliki interaksi dengan residu asam amino Lys129, Leu83, Thr165, Ile10, Asp145, Asp86, Gln31, Phe80, Gln85 dan Ala144. Hasil yang didapat menunjukkan bahwa senyawa hexahydrocurcumin memiliki potensi untuk dijadikan kandidat anti kanker paru terhadap reseptor EGFR Exon 20.

The coronavirus outbreak that is sweeping the world is a serious challenge for the international health system. Overcoming the lack of information regarding experimental data, tools and even understanding of the body's immune response to SARS-CoV2, it is necessary to take effective steps to anticipate the spread and control the COVID-19 pandemic. Therefore, a COVID-19 epitope T-cell protein-peptida docking simulation against the TLR-2 (Toll-like Receptor-2) immune receptor target with the PDB code 2Z80 computationally was carried out in order to add dry laboratory data information, anticipate contact and crowds so as to minimize the spread of the SARS-CoV2 outbreak. There are several bioactive peptidas that are potential candidates for SARS-CoV2 vaccines such as bioactive peptidas FLAFVVFLL, FVLAAVYRI, FVVFLLVTL, VLLFLAFVV and YVYSRVKNL. This study aims to identify and evaluate the molecular interactions that occur between bioactive peptida molecules and TLR-2 enzyme macromolecules with PDB code 2Z80 using in-silico protein-peptida-based molecular docking method. Bioactive peptida sequence modeling using PEP-FOLD software. Furthermore, the best conformation was selected to be used in the study of interactions with TLR-2 macromolecules using the HPEPDock software. Further exploration was carried out on the results of molecular interactions formed using the BIOVIA Discovery Studio 2019 software. Based on the results from molecular anchoring, the bioactive peptida FLAFVVFLL had the best affinity for TLR-2 macromolecules (PDB code 2Z80) with a bond free energy value of -155,194 kJ/mol. So it can be concluded that the bioactive peptida is predicted to be used as a candidate for TLR-2 enzyme inhibitor. Abstrak. Wabah virus corona yang sedang melanda dunia ini merupakan suatu tantangan yang serius bagi sistem kesehatan internasional. Mengatasi kurangnya informasi mengenai data eksperimental, alat bahkan pemahaman mengenai respons imun tubuh terhadap SARS-CoV2 diperlukan langkah yang efektif agar mengantisipasi penyebaran sekaligus mengendalikan pandemic COVID-19. Maka dari itu dilakukan simulasi docking protein-peptida sel-T epitope COVID-19 terhadap target reseptor imun TLR-2 (Toll-like Receptor-2) dengan kode PDB 2Z80 secara komputasi agar menambahkan informasi data laboratorium kering, mengantisipasi kontak dan kerumunan sehingga meminimalisir penyebaran wabah SARS-CoV2. Terdapat beberapa peptida bioaktif yang berpotensi sebagai kandidat vaksin SARS-CoV2 seperti peptida bioaktif FLAFVVFLL, FVLAAVYRI, FVVFLLVTL, VLLFLAFVV dan YVYSRVKNL. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi dan mengevaluasi interaksi molekuler yang terjadi antara molekul peptida bioaktif dengan makromolekul enzim TLR-2 dengan kode PDB 2Z80 menggunakan metode penambatan molekuler berbasis protein-peptida secara in-silico. Pemodelan sekuensi peptida bioaktif dengan menggunakan perangkat lunak PEP-FOLD. Selanjutnya dipilih konformasi terbaik untuk digunakan pada studi interaksi terhadap makromolekul TLR-2 dengan menggunakan perangkat lunak HPEPDock. Dilakukan eksplorasi lebih lanjut terhadap hasil interaksi molekuler yang terbentuk dengan menggunakan perangkat lunak BIOVIA Discovery Studio 2019. Berdasarkan hadil dari penambatan molekuler, ppeptida bioaktif FLAFVVFLL memiliki afinitas yang paling baik terhadap makromolekul TLR-2 (kode PDB 2Z80) dengan nilai energi bebas ikatan -155,194 kJ/mol. Sehingga dapat disimpulkan, peptida bioaktif tersebut diprediksi dapat digunakan sebagai kandidat inhibitor enzim TLR-2.