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A Bacia São José do Itaboraí é uma depressão elíptica fechada encravada em rochas do embasamento cristalino, sendo sua origem associada ao desenvolvimento do Sistema de Rifte continental do sudeste do Brasil. A bacia foi preenchida principalmente por sedimentos carbonáticos e calcário travertino é a fácies predominante. Estudos mineralógicos através de microscopia de luz transmitida, difração de raios X e MEV/EDS e determinações de porosidade e permeabilidade foram efetuadas no travertino e nas fácies subordinadas brecha carbonática e grainstone oolítico, com o propósito de avaliar o sistema de porosidade de rochas carbonáticas. As investigações nessas três litofácies apontaram densidades entre 2,66 e 2,70 g/cm3 e taxas baixas a muito baixas de porosidade e permeabilidade, menor que 2,5% e 0,2 milidarcys, respectivamente. As principais causas para valores tão baixos residem na forte cimentação das rochas aliada à recristalização de cristais de calcita, à alteração de silicatos e ao preenchimento de poros por minerais diagenéticos. Este trabalho mostra que o fluxo de fluidos em rochas reservatório pode ser mais bem compreendido ao serem usados métodos de determinação mineralógica combinados com petrofísica.

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